中国人民解放军第49军的前身是东北军区第12纵队。该纵队是抗战胜利后新四军第2、第3师、山东军区进军东北的部分部一队发展起来的。

　　1945年9至12月，由新四军第2、第3师和山东军区调往东北的一部分部队，参加了当年冬至1946年10月的剿匪作战，并建设根据地，不断发展壮大。以这些部队为基础，11月组建东北民主联军独立第2师，1947年4月组建独立第4师，5月组建独立第5师。5至6月，独立第2、第4师参加东北夏季攻势的磐石和鸟拉衔等战斗。9月至1948年3月，3个独立师在东北秋季、冬季攻势中，合编成东北人民解放军第12纵队，钟伟任司令员，袁升平任政治委员，熊伯涛任副司令员，陈志芳任政治部主任。3个独立师依次改称为该纵队下辖之第34、第35、第36师。纵队编成后即开展新式整军运动和军事练兵。6月，执行围困长春国民党军的任务。长春和平解放后，参加辽沈战役，在沈阳地区执行外围作战任务，配合友邻部队攻克沈阳。

　　1948年11月，根据中央军委关于统一全军编制及部队翻号的命令，第12纵队改称中国人民解放军第49军，钟伟任军长，袁升平任政治委员，熊伯涛任副军长，陈志芳任政治部主任。第34师改称第145师，温玉成任师长，谭友林任政治委员；第35师改称第146师，王奎先任师长，栗在山任政治委员；第36师改称第146师，沈启贤任师长，王建中任政治委员。东北野战军独立第13师调归该军建制，改称第162师，王兆相任师长，陈德任政治委员。全军5万余人，隶属东北野战军。12月至1949年1月，参加平津战役，第145师配属兄弟部队攻克天津，军主力解放塘沽，尔后第145、第146师担负天津守备任务。3月，该军编入第四野战军第13兵团建制。4月，向华中、华南进军。8月，第162师调归湖南军区建制。9至10月参加衡宝战役。11月由湖南邵阳地区进军广西，担负接收城市和维护交通安全任务。1950年1月，所属3个师依次兼平乐、柳州、桂林军分区，部队参加剿匪作战。4月，军部与广西军区领导机关合并，所属3个师归广西军区领导，第49军番号撤销。1951年7月15日，以第154师师直为基础又扩建为第49军军部，原辖之3个师归建，原兼各军分区，归广西军区领导。