“六四”事件发生后，方励之夫妇被美方人员秘密送往美国大使馆，匿居长达十三个月。为安全起见，方氏夫妇的藏匿之处极为隐密，整个大使馆只有六人知道。大陆公安部门曾考虑突袭使馆，劫走方励之夫妇，过程惊险而一触即发，直到季辛吉访中和邓小平反复交涉，才使案情逐渐明朗。
这段内情最早披露于美国驻北京前大使李洁明的回忆录，去年美国前国务卿季辛吉在其新著《论中国》中又有专章论及于此，加上方励之对该书的评论，透过此三方佐证，基本还原当年整个事件的原貌。
“六四”发生前，方励之夫妇曾主动投靠美国大使馆，但被使馆劝离，而被迫躲进建国饭店内一名美国记者的房里。后来，华府和美国国务院改变心意，在六月五日晚上十一点，派使馆政治参赞薄瑞光（现任美国在台协会理事主席）等进入饭店，带走方励之夫妇与其子三人，趁黑冲向附近待命的面包车，急速驶离。
进入使馆当晚，方氏三口暂住一间储藏室。不料，美国白宫发言人泄漏天机，李洁明吓了一跳，赶忙另辟一处安置方家，严防使馆内中国籍职员的不轨。地点在官邸后方、医护室的后头，紧邻使馆外的中共武警岗哨加以改装，任谁也想不到。
最紧张的一段时间在一九八九年六月底至七月初，美国中情局香港情报站截获，大陆公安考虑动用突击队，冲进使馆劫人。李洁明紧急回报国务院警告中国驻美大使韩叙，中方若轻举妄动，美中关系就不用谈了。
季辛吉在书中回忆，十一月初他到北京与邓小平达成一项交换条件，北京驱逐方励之，换取华府解除对中国的经济制裁。方励之则说，他看过所有的会谈要点，发现邓小平在制裁的问题上“似乎没有说得很清楚”。邓只说，要“一次”解决这个问题，是否包含放人和解除制裁，并不清楚。
方励之认为，邓小平应该和季辛吉说过，中国有两个条件，一是解决制裁问题，恢复对中国贷款；二是美国必须邀请江泽民访美。同时邓要美方要求方励之写悔过书，誓言赴美后不做任何反中言行。
美方听了很为难，首先驱逐方励之和解决制裁不能混为一谈；悔过书美方不能要求方励之写，哪有主人要求客人写悔过书之理？方励之知道后表明愿意写，因为他太了解中共的“自我检讨文化”，此非美方人士所能了解，从而化解难题。
其实双方并未完全谈拢，但最后“还是那样解决的”。根据方励之说法，当时​​日本说愿意出面，条件是中国“放人”（方励之全家），日本就恢复对中国贷款（即解决制裁），约五十多亿美元。全案最后由此落幕。