二00五年

一月，游锡堃回任总统府秘书长，由高雄市市长谢长廷组阁。

三月，数十万民众聚集在台北举行“三二六护台湾大游行”，以抗议大陆通过“反分裂国家法”。

五月，扁在总统就职典礼上宣布“四不一没有”：“只要中共无意对台动武，本人保证在任期之内，不会宣布独立，不会更改国号，不会推动两国论入宪，不会推动改变现状的统独议题公投，也没有废除‘国统纲领’与国统会的问题”。

六月，扁政府主导了第七次修宪，修宪的成果是：1）立法委员由二百二十五人减半为一百十三人，任期四年，以“单一选区两票制”（一票投候选人（地方代表），一票投政党）产生；2）修宪案和领土变更案由立法院提案、公民复决；3）总统和副总统弹劾案由立法院提议、司法院大法官审理。自此确立了台湾立法院为台湾的最高民意机关。同月，立法院预算审核通过新十大建设。

七月，马英九以得票率百分之七十二点四当选为国民党党主席。同月，教育部宣布全国国立高中、高职及国立中小学自九月起取消发禁（一九八七年解除戒严后，对学生的头发外型由各校自行规定，发禁依然有效）。

八月，最高检察署正式宣布三一九枪击案结案，以六大理由认定陈义雄为唯一凶手，并因陈义雄已死而不予起诉。同月，爆发高雄捷运外劳弊案（在高雄捷运公司位于高雄县冈山镇北机厂的一千七百多名泰国外劳深夜暴动，表达对管理制度及住宿环境的不满。事后揭露出的外劳管理问题以及衍生的疑似有民意代表及政府官员涉嫌向外劳中介公司收取佣金、官商勾结等弊案。最终高捷案判决无罪）。

十二月，台湾举行三合一（县市长、县市议员和乡镇长）选举，国民党取得十四个县市长席次，民进党取得六席，亲民党、新党及无党籍各一席。民进党失去了执政十六年的台北县、执政二十四年的宜兰县和执政二十多年的嘉义市等地方政权。民进党主席苏贞昌引咎辞职，由吕秀莲代理主席。行政院长谢长廷也在稍后请辞，但被挽留。

二00六年

在元旦演讲中，扁说在李登辉担任总统时曾提出“戒急用忍”政策，不过阻挡不住台商投资中国的热潮。他担任总统后，国家安全会议向他建议，如果没有管理，即使戒急用忍，还是等于开放，于是经发会在二00一年提出“积极开放，有效管理”的两岸经贸思维，此项政策的重点在于有效管理，然而政府部门和民间业者却只提前面的“积极开放”，忽略了后面的“有效管理”。因此，他提出了“积极管理，有效开放”，以避免误导和误信。扁强调“积极管理，有效开放”并不是紧缩政策。同月，谢长廷以总预算案覆议未获在野党支持之由向扁请辞，获扁批准。扁任命前民进党主席苏贞昌为行政院长。苏内阁自称“实事内阁”，决心“走正道，做实事”。同月，台湾二十五县市同步实施垃圾强制分类，垃圾分为资源、厨余及一般垃圾三类，一至三月为劝导期，四月一日起全面开罚。同月，民进党党主席补选，由游锡堃当选为党主席。扁在春节发表演讲，表示要考虑废除已束之高阁六年的“国统纲领”和国统会。美国国务院于一月三十日针对扁的新春谈话发表声明，重申美国对台“一个中国”、“台湾关系法”和“三项公报”的政策，反对任何片面改变现状的举动，并表示“废除‘国统纲领’和国统会如同北京的‘反分裂国家法’一样，也是单方面的改变现状。”

二月，“性骚扰防治法”正式实施。同月，扁宣布国统会终止运作，“国统纲领”停止适用。

三月，在以中华民国的名义申请加入联合国的多年努力失败后，扁试图推动“以台湾名义加入联合国”的公投案，国民党为了杯葛这个公投案，发起“以中华民国名义重返联合国”的公投案。

五月，扁的女婿赵建铭因涉及台湾土地开发公司的内线交易案，遭台北地方法院裁定收押。吴淑珍也被指控收受太平洋SOGO崇光百货的礼券及炒股、投资基金。

六月，前行政院长谢长廷正式宣布代表民进党参选年底的台北市长选举。同月，施工长达十五年的国道五号蒋渭水高速公路通车，途中的雪山隧道成为全球最长的双孔公路隧道。同月，扁发表电视演说，以向全民报告的方式回应由立法院启动的罢免总统程序，重申总统不向立法院答辩。同月，立法院临时会就罢免扁总统案进行投票表决，结果为赞成一百十九票，未能通过三分之二（一百四十八票）的门槛，罢免案因此失败。

七月，台开案侦查终结，赵建铭遭检察官以违反“证券交易法”起诉，求处八年有期徒刑，并以一千万元交保（地方法院一审和高等法院二审后，由于最高法院认为高院对于如何计算内线交易犯罪所得金额没有说明清楚，其判决违背法令，五次发回高院更审。高院经过了更一审、更二审、更三审、更四审和更五审，在二0二一年十月，终于判决定谳，判处赵建铭三年八个月有期徒刑）。

从八月起，在媒体报道扁可能滥用国务机要费与吴淑珍的大量珠宝来源可疑以及他们女儿的管家支领国家薪水等丑闻后，由已退出民进党的前民进党主席施明德发动了“百万人民倒扁运动”，要求扁下台。施明德要求所有支持这个运动的参与者以“一人一百元承诺金”表达要求扁下台的决心，预计一个月达成目标，然而在短短的七个工作日内就收到了一亿一千零二十九万元，代表一百十万多公民的授权允诺。

九月，施明德率众在总统府前的凯达格兰大道发起夜以继日的静坐活动，要求扁下台，恢复普世的民主及道德价值。百万人民反贪倒扁运动总部接着又发动了 “九一五萤光围城”游行，无数民众穿着红衫围绕总统府、台北车站和玉山官邸游行，至午夜和平结束。

十一月，台湾高等法院检察署查黑中心就国务机要费案结案，检方在起诉书内认定扁涉有贪污及伪造文书罪嫌，但因受宪法第五十二条的限制，需扁被罢免或解职之后再行诉究。同月，中央银行公布十月底台湾外汇存款共为二千六百十八亿二千一百万美元，创下历史新高，仅次于大陆，与日本并列世界第二。同月，李远哲发表公开信，建议扁“慎重考虑去留问题”。

十二月，台湾举行北、高市长及市议员选举，台北市市长由国民党籍郝龙斌当选，高雄市市长由民进党籍陈菊当选，两市市议员则大致维持蓝大绿小的局面。同月，立法院通过“教育基本法修正案”，明文禁止学校体罚学生，确保学生的受教权、身体自主权及人格发展权不受侵害。

二00五和二00六两年是台湾爆发各种弊案最集中的年份，除了高雄捷运外劳弊案和赵建铭的台开案以外，还相继爆发了“股市秃鹰案”（多只股票遭不法财团与证券公司勾结放空，股民损失超过五百亿元，前金管会检查局局长李进诚被判八年徒刑）、ETC弊案（为批准国道电子收费系统（Electronic Toll Collection System），前交通部長林陵三的机要秘书宋乃午收人二十八万元賄賂而获判刑十一年）以及总统府副秘书长陈哲男用他人账户买卖股票，未依法办理财产申报，并“利用职务上的机会诈取财物”被判处有期徒期七年等一系列重大弊案。

二00七年

一月，台湾高铁通车运营，台湾西部走廊进入一日生活圈。这是台湾规模最大的民间兴建运营后转移模式（BOT）的建设项目。同月，由于朝野双方对立，立法院未能就“中选会组织法”修正案达成共识，并且爆发了严重的肢体冲突。

二月，马英九及前台北市市长办公室秘书余文因涉及特别费案，被认定“利用职务诈取财物”，依违反“贪污治罪条例”起诉。因马英九曾承诺如被起诉，就会辞去党主席一职，他履行他的诺言辞去党主席，同时宣布参选二00八年总统。同月，前行政院长谢长廷和民进党主席游锡堃宣布参与角逐民进党总统候选人。同月，行政院长苏贞昌宣布将于二00九年起实施十二年国民基本教育。同月，二二八国家纪念馆正式揭牌开幕。

三月，扁在出席台湾人公共事务会晚宴时提出“四要一没有”，即“台湾要独立，台湾要正名，台湾要新宪，台湾要发展。没有所谓的左右路线问题，只有独统问题”。同月，扁宣布义务兵役期自二00七年七月一日起缩短为一年两个月。四月，国防部宣布汉光二十三号电脑兵棋推演结果，显示登陆台湾的解放军全数遭国军歼灭，但台湾西部的重要军事设施也遭到导弹重创。

五月，国民党正式提名马英九参选二00八年总统。同月，苏贞昌宣布参与民进党总统初选提名，同时辞去行政院长职务。海基会董事长张俊雄接替苏贞昌回锅担任行政院院长。同月，民进党党内为总统大选进行党员初选，前行政院长谢长廷以得票率百分之四十四点六六领先，苏贞昌宣布退出初选，游锡堃也宣布停止竞选活动。同月，台北市中正纪念堂正式改名为台湾民主纪念馆。同月，民进党中执会正式提名谢长廷角逐二00八年总统大选。

六月，国民党二00八年总统大选参选人马英九邀请前行政院长萧万长出任副手。马英九强调萧万长有四个特点：“经验丰富”、“贡献卓著”、“不分党派”和“新意不断”。同月，美国政府表示反对“以台湾名义加入联合国”的公投，因为涉及片面改变台海现状。

七月，立法院通过“国民年金法”，象征台湾社会安全体系全面建构完成。同日也通过了“游说法”，使台湾成为全球第三个立法规范游说行为的国家。同月，立法院通过“地方制度法”修正草案。

八月，台北市市长特别费案经台北地方法院一审宣判，马英九获判无罪，前市长办公室秘书余文依伪造文书罪被判处有期徒刑一年两个月。

九月，“九0八台湾国运动”举行万人升旗典礼，呼吁美国支持台湾加入联合国，民进党主席游锡堃在活动中强调认同台湾已是主流民意，独立建国也是主流民意。同月，民进党籍首长特别费案侦查终结，副总统吕秀莲、民进党主席游锡堃和国安会秘书长陈唐山依伪造文书及贪污等罪被起诉，民进党正、副总统参选人谢长廷、苏贞昌则不起诉。同月，调查局侦破共谍案，被大陆国安部吸收为间谍的离职调查员陈志高及涉嫌出卖情资的现任调查员林羽农被捕，台北地方法院依违反“国家安全法”罪名等将两人收押禁见（除辩护律师外，不得见人。后陈被判刑三年，林被判刑六年）。

十月，基隆地检署与国防部军事检察署共同侦破国防部军备局采购工程弊案（至少二十项重要军事土木、营建工程涉及官商勾结，多项重要国防机密文件外泄）。同月，扁回任党主席。

十一月，国防部长李天羽在立法院表示，假如中国发动对台作战，国军单独作战“必败”，不过解放军也将损失超过百分之六十以上的侵台兵力。

十二月，立法院通过“民法继承编”及“民法继承编施行法”修正案，未成年人及禁治产人（因心智丧失或精神耗损，不能治理自己的财产，由法院依法宣告为无民事行为能力的人）改采“强制限定继承”，对于被继承人之债务，其清偿责任以所得遗产为限。同月，台北地方法院就马英九所涉特别费案二审驳回检方上诉，维持一审无罪判决。

二00八年

一月三日，马英九控告负责处理首长特别费案的台北地检署检察官侯宽仁笔录不实，涉嫌伪造文书及渎职。同月，二00八年立法委员选举在首次实施的单一选区两票制下结果揭晓。由于民进党主流派的去蒋化运动不合民意，在立法院的一百十三席中，国民党获得八十一席，民进党仅获二十七席、无党团结联盟获三席、亲民党和无党籍各获一席。国民党掌握了超过七成的席次。选前，民进党喊出“稳定泛绿基本盘，放眼国会五十席”的口号，然而选举结果遭受创党以来最大的惨败，扁引咎辞去民进党主席职务。同月，谢长廷就任民进党党主席。同月，行政院院长张俊雄宣布内阁总辞，被扁否决。

二月，第七届立法院选举国民党籍王金平、曾永权分别为院长和副院长。同月，扁搭乘军用运输机前往南沙群岛太平岛慰问官兵并主持飞机跑道的启用典礼，成为首位抵达南沙群岛的中华民国元首。同月，总统大选首场电视辩论会于公共电视台举行，并首创公民代表提问。谢、马两人对包括经济、人权、外交、两岸、教育、环境保护和国家认同等议题激烈交锋。

三月，第十二任总统、副总统选举暨全民公投第五、六案投票，国民党的马英九、萧万长以超过七百六十五万票、百分之五十八点四五的得票率击败民进党的谢长廷、苏贞昌，分别当选为正、副总统。同日举行的入联、返联公投因投票率仅约百分之三十六，均遭否决。同月，马英九和萧万长于台北举行国际记者会，马英九呼吁北京当局，台湾人民可以选自己的总统和国会，“希望北京领导人谨记在心”，绝对不要把台湾视同西藏及香港，唯有和平对等，才能化解两岸僵局。同月，谢长廷宣布辞去民进党党主席职务。同月，马英九和萧万长展开“请益之旅”，首站前往拜会前总统李登辉，针对国政事务进行会谈。此次是李、马两人八年后的首次会面。

四月，扁与马英九在台北宾馆会面，并开放一小时时间供媒体采访，另外约半小时进行闭门会谈。同月，马英九宣布由东吴大学校长刘兆玄出任行政院长，国民党副主席江丙坤出任海基会董事长。同月，马萧办公室宣布，自五月二十日以后公立学校、公营事业机关不再悬挂元首玉照，但使领馆、军事单位及政府机关仍须继续悬挂。同月，蔡英文在民进党主席选举中击败辜宽敏，当选为民进党第十二任主席。

五月，甫卸任的扁因涉及国务机要费案，遭最高检察署特侦组列为贪渎被告，此为总统卸任后立即被列为被告接受侦查的首例。

十月二十五日，扁在参加“反黑心，顾台湾”大游行时挥舞“台湾中国，一边一国”的旗帜。

扁政府期间继续实现军队国家化。

扁设立了总统府人权咨询委员会，推动“人权入宪”与“人权修法”。扁政府进一步松绑媒体，尊重和保障民众的知情权，使台湾成为东亚最自由的媒体环境。

虽然台湾民间企业界希望台湾与大陆“三通”，促进两岸经贸交流，但扁出于国安的考虑，觉得有必要降低对大陆的经济依赖，认为政府不该在短期内积极推动“三通”。为了取代“西进政策”，扁提出了“新南向”政策，鼓励台商到东南亚投资。

为了保障农、渔民、妇女、劳工和老人等弱势团体，扁政府先后完成了“法律扶助法”、“就业保险法”、“两性工作平等法”、“大量解雇劳工保护法”和“原住民族工作权保障法” 等的立法。

扁政府陆续完成了基隆河整治工程、北宜高速公路雪山隧道、台湾高速铁路和台中清泉岗国际机场，改善了大高雄地区的饮用水，兴建了高雄捷运系统。扁筹建了国立故宫博物院嘉义院区以平衡南北资源。他努力发展台湾各地的特色文化，如屏东东港的鲔鱼祭、垦丁的风铃祭和台南白河的莲花节等。他成立了行政院客家委员会，设立了客家电视台、客家文化园区、客家学院以及原住民电视台等。他促进台语教学，在教科书上增加本土史地篇幅。

扁在外交政策方面积极与大陆打邦交国争夺战。台湾的邦交国的数量从扁上台时的三十一个减少了马其顿和利比里亚等八国，同时恢复了与基里巴斯、瑙鲁和圣卢西亚三国的外交关系。

扁政府以金援外交维持邦交国，这种机密预算的运用产生了诸多弊端，在中美洲引发了多名总统收受台湾非法献金的调查案。二00六年至二00八年间，台湾外交部与巴布亚新几内亚洽谈建立外交关系，但在台湾官员与巴新官员商议多次以后，判定巴新无意建交，因此外交部部长黄志芳要求仲介者金纪玖与吴思材退还暂存两人帐户的外交款项约三千万美元，这些秘密款项是原定建交后给予巴新的援助款，但是被金、吴两人侵吞了。台北地检署经过调查，因为没有任何金钱流入有关公务员的帐户，据此认定参与其事的黄志芳、国安会秘书长邱义仁和国防部副部长柯承亨等未涉及侵吞，以不起诉结案。不过监察院认定黄志芳处理有所缺失，进行了弹劾，导致黄志芳下台。

由于扁任期内两岸关系紧张以及美国小布什（G.Bush）政府不支持台独立场，扁在美国的过境地点从二00一年五月过境“最高级别”的纽约以及高规格的接待，到二00六年美国只允许过境阿拉斯加（Alaska），且没有接待，致使扁临时决定放弃过境美国，专机半途甚至发生了找不到降落地点无法加油的窘况，被戏称为“迷航外交”。扁最后一次出访中南美洲时，干脆排除了过境美国的计划。美国将扁归类为“麻烦制造者”。据说小布什非常讨厌扁，二00八年三月在白宫内阁一次会议上讨论亚太事务时，他甚至骂扁是“狗娘养的”（Son of bitch）。

扁在卸任前多次表示，卸任后将当终身的志工，并且排定了许多志工行程。不过在卸任总统职务后的一小时（当天上午十点），扁就因国务机要费案遭最高检察署特侦组列为贪渎被告并传询，此后官司缠身，再无暇他顾。

二00八年扁家卸任前最后一次财产申报时，有财产八块土地、四处房产以及存款六千二百十五万元，另外还有吴淑珍的钻石手表、戒指和项鍊等十五件总价五百三十万元。

扁曾因为财产申报不实被处罚金四十四万元。

扁家弊案

二00八年八月，《壹周刊》刊文称扁通过儿媳黄睿靓将巨款汇到美国。扁随即通过律师出面否认，并声称扁家财产早已经信托（由信托公司代为管理），不可能汇出国外。同月十四日，国民党立法委员洪秀柱举行记者会，出示瑞士检方因黄睿靓在瑞士以其个人与公司的名义所设立的四个帐户有洗钱嫌疑而遭冻结、请求台湾提供司法协助的公函。扁迫于压力，召开记者会承认:“我做了法律不允许的事。”而洪秀柱再次举行记者会，揭露扁称他于二00八年初才首次得知其历来的选举剩余款并未诚实申报的陈述不符事实，吴淑珍暗中早将他自一九九六年起共四次的选举结余款汇往海外帐户。扁坚称所有资金皆是政治献金，并非贪污。同月，扁声明退出民进党。十一月，最高法院检察署特侦组侦办扁家海外洗钱案与国务机要费案，传唤扁到案，在问询五小时后申请羁押，台北地院随即裁定扁收押禁见，扁成为中华民国历史上卸任国家元首遭收押之首例。十二月，扁家洗钱案、国务机要费案、南港展览馆弊案和竹科龙潭园区购地弊案侦查终结，最高检察署特侦组以贪污、洗钱等罪嫌对扁、吴淑珍夫妇在内的十四名被告提起公诉，并向法院请求对扁量处“最严厉之刑”。同月，台北地方法院驳回最高检察署特侦组对扁的延长羁押申请，裁定当庭无保释放。同月，由于台湾高等法院于日前撤销了台北地方法院对扁当庭无保释放的裁定，台北地方法院重开羁押庭，历经十二小时三十分的审理，于凌晨两点三十分裁定收押但不禁见。

二00九年二月，台北地方法院审理扁家弊案，吴淑珍在儿子陈致中的陪同下，在睽违七百八十七天后出庭应讯，并承认部分罪行。同月，台北地方法院传唤扁出庭应讯。扁在庭上批评检方办案立场不公，并对前总统李登辉、时任总统马英九等蓝绿政治人物不断爆料，而对于检方指控的各项罪行则全盘否认。三月，扁羁押期限届满，台北地方法院驳回其提出的撤销羁押申请，裁定再延押两个月。

扁被羁押于台北土城看守所。法务部允许扁在事前经过所方审查的条件下，为《台湾时报》与《壹周刊》定期投稿。据说扁是岛内最赚钱的囚犯，他单靠给《壹周刊》写专栏就能月入八万元。

二0一0年十二月，扁因龙潭购地弊案和一0一卖官案分别被判刑十一年和八年定谳，发监至台北监狱服刑，成为中华民国第一位因罪入狱的卸任元首。