坚持二元人论的神学家多声称，圣经上从来没有明确说过三元人论。这种批评是不必要的，因为圣经上也从来没有说过二元人论。原因很简单：圣经给出的是有机整全的真理，而无论二元人论还是三元人论都不过是多少有些机械性的理论模型。由于人认识能力的有限，我们须借助一些简化的理论模型作为认识工具。坚持什么样的理论并不具有根本的重要性，重要的是我们能否更准确均衡地把握神话语的含义。正如有的主内肢体喜欢神学，有的不喜欢神学，这都不是最重要的；因为我们的目的不是神学，而是神的话语。信徒的道路不是按是否学神学或坚持什么样的神学来区分，而是按圣经的基要真理和人在真理上对基督的信心(即生命)来区分。

很多人认为三元论的主要根据是《帖撒罗尼迦前书》5:23“愿赐平安的神亲自使你们全然成圣！又愿你们的灵与魂与身子得蒙保守，在我主耶稣基督降临的时候，完全无可指责！” 和《希伯来书》4:12“神的道是活泼的，是有功效的，比一切两刃的剑更快，甚至魂与灵，骨节与骨髓，都能刺入、剖开，连心中的思念和主意都能辨明。”反对三元人论的人则引用《马太福音》10:28证明圣经把人分为身体和灵魂两个要素：“那杀身体，不能杀灵魂的，不要怕他们；惟有能把身体和灵魂都灭在地狱里的，正要怕他。”也有人根据《传道书》12:7 “尘土仍归于地，灵仍归于赐灵的神”  推出人是由身体和灵构成的。这样断章取义式的研究方法都忽略了圣经的有机性，忽视了圣经与神学理论的本质不同，因此不可能得出有意义的结论。

我们这里结合圣经中有关人认识的取向性来看灵与魂的区分会给读经带来什么样的益处。注意，我们的目的不是打什么理论旗帜，而是为了读神的话。三元模型的要点是将灵与魂分开：灵代表客观，面向本质界，不依赖与眼见（或观察）和经历；魂代表主观和人的自主性，面向现象界，依赖与观察和经历。这样的区分可以使我们深入理解有关的经文。

首先，据作者有限的考察，亚当在犯罪前后暴露出的不同认识能力的取向，似乎并没有引起释经家们足够的注意。亚当犯罪前对女人（夏娃）受造过程的认识，是明显不依赖观察的。女人受造时，神使亚当沉睡；但当女人被造出来，亚当立即准确地说出她的受造（《创世记》2:23）。这说明，在基督（真理）里的可知本质，没有犯罪的人是可以在灵里直接认识的，并不依赖眼见。相反，当人犯罪后，自主的分辨善恶能力却是必须依赖经历的：亚当没有吃分辨善恶树的果子以前，看不见吃了那果子后的女人身上的罪；只有亚当也有了犯罪经历后，才能分辨善恶[1]。这样一对鲜明对比告诉我们，人认识能力有的两种不同取向：一种是面向客观真理的，不依赖观察和经历；一种是自主的，必须依赖观察和经历。这也就是灵和魂的区别。另外，三元人论在形式上与上帝造人时所说的三次话以及伊甸园中树的三种功用十分漂亮地符合[2]。

其次，《撒母耳记上》中给我们看到撒母耳和以利、大卫和扫罗的对比也反映了这两种认识取向的截然不同。老年以利有在神里面的经历，却听不懂神借先知说的话，也听不见神对撒母耳说的话；童子撒母耳没有经历，却能听见并且明白神的话。扫罗极其聪明、被膏立时又有很多属灵的经历，却仍不能认识神的心意；大卫被膏立时没有这些经历（至少圣经没有说）却真认识神。圣经中这样的例子可以找到很多。所以，《希伯来书》11:1说：“信是所望之事的实底，是未见之事的确据”，以此指出灵里的信是不依赖眼见的认识能力。