除了破坏行动，蒋介石集团还指挥特务部门在新中国成立前夕进行了大规模的屠杀行动。屠杀的重点是重庆白公馆、渣滓洞和新世界集中营等监狱关押的人员，其中，大部分是共产党员和进步人士。
　　1949年11月，蒋介石由台湾到重庆，命令毛人凤将关押的革命进步人士速予屠杀；违纪的军统分子，案情轻微的予以释放，严重的并与屠杀。毛人凤接到命令后，派保密局第六处副处长徐钟奇到重庆清理该所人犯，除释放大部分违纪的军统分子外，最后报蒋介石批准屠杀的共30余人。毛人凤接到蒋介石的批示后，令陆景清于同月25日执行屠杀。据郭旭回忆，这次屠杀共杀死36人，“是于25日集中在一间房子用机关枪射杀的。个别没有射死的再用手枪补杀死了”。
　　渣滓洞看守所在重庆解放前夕实行了两次大屠杀，一次是1949年10月底，一次是11月27日，共屠杀了140多人。
　　第一次屠杀了革命人士42人。这42人都是中共干部及党团员，有工委、市委、地委、县委、工运及军事方面的负责人。这些革命人士，是于1948年春由重庆绥靖公署第二处处长徐远举和保密局重庆站站长吕世琨合作搜查《挺进报》，破坏了中共重庆市委地下组织，由于中共重庆市委书记刘国定的叛变而被捕的。其中交由重庆警备司令部在大坪公开屠杀的有濮华辅、邓兴邦、江竹筠、陈然等10人，秘密屠杀的有刘国志、王濮等32人。
　　第二次屠杀了100人左右。徐远举派西南长官公署第二处所属的行动总队副总队长钟铸人会同渣滓洞看守所所长李磊及看守长徐贵林等执行。郭旭对屠杀时的场景进行了回忆：“先将该所判处死刑的人犯集中在一间大房子内，将铁门锁上，用机关枪扫射屠杀，然后用汽油将那所房子焚烧了。……当机关枪扫射时，被屠杀的烈士们，有的高呼‘共产党万岁’，‘毛主席万岁’；有的当时没有被打死的被火烧死了，惨叫之声，不绝于耳。连刽子手钟铸人都说：‘在战场上和敌人打仗，因为怕被敌人打死，开机关枪时越打越起劲；在渣滓洞用机关枪射扫人犯，看到他们手无寸铁，乱窜惨叫，心里实在有些难过。但是上面的命令，只好昧着良心指挥他们扫射，这个玩意真不好干啊！’”

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　　新世界看守所原关押犯人150余人，1949年11月间，经蒋介石批准判处死刑的革命人士30余人。11月26日，毛人凤指使保防处处长周养浩将这30余人押赴中美合作所旧址内的松林坡进行了屠杀，屠杀后即在那里挖了一个大坑掩埋。
　　以上所述是新中国成立前夕国民党特务进行的大规模屠杀行动。除此之外，国民党还对进步人士进行了大规模的暗杀行动。1949年初，蒋介石、毛人凤炮制出一份暗杀名单。在这张名单上，蒋介石的政敌--李宗仁、龙云、白崇禧、黄绍竑、刘斐、李济深、李任仁、宋庆龄、张学良、杨虎城、傅作义、何思源、陈仪等人都榜上有名。一时间，国统区暗杀行动连绵不绝，人人自危。下面以杨虎城、杨杰等人被暗杀为例，对蒋介石集团在这一时期实行的暗杀行动作一简要说明。
　　蒋介石因为杨虎城在西安事变中对自己实行软禁而对杨虎城恨之入骨，西安事变后即逼杨出国，杨虎城被迫流亡欧洲。1937年七七事变爆发后，杨虎城携眷回国，准备共赴国难。但是，一到国内，就遭到蒋介石囚禁。先是囚禁于贵州息烽，抗战胜利后迁往重庆。1949年，李宗仁担任代总统后，为了向共产党表示和谈的诚意，曾下令释放杨虎城。但是，由于没有蒋介石的同意，该命令无法执行。李宗仁打电报给重庆市长杨森，但杨森推说毛人凤不在重庆，因此不知道杨虎城在什么地方。“其实杨森不但早知道杨虎城在什么地方，并且还经常同他见面。杨森怕事久多变，便建议将杨虎城暂迁别处。”在这种情况下，杨虎城被迫转往贵州。1949年8月，蒋介石杀杨虎城的决心已下。他对毛人凤说：“今天之失败，是由于过去杀人太少，把一些反对我们的人保留下来，这对我们太不利了！”当毛人凤向蒋介石请示杨虎城如何处理，是否解送台湾时，蒋介石毫不考虑地回复：“留了他做什么？早就应该杀了！”但他嘱咐毛人凤，应当把杨押回重庆，秘密杀害，不能让外人知道。毛人凤接到指示后，秘密将杨虎城运往重庆。他们杀害杨虎城的办法及过程极其残忍。
　　(杨虎城)等下车后，两个特务搀扶着杨走上三百多级石阶到戴公祠去。他的儿子杨拯中双手捧着母亲的骨灰盒，也被两个特务挟持着一同上去。……杨氏父子到达目的地，又被特务分别引向左右两边的正房。这一切布置，使杨很感惊疑。特务们这时最怕这位20多岁的杨公子会有所反抗，决定先解决他。当他刚一踏进室内，预伏在门后的特务便用利刃插入他的胸膛。他惨叫了一声“爸”，正要挣扎，便被特务们连着几刀刺倒在地。杨虎城听到儿子的叫声，心知有异，在这山雨欲来风满楼的惨景中，老先生(这是特务们对他一向的称呼)爱子心切，想转身去看个究竟。刚一调头，刽子手的利刃已刺进他的腹部。他大声叫了一声“哟”，痛极倒在地下。凶手将他们再补上几刀后，认为没有问题了，便向山下奔去。
　　1949年8月，蒋介石将暗杀的矛头指向了民革成员杨杰。暗杀行动由毛人凤布置。毛人凤命令当时的国民党国防部驻云南特派专员兼保密局云南站站长沈醉具体执行。据沈醉回忆，当时，毛人凤发给沈醉密电，内容大致是说：奉蒋介石面谕，杨杰正在大肆活动，替民革拉拢国民党军队的高级将领，务必先将此人除去，以免后患。限三天内务必执行，否则按团体(即军统组织)纪律严惩。沈醉接到命令的当天下午，就召集几个专搞暗杀的特务在家中秘密商议，指示他们于当天晚上将杨杰杀掉，并确定了具体方案：“第一个方案是：在杨杰晚上回家经过我家对面大草坪时，在那里靠近他，用无声手枪朝他头部射击。因为草坪中间路灯照不到，先等在那里，可以清楚地看到杨杰从亮处走过来。他身体相当胖，走得很慢，特务们都认识他，不会弄错。只要击中了就无法抢救，因为弹头内填进了毒药。第二个方案是：他若当天晚上不出去，便到他家中去狙击。他家的情况我们很清楚，只有一个副官、一个司机和一个厨师，还有一个十多岁的女孩。不论是敲门或越墙进入，都可以从容对杨杰进行狙击，附近的邻居都是高墙独院，谁也不会来管。”
　　凑巧的是，这次秘密商讨被沈醉的母亲听到，她极力反对沈醉的暗杀行动。在母亲的压力下，沈醉不得已，通知其他几个具体执行者，暂不执行暗杀计划。此时，杨杰已发觉自己处境危险，在朋友的帮助下，于9月9日逃离云南，飞往香港。但是，蒋介石并没有因为杨杰的逃离而放过他，发过一通脾气之后，又派保密局行动处处长叶翔之率特务韩世昌等四人赶去香港实施暗杀行动。到达香港之后，叶翔之等人事先伪造了一封杨杰朋友--李宗理的介绍信，让特务拿到香港杨杰住处，借送信之名，骗杨杰打开房门，从而顺利入室。趁杨杰低头看信之际，特务使用手枪向他头部连开两枪，将他击毙。

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　　“多行不义必自毙。”国民党政府是要为他们在1949年前后的这些独裁、专制、违反历史潮流的措施付出代价的。1950年，蒋介石在一次谈话中说到：“是我们自己打败了自己。”这也算是蒋介石对自己错误的一次反省，只是为时已晚矣。