一九九六年

三月，中华民国在台、澎、金、马举行了首次总统、副总统全民直选。李和连战以百分之五十四的得票率分别当选为中华民国第九任总统和副总统。李是中华民国历史上首位公民直选的国家元首。在大选的最后阶段，大陆在台湾海峡举行了一连串声势浩大的被称为“联合九六一”的军事演习，如在福建平潭岛举行两栖攻岛演习以及对基隆和高雄的外海发射四枚导弹，让海峡两岸紧张关系陡升。为防范起见，美国从日本和关岛派遣了两个航母战斗群巡防台湾海峡。选举在被称为“第三次台海危机”的局势下完成。时任中国人民解放军总后勤部军械部部长的刘连昆少将和军械部军械工厂管理局局长邵正宗大校事先向台湾国防部军事情报局提供了大量有关演习的情报，包括发射的导弹为无实体击发弹头的“空包弹”、解放军的导弹不飞越台湾本岛、战机和军舰不越过台湾海峡中线、也不占外岛、绝不会轻易对台湾动武等等。这些情报使台湾政府掌握了大陆当局的底线。三月七日，李在与宜兰县水利会干部座谈时，要大家不要怕。他说，对方是在吓一吓，看看台湾人有没有志气，因为“（导弹）那里面没有东西”，“弹头是空的”。李在被问到“面对中共恫吓，台湾该如何处置”时，回答说：“不用怕！中共再大，也没比我老爸大！” 众人哄堂大笑。隔天有立法委员询问国防部长蒋仲苓：李总统何以能事先准确判断中共发射的是哑弹？蒋仲苓回答，李总统是根据“丰富的飞弹常识”所作的判断。时任中共中央总书记江泽民大为震怒，下令彻查。大陆潜伏在台湾军情局的间谍李志豪将“少康专案”参与人的名单传回大陆后，刘连昆和邵正宗在一九九九年接连被捕，后被处死。

四月，大陆委员会成立“台商窗口”。

五月，在总统就职典礼上，李说，“这不是庆祝某个候选人获胜，而是人类基本价值—自由与尊严—在台湾的胜利。”

九月，李在全国经营者大会上，对台湾企业界投资中国大陆提出了“戒急用忍”（用忍耐的态度来戒除急躁）的原则。

十月，两岸三地的保钓人士（主要是港澳、台湾人士和冲绳华侨）成功登上钓鱼台列屿中的最大岛钓鱼岛，插上了五星红旗和青天白日旗。

十二月，李召开国家发展会议。

一九九七年

三月，远东航空一二八号航班发生劫机事件（该航班原定由高雄国际机场飞往台北松山机场，在十日下午二时许被台湾旅客刘善忠以全身淋汽油的方式威胁，迫使客机飞往大陆。三时三十六分飞机降落厦门高崎机场。乘客中有时任中华民国海军总司令部情报署署长的蓝宁利中将和立法委员高育仁。大陆政府让机上乘客和机组人员继续其航程（他们于当天晚上八时许返抵松山机场），但留下刘善忠侦办）。同月，李会见了访台的达赖喇嘛。四月，发生白晓燕命案（白晓燕是台湾艺人白冰冰与日本漫画剧作家和电影制作人梶原一骑之女，四月十四日被绑架，数天内被撕票。八月十九日，白晓燕命案主嫌林春生与高天民在台北中山区五常街与警察发生枪战，林春生被击毙，一警员因公殉职，高天民逃脱。十月二十三日，白晓燕命案主嫌高天民、陈进兴闯入台北方保芳整型诊所，强迫方保芳为其整形。高天民与陈进兴随后杀害了方保芳夫妇，陈进兴并奸杀了护士郑文喻。十一月十七日，高天民被警察包围，双方发生枪战，高举枪自尽。十一月十九日，陈进兴闯入南非大使馆武官官邸劫持武官一家五口，最终弃械投降落网，白晓燕命案就此落幕。此案是台湾最重大的治安事件之一。一九九九年十月，陈进兴被枪决）。

五月，李出版自传《台湾的主张》一书，对台湾海峡两岸关系有两大述说：1）定义台湾为中华民国在台湾；2）建议分割中国为七部分（台湾、华南、华北、西藏、新疆、蒙古和满洲），各自竞争发展以维持安定，后者即引起轩然大波的“中国七块论”。

七月，李通过第四次修宪，为解决中央与地方行政区的过度重叠而实现“冻省”，虚化了台湾省的功能和组织，规定台湾省政府为行政院派出机关，为行政区划的“台湾化”拉开了序幕。此后，他又以修改法律的方式，将台湾领海确定在台、澎、金、马及其附属岛屿。

十一月，中华民国县市长选举。

一九九八年

十月中，瑞伯（Zeb）台风造成汐止、内湖等地水灾和十九人死及十五人失踪，农业损失近十九亿元。

十二月，台湾举行第四届立法委员选举。

一九九九年

七月，李在接受“德国之声”专访时表示：“有别于‘国统纲领’以及以三民主义统一中国等一厢情愿式的国民党政策宣示，实际的历史事实是，一九四九年中华人民共和国共产党政权成立以后，从未统治过中华民国所辖的台、澎、金、马。我国并在一九九一年修宪，增修条文第十条将宪法的地域效力限缩在台湾，并承认中华人民共和国在大陆统治权的合法性；增修条文第一、四条明定立法院与国民大会民意机关成员仅从台湾人民中选出，……使所建构出来的国家机关只代表台湾人民，国家权力统治的正当性也只来自中华民国人民的授权，与中华人民共和国人民完全无关。一九九一年修宪以来，已将两岸关系定位在国家与国家，至少是特殊的国与国的关系，而非一合法政府，一叛乱团体，或一中央政府，一地方政府的‘一个中国’的内部关系”，导致两岸关系更加紧张。同月，国家文官培训所成立。

九月，发生七点三级地震（九二一大地震），在台中、南投地区造成惨重损失，全台死亡人数超过两千人。后定此日为“国家防灾日”。同月，李执政时期第五次修宪，其成果有1）国大代表依附于立法委员选举，依政党比例产生代表；2）加强原住民与军人保障（延长第三届国大代表与第四届立委任期的条款被司法院判断为违宪而失效）。

李在一九九九年最后一次财产申报时，有存款三千八百九十万余元和有价证券二千一百六十二万余元，其妻李曾文惠有一百五十万元的钻石和三十万元的翡翠。李从未申报过任何土地房屋。

二000年

四月，李的第六次修宪缩减了国民大会的职权，扩增了立法院职权，立法院掌握了修宪的主动权，表明台湾的国会由“双国会”转向了“单一国会”制。李排挤民意支持较高的宋楚瑜，强行推连战为总统候选人，引起宋楚瑜的强烈不满，宣布以无党籍身份参选总统，以致蓝营分裂而选举失败。李曾送给宋楚瑜八个字：“诸法皆空，自由自在”。李自述，国民党中央党部在选前的民调结果都显示连战会赢，只是多少的问题。在选前一天，李还告诉美国在台协会台北处长李洁明说：“连战会赢六个百分点”。开票当晚，李不得不取消前往中央党部的行程，因为“口袋里只准备了胜选谢词，没有落选感言”。

五月，李正式离开总统府。他自愿放弃了每月数十万元的终身俸禄与退休军公教人员优惠存款（利息百分之十八）。卸任后，李完全离开了国民党的权力核心。

由于国民党大选失利，党内长期不满李的人士要求李辞去党主席一职。他们一度包围了国民党中央党部。

九月，李辞去了国民党主席一职。

李与台湾民主化

李登辉当选总统之后，持续推动民主化与台湾本土化政策。

李曾称自己是用武士道的“舍身取义”与基督教的奉献精神来推动台湾的民主化的。他努力促进思想自由、言论自由、新闻自由和学术自由。在他担任总统的十二年期间，主导通过了六次修宪（一九九一年四月、一九九二年五月、一九九四年七月、一九九七年七月、一九九九年九月和二000年四月）。二000年三月，民进党的陈水扁以相对多数当选为中华民国第十任总统，由于陈水扁的当选，李实现了他“在任内和平转移政权”的理想，完成了所谓的“宁静革命”，这是中华民族千古未有的奇迹。李是名副其实的“民主先生”。

一九八0年代后期，街头抗争成为台湾社会的常见现象，著名的如一九八六年的五一九绿色运动、一九八六年十月鹿港居民的反杜邦设厂事件（彰化县成立公害防治协会，以各种手段抵制美国化工巨头杜邦（DuPont）公司于鹿港设厂，反杜邦运动成为台湾首个环保抗争导致外商终止投资计划的事件，并促使行政院在一九八七年设立了环境保护署）、一九八八年的五二0农运和一九八九年六月的无壳蜗牛运动（面临飞涨的房价，无住屋者团结组织发起无壳蜗牛运动，积极进行一连串针对住宅议题的街头造势，这是台湾第一次以都市议题为主的社会运动）。

李与国民党的决裂

二00一年八月，李出面主导成立了台湾团结联盟。九月，国民党中央考核纪律委员会认定“李登辉同志公开抨击本党，结合其他社团与政党打击本党，其言行严重违反党纪”，决议予以“撤销党籍”，这意味着国民党与曾任该党主席长达逾十二年的李的彻底决裂，同时也把国民党与李之间三十年的关系一笔勾销。

二0一一年五月，李在台大发表演说，他认为马英九政府存在着五大问题：对大陆过度依赖、对大陆过度投资、自由化意识造成政府政策失焦、过度依赖进口能源和金融未能充分刺激经济。

李与民进党

二00八年三月，李在总统选举投票前夕表态支持民进党总统候选人谢长廷。

二0一二年一月，在总统选举的前夕，民进党在新北市举行造势晚会，李表示：“我年事已高，身体也不太好，什么时候会离开我心爱的台湾，不知道。能做的实在是有限，未来就要靠你们大家打拼了。选蔡英文，选我们的希望，选我们的幸福。相信我们自己，相信蔡英文，给自己一个机会，给台湾一个机会。我李登辉这辈子，最后一次向大家拜托。”

二0一六年总统选举中，李因身体不适，没有参加投票，不过又一次表达了对蔡英文的支持。

李与台独

二00七年一月，李在接受《壹周刊》专访时表示，他不是“台独教父”，也从来没有主张过台独。台湾并不存在统独的议题。台独本身是假议题，因为台湾已经是主权独立的国家，只是现在的名字叫做中华民国，目前国家正常化才是接下来的目标，而正名、制宪、实现国家认同和加入联合国则是国家正常化的要素。李主张在“维护国家尊严、照顾全民利益、彰显台湾主体性”的三大前提原则下开放中资，欢迎大陆观光客来台。在接受TVBS电视台的专访时，李说追求台独是退步，而且是危险的作法，因为这种作法不但把台湾降格为未独立的国家，也会引起美国和中共方面很多困扰。他强调，现在有些人喊台独，只是为了权力斗争。

二0一四年六月，李在日本以日文出版《余生—我的生命之旅与台湾民主之路》一书，称中华民国是辛亥革命的结果，现在残存于台湾，台湾是中华民国领土，只要保全中华民国的主权地位，修改宪法内容，让中华民国成为新的共和国，就没有台独的必要，把中华民国“台湾化”就好。中华人民共和国自一九四九年从中华民国分裂出去，是分离出去的新国家。台湾已发展出了“台湾中华民国”的意识，不是以往的中华民国，是“中华民国第二共和”。

李与中共

一九九0年代初期，在人脉广泛的佛教居士南怀瑾的安排下，李曾派亲信苏志诚与大陆国家主席杨尚昆的秘书杨斯德秘密会谈。杨斯德告诉苏志诚：“中共中央对李先生是肯定的，也希望在他任内解决国家统一问题，这次中央对台工作会议确定将以李先生为谈判对手，他们从来没说李先生是‘台独’，而他们也在帮李先生工作，凡是有台湾朋友到北京，他们都会告知若一味对本省人排斥，是不会被接受的。”双方有良好互动后，苏志诚与汪道涵会谈，促成了一九九二年的辜汪会谈。嗣后，苏志诚还多次与中共中央总书记江泽民的密使、中共中央办公厅主任曾庆红会晤，直到一九九五年四月因新党郁慕明的曝光而终止。

一九九二年九月，李还指派时任国安会副秘书长的张荣丰与总统府资政曾永贤到北京密会杨尚昆。杨尚昆说，先不谈两岸是什么关系，先搞些实际的事，双方伤感情的话少说，否则朋友就交不成。自此开启了两岸长达八年的秘密沟通管道，直到二000年政党轮替后才中断。这一管道历经了一九九五、一九九六年解放军的导弹演习和一九九九年“特殊国与国关系”等事件，起了减少误判的作用。张、曾还与化名为岳枫的时任解放军总政治部联络部长的叶选宁建立了联系管道。

二0一四年八月，李在日本月刊杂志Voice上撰文评价中国的政治时，说中国的共产革命“不过是中国传统中的霸权主义复活，具有夸大妄想特质的皇帝制度的复辟”。

李与日本和钓鱼岛

二000年，李想到日本治疗心脏病，但当时日本森喜朗内阁的外务大臣河野洋平反对发给李签证。李在二00一年四月召开记者会，痛批日本政府害怕中共压力，“胆小如鼠”。李在京都大学时的恩师、日籍医师王辉生以京都大学校友的名义发起“赞同李前总统访问日本及母校京大”的连署运动，收到包括八十八名京大教授在内的共一万五千多师生与校友的连署。不久日本政府给李发了签证。

李曾表示钓鱼岛属于中华民国台湾，但在卸任后经常公开表示钓鱼岛一直是日本的领土。

二00二年九月，李在台北接受日本《冲绳时报》专访时说，有关钓鱼岛领土的问题，“中共主张是他们的领土，这是因为当地有石油蕴藏，但中共在那些岛上没有驻军。钓鱼岛显然是日本领土。”他公开批评保钓人士，对香港保钓人士登岛不以为然。

二00七年五月三十日，李赴日本开展学术交流以及探访“奥之细道”（《奥之细道》是十六世纪日本著名俳句诗人松尾芭蕉根据历时一百五十天的旅途沿路的见闻和感想而写的游记和俳句集）之旅，并参访靖国神社，祭拜其兄李登钦（李登钦二次大战时为台籍日本兵，于菲律宾战殁）。六月九日，李结束访日行程，在成田机场准备搭机返台时，遭到大陆籍男子薛义投掷两个装有果汁的塑料瓶，李没有受伤，其妻则擦伤膝盖，受到了惊吓。薛义旋即被日本警察逮捕。

二00八年九月，在冲绳县知事举办的午宴上，李重申“尖阁列岛无可争议是日本领土，不存在主权问题”。

二0一四年六月，在日本出版的《李登辉送给日本的话》一书中，李说：“钓鱼台列屿不归属台湾，这是毋庸置疑的事实”。该书二0一六年在台湾出版，引起总统府发言人马玮国和前行政院院长游锡堃的反驳，他们表示这是卖国的言论，中华民国政府与国民都不能接受。二0一五年七月，国民党主席洪秀柱批判李的“钓鱼台是日本的”言论为“丧权辱国”。八月，李指七十年前台湾和日本是同一个国家，台湾对日抗战不是事实。洪秀柱批李是不忠、不仁、不义的“老番颠”（老痴呆）。立法委员林郁方批李“如同年老色衰艺妓”，他说李“是最没资格当台湾人的人，当了十二年总统，没有为慰安妇讲一句话，斑斑血泪。你这个日本的走狗，什么时候替可怜的台湾人讲一句话？”

其他

*二00八年六月，最高法院检察署特别侦查组认定李为协助台湾综合研究院尽速筹得创院资金，于一九九八年与前国家安全局局长殷宗文和台综院创办人刘泰英谋议，涉嫌侵占国安密帐的公款七百七十九万余美元，挪供刘泰英支付台综院的人事和购置院舍、设备等费用，涉有侵占公有财物及洗钱等嫌疑而予以起诉，但念及其年迈及对国家的贡献，未具体求刑。该案由台北地方法院金融专庭承审。十一月，台北地方法院一审宣判李无罪，而刘泰英依侵占公有财物罪被判刑两年八个月。十二月二日，特侦组提起上诉。二0一四年八月，台湾高等法院二审宣判李无罪定谳。

*二0一四年一月，李在日本右翼杂志SAPIO上撰文称，“中国这个国家将南京大屠杀之类的胡说传播到世界”，“韩国和中国将捏造的‘历史’作为本国宣传活动的一环，慰安妇就是最好的例子”。

*三月，李支持太阳花运动，该运动阻止了与大陆签订原本会向大陆资本开放台湾的服务业的协定。

*四月，李在新竹表示，他“不会去投核四公投”，并表示不认同蔡英文提出的“二0二五年达到非核家园”的目标。同月，李以“启动第二次民主改革”为题在台南演讲，提及核四争议时，他说，若没有核电，台湾怎么办？这些问题不能不考虑。李还在“脸书”上说，人民主要是担忧核四的安全问题。，领导者应该倾听民意，到底人民的意见是什么，是不是人民都与林义雄有相同的担忧与主张，应由全民直接作决定。如果民意最后决定要停建核四，政府就应该进一步思考，“没有核电，要用什么方法才有电？”“没有核电，我们的生活要靠什么？”

*二0一五年，李在谈到修宪的问题时，提出应将投票年龄改为十八岁，他认为这是世界潮流，也符合台湾的需要，而且社会共识很高。至于是否增加立委席次、修正立委选制、修正总统及行政院长权限和废除考试院及监察院等议题，则应由全民讨论。九月，李出版新版的《台湾的主张》一书。

*李晚年投入台湾和牛的培育，二0一七年成立了“源兴居公司”展开科学化配种与饲育和牛。

*李是有名的千杯不醉。他说以前在台大教书时，每逢谢师宴，他可以跟每一个学生干杯，喝上一百五十杯、差不多等于七到八瓶的绍兴酒。

*李原先烟瘾非常大，后来为了陪蒋经国下乡，减少了吸烟。李戒烟后，与一资深记者谈话，打开一包三五牌香烟请记者抽。记者十分纳闷，问他：“为何戒烟，还拿烟出来？”李说：“这样才是真戒！看人抽烟，自己还能忍住不抽，才是真正不接受浮士德的诱惑！”

*二00八年七月，李做了椎动脉支架置放手术，创造世界最高龄纪录。他全身有血管支架十二支。

*二0一一年，李确诊罹患大肠癌二期，十一月住院手术切除了约二十五公分的结肠。

*二0二0年七月，李因败血性休克与多重器官衰竭，在台北荣民总医院过世，终年九十七岁。

*李逝世后，马英九说：李继蒋经国解除戒严、开放组党后，进一步推动国会全面改选、总统直选，对台湾民主化有其贡献。虽然卸任后他的政治理念发生了巨大的转变，但仍应感念他对国家的付出，也相信历史将有公正客观的评价。台北市长柯文哲称赞李是“时代英雄”，他在“脸书”上表示，李的最大贡献，是让台湾走向一条没有办法回头的民主之路。李对台湾历史的最大的影响，是重新塑造了台湾的民族性。时任总统蔡英文表示，李在台湾民主历程上的贡献无可取代，他的离世是国家的莫大损失。

*中华人民共和国国务院台湾事务办公室和官方媒体认为李的亲日立场是“汉奸”，是提倡台独的“民族罪人”。