润涛阎的小天地

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颜宁博士无法反驳的第五个事实

(2019-07-08 09:47:50) 下一个

葡萄糖载体的工作机理与动态模型不是颜宁团队首先发现的,而是由Yan/Maloney发表在1993年《细胞》(1993,Cell 75:37 ) 和1995年《美国科学院院报》(1995, PNAS 92:5973)。颜宁团队在2014年《自然》发表的文章只字未提前人同样结论的文章。然而,事实胜于雄辩。让我们逐一解剖:

 

1.颜宁团队与Yan/Maloney研究的葡萄糖载体蛋白是同一家族,属于MFS family,亦称 uniporter-symporter-antiporter family,都是由12个穿膜螺旋构成。参见权威综述分类 Microbiol Mol Bio Rev. 1998, 62:1-34。在这个地球上,不论载体有多少家族,揭开葡萄糖载体机理模型的只有两家,而且研究的都是在同一家族,得出的结论也是同样的。就好比哺乳动物的血液循环系统,只有一个机理模型,因为都是由一个心脏和血管构成。同理,所有的葡萄糖载体只有一个机理模型,如果哪天某人发现了另一机理模型,那他就是在我们的研究基础上的再次突破。

 

2.葡萄糖载体工作模型与机理

葡萄糖分子以及其它糖分子如何进入细胞膜?喇叭口朝外-朝里转换模型是1966年从钠离子泵的工作原理推理出来的(Jardetzk,1966 ,Nature 211, 969-970)。然而,葡萄糖载体的工作模型是否真的与钠离子泵的工作模型一致,需要科学证明。就好比CFTR根据蛋白质二级结构判断不是离子通道,而是载体;而在1992年在《细胞》发表的论文用活体蛋白科学试验证明它就是个氯离子通道。葡萄糖载体到底是怎样把葡萄糖载入细胞,必须有试验证据证明才能确定。

 

Yan and Maloney 找到了与6磷酸葡萄糖分子在大小、形状、电荷都类似的探针:PCMBS 分子。根据逻辑推理,如果葡萄糖载体的工作机理与钠离子泵一致,那这个探针便可通过“半胱氨酸扫描”的方法测得:至少有一个区域,在这个区域里的半胱氨酸突变可以从细胞膜的两边被探针接触到;同时必须有至少另一个区域:在这个区域里的半胱氨酸突变只能从细胞膜的一边被探针接触到。我们用活体蛋白试验证明:葡萄糖载体蛋白的工作模型属于“喇叭口旋转一次带入一个葡萄糖分子”的工作机理,亦称“乒乓模型”,这与通道开关一次便有1000-1百万个底物进入的模型完全不同,而是与钠离子通道的工作原理一致。

 

颜宁团队2014年发表在《自然》的论文图5,看上去比Yan/Maloney 模型似乎复杂了一些,其实是一回事。就是来回都多了个中间型。在颜宁博士新闻直播上的截图可看出二者是一模一样的:

 

3.葡萄糖载体分子详细的动态模型

我们扩大了“半胱氨酸突变扫描”技术的应用范围,把一葡萄糖载体蛋白(uhpt)的氨基酸逐一突变。发现第VII螺旋最具代表性。根据探针扫描,我们得出了“螺旋轮”---葡萄糖载体详尽的动态模型。这个模型表明:葡萄糖载体蛋白在细胞膜里的部分分为三个区域(A、B、C). 区域A和C,探针只能分别从细胞膜的一边接触到;而区域B,探针可以从细胞膜的两边穿过。该B区域的长度是17A(埃),就是葡萄糖分子与载体的结合部。这就像一个跷跷板,当喇叭口朝外时,细胞膜外面的葡萄糖分子进入到此区域,立刻引发载体分子的变形,变成喇叭口朝内,葡萄糖分子进入细胞。这是通过活的蛋白测出来的结果。而颜宁团队无法用活体蛋白任何方法测得活的蛋白是如何变形的,只能是靠结晶了的蛋白通过X光衍射解构然后推理出来其动态模型。

 

下面是图片比较:

 

 

4.Yan/Maloney 模型是最早的葡萄糖载体工作模型

在葡萄糖载体领域,Yan/Maloney 模型早被广泛接受。比如,Dr. Milton Saier, Jr. 在他长达34页的综述里给出Yan/Maloney的发现是该家族(颜宁团队与Yan/Maloney 研究的载体家族)“最详尽的动态模型”,英文原话: “The best characterized members of the family are UhpT and GlpT, both of E. coli, for which detailed topological models have been presented (29, 90, 91). 其中第90,91就是我们分别发表的《细胞》与《美国科学院院报》论文。我们的试验是用活体蛋白做出来的,虽然其方法是我们自己首创专门用于探索载体蛋白的工作机理,然而,其结果是任何实验室都可以重复的。到目前为止,还没有任何报道批评过我们的论文,更不存在否定我们的结论,包括颜宁团队在《自然》发表的结论也跟我们的结论完全一致。

 

以上的内容,润涛阎在旧作里谈论过。今天介绍的是颜宁博士忽悠了她论文审稿人的第五个事实:

 

5.到底颜宁团队通过X光衍射结晶蛋白能否推理出动态工作模型

我们通过逻辑判断可以得出:葡萄糖载体的工作模型只能靠研究活体蛋白而得出,通过结晶了的不动的蛋白无法推理出其动态模型。这从颜宁团队在2012年发表在《自然》杂志的论文所证实: "Crystal structure of a bacterial homologue of glucose transporters GLUT1–4. 2012,Nature, 490:361". 

 

在这篇论文题目里,我们得知,其研究对象就是人体葡萄糖载体在细菌细胞的“同系物”homologue,用文科生的说法就类似于“双胞胎”。在该论文里,通过X-光衍射得出了该葡萄糖载体的结构图。然而,并没有从解构过程中推理出动态的工作模型。

 

然而,在一年多后投给《自然》的论文里,颜宁团队解构了同一个蛋白在人体的“同系物”,用同样的方法,得出的结构也一样,最大的不同是:推理出来了动态的工作模型。此论文的题目是:“Crystal structure of the human glucose transporter GLUT1”不仅内容一样,得出的结论一样,就是题目也一样,研究的是同一个蛋白的“同系物”。可2012年的研究表明:通过解构结晶了的蛋白没推理出其动态工作模型,2014年的研究表明:通过解构结晶了的蛋白推理出来了其动态工作模型。

 

是否能推理出动态的工作模型,可不是小事,因为它揭开了“半个世纪之谜”啊。这么重要的大事,为何在2012年的论文里就没有呢?如果这是纯粹的科学问题,那在2014年发表的论文里应该给出为何在2012年的论文里就没有推理出动态工作模型的解释。不给出解释,必然有隐情,那必然已经超出了科学范围了。

 

那我们就有必要探讨:“在这两篇论文期间发生了什么?”

 

在2012年颜宁团队发表论文时,约翰霍普金斯大学的 Peter Maloney 教授还活着。

 

如果通过X光衍射的方法给结晶蛋白解构便可推理出葡萄糖载体的动态工作模型,那在2012年的论文发表前,颜宁团队就推理出来了葡萄糖载体的动态工作模型。只是不能发表出来,因为Peter Maloney教授看到颜宁团队发表了的葡萄糖载体动态工作模型跟Yan/Maloney 模型一模一样,那就导致Peter给《自然》杂志写信讨还公道的结果。害怕此事发生,颜宁团队在论文参考文献里就必须给出 Yan/Maloney 发表了的论文。那就等于颜宁团队用不同的方法验证了Yan/Maloney模型的正确性。如果这么做,颜宁团队觉得吃亏,所以,就忍痛割爱干脆不发表这个模型了。

 

如果上述逻辑推理与事实不符,那就表明通过晶体解构无法推理出葡萄糖载体的动态工作模型,那2014年发表的结论就是照抄剽窃了 Yan/Maloney 模型的知识产权。

 

那到底二者哪一个是真的?颜宁博士能否给个解释?

 

站在颜宁团队的立场来辩护,唯一的解释是:颜宁团队在2012年发表论文时没想到“破解半个世纪之谜”(颜宁博士的自评价)这一重大发现---推理出葡萄糖载体的工作模型,而是在第二篇《自然》论文的研究阶段突然间想到了这一重大课题,也就推理出来了其工作模型。

 

从科学上讲,此说法是站不住脚的。因为这就涉及到颜宁团队在清华大学时能否看到 Yan/Maloney 发表的模型。根据国内网友提供的资料,润涛阎早期的预测:“由于防火墙的原因,颜宁团队在国内无法读到《细胞》和《美国科学院院报》文章”是错的,在国内能读到PUBMED上所有的论文。而且颜宁团队发表在《自然》的文章参考文献里基本上都是国际刊物发表的文章,表明颜宁团队在研究葡萄糖载体的那一刻就读过Yan/Maloney 模型,只要智商不是只有80的天生低能儿,那他就一定想到根据自己的解构结果推理一下此方法得出的结论是否与 Yan/Maloney 模型一致,毕竟研究的对象属于同一载体家族,揭开的是同一世纪之谜,而研究方法不同。如果结论不一致,那就推翻了 Yan/Maloney 模型,意义同样重大,甚至更重大,就没有不揭开谜底的道理。

 

事实是:约翰霍普金斯大学的Peter Maloney 教授去世于2013年12月12日,颜宁团队第二篇《自然》论文寄给杂志时是Maloney教授去世后。颜宁博士第二个可能的解释是:这是巧合,因为颜宁博士从未在约翰霍普金斯学习工作过,不会了解Maloney教授的身体状况。这解释是否与事实相符?我们只看事实,那就是:在Maloney教授活着身体健康的2012年,颜宁团队发表的文章没有推理出葡萄糖载体的工作模型,对工作模型只字未提。只是在Maloney教授去世后,颜宁团队用同样的方法解构了同一蛋白的“同系物”便得出了工作模型,而且与 Yan/Maloney 模型一模一样。这一现象被网上看不惯“害怕洋人,只对自己人下手”的网名“淡黄柳”给予了严厉谴责。他谴责的对象可不是颜宁博士,而是润涛阎。本来润涛阎一直给颜宁女同胞留着面子,看到“淡黄柳”颠倒黑白指鹿为马的帖子,润涛阎才决定把真相写出来,让读者清楚到底谁害怕洋人、只对自己人下手。

 

网上有“爱国同胞”指鹿为马,站在颜宁博士一方,理由是:站在颜宁一方就等于站在中国政府一方。这假设是错的。中国政府绝不会愿意付巨资资助这类欺骗政府欺骗人民大众的所谓的“破半个世纪之谜”的旗舰级科学家。不信?哪位网友把我这篇文章发给清华大学领导层,看看他们会不会罔顾事实而为颜宁团队辩护。

 

在全国直播的电视专题节目上,颜宁博士对她的一位学生公开羞辱,说那位学生如果不退出“破解半个世纪之谜”(而事实上葡萄糖载体如何把葡萄糖载入细胞是远超过一个世纪了的疑问,属于世纪之谜。而颜宁博士自降身价,意思是说:X光解构有半个世纪了,而只有通过X光衍射得出的结论才算数,暗示她读过润涛阎的论文,但不算数)重大发现的研究课题,便是2014年发表在《自然》论文的第一作者。她的意思是那位学生对该研究的重要性没看到,等于目光短浅。而在润涛阎看来,那位学生明白“正义从不缺席,只是时间早与迟”的道理,没被眼前的名利所迷惑,而做出了宁肯退出来去它处谋生也不参与此项“研究”的决定。当然也有另一可能:该学生通过翻墙读过润涛阎的文章,了解润涛阎的为人,便不愿意“专对同胞下手”宁肯放弃在科学方面的前程。道理很简单:就差几个月的时间就成为“破解半个世纪之谜”的论文第一作者,如果不是有被揭穿的忧虑,清华大学的博士生不能判断出此论文的重要性,是不合常理的。总有一天,被颜宁博士在电视上公开羞辱过的那位学生会讲出真相。

 

Maloney教授在2013年夏天身体感觉不适,最后确诊得了胰腺癌。这是“癌症之王”,只有几个月的存活时间。

 

润涛阎讲一个非洲大草原上的故事:

 

草原上有一头狮子。她看到了早已离开此领域二十多年、在水边优哉游哉的一头老水牛,便想吃掉这头牛。有一个障碍:在此狮眼中有一老虎,是这头牛的保护者也是利益共同体。要等到这老虎死去才能吃掉这头牛。问题是:此狮从未到过该老虎所在的虎山。然而,有一种可能:这狮子并非想过要吃掉这头水牛的事,而是身后有一公狮出谋划策,这一公狮在虎山待过,时时刻刻打探这老虎的身体状况。“虎视眈眈”这个成语在此不适用,可也没有“狮视眈眈”这个词可以借用。其战略眼光和“恰似猛虎卧荒丘,潜伏爪牙忍受”的耐心还是值得称赞的。润涛阎这头水牛善良的一面你可以利用,然而,你我都没想到水牛也会在网上被狮子的拥趸们激怒。

 

真理越辩越明。我们有的是时间。因为正义从不缺席,过去不会,现在不会,未来也不会。科学家搞的是科学,那就是求真。享受求真的乐趣,是科学家的本能。如果把三十六计带入科学领域,那是对科学的亵渎。想玩“老虎不在了便可吃掉水牛”的把戏,又前后自相矛盾,被揭穿是早晚的事。想当狐狸就无法不露出尾巴,何况这么大的漏洞,能骗得过润涛阎?你我搞的是同一家族的葡萄糖载体蛋白,这你无法重新定义;你我搞出来的结论是一致的。如果不一致,那你一定引用我的论文而把我彻底批倒批臭。你不能今天用另一方法证明了牛顿二项式,你就指着黑板上的公式对小学生说那是你首先推理出来的。哪怕你的审稿小圈子里的科学家们,迟早也会弄明白你在2012年的论文里推理不出来而在一年多后就推理出来了葡萄糖载体工作模型的合理解释:与Peter Maloney 教授是否在世吻合。

 

因为在逻辑学领域,最害怕的便是自己前后互打嘴巴。你给不出到底“通过X光衍射膜晶体蛋白能否推理出其动态工作模型”的准确结论,因为你自相矛盾。前后不一,必有隐情。你颜宁博士说我是碰瓷,那你说说你前后两篇文章对同一蛋白的homologue解构的方法与蛋白结构都是一样的,为何在Maloney教授活着时你就推理不出来其动态工作模型,为何他一去世你就推理出来了?

 

最后,认识颜宁博士半路退席的那位学生的国内读者,请转达润涛阎对此学生的钦佩之意。历史会站在此学生一边。在名利面前坚持公正原则,是我对此学生半路退出的判断。当然,润涛阎对此只是判断,未必是事实。假如是事实,那历史会给该学生机会以还原被颜宁博士在电视上公开羞辱半路退出的真正原因:不是学生目光短浅看不到这一“研究论文”的价值;而是人家看得远,毕竟公道自在人心。你可以糊弄所有的人一时,也可以糊弄一部分人永远,但你无法糊弄所有的人永远。

 

这精彩故事会在未来被搬上银幕的,告诉后人当代所谓的旗舰级科学家是如何把三十六计用于科学领域成功忽悠了西方科学家们的。

 

网上那些判断中国政府会站在颜宁一边的,才是不懂政治为何物者。当权的人最恐惧的是自己被聪明人玩弄与欺骗,浪费政府的经费倒是其次。这与谁当权无关,与阎颜二人现在都在美国也都是华人无关。

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评论
Dalidali 回复 悄悄话 回复 'old-dream' 的评论 :
我只是把 ""lostman" 和 "格拉斯哥流浪者“, 两位的评论Copy/Paste 到这里,
希望能引起阎先生的兴趣!
old-dream 回复 悄悄话 回复 'Dalidali' 的评论 :
有道理!给中国留下个数一数二的贪腐大家族,周演技高超,绝大多数人民至今没能识破。
青海 回复 悄悄话 老阎对清华简的真伪有什么看法?
Dalidali 回复 悄悄话 回复 'old-dream' 的评论 :

""lostman: "如果是顾顺章的儿子,那李鹏应该为父报仇,怎么反而认仇人为父?李鹏就是周邓之子,周长期地下工作,杀人无数,怕报复在子孙后代,甚至不惜假装收养诸多养子女,以混人耳目,表示自己没有亲生的,周对养子女毫无感情,孙维世说杀就杀,周其实是真影帝,温家宝学得一二"""
-------------
"格拉斯哥流浪者: 瞎扯淡,那泡眼那嘴巴,随小超多,周邓之子无疑。周强王毅,和他同父异母那眉眼神似周。"


old-dream 回复 悄悄话 希望看到老阎写一篇李鹏身世滴博文。
Stegy223 回复 悄悄话 回复'aussier'的评论: “论坛里有毫无逻辑和判断力的愤青,有捣浆糊的和事佬,有支持理解你的拥趸”

还有一抓一把的硕士博士们和偶而进来溜一溜看一看的教授编辑审稿们-...
aussier 回复 悄悄话 很高兴重新看到润涛重新开博,无论什么事情请不要影响自己的判断和决定。

论坛里有毫无逻辑和判断力的愤青,有捣浆糊的和事佬,有支持理解你的拥趸,

出现这样的事情,无须低调含蓄,一次写邮件自然期刊不成功,扩大影响继续呼吁申诉,要个说法,讨回公道。
solo1 回复 悄悄话 阎文的主要问题是太简洁。重要的东西机理的东西可能需要一定的篇幅来铺垫解释。比如,达尔文的论文1858年发表了,但当年林奈学会的主席的年终回顾是今年没有什么革命性的发现。《物种起源》与论文是同样的内容,却引起轰动。
所以,这个科普系列还是有意义的。
Hill_98 回复 悄悄话 阎先生
我一直以为您是奇才 还奇怪为什么您没有去申请那些奖项 现在才明白您的成果被小人窃取了 希望您千万不要再关博客 公道自在人心 我们坚决支持您 不要和那些人一般见识 可以问一下律师解决办法
Nekono_88 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox'的评论 : “哥的不好”猜想,Ins and Outs of Major Facilitator Superfamily Antiporters Christopher J. Law1, Peter C. Maloney2, and Da-Neng Wang1,他们引用Jardetzk,1966的经典文章了吗?
山丘- 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :
你下面那个关于为啥综述文章里没有阎的这两篇文章 阎作了解释 原因就是又给人阴了一道呗 阎老板给那个写综述的老板提供的文章里包含阎的这两篇的 可是那个老板为了某种目的(利于自己申经费)私下删了几篇包括这2??篇...你看又一龌龊事 这世界上有这种事是因为总有追求名利不要道德底线的人 就怕有土壤让这种事越来越多 希望那些是非不分为他们辩护的助纣为虐者好好想想 是否要留给自己的孩子们一个充满龌龊事的世界
山丘- 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :
让你focus 省得你扯得太远
山丘- 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :
以免你又不明白我指的是哪一段话 copy给你如下
“颜宁团队与Yan/Maloney研究的葡萄糖载体蛋白是同一家族,属于MFS family,亦称 uniporter-symporter-antiporter family,都是由12个穿膜螺旋构成。参见权威综述分类 Microbiol Mol Bio Rev. 1998, 62:1-34。在这个地球上,不论载体有多少家族,揭开葡萄糖载体机理模型的只有两家,而且研究的都是在同一家族,得出的结论也是同样的。就好比哺乳动物的血液循环系统,只有一个机理模型,因为都是由一个心脏和血管构成。同理,所有的葡萄糖载体只有一个机理模型,如果哪天某人发现了另一机理模型,那他就是在我们的研究基础上的再次突破
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '山丘-' 的评论 :

就是不管对错,铭记语录?
山丘- 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :
牢记“时不时来看看”网友对你下面说的几句话 理解不了就多读几遍 省得你到处扯 看着都挺累的
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

第一,这与我说的无关。 在老阎老板心中, Yan-Maloney模型, 如果存在的话,在2008年时不应该在综述里引,。

第二,这个在事实上不符. 比如下面这篇植物葡萄糖转运的文章,重点是:既没引阎也没引颜。 按顺序说一下put into perspective: 老阎做了一个细菌的。 小颜做了另一个细菌的。 下面这篇是植物的。 小颜做了人体的。
Molecular Basis of the Glucose Transport Mechanism in Plants
Balaji Selvam,? Ya-Chi Yu,? Li-Qing Chen,? and Diwakar Shukla*,?,?
时不时来看看 回复 悄悄话 SwiperTheFox:

您写下一个相关回贴或博文之前,试试记住下面这段话,能做到倒背如流则更好,中文写的。

颜宁团队与Yan/Maloney研究的葡萄糖载体蛋白是同一家族,属于MFS family,亦称 uniporter-symporter-antiporter family,都是由12个穿膜螺旋构成。参见权威综述分类 Microbiol Mol Bio Rev. 1998, 62:1-34。在这个地球上,不论载体有多少家族,揭开葡萄糖载体机理模型的只有两家,而且研究的都是在同一家族,得出的结论也是同样的。就好比哺乳动物的血液循环系统,只有一个机理模型,因为都是由一个心脏和血管构成。同理,所有的葡萄糖载体只有一个机理模型,如果哪天某人发现了另一机理模型,那他就是在我们的研究基础上的再次突破。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '山丘-' 的评论 :

我只看到老阎兴奋地与老板讨论, 老阎老板很低调. 但低调不等于不给credit. 不能低调地连引都不引. 

如果还有别的关于他老板的话,请指出. 我关注老阎的文章的主要是文中的机理模型结构.
山丘- 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :
这个老阎已经解释了 我都看到了 你对这件事这么关注 不会没看到吧
SwiperTheFox 回复 悄悄话 实在不好意思,希望这是我在这个贴最后一个跟贴了.

下面这篇综述, 老阎的老板是第二作者, 总结MFS Antiporters的机理,Antiporters就包括阎润涛所做的UhpT.

1. 总结了Alternating Access Model的机理. 没引老阎的.
2. 该文引了老阎的老板15篇文章, 没有引老阎的.

对于老阎的老板来说Yan-Maloney模型存在吗?  在相关文章里(综述)老阎老板都不引,能说是独创革新的模型吗?  为什么要其他人引?  

Ins and Outs of Major Facilitator Superfamily Antiporters
Christopher J. Law1, Peter C. Maloney2, and Da-Neng Wang1
时不时来看看 回复 悄悄话 SwiperTheFox:
> 那请问您这句话是怎么来的:“老阎的结论是颜宁剽窃”

这与颜宁骂人碰瓷,神经病在本质上是同一个出处,您去问问颜宁她骂人碰瓷,神经病是哪里来的,您就知道这个“剽窃”是哪里来的。

我贡献了3个回复了,您可以交差了吧?:)
六弦三品 回复 悄悄话 美女不需要翻墙就可以看到国外各类科学杂志,各位可去清华图书馆网页查一下,有从创刊到现在的所有细胞杂志.我以前就说过,国家每年花费大把的钱买几乎所有的重要科学杂志.其中以中科院图书馆,清华北大为最.
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :


那请问您这句话是怎么来的:“老阎的结论是颜宁剽窃”
其实我也没想让老阎收回他的话,就是想把事实呈现出来,不想在这些想象出来的结论上花时间。

还有老阎欣赏的老卡,跟颜宁已经合作了不止一篇论文了。 据清华网站的报道(您也许不信), 50年一说也是出自老卡。


===================================
颜宁剽窃我是第一个说出口的:)您可以去前面的老阎第一或第二篇博客翻。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :
我说了我的结论都提供证据, 这就给你下面这第4点的证据 (我记错了不是老卡说的), 是下面这篇综述:

Forrest Kramer Zielger: The structure basis of secondary active transport mechanisms. 对于晶体结构对机理探究的重要性反反复复地说:
.
1。 Loack of atomic structural data has, for many years, created a frustrating divide between concepts of secondary transport and a molecular understanding of its mechanisms.
2. In general, a molecular mechanism of transport should be based on structural data of, at least, the two alternative open conformations.
3. In the absence fo a struture of the Ci stat of BtAAC1, the structural changes required for the translocation of the substrate also remain speculative.
时不时来看看 回复 悄悄话 SwiperTheFox:

颜宁剽窃我是第一个说出口的:)您可以去前面的老阎第一或第二篇博客翻。


SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

您还是讲理的, 所以耐心讲一讲:
老阎认为小颜剽窃,这是老阎一个人说的。这是一面之词,不是吗? 您说老阎的文章提供了证据与逻辑, 那前提是老阎提的证据是正确的,是吗?

那看看老阎的论据, 好几个问题到都一个个被debunk,比如
1 小颜在文章里就没说她解释了葡萄糖转运机理, 我是因为这才非得看原文的。
2 1966是转运蛋白的通用机理
3 颜宁做了生化实验。
4 他说晶体推不出机理,然而他欣赏的老卡就在综述里说,就是因为缺晶体给机理更近深入的研究造成了障碍
Nekono_88 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 简单说我相信第一作者,你继续根据论文摘要,发你的“哥的不好”猜想,请继续。
时不时来看看 回复 悄悄话 SwiperTheFox:

> 楼下这么多群众, 有多少人看读了颜宁的论文? 有多少人不但批评其文章,而且不提供根据地批评她的实验依据, 更批评她的人品?

您是对的,我就只浏览过颜宁的摘要。不过,读懂她的文章只有两个人是必须的:老阎和颜宁。其他人懂不懂都其次,包括您。老阎的结论是颜宁剽窃,就列在上面。您要他撤掉估计不太容易。

颜宁的人品嘛,她剽窃,骂人碰瓷,神经病。您如何断定她没骂您神经病呢?

您发帖已经是您近期的工作,我回复您是对您工作的支持。我也去看了您的博客,
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 :

重复一遍:我只评价了我读过的东西。 所有的结论都有出处可循。 如果没有根据的,就明说我是猜的。

楼下这么多群众, 有多少人看读了颜宁的论文? 有多少人不但批评其文章,而且不提供根据地批评她的实验依据, 更批评她的人品?
山丘- 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 :
这事刚出来的时候 他在中坛短短几天就发帖上千条 一般人是很难有时间耗得过他的
Nekono_88 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 一个是辛辛苦苦做了多年试验,整理,总结发表论文的第一作者,另一个是只看了论文摘要就已经大发议论两个月,到现在还不读全篇论文的喷喷,让你来选择,你相信谁?
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 :

我不知道你是没看懂脖子粗的话

脖子粗的意思是: 从 C108 到 C438 一共 6个半胱氨酸。 老阎这篇文章只关注办半胱氨酸。 因为实验的原理是利用半胱氨酸对试剂的敏感性测量碱基是否在转运过程中暴露于细胞内或细胞外或两测都有。

有了细胞杂志的基础, 才发展到PNAS的29个突变。 不可能1993年的细胞杂志先做了从101到438的突变(或者整个蛋白的455), 1995年的PNAS 再回来重复做其中的1/10, 还能发表的。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 :

脖子粗的表1表2贴的都是6个突变。 脖子粗也认为只有6个突变。

事实上,你说的跟阎润涛说的也有矛盾。

我也回答阎润涛了,在有更进一步的证据之前,我只能相信脖子粗贴出来的表1表2里的6个突变。
Nekono_88 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 你不是审理《细胞》论文的专家,我告诉你干嘛?“大阎早就回答过你,”,而且脖子粗已经将1993的表一和表二帖出来。你也看到了,还要装傻冲愣,让我再告诉你一遍从一百零几到四百多少。是不是让我送一份1993全文的pdf文件给你?你是什么人?我的学生吗?不收你。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 :
如果是说老阎的“模型”, 他自己在他第一篇博文里用中文描述得很清楚, 我相信他描述准确, 不会出错, 以他自己的对模型的描述为准评论,不是猜的, 我觉得是正当的。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 :

我已经回答过的问题,请针对我的回答问问题与评论。


1 我博文中只提了自己读过的PNAS, 没提细胞杂志一文。本身是没问题的。 而且老阎细胞杂志到底做了啥, 也跟颜宁一文里到底有没有生化实验无关。


第二, 如果细胞杂志象你说的那样,做了包括PNAS的突变并向象他说的那样做了符合实验原理的实验, 他也不用做后面PNAS的跟进了。

第三,至于后来为了回答你的问题不得不去猜老阎的思路, 该说猜的时候就说猜,没有说过分的话。后来又引用读过的网友的帖子更正猜错的内容。 更重要的是,这些是符合阎的实验原理的。 你既然可以看到全文,可否告知到底从哦你一百零几做到四百多少吗?





Nekono_88 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 你是搞科研的吗?怎么只是看了大阎1993的摘要就发了那么多的质疑和结论?如果搞科研都象你这样不求甚解,胡乱猜测推理,其不是都乱了套了。赶紧去学习学习大阎1993的全文。不要再乱喷了,要吃一堑,长一智。
Stegy223 回复 悄悄话 SwipeTheFox 先生前面挺低调地邀请过大家去看看他的最新博文- “小颜神秘的生化实验”。俺来替SwipeTheFox 高调喊一声。
游海儿 回复 悄悄话 回复 '枕寒流' 的评论 :
“阎粉非粉”,说得好。那些张嘴闭嘴阎粉大妈大叔的真该问问自己哪里蹦出来的。
山丘- 回复 悄悄话 回复 '嘎德' 的评论 :
“子非鱼,焉知鱼之乐” 每个人有每个人的人生 阅历境界不同 风景感悟不同 感觉博主是个淡泊名利之人 大家不必太过代入
嘎德 回复 悄悄话 回复 'leisure' 的评论 : “你觉得博主是在发牢骚吗?我看未必。”

老阎不光是发牢骚,而且是对科研界极度的失望,我们来看看老阎文章刚发布后的期待:“等文章在《细胞》登出来后,他就天天等着《自然》新闻版报道我们的文章。等到第三期还是没有”,老阎表面上说是他老板“天天等着《自然》新闻版报道我们的文章”,其实老阎自己才是“天天等着《自然》新闻版报道”,不过事不如人愿而已。

估计老阎心里有埋怨自己老板文章题目写得太低调,追悔莫及也于事无补。还是我前面说过,其实问题关键是老阎的研究方法是野路子,不是小颜的那种主流方法,野路子得出的结论再好也是小三二房丫鬟生的“野小孩”,得不到主流的青睐,引用老阎野路子文章的人自然不多。

小颜成了网红美女科学家杰出海龟再归海,老阎落魄地种种花草在文学城和一帮大妈大叔发发牢骚,心里不好受,嘴上硬也只好说是“真理越辩越明。我们有的是时间”,聊以自慰而已。
天地行者 回复 悄悄话 推荐不明白的人去读一下这篇解读,即使不懂专业也容明白
https://www.wenxuecity.com/blog/201905/71475/17036.html
leisure 回复 悄悄话 回复 '嘎德' 的评论 :
你觉得博主是在发牢骚吗?我看未必。
我亲历过博主对韩春雨的打假,也看过博主对韩寒的打假,深深佩服博主的求真精神。这次也类似,只不过当事人换成了博主本人,正因为这次打假当事人是博主本人,所以才有很多人出来质疑博主的动机。还有,有些人也提出学术问题不应该在通过发博客的方式来处理。之前就有一位澳洲的网友提出可以集合很多科学家一起签名上诉,那样的话可能处理起来会快很多,但是博主当时不理会,而是通过这样的方式来说明情况。我还是相信博主在这篇文章中说过的这段话:
“真理越辩越明。我们有的是时间。因为正义从不缺席,过去不会,现在不会,未来也不会。科学家搞的是科学,那就是求真。享受求真的乐趣,是科学家的本能。”
山丘- 回复 悄悄话 打漏了几个字 重写下:求真求善是大多数支持阎的人的动机所在
山丘- 回复 悄悄话 转帖一个我在我博客里对一个网友的回复 我想求真求善应该是大多数支持阎的动机所在

给一个网友的回应:你质疑的这些所有问题阎的博文都给出了详细的解释 我的判断基于阎给出的非常详实的资料加上我自己在生物领域多年的工作经历 非常希望颜能从专业角度上也解释反驳一下 我可能会看到不同的信息从而也许改变我的判断看法 可惜颜除了碰瓷之外就抛出了个66年的钠离子泵 此离子泵机理解释的是钠离子钾离子如何在膜上转运的 而糖是大分子需要糖转运载体 后来阎开创性的得到了糖转运载体机理模型 才发现其和钠离子泵机理相似 目前为止 研究出糖转运载体工作机理的就俩yan 所以基于这些认知 我选择相信阎 颜引66年的可以 但不能以此忽略二十年前和她作出同样结果的阎的工作 这种做法是不对不道德的 我顶阎是基于我的是非观 是对真对善的维护 希望世界不要那么黑暗 是对事不对人的
SwiperTheFox 回复 悄悄话 经仔细阅读,发现"published biochemical data"是小颜自己的,所以不用引文。 详见:

http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201907/14748.html
old-dream 回复 悄悄话 回复 'lilywanda' 的评论 :
“”一个是通过艰苦的实验数据得(或推)出了模型.
另一个是看了模型, 设计了漂亮的实验”。补充:而且还剽窃霸占了模型成果。
old-dream 回复 悄悄话 回复 'lilywanda' 的评论 :
“”一个是通过艰苦的实验数据得(或推)出了模型.
另一个是看了模型, 设计了漂亮的实验”。补充:而且还剽窃霸占了模型成果。
lilywanda 回复 悄悄话
实在太专业,不了解太多,但感觉下面这个网友的发言有道理

Dalidali 发表评论于 2019-07-09 06:34:35
实在太忙, 没时间仔细读原文.
粗略的印象是:
一个是通过艰苦的实验数据得(或推)出了模型.
另一个是看了模型, 设计了漂亮的实验.
枕寒流 回复 悄悄话 小颜情商高? 是指她能把文章写得天花乱坠吗?文章诚然要紧,危机公关更考验人的素质啊。诸位对比一下任正非的态度。人家说什么? 美国没有对华为不好。经过不到两个月,美国的供货商反倒在想办法绕过禁令给华为供货。如果有任总这般统战的本事,小颜在阎师第一篇出来后,就可以放低身段,私下沟通,化敌为友,把淡泊名利,且怜香惜玉的阎师搞定。如此,哪里会有后面的网友大战,博客关闭? 每一行的大师都不应仅是技术咖。人的综合格局决定其了高度。经不起烈火考验的还不能算是真金啊。
枕寒流 回复 悄悄话 阎粉非粉。阎师的博文超然物外,不持立场,只追求真理。喜欢他文章的人也是愿意探求事物真相的一群人,有道理,才会支持。有一天,阎师说得不对,我也不会像粉丝对偶像般盲从。
Stegy223 回复 悄悄话 回复 'ans'的评论: “>把火烧到吃瓜群众身上,把普通人卷进来判断顶尖科学问题的是非;而不是投书专业杂志, 为什么?”

我也从另一个角度来加个原因。国内聪明的小学生都对这人葡萄糖转运机理略知一二,文学城里硕士博士一抓一大堆,为啥不能文明地讨论任何发表的文章?
嘎德 回复 悄悄话 回复 'leisure' 的评论 : “所以当初博主不用主流的方法,而是走“野路子”。我想知道,为何这么多年了没人对这点提出疑问,或者有人提出了没得到重视?”

“野路子”虽然有道理但得不到重视在科研界是正常现象,“正路子”主流思想统治一个学科很多年形成了一个利益集团,利益相关者相互引用文章,相互邀请对方参加学术会议,申请科研基金的时候相互推荐吹捧,不一而足,然后在科研经费充足的情况下培养出一堆博士和博士后,所以主流“正路子”可以生生不息长生不老

“野路子”是二房丫鬟小三,没有引用没有经费没有tenure,象老阎这样的野路子投书专业杂志Nature也可能被人家捣糨糊拖时间假冒中立暗中打黑拳,人家Nature也是主流嘛对不?

老阎也只好来文学城发发牢骚,发泄发泄,在家种种花偶尔以子女进入藤校高兴半天,也不容易啊是吧?
游海儿 回复 悄悄话 youtube上曾经有个评论老阎的视频,竟然一边评论,一边说不知老阎是男是女。与楼下说阎粉大妈的同出一辙。
天地行者 回复 悄悄话 只要是写过学术论文的人,一看就知道怎么回事,不用是一个专业的
时不时来看看 回复 悄悄话 ans:

> 把火烧到吃瓜群众身上,把普通人卷进来判断顶尖科学问题的是非;而不是投书专业杂志, 为什么?

科普是博主尽到了做科学家的职责,他的这系列科普博文是自洽的,结论是明确的即颜宁剽窃,科学的是非已断,一直就没有让你我他她来做裁判。博主答应了会给Nature写信,他不会写观点和结论与博文不一致的信吧。

这些事实摆在您面前了,您睁着眼胡说博主让大家判断也算个爷们。

FYI本人爷们一位,纯的。
天地行者 回复 悄悄话 小燕应该学学韩氏不管你们怎么揭露我,批判我,我低头不语,就此躲过这一劫,照样吃香喝辣。自己做了亏心事还高调攻击老阎,这可是找。。。
山丘- 回复 悄悄话 回复 '嘎德' 的评论 : 怪我不该这么开玩笑 不好意思了啦这里的各位 一出现在这我就对狐狸表现得这么冲动情绪化是有原因的 我与他在中坛为这事交过几次手 很清楚他的立场和手段...算了 不说了
总之 我本不是凶悍之人 在这有些失态 见到谅了各位!
嘎德 回复 悄悄话 回复 'ans' 的评论 : “把火烧到吃瓜群众身上,把普通人卷进来判断顶尖科学问题的是非;而不是投书专业杂志, 为什么?”

第一,你怎么知道老阎没有投书Nature要求“伸张正义”?Nature给不给说法就不好说啦,这个还是请老阎出来给大家说道说道。

第二,普通人为什么不能评论顶尖科学问题的是非?譬如北京人谈论起国家大事就好像出席过政治局常委会议一样,其实也就是皇城根普通百姓对不?吃瓜群众一面吃着瓜一面谈论国际风云,明星绯闻,以及科学界是非,其乐融融有啥不可?况且还有象老阎这样低情商的当事人给我们以身作则当反面教材,比看好莱坞大片还过瘾。
樱叶 回复 悄悄话 博客是博主的私有地,我们都是不请自来。觉得不爽就走呗。
嘎德 回复 悄悄话 回复 '山丘-' 的评论 : “你这么说得姐姐我都想原谅他了”

大家都是来讨论问题的哟,不需要原谅或被原谅,犯错误的人才需要被原谅是吧?

好吧,看在你是无心的,我决定原谅你了。
ans 回复 悄悄话 领教了这里阎粉大妈的逻辑, 能明白为什么老闫在文学城挑起了对小颜的攻击了吧。按时不时来看看大妈的话:把火烧到吃瓜群众身上,把普通人卷进来判断顶尖科学问题的是非;而不是投书专业杂志, 为什么?老阎情商EQ出奇地高,圈粉利器。 想当老阎类网红的要好好学习,哥几个就别在这浪费时间了
山丘- 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 :
哈哈 你这么说得姐姐我都想原谅他了
Stegy223 回复 悄悄话 作为“旁观者”忍不住说一嘴本期讨论质量高。很想点赞一下每个人。

SwiperTheFox 忙忙碌碌搬资料做辩护,在“published biochemical data ”这个问题上东指指西点点,虽说是无厘头,但没有功劳也有苦劳。对这场讨论也是种贡献。

重复网友已说过多次的了。真理越辩越明。求真求善。
时不时来看看 回复 悄悄话 SwiperTheFox:

我的专业与这个讨论没有啥关系,所以恕我不多言。您所做的努力我们都看见了,我很理解。回归到科学,真相或真理是科学家的目标。这个是相通的吧?
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

不是站队问题, 我喜欢不同意见的探讨,一言堂没劲。 但是喜欢用实证的思维与讨论方式。 所以看到您是搞科研的,以为是实证, 有点惊讶。

不是实证的话,也许是类似理论物理一类??不是人肉, 就是想理解一下不是实证的科研是什么样的。
时不时来看看 回复 悄悄话 SwiperTheFox:

不是,我不在这行,属于吃瓜群众。他们说过做过的逻辑摆在那。

您试图用您的专业知识说服我等吃瓜群众有点搞偏了,您该直接说服老阎。从您的所有跟帖及您的博客,到目前为止,我认为还是老阎的博文有理有据充分。

不好意思哈,现在还无法选择站到您那边。

SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

实证科学?
Keyo 回复 悄悄话 回复 '嘎德' 的评论 : "老阎文章的摘要贴在下面,以作为反教材。一句话:低调害死人,不仔细看还以为是一篇刚刚及格的博士论文摘要!哪里像是惊天地泣鬼神的阎氏机理大纲?

反过来讲,小颜就知道怎么包装自己,值得所有有志之士学习!"

引用次数第不是问题,怕的是为了吸引眼球吹过了头,这种情况下一般连文章都过不了审稿,侥幸过关被揭破就是身败名裂,爬得越高跌得越狠。

从文学城里的帖子里看到颜宁的部分包装,觉得没什么过分的的地方,“三人行必有吾师”,可以借鉴。

不过在忽视阎在机理上的贡献这件事上,目前颜的行为是反面教材。阎在专业上可谓做到仁至意尽。至于后面被激起来的八卦,有些被带偏了,不过以饷大众,也没什么不好,说到底还是颜提供的材料。
leisure 回复 悄悄话 博主文章中介绍的第五点,由于X光衍射解构的技术缺陷,不能推理出动态的结构。这点博主在《润涛阎科学故事(二):一瓢冷水一个巧遇》http://blog.wenxuecity.com/myblog/1666/201905/12538.html这篇文章中也提到过,所以当初博主不用主流的方法,而是走“野路子”。我想知道,为何这么多年了没人对这点提出疑问,或者有人提出了没得到重视?
山丘- 回复 悄悄话 回复 'ans' 的评论 :
侮辱谈不上 简单陈述一个事实 理解不了就算了 不要必追究 呵呵
leisure 回复 悄悄话 回复 '嘎德' 的评论 : EQ高我看倒未必,个人觉得她擅长包装而已。
时不时来看看 回复 悄悄话 SwiperTheFox:

我搞科研,但不是这个行业。

您觉得哪有问题吗?
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

看底下的回贴, 请问您真是搞科研的吗?
时不时来看看 回复 悄悄话 ANS:

老阎上面的小结:机理是我们发现的,只有一个,颜宁的机理就是我们的机理,是剽窃。并给出若干证据及推理。

颜宁:碰瓷,那个模型是1966的,根本不是你的,所以我没偷。别蒙吃瓜群众了。

吃瓜群众:对,老阎无理。

ANS:在颜宁眼里,您也是吃瓜群众一枚。她的逻辑老阎在博文中已经揭露,您还在鼓里。

被指认为剽窃的颜宁,能自证清白的逻辑是:我这个模型不是您那个。
嘎德 回复 悄悄话 回复 'ans' 的评论 :

还是那句话,情商EQ最重要,智商IQ只能作为参考,科研界也这样。

小颜情商EQ出奇地高,是我们大家学习的榜样!

大阎被低情商害死在沙滩上,是前车之鉴。
嘎德 回复 悄悄话 回复 'ans' 的评论 : “你是在侮辱这个行业近30年以来所有科学家的智商吗?”

科学家的智商?我只好呵呵啰,有时候脑袋是跟着屁股走的,大部分时候是屁股坐在哪边决定一切。
ans 回复 悄悄话 回复 '山丘-' 的评论 :
你是在侮辱这个行业近30年以来所有科学家的智商吗? 所有科研工作者都拙眼不识珠,就是因为题目内容简介里都写得很低调? 你以为科研文章是在文学城写博客要靠博眼球蹭热点耸人听闻+碰瓷?


山丘- 2019-07-12 15:38:12 回复 悄悄话 回复 '嘎德' 的评论 :
第一 他老板认为金子总会发光的 在题目内容简介里都写得很低调 有点清高的没写抓眼球的东西
第二 送了当时分数更高分的Cell, 此刊没有象Nature 一样的新闻报道
第三 第二篇文章他的图没有请专业电脑绘图人士 而是自己手绘 Again他老板认为本质最重要 不需要花哨 此文章送的刊物有些低了 可以送更好的
第四 最重要的一点吧 文章着笔的可能是他老板 写得相当专业简练 好象一字未改通过发表 但没有考虚到作结构的人对生化研究的东西会有些小隔行 读他们文章可能会觉得太深奥难懂 不能体会到其精髓奥妙
大概是这些原因吧 我也不是太记得清了 原文就是顶上他的有关此事的第一篇博文 上去点开看就是
山丘- 回复 悄悄话 回复 '嘎德' 的评论 :
看了下你下面帖的 写得不是一般般的实诚!叹一声这世道“老实人就是吃亏!”
嘎德 回复 悄悄话 回复 '山丘-' 的评论 :

我把老阎文章的摘要贴在下面,以作为反教材。一句话:低调害死人,不仔细看还以为是一篇刚刚及格的博士论文摘要!哪里像是惊天地泣鬼神的阎氏机理大纲?

反过来讲,小颜就知道怎么包装自己,值得所有有志之士学习!

小颜EQ明显强于老阎,人道是:长江后前浪推后浪,后浪死在沙滩上,与老阎共勉之。

Identification of a residue in the translocation pathway of a membrane carrier.
Yan RT, et al. Cell. 1993.
Show full citation
Abstract
Preliminary work using directed mutagenesis proved that cysteine is not required for operation of UhpT, the anion exchange protein responsible for glucose 6-phosphate transport by E. coli. We then made a detailed study of C143 and C265, because these cysteines impart sensitivity to p-chloromercuribenzosulfonate (PCMBS), a sulfhydral agent resembling glucose 6-phosphate in size, shape, and charge. We showed that C143 was exposed to the cytoplasm, as expected from hydropathy analysis, but we found no sidedness for C265. Rather, C265 was accessible to PCMBS from both membrane surfaces. And since the attack at C265 was blocked by glucose 6-phosphate, position 265 must lie directly on the pathway taken by the substrate as it moves through this membrane carrier.
冥王天蝎 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :
多吃点亏,就理解了。只要还年轻。
山丘- 回复 悄悄话 回复 '嘎德' 的评论 :
哈哈 你比我还快!
同意呀 这世道就是看颜值的世道 更要死劲吹
山丘- 回复 悄悄话 回复 '嘎德' 的评论 :
第一 他老板认为金子总会发光的 在题目内容简介里都写得很低调 有点清高的没写抓眼球的东西
第二 送了当时分数更高分的Cell, 此刊没有象Nature 一样的新闻报道
第三 第二篇文章他的图没有请专业电脑绘图人士 而是自己手绘 Again他老板认为本质最重要 不需要花哨 此文章送的刊物有些低了 可以送更好的
第四 最重要的一点吧 文章着笔的可能是他老板 写得相当专业简练 好象一字未改通过发表 但没有考虚到作结构的人对生化研究的东西会有些小隔行 读他们文章可能会觉得太深奥难懂 不能体会到其精髓奥妙
大概是这些原因吧 我也不是太记得清了 原文就是顶上他的有关此事的第一篇博文 上去点开看就是
嘎德 回复 悄悄话 回复 '山丘-' 的评论 :

大概看了一下,老阎文章引用率低主要是两大原因:
1,“题目越低调越好”, 看来做一个安静的美男子是要吃亏滴,发文章一定要使劲地吹,最好开个新闻发布会啥的,最不济搞个绯闻上个头条也好。
2,坏在是“野路子”,不是主流。这个就不好办了,很多非主流科学家艺术家是死后才红的,期轻的是潦倒一生偶尔来文学城宣泄宣泄,重的如梵高发疯割耳朵,惨不忍睹。
嘎德 回复 悄悄话 回复 '山丘-' 的评论 :

能给个中心思想摘要就更好,谢谢!
嘎德 回复 悄悄话 回复 '山丘-' 的评论 :

哪篇?给个链接好吗?
山丘- 回复 悄悄话 回复 '嘎德' 的评论 :
为啥引用率低 他在他的第一篇科普博文中有解释 可以去看看
嘎德 回复 悄悄话 老阎会不会是自己很看重的文章引用率不高,在业界没有引起反响,心灰意懒一怒之下离开了自己的专业领域呀?老阎可不可以给大家交交心呀?

老阎是不是觉得科研界特黑暗呀?还是文学城更可爱是吧?没事,老阎说说心里话吧,我给你准备个沙发。
嘎德 回复 悄悄话 回复 'ans' 的评论 : “他的文章发表了近30年了,为什么没人在乎? 为什么这么多做GLUT研究的作者没有引用老阎的文章?? ”

我也特别好奇,为什么老阎的文章引用率不高?是老阎的老板和学校在业界名气不够大?还是老阎的老板和其他更有势力者有竞争关系遭到了故意打压?还是老阎的文章的综述Abstract写得不够给力不够抓住眼球?

老阎能给我们大家讲讲个中原因吗?也给其他引用率不高的作者敲一个警钟,不犯类似错误,也算功德无量了。
ans 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :
哈哈, 明明是老闫在文学城挑起了对小颜的攻击,小颜懒理老阎,斥之为碰瓷。 你说是谁把火烧到吃瓜群众身上,把普通人卷进来判断顶尖科学问题的是非? 颠倒黑白莫以阁下为甚!

时不时来看看 2019-07-12 13:59:08 回复 悄悄话 也就是感觉被带偏的那个时候:)

想了两天,在我之前的结论上该加两句:
博主一个值得尊敬的地方在于用科学的态度和方法把人指向真相;
颜宁一个不值得尊敬的地方在于把火烧到吃瓜群众身上,把普通人卷进来判断顶尖科学问题的是非。
时不时来看看 回复 悄悄话 也就是感觉被带偏的那个时候:)

想了两天,在我之前的结论上该加两句:
博主一个值得尊敬的地方在于用科学的态度和方法把人指向真相;
颜宁一个不值得尊敬的地方在于把火烧到吃瓜群众身上,把普通人卷进来判断顶尖科学问题的是非。
时不时来看看 回复 悄悄话 善意提醒ANS;

您问的那些问题挺关键的,还有别的类似问题,博主都在博文中都清清楚楚明明白白提出来了,给了证据和逻辑推理。

这个我到昨天才幡然醒悟:)
ans 回复 悄悄话 阎粉们应该问老阎的两个问题:
1. 为什么他自己不引用50年前发表的1966 Allosteric Model?而小颜引用了?
2. 他的文章发表了近30年了,为什么没人在乎? 为什么这么多做GLUT研究的作者没有引用老阎的文章?? 老阎为什么不去质疑那些作者重复做了他 的”葡萄糖转运机理”??

老阎要么看不懂小颜做的东西的重要性,高估自己做的没人引用的东西;要么别有用心。参见这篇:
http://blog.wenxuecity.com/myblog/74410/201905/27550.html
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '冥王天蝎' 的评论 :

我的确没有注意到这个用词,也确实不是很理解。
也许我知道的宣传不过多? 那是她的事。我在博文里针对她回复阎润涛也评价“修养有待提高”

我知道她也是通过看新闻。 直到阎润涛写博文,我都没有特别注意。 后来读了她三篇论文,才由衷地佩服。

在此真心感谢阎润涛,让我有这个机缘对此课题如此深入地学习了解。

冥王天蝎 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :
注意我的用词:“这种高调”。不知你能否理解,点到为止。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '冥王天蝎' 的评论 :
个人认为
1。 主观的地讲:高调不一定不好, 特别是在美国。
2。 我不知道上综艺节目是否算高调, 我个人主观认为走出象牙塔让群众与科学家见见面,科普挺好。 如 费米, Brain Greene,tyson都积极拍片写书.
3。 客观地讲: 我不知高调宣传是否是颜宁本人的意愿。 也许她本人也是出于在国内(被了)过度宣传也是要搬到美国来的一个原因?我不知道, 所以保留她是否本人(被动参与)宣传的可能性。
冥王天蝎 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :
至少颜宁对这种高调还没认识到对自己的危害。大智,若愚;大器,晚成。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '冥王天蝎' 的评论 :

接受关于反问句的建议。
对于宣传的建议,我跟颜宁或搞宣传的没联系,所以无法转告:)
冥王天蝎 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :
建议回复别人尽量别用反问句。大量使用反问句,给人的感觉就是不礼貌。

对人类大的贡献,不用自己去宣传,一定会有一天,你会得到你应该得到的。屠呦呦就是其中的一个例子。反之,不合事实地夸大宣传,只会造成自己的被动,例如:贺建奎、韩春雨、Dr. Pons and Dr. Fleischmann等等。
山丘- 回复 悄悄话 没有机理的晶体蛋白结构 既使是膜蛋白 没有生物学意义 发方法类文章比较适合 属于方法技术创新 名致实归
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '冥王天蝎' 的评论 :

请注意,(被)高调宣传的是不是机理。。
而是结晶人体糖蛋白, 这是史无前例的。

至于机理的适用范围, 见讨论的那部分, 我现在没时间码字。
冥王天蝎 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :

如果是在前人模型的基础上做了些改进,并且这种改进相较于前人的模型是significant甚至本质性的,那么你说propose是合适的,例如,在核物理学中,Mayer听取了Fermi的建议,在哈密顿量后加了一个自旋轨道耦合项而成功解释了原子核的壳结构,因此Mayer获得1963年的诺贝尔物理学奖。如果仅仅是做了一点非本质性的修正,修正后的和修正前的模型都能解释所研究对象的基本特征,建议还是加“develop”这类词并且明确引用修正前的模型要好些。

另外,你的解释似乎给我这样的印象:颜宁的工作是对前人已有模型的改进,但适用范围是有限的。如果是这样,那这个工作是不错的,但不值得高调宣传。学术界作的不错的工作太多太多。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '冥王天蝎' 的评论 :
第一, propose working model是指模型里一点前人的东西都没有吗?我的确读过propose working model 就是在前人基础上加了东西的。 颜宁加了ICH, 对整体机理有了独特深入的理解。

而且,颜这个模型还真只适用于她做的这个家族的蛋白。

第二,你审稿是单提一句话出来看还是整篇看?特别是介绍中提到基本模型与图5本身的说明? 还有讨论中具体提到的那些文献的诸多文献?

第三,审稿是否需要背景知识? 比如早已进入课本的基本模型?

第四,相信你作为审稿人会有嗅觉,哪些claims过分。 我在没有了解该领域前都有这样的嗅觉。 我相信编辑与审稿人比我嗅觉灵敏得多。


当初阎润涛在中坛说,颜文里写她发现了葡萄糖转运蛋白的机理。 我就嗅到这个claim过大, 好奇,就问阎要原句。 问了好几遍问不到,才亲自下文章读。 您觉得nature编辑和有领域背景的审稿人会摘不出过分的子句吗?

冥王天蝎 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 我在我们本行业(物理、化学、材料等)做审稿人也十几年了,就我们本行业来讲,如果看了Stegy223贴的那个“原文”句子,立即的感觉就是:是文章作者基于自己的数据以及分析提出了一个新的模型,并且该模型前人没有想到过,这是因为你用了“our”、“and”和“propose”三个词,而且在单词“data”后没有引用任何文献。你回复的那些上下文解释不能让人消除这种感觉。
Nekono_88 回复 悄悄话 回复 '山丘-' 的评论 : 其说话的口气,俨然将自己当作法官加判官的位置,喋喋不休,死缠烂打,似乎学术权威一样。却不知其本人有没有发过任何有价值的学术论文。博主让其尽情表演,留下累累证据,待若干时日后,有知情者暴料,说出真相时,大概恨不得删了所有帖子。
山丘- 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 : 是的 可惜就有人东扯西扯偷换概念不停的胡搅蛮缠 理性的科学探讨是从事实求真 从证据推结论 如果反过来 在已有既定立场的结论下找证据就有违科学的求真没有什么意义了 我是在中坛受够了狐狸的所谓“探讨“ 才一上来就强烈指出这种探讨没有意义
Nekono_88 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 : 作为旁观者,感觉其是来博主这“碰瓷”的耶。
时不时来看看 回复 悄悄话 善意提醒:跟帖中许多争论的科学问题博主已经在博文提出来了并给出了证据或逻辑推理。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '冥王天蝎' 的评论 :
先不看上下文,for glut1 是什么意思?
包括所有糖蛋白吗?
包括MFS第一家族吗?
包括所有葡萄糖蛋白吗?
包括所有人体糖蛋白吗?
特别是,包括阎蛋白吗?

再谈上下文
上文:提出uniport symport的具体机制的问题
中文:图5第一句话。。。。according to the alternating access model什么意思?
图中的桔黄色原件其他文章里是没有的。
还有其他差别在此不详谈
下文: 1 谈uniport,
2 symportor
都是自己的东西
Stegy223 回复 悄悄话 从老阎前一个博文学到了“旁观者”一词。活学活用声明一下。俺是个旁观者。对老阎小颜各有尊重的地方。自认为是客观的旁观者。因为对这一话题的兴趣远超对老阎一个男人与4个女人故事的兴趣,有时间就爱来看一看,忍不住了也凑一凑。提二个小建议:

1. 是的。这是老阎的自留地。看谁不顺眼了,招呼一声。当事者当自觉点离开。
2. 山丘大姐和SwiperTheFox都各有各的智慧。只要老阎不赶人,不同观点能充分表达 是件interectually stimulating的好事。
Stegy223 回复 悄悄话 回复 '冥王天蝎'的评论: 我引的这句确是Nature2014 原文。加上这句又沒带上任何文献,确实留下了让人提问的地方。谢谢分享。
Stegy223 回复 悄悄话 回复 '冥王天蝎'的评论: 我引的这句确是Nature2014 原文。加上这句又沒带上任何文献,确实留下了让人提问的地方。谢谢分享。
冥王天蝎 回复 悄悄话 “On the basis of our structural analysis and published biochemcal data, we propose a working model for GLuT1 (Fig. 5.)”
如果这是原文,读者(包括审稿人)读完此句后的感觉就是:该文作者提出了一个前人从未涉及的新的模型。其中的三个英文单词:“our”、“and” 和 “propose”,很难不让人不这么感觉。如果前人已经涉及过类似模型,用“propose”一词就不合适了,应该用“develop”之类的词,并明确引用相关文献。
山丘- 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 我们光明正大的 什么叫统一口径?你以为谁都象你一样玩阴的 我们都有正经工作 有家有小的 不可能七天二十四小时泡在网上东扯西扯堆一堆文献扮大拿 老阎岁数也不象你这么年轻 没有精力挡你的刀 你就作吧 但请摸摸良心 看看它还会不会感到有点不好意思 我不想跟你浪费时间了 有什么用呢 能说的都说了 你还在这胡扯蛮缠 也只能无语了
好自为之吧!
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '山丘-' 的评论 :

第一, 你最好跟楼下某位先统一口径。 当说到阎颜蛋白不是来自同一家族时,同源性很低时,你们可是说的是一通百通。 1966的模型的确是一通百通。 目前所有转运蛋白都用该模型。

第二, 没有人抹杀阎的贡献,就是没有突出贡献。 他自己的题目与摘要都没提有关机理的话。 引他的1998综述同等对待了十篇以上的论文, 就是提了一句, 不,只提了三分之二句 因同一句里还引了别人一篇论文。 谈机理只谈了Jensen一文。 阎要是对机理有重大贡献,不可能在引他的综述里不提。

3 颜宁引的另一篇跟自己更近的文章就有比阎更详尽的模型图。 “ 阎的模型”盖不过别人的。
山丘- 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 你在人家院子里扮小白兔阴着找茬挑衅 我实在是看不过眼 在中坛我后来理你了吗?我去过你博客踢馆了吗?跟你说了 你在人家院子里找主人恶心很不礼貌 我替主人挡几刀算几刀
山丘- 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 你太能扯了太能扮大拿了 什么叫具体名称不重要 搞科研的人自己做什么都不知道 你就不怕66年的作者被你气活过来找你 有点科学的严谨好吧 66年的讲的就是细胞膜离子泵机理 钠离子钾离子 所以提到血红蛋白 离子泵的这些主体都是小分子 和大分子糖是不同的 当时作者想要解释的是小分子钠离子在膜的转运好吧 压根没有糖是怎样转运的什么事 糖转运需要糖转运载体 所以才有后来阎开创性的发观糖转运蛋白载体机理模型 也才知道机理是相似的
“如果搞的是钠离子泵的论文,那你当然引用前人发表的钠离子泵的文献;可你搞的是葡萄糖膜载体的机理,你应该提供给审稿人前人研究出来的葡萄糖膜载体的机理文献” —这难道对你就那么难以理解接受吗 颜引66年的是她的自由 但她/你不能以此否认阎的工作和贡献
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Keyo' 的评论 :

Pao1998的综述里引了阎, 然而谈机理却说的是另一篇生化的文章。 Pao也没谈晶体。

原因就是阎在机理上没有 独 特 的 突出贡献。他画的图1966就有了,中间二十多年,得有多少在这个机理上做文章的?

枕寒流 回复 悄悄话 善哉善哉,无视前辈工作成果,自吹"解决半世纪不解之谜"的声誉的确需要小心维护。谁敢"碰瓷"?
Keyo 回复 悄悄话 颜和颜的支持者们的底气来自:只有晶体结构才能说明机理。所以他们极度轻视晶体解构领域以外对生物大分子作用机理的贡献。对于晶体解构者来说,生化实验是小菜一碟,他们可以做到最好。不过再怎么轻视蔑视,阎文中的机理对于颜和支持者来说是一道过不去的坎儿,顾左右言它没用。

言多必失,何况在轻视蔑视刺激之下。博主的狮虎牛之说很难得到证实,收视率会很高,但与科普就没什么关系了。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '山丘-' 的评论 :
你看你不想让我在这儿说话,但又不断挑衅, 你到底是怎么想的?

为什么说是转运蛋白: "...point out that transport contingent on a chemical reaction....."

文章说pump需要三个必要条件

1 蛋白内有容纳分子的空间
2 能有两种构想象
3 必须有运输分子的结合位点

而且画了图, 该图跟阎的图本质是一样的。
这些南侠在他的文章里都写得很清楚,我现在也看到文章了。 你到现在都还不懂,又不肯虚心学习,并且还无端挑衅。
福森人 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :
油烟不进,还怎么说呀
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '山丘-' 的评论 :
这篇文章没有自己的实验,总结了前人的模型与研究,举了血红蛋白的例子,又用钠离子做了示意图。

蛋白的名称并不重要, 重要的是alternating access model是公认的转运蛋白机理。

你要认为颜宁依据这个有问题的话, 请给自然杂志写信纠错, 如果这个错了的话,很多文章都得改。

山丘- 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 你在中坛那么酌定的扮大拿反驳我说66年讲的不是钠离子泵而是转运蛋白 我一直追问你说出具体蛋白名称 你后来恼羞成怒说不知道并让我不要再跟你帖 我当时真是醉了 不知道研究什么主体的机理模型也敢拿来作令箭 再重复一万遍给你听66年的讲的是钠离子泵 你也不会听的 因为你的立场为了你早已定下的结论 它必须是讲转运蛋白的 可惜你一直说不出这个具体的蛋白名称 我替你说吧 这个蛋白叫“unicorn”
SwiperTheFox 回复 悄悄话 还是请老阎说句话吧, 你想就此了结,我们等你给自然杂志写信, 然后我们大家等回信,大家节省精力时间, 这最好。

你要想继续讨论呢, 我奉陪。 以后对没有基本科学知识与素养而且态度不是很好的粉丝,我就不一定回答了。
山丘- 回复 悄悄话 千万拜托别写了 这里的人都很善良 人家“时不时来看看”真没抬举你 怎么看怎么都是委婉的讽刺 你自己知道自己“臭名昭著”就别来人家博主院子里恶心博主了 人老阎也不容易 被人阴一道还被你们这些瓜喷 还有没有公理?想想我都难过 你能否给人一点尊重 要写到颜或自己博克去写 姐姐拜托你了成吗?
SwiperTheFox 回复 悄悄话 对于1966年的模型是否转运蛋白,是否是alternating access model南侠早就讲清楚了。 这个是不能再基本的问题了。 不想车轱辘地重复。

接受“时不时来看看”的建议, 如果对此有异议的请举个是手。 超过5个id要求,我写一篇博文解释。
山丘- 回复 悄悄话 突然想起麻花 我家小朋友画麻花也是双螺旋图唉 我小时候画喇叭花也很象喇叭口基本模型图唉 哈哈????
山丘- 回复 悄悄话 看你说的这话
“颜宁在视频里的黑板画的模型就类似于这个模型。 但行内都知道,模型基础不是颜发明的,而是Jardetzky. 不知道的话,不是颜宁误导,而是自己知道的不够专业。 就像有人画了双螺旋,你会以为是画得人发明的一样。”
好搞笑唉!有人画了双螺旋 要看这人画双螺旋时想的是什么 想着核酸就是核酸双螺旋结构 想着声波震动就是双螺旋声波电动图 想着桥梁建筑就是双螺旋桥梁设计图 主体不同什么都不同 Jardetzky在画面嗽叭口图时想解释的是什么?是钠离子泵吧?千万别说是糖蛋白转运哈 否则两yan还忙什么劲呀!
山丘- 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 又扯来一堆文献扮大拿 人家质疑的是导出图五的biochemical data文献在哪 你扯一堆别的结构文献 结构文献也有做生化实验的没错 但也别把做了一点生化实验的结构文献拿来凑数 那个47 别是有个chemical字就被你用来唬人吧 还有是做的什么蛋白的生化实验很重要 主语主语主语 重要的事说三遍 就象你老拿66年的机理模型当令箭一样 66年的模型图解释的是钠离子通道或泵 两yan的图解释的是糖蛋白转运机理 主体很不同好吧 噢 对了 你说了66年讲的是转运蛋白 再请问一下大拿 是哪个转运蛋白呀?就几个字 千万别扯一大堆
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

这个也太抬举我了:) 我没那水平。 我要是颜宁,不会慢一拍才把文献调出来。 
我在文学城待了10多年了, 可以说早就“臭名昭著”了。  颜宁应该没我这个闲心。
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>老阎在这儿问2014图5怎么来的,我如果不回答的话,就代表我不知道,或者心虚,所以必须回答。

对2014图5如此清楚,您让我觉得是颜宁在用您的这个ID在发帖。
时不时来看看 回复 悄悄话 >老阎在这儿问2014图5怎么来的,我如果不回答的话,就代表我不知道,或者心虚,所以必须回答。

对2014图5如此清楚,您让我觉得是颜宁在用您的这个ID在发帖。

SwiperTheFox 回复 悄悄话 象阎润涛说的, 真理真的是越辩越明:

阎问2014图5怎么来的, 其实这个文献的图7也可以给图5提供素材。这些图5的基本框架,在颜发表当时早就是”背景“。 颜宁在视频里的黑板画的模型就类似于这个模型。 但行内都知道,模型基础不是颜发明的,而是Jardetzky. 不知道的话,不是颜宁误导,而是自己知道的不够专业。 就像有人画了双螺旋,你会以为是画得人发明的一样。 

这也否定了阎这句话”只有两家阎/颜用试验证明了载体动态模型。“

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3816430/
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '山丘-' 的评论 :

先说搞结构的文章也有生化实验, 比如28就做了生化实验。 

再请仔细读了一下讨论一节的讨论生化实验的第二段:
47. Mitchell, P. David Keilin’s respiratory chain concept and its chemiosmotic consequences. In Nobel Lectures, Chemistry 1971–1980 (ed. Forse?n, S.) (World Scientific Publishing Co., 1978).

48. Sanderson, N. M., Qi, D., Steel, A. & Henderson, P. J. Effect of the D32N and N300F mutations on the activity of the bacterial sugar transport protein, GalP. Biochem. Soc. Trans. 26, S306 (1998).

30. Iancu, C. V., Zamoon, J., Woo, S. B., Aleshin, A. & Choe, J. Y. Crystal structure of a glucose/H1 symporter and its mechanismof action. Proc. Natl Acad. Sci. USA 110, 17862–17867 (2013). [
(这篇结构的文章也做了很多生化实验) 
特别并且看图7。 也是类似于2014图5的模型。 可做依据,比阎的细胞杂志的画得清楚多了。


45. Madej, M. G., Sun, L., Yan, N. & Kaback, H. R. Functional architecture of MFS D-glucose transporters. Proc. Natl Acad. Sci. USA 111, E719–E727 (2014)

康霖 回复 悄悄话
Nature哪能这么快就有回应。大佬们都在度假呢,大夏天的,又不是什么急事儿,等九月开学了再说吧

真理越辩越明, 支持求真!
山丘- 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 人家跟你说了多少遍了 是要biochemical data生化数据文献, 跟你说的那些conformation结构文献扯不着
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 :
而且图5本身的描述也引了:

Figure 5 | A working model for GLUT1. Shown here are the predicted conformations—outward-open, ligand-bound and occluded, inward-open, and ligand-free and occluded—required for a complete transport cycle according to the alternating access model. The inward-open conformation of GLUT1 is reported in this study. The ligand-bound, occluded conformation and the ligand-free, occluded one are predicted from two XylE structures in the outward-facing, partly occluded and ligand-bound state28, and the inwardfacing, occluded state (29), respectively. The outward-open structure remains to be captured. The ICH domain is illustrated as a latch that strengthens the intracellular gate in the outward-facing conformations. The extracellular gate comprises a few residues from TM1, TM4 and TM7 that are illustrated by the red brick in the ‘inward open’ cartoon.
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颜Nature2014`p124 引出"图五"working model" 的关键一句“On the basis of our structural analysis and published biochemcal data, we propose a working model for GLuT1 (Fig. 5.)”, 这里没有引文。所以引起这关于到底是那家的那些生化数据的问题。 在这里按通常做法引几篇相关的文献会好多了。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 : 文献28 29 见discussion 第一段。
Stegy223 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox'的评论 : “我不是很明白你说的提而不引的”生化资料“具体指的是哪个知识点。”

颜Nature2014`p124 引出"图五"working model" 的关键一句“On the basis of our structural analysis and published biochemcal data, we propose a working model for GLuT1 (Fig. 5.)”, 这里没有引文。所以引起这关于到底是那家的那些生化数据的问题。 在这里按通常做法引几篇相关的文献会好多了。至少按老美爱说的cover your asx.
山丘- 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 不用这样装了 我在中坛看得够够的啦 你一直扮小白免 打着虚心好学的旗号讨论学术 实则早已立场结论 你所有的七扯八扯的大段大段的文献所谓证据都是为你的立场结论服务的 开始大家都被你骗了 我还给你点过赞呢 可惜呀 再哪啥时间长了都能见真心 你在这件事上的立场之坚定就不要再装了
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '山丘-' 的评论 :
我没有看不顺来老阎,从没有攻击他的个人。 在这里只讨论科学事实, 不知道什么叫挑衅。
山丘- 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 太搞笑了 66年的 pump就是离子泵呗 再怎么叫 也是讲钠离子泵机理 跟糖转运蛋白差十万八千里 噢 对了 你不是说66年讲的是蛋白转远机理吗 再请问一下 具体是哪一个蛋白呀?别扯别的 就告诉咱们一个蛋白名 几个字 千万别给我扯一大堆文献 姐姐没时间看
1966论文的题目是 simple allosteric of a membrane pump。
山丘- 回复 悄悄话 狐狸 还有一点想跟你说一下 无关学术 关于礼仪
这个世界上有你欣赏的人和事也有你看不顺眼的人和事 我父母从小是这样教育我的 对欣赏的人说赞美的话怎么都不怕多 但对你看不顺眼的人 你在自家院里或别地说说可以 跑到人家院里找茬挑衅就非常不礼貌了 你完全可以去颜博客里唱赞歌呀 就象我来这支持顶老阎一样 你说是不是呢?
SwiperTheFox 回复 悄悄话 更正一下题目:simple allosteric model for membrane pumps
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '山丘-' 的评论 :
1966论文的题目是 simple allosteric of a membrane pump。

Pump什么意思啊? 阎粉基本科学概念没有, 别告诉我这跟channel是一个意思。

Allosteric model 就是颜引的alternating access midel。 我早就说了, 如果不是的话,这是真正应该给nature写信去纠正的, 而且好多文章与综述都得纠正。。下面其他阎粉已经承认该引1966了。

再说一遍,你们先统一了口径,要不总是出自相矛盾的错误。
山丘- 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 又来偷换概念了 都是机理模型 但请拜托注意一下机理模型研究的主体 66年的讲的是钠离子通道 不是糖转运蛋白 老阎开创性的发现糖转运蛋白机理和钠离子通道机理有相似之处 并不等于66年的就是糖转运蛋白机理模型 老阎回答你的一点毛病没有
不好意思哈各位 我本不是冲动之人 在中坛见了太多次这位狐狸的尾巴 有些hold不住 见谅了
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '山丘-' 的评论 :

对分不清通道与离子泵的阎粉只能用阎的原话回答:

这是阎的原话(虽然也跟他博文矛盾): 直到我们发明了新的方法在活体蛋白中证明了葡萄糖载体也遵循着离子泵的机理。

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山丘:

66年的是钠离子通道机理模型 俩yan的是葡萄糖蛋白转运机理模型 中间差的十万八千里了!抓着这个鸡毛当令箭的都别装了 明着来论理 实质上是来找茬踢馆的 在别的地胡扯也就算了 到人家的博客里这样真的很让人讨厌
山丘- 回复 悄悄话 我们选择相信真的善的 半桶水装大拿的选择相信假的恶的-都是虚假的人 所谓物以类聚 人以群分
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

谢谢你的坦诚, 明白大家是“选择”相信:) 我选择写我认识的事实,他人想不相信是他人的事。

老阎在这儿问2014图5怎么来的,我如果不回答的话,就代表我不知道,或者心虚,所以必须回答。
Stegy223读懂了事实,有了跟进的问题,也需要回答。

时不时来看看 回复 悄悄话 SwiperTheFox:

建议您把自己定位在Nature/Cell审稿人的位置,系统地对阎颜相关文章进行比较,或写博客或投稿到相关杂志发表为好。那样除了吃瓜群众,对相关的学生研究人员也是个借鉴。Nature/Cell对作者的稿件要求就是审稿人评价稿件的标准。

这里大家选择相信原作者老阎,无论您多么不愿意,您也该多体谅。颜宁的微博我也去了,不忍心再去第二次,因为无关科学的内容有点多。

写文章比写贴难,比读文章更难,您把观点放在自己博客,可以节约不少在这里发重复帖的时间。
游海儿 回复 悄悄话 老阎真是太有耐心了。不过对于装睡的人你是叫不醒的。那个公狮子的比喻太形象了,其实自然界的母狮子往往比公狮子更善于捕猎。公狮子基本就是坐享其成。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 :

首先,感谢你认同2014图5的构建

我不是很明白你说的提而不引的”生化资料“具体指的是哪个知识点。

为什么不引阎有操作性与相关性两点。

1。 操作性: Nature 杂志要求引文不超过50。 直接引了阎,就得把其他文章踢出去。 请问您觉得应该把颜现在引的哪篇文章踢出去?

2。 顺着说相关性。 颜引了Pao 1998综述作为背景。综述引了91篇论文。 其中提了一句阎对 Topology的贡献,但是没有提机理的贡献。 同等对待的有十多篇。 综述里详细描述了另一篇Jensen对机理的贡献。 就是说业内认为Jensen对机理有突出贡献, 至少比阎的贡献大。 要直接引也引Jensen。 但是Jensen 也排不上号 (相关性超不过其他50篇)。

随便列几篇颜的引文, 请各位看看,能踢出哪一篇 ? 着重说明一下:阎的两篇文章题目与综述都没提根机理有关的术语,文字及描述。

1。Shi Y. 2012 Common folds and transport mechansim of secondary active transporters :对转运蛋白转运机理的综述。
2。Radastop 2011: The alternating-access mechanism of MFS transporters arises from inverted-topology repeat. J. Mol Biol. MFS蛋白的的转运机理研究。
3。Dang2010 Structure of a fucose transporter in an outward-open conformation. 转运蛋白一个构象的结构。 (Nature)


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提而不引所谓“生化资料”干嘛? 自家的“生化资料”,旁人的,老阎的? 还是七七八八都有点? 那就多引几篇文献。这是比较常规的作法。
山丘- 回复 悄悄话 老阎啊 那些铁心来恶心你的 你跟他辩个什么劲呀?说十万遍都没用 跟他没理可讲
山丘- 回复 悄悄话 66年的是钠离子通道机理模型 俩yan的是葡萄糖蛋白转运机理模型 中间差的十万八千里了!抓着这个鸡毛当令箭的都别装了 明着来论理 实质上是来找茬踢馆的 在别的地胡扯也就算了 到人家的博客里这样真的很让人讨厌
Stegy223 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox'的评论: Nature2012图五确实很有意思,值得说几句。
1. 这里小颜把来自MSF大家庭的6个构象结构放在一起谈结构与功能,可见是不分葡萄糖正宗与其它旁枝,很好!
2. 上面这点解决了,同意你说的Nature2012'图5基本摆在那儿了,再根据这66经典模型4个构象一个圈就出来。提而不引所谓“生化资料”干嘛? 自家的“生化资料”,旁人的,老阎的? 还是七七八八都有点? 那就多引几篇文献。这是比较常规的作法。

当然也有另一种可能。苦思多日,做个yoga. Bingo! 4个构象一个圈,出来了。记得苯环结构是这德国科学家马车上做了个梦。这蛇头尾一接。苯环结构出来了。
cowwoman 回复 悄悄话 喇叭门的前世今生。
http://blog.wenxuecity.com/myblog/75464/201905/25948.html
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :

你这个问题问了好几遍了,我也回答了好几遍了。 图5的注解里有写。 这里给吃瓜的补充一点。

你看图5 画了四种构象:inward open, ligand-free occluded, outward open, ligand-bound occluded. 都是在描述Alternating Access model时的 常 用 术语。 颜宁是先做了ligand bound outward facing的构象

加上2012 图5 (不是2014)。2012 图5同时揭示了其他蛋白的其他构象, 也用的是outward open , inward open的这种术语。 其实根据2012图5就可以大概推出2014 图5。

再加上其他实验室的跟进对颜2012的跟进, Quistaard 2013,2014图5的4个构象的晶体结构都出来了。 难道画不出示意图吗? 

见下面这篇文章。 请问阎文有描述这些不同构想的概念吗? https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3004247/

Here, the structure of the sodium-benzylhydantoin transporter, Mhp1, from Microbacterium liquefaciens, has been determined in three conformational states; from this a mechanism is proposed for switching from the outward-facing open conformation through an occluded structure to the inward-facing open state.

注这篇文章描述了三种构想,不是四种,但是一个不容易搞错,颜宁对机理变化的描述都是从对经典模型构想变化的基本知识来的。
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就说颜的图5是怎么来的,是哪里的生化资料。就这一条,其它的与我无关。为何LacY的working model是假设,颜的不是假设。扯其它的都是偷换概念
山丘- 回复 悄悄话 刚知道老阎重开博客 上来顶一下老阎!
提醒一下 狐狸擅狡辩 我领教过 不必跟他浪费时间
leisure 回复 悄悄话 歪伯 2019-07-10 12:18:16 回复 悄悄话 虽然隔行如隔山,但很多功能原理都可以一通百通。老阎掰开了揉碎了反复说明,有些人是真看不懂,还是揣着明白装糊涂?人的善良只能对无辜者,无助者施舍。对于作恶的人不能有任何恻隐之心,反而会让这种人侥幸心爆棚,恶性膨胀!套用一句时髦的语言就是:“毛病不改,积恶成习”
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说得好!
润涛阎 回复 悄悄话 就说颜的图5是怎么来的,是哪里的生化资料。就这一条,其它的与我无关。为何LacY的working model是假设,颜的不是假设。扯其它的都是偷换概念
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :
你在玩弄偷换概念。我讲的是topological working model 用英文就没问题了。你找出来哪家提供了detailed topological working model
cloudhk 回复 悄悄话 博主呀,连科研论文不能引用教科书都不知道的人,你还跟他辩什么劲呀。居然还有人替他找借口,说引用规范里有关于书的引用规则,所以教科书也可以。那些规则是针对专著和论著的好嘛!专著跟教科书是一回事吗?再说了,引用规则是要尽可能详细的,连怎么引用私人信件,词典都写好了,这不代表论文里引用了词典不low好吗?
lostman 回复 悄悄话 俺是个俗人,闫宁怎么就是美女了,刚看了YouTube,嗯嗯实在太一般,再加上英语口音,不知道老阎的英语口语如何,有人听过闫润涛讲英语吗
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Keyo' 的评论 :
别人这篇1995年的文章比阎更相关,阎的所谓机理别人都有.阎没有在机理方面有比别人更突出的贡献.  加上自然杂志只允许引50篇. 颜只能引最相关的. 1995年这篇排不上号,阎的就更排不上了. 

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这是典型的转移话题。 先不说95年这篇文章该不该引用阎文,别人不引用就说明颜不引用没问题?
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :

再说说你的文章在Pao 1998 综述里的地位. Pao就提了你一句.然而同等处理的有不下十篇文章. 分属不同的家族. Pao对Jessen-Marshall 1995 年的文章里机理模型进行了详细的阐述. 你的没有. 可见即使在当时,你的两篇文章也不被认为在机理方面有突出贡献. 再加上你的两篇文章的题目摘要里就没有阐述机理的语言, 凭什么叫别人承认你对机理的贡献? 

Family 4. The bestcharacterized members of the family are UhpT and GlpT, both of E. coli, for which detailed topological models have been presented (29, 90, 91).

Family 5. An experimentally verified 12-TMS topological model for LacY has been published (10), and extensive data provide evidence for the nature of the substrate binding sites within the transmembrane region of the permease (8, 12, 23, 27, 43, 57).

Family 6: An experimentally documented 12-TMS topological model has been proposed for this permease (76).

Family 7: The first sequenced member of the FGHS family to be characterized was the FucP fucose permease of E. coli (31), and a 12-TMS topological model for this permease has been presented (32). Subsequently, a galactose/glucose permease of Brucella abortus (20) and a glucose/mannose permease of Bacillus subtilis (61) were characterized and shown to be members of the FGHS family (Table 7). The Bacillus protein, like the E.
coli FucP protein, is believed to be a sugar:proton symporter (61).

Family 13:Topological studies leading to a 12-TMS model have been reported (65).
Keyo 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : “再看这篇1995的文章, 蛋白质与颜的XylE是一个家族,也就是与Glut1比你的UphT更近. 图3不是比你的细胞杂志的示意图更详细? 而且也没引用你的. 要说这篇比起颜宁2014年从时间与相关性来说都跟你更接近”

这是典型的转移话题。 先不说95年这篇文章该不该引用阎文,别人不引用就说明颜不引用没问题?
Keyo 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 :
博主是非常辛苦, 但观众里不都是牛。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :

再看这篇1995的文章, 蛋白质与颜的XylE是一个家族,也就是与Glut1比你的UphT更近. 图3不是比你的细胞杂志的示意图更详细? 而且也没引用你的. 要说这篇比起颜宁2014年从时间与相关性来说都跟你更接近.

http://www.jbc.org/content/270/27/16251.full.pdf
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :

XylE所述的第一家族早在1988年或之前就被证实是H Symporter了:
Maiden, M. C. J., M. C. Jones-Mortimer, and P. J. F. Hendersen. 1988. The
cloning, DNA sequence, and overexpression of the gene araE coding for
arabinose-proton symport in Escherichia coli K12. J. Biol. Chem. 263:8003–
8010.

综述的引文是这么说的: A representative well-characterized example of the SP family is the arabinose:H1 symport permease (AraE) of Escherichia coli
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :

你说CFTR是什么目的? 你的意思是说在你之前不知道UhpT是transporter还是channel吗?

这与你自己的文章不符. 你细胞杂志的题目是Identification of a residue in the translocation pathway of a membrane carrier.  而摘要就说的是membrane carrier, 而不是channel. 也就是是说你的研究就是把UhpT当成carrier来研究的.如果你证明了UhpT是转运蛋白而不是通道,题目和摘要都不该这么写.  

你PNAS一文说;... The antiporter portein allowing E. Coli to accumulate external G6P in exchange of internal phosphate (6.7) 也就是说引文的6,7(也是你老板的文章)至少已经证实或者默认机理不是通道了.

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在1992年之前,所有的膜蛋白专家都认为CFTR也是一次一个地进啊。直到1992年活体蛋白的研究证明了那是个筒子通道。在这之前,所有的文章、论文、书籍都说那是一次进一个的载体来着。跟你讲一百遍都无效?
Nekono_88 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 : 对牛弹琴,累不累?赶快写连载,等着看呢。
润涛阎 回复 悄悄话 在1992年之前,所有的膜蛋白专家都认为CFTR也是一次一个地进啊。直到1992年活体蛋白的研究证明了那是个筒子通道。在这之前,所有的文章、论文、书籍都说那是一次进一个的载体来着。跟你讲一百遍都无效?
游海儿 回复 悄悄话 回复 '歪伯' 的评论 : 您说得太对了,外行都能看明白的逻辑关系,有些自以为内行的人硬是揣着明白装糊涂。
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :

你还是外行。去读刚才你发给我的老卡院士的论文。他确定了底物结合点,但他依然说朝里朝外是假设可能会发生。他的动态模型也说是假设模型。因为科学需要证据。一个结合点可以打开筒子的门啊,然后就进去很多而不需要继续结合了。照样说得过去。老卡早就知道LacY的一个质子氢的结合处一个糖的结合处。他照样说他的模型是假设。
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :

你给我的链接刚好是老卡的研究。他现在应该八十多岁了。我跟他二十多年没见面了,以前每年开会可以看到他。他研究一辈子LacY,因为发现了这个系统而当上了院士。他至今仍然不说LacY的喇叭口朝里朝外转换真的会发生,其他人在载体领域也没试验证明喇叭口朝里朝外转换是真的。因为没有办法用试验证明其发生过程。这是Yan/Maloney 的方法独一份的原因。等到庄小威那套仪器进化到可以录像分子的动态就彻底解决了这个难题。LacY是载体里研究时间最久的膜蛋白,是院士老卡一辈子的心血,他还是把朝里朝外转换说成是假设会发生,可能会发生。这是他聪明的地方,万一有一天有人用活体蛋白证明了它不变形,是个筒子通道,跟CFTR一样,那他照样不尴尬,毕竟他一直在说那是假说而非事实。
Nekono_88 回复 悄悄话 被拉黑了,转贴到这来吧:回复 'Fanreninus' 的评论 : 大阎好象退休了,所以没有什么academic title了。不知提出申诉能不能被接受。跑到文学城里变相发牢骚,竟然掀起轩然大波,但愿也就是文学城里多些笔墨官司,不要影响到小颜的学术声誉和研究成果。阿弥陀佛,善哉善哉。
Nekono_88 回复 悄悄话 被拉黑了,转贴到这来吧:回复 'Fanreninus' 的评论 : 大阎好象退休了,所以没有什么academic title了。不知提出申诉能不能被接受。跑到文学城里变相发牢骚,竟然掀起轩然大波,但愿也就是文学城里多些笔墨官司,不要影响到小颜的学术声誉和研究成果。阿弥陀佛,善哉善哉。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :

一次一个进了课本了,这课本是2006年的。 它有引用你吗? 没有的话你是不是要去找课本说清楚? (注:颜的XylE就是个H Symport) .

**Sodium-Glucose co-transport mechanism. On its exterior side the transport protein has 2 binding sites, one for sodium and one for glucose. **


Symport or "Co-transport" means that a molecule is allowed to be transported from high to low concentration region while moving another molecule with it from low to high concentration. It in fact is pulling the other molecule with it into the cell.

Examples:

Sodium-Glucose co-transport mechanism. On its exterior side the transport protein has 2 binding sites, one for sodium and one for glucose. When both of these bind to the protein there is a conformational change allowing the electrochemical gradient to provide the energy needed to transport both of these molecules into the cell.
Sodium-Amino acid co-transport occurs in the same manner as for glucose, except that uses a different set of transport proteins, however its mechanism is the same.
These transporters occur especially through the epithelial cells of the intestinal tract and the renal tubules of the kidneys to enable absorption of these substances into blood.

https://www.wikilectures.eu/w/Secondary_Active_Transport
这个站揭示了不同的transporter但总体机制是一样的。

课本: GUYTON, Arthur C – HALL, John E. Textbook of Medical Physiology. 11th edition. 2006. ISBN 0-7216-0240-1.
福森人 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 连我这个外行都替你着急,66年AAM是假设,不是实验结论
润涛阎 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :

你这样的颜粉,我都觉得颜宁应该为你脸红才对。你拿1966年的经典说事,那是生理学的经典,不是分子生物学的经典。在分子生物学角度,根本都还谈不上假说呢。基因克隆是从1973年才开始的,而且只有几个实验室开始搞。膜蛋白基因克隆出来基本上是八十年代的事了。葡萄糖载体的基因克隆出来是在大约八十年代中期开始如雨后春笋。

当膜蛋白基因克隆出来后,让科学家们吃惊不小。12根穿膜螺旋柱子,可以构成一个筒子,中间有一根很长的带电荷的链,加上两头的链,可以构成一个在筒子里来回拉着糖分子进出,看上去就是那样子。根据结构来看,葡萄糖载体和CFTR都是同一类才对,如果葡萄糖载体是喇叭口对外对内变形,那CFTR也是。到了1992年,有科学家把CFTR的蛋白质纯化了,并在细胞膜上研究其动态机理,结果发现它不是个喇叭口朝外朝内变形,而是不变形的通道。发表在《细胞》上,令所有的膜蛋白领域的人吃惊。那葡萄糖载体是否也是个筒子通道?无人证明或证伪,因为找不到办法研究活体葡萄糖载体分子是怎么动的。靠衍射结晶了的蛋白是不动的,无法证明动态机理模型(或叫工作模型、拓扑模型)。

如果颜宁讲实话,那她就说参考了我们的论文,得出同样的工作模型。否则,要么给出参考了另外谁的生化资料,要么就跟LacY一样,只给出葡萄糖结合部位,把工作模型说成是假说,把朝里朝外的变形说成是假说。就没问题了。你自己找到的LacY论文,其实就应该是颜宁论文的模板。否则就给出活体蛋白的研究证明试验。总之,不能靠瞒天过海(不给出“加上他人的生化资料”)就蒙混过关。

你现在明白过来了吗?你给出的链接恰好证明颜宁的论文没给出动态工作机理的资料来源,靠结晶了的蛋白无法证明真的发生朝里朝外转换。LacY的论文就非常诚实可靠。人家说朝里朝外转换是假设会发生的事;载体的工作模型是假说阶段。第13页的总结和图9的介绍就是这么说的。你现在如果还假装不明白,不拿LacY而是拿连分子是啥样都不知道的1966年的假说就是自欺欺人了。

如果你读过我的两篇论文,就知道我们把我们的动态模型称为“乒乓模型”因为只有“乒乓模型”才真正表明一次就一个分子进入。这以后我会详细介绍。我们的乒乓模型的说法也被同行接受,没一篇论文批评过我们的论文。

如何证明LacY一样的载体工作模型不再是假说?其实最简单的办法是等庄小威那套设备发展到能给分子的动态扫描录像,到那时,X光衍射就走入历史了。在这之前,只有用Yan/Maloney 发明出来的探针+半胱氨酸扫描+放射性 这套方法进行动态模型的证明研究。但这太艰难也太费时间。在过去的一百多年里,还没有人发明出另外一种办法比我们的更省事。我估计是庄小威那套仪器的进化能超过科学家们冥思苦想出来另外一种简易些的办法。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :
(重发一下,改两个错字)

针对你下面这句话,难道你对1966是AAM还有怀疑吗? 如果还有的话,那请自行脑补吧,我都引了那么多文了。 1966不是AAM的话,多少论文与综述得重写啊。

==================================================
下面这几句话是您之前布置的,似乎您据此认为66模型就是一个Alternating Access Model (AAM). 仔细读这段话理解不出来这个结论吧?第二句的主语Principle表明,66模型给AAM提供的是principle,即膜的一侧在捕捉,另一侧释放,而没有说66模型就是一个AAM吧?您觉得呢?
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

针对你下面这句话,难道你对1966是AAM还有怀疑吗? 如果还有的话,那请自行脑补吧,我都引了那么多文了。 1966不是AAM的话,多少论文与总数得重写啊。

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下面这几句话是您之前布置的,似乎您据此认为66模型就是一个Alternating Access Model (AAM). 仔细读这段话理解不出来这个结论吧?第二句的主语Principle表明,66模型给AAM提供的是principle,即膜的一侧在捕捉,另一侧释放,而没有说66模型就是一个AAM吧?您觉得呢?
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

终于承认颜该引1966了, 是个进步。

我得回去看老阎的文章里有没有“一次一个”的概念. 就算有,你怎么知道这不是前人已有的发现? 说是老阎的首创? 我引的1973年文里的图也是一次一个啊。

再请评价一下老阎在《颜博士的回应》这句话的智商?

葡萄糖载体membrane carrier变成membrane pump 了?这不是橘子跟苹果比,而是橘子跟核桃比了。如果颜博士认为葡萄糖转运蛋白属于钠离子泵一样的膜泵,那为何你在视频里讲50年都没解决的机理?根据1966年发表在《自然》的论文,细胞膜泵的机理模型早就知道了啊,那你是什么时候知道葡萄糖载体的机理模型的?是你自己发现的,对不?如果前人发现了,那你的论文里为何没给审稿人介绍?
时不时来看看 回复 悄悄话 SwiperTheFox:

抱歉,我结论中已经明确说了66模型提供了原则,但不足以解释葡萄糖运转进细胞的机理。老阎的机理与颜宁剽窃的老阎的机理都符合66模型,但有“一次一个”的超越。

您再问那个问题就是侮辱您智商了。

恕不再答。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :
钠离子穿膜既有ion pump (carrier--Alternating Access) 也有ion channel.
1966的模型是转运蛋白是不会错的。 见 https://quizlet.com/127175350/2-membrane-ions-channels-and-pumps-flash-cards/

倒过来想: 如果转运蛋白用的Alternating Access model不应该引1966的话, 那么颜宁的文章不是漏了引文的问题,而研究的基本依据就错了。 她的和我今天给你的文章,以及其他文章都引错了。 老阎拿这个去跟自然杂志讲,100%的胜算,所以这点没有争辩的余地。

你还是先跟老阎统一好口径,到底他的模型是否符合1966年模型,颜的是否符合1966年模型。 我还等他的答案呢。
时不时来看看 回复 悄悄话 这瓜我就吃到这里了,做个自己的结论供其他吃瓜群众参考:
1. 被颜宁及颜粉捧为经典的1966喇叭口模型提供的是细胞膜两边的捕获与释放原则,原文作者用的也是小Na+做的示意图,作者没有提及“一次一个”的工作原则,因此并非颜宁及颜粉所”强调“的Alternating Access Model(AAM),也就不足以解释大葡萄糖分子运送进细胞的机理。
2. 大葡萄糖分子转运进细胞膜的过程机理是老阎发现并证实的
3. 颜宁2014“阐释”的是同一机理
4. 颜宁及颜粉的故意隐瞒真相,混淆视听表明他们是有目的地剽窃
时不时来看看 回复 悄悄话 SwiperTheFox:

下面这几句话是您之前布置的,似乎您据此认为66模型就是一个Alternating Access Model (AAM). 仔细读这段话理解不出来这个结论吧?第二句的主语Principle表明,66模型给AAM提供的是principle,即膜的一侧在捕捉,另一侧释放,而没有说66模型就是一个AAM吧?您觉得呢?

Many transporters are thought to work by an alternating access mechanism. The principle of this mechanism, which was first proposed in 1966 (Jardetzky, 1966 ?), is that a substrate binding to a cavity on one side of the membrane should trigger a conformational change of the protein to allow the substrate to dissociate on the other side. This process should go through at least one intermediary state in which the substrate binding site is occluded from both sides and there should never be direct access from one side of the protein to the other as is observed in channels.
润涛阎 回复 悄悄话 事实上LacY的论文,他只知道质子氢和糖的结合部,不能肯定是喇叭口朝里朝外的转换,因为没有证据。就假设是这样的。这跟1992年前的CFTR类似,都假设是载体而不是通道。最后证明是通道,那是通过活体蛋白的研究。颜宁的图5是根据结晶蛋白加上前人的生化资料得出了动态模型,她哪里找来的生化资料?为何不给出?这才是隐情。她如果不说“加上他人的生化资料”单从晶体是无法得知她的工作模型的。谁做出过葡萄糖载体的动态模型的生化资料?你去问颜宁博士。
时不时来看看 回复 悄悄话 SwiperTheFox:

> 强调一句: 1966年的模型不是通道。

您这一强调,吃瓜的我又一哆嗦,赶紧细读了1966文一遍。

1966文章中仅有的两幅图,都标的是Na+通过喇叭口的示意图。请问Na+和glucose 一样一个一个被转运蛋白送过去的吗?也用的是Alternating Access Model?

这篇文章有句话,似乎不支持您这个强调哦

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK22454/
13.1.1第2段,第三句话
Sodium ions pass through specific channels in the hydrophobic barrier formed by membrane proteins.

所以麻烦您帮忙搞清楚Na+究竟是一次多个的通道传输还是Alternating一个一个来?1966的文章究竟有没有区分通道channel还是alternating?

润涛阎 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :

这文章我读过。

这个你没读懂啊。第13页,你看他最后的结论是: a working model for the
mechanism that involves alternating access of the binding site has been postulated.

他找到了binding site,但因为是结晶蛋白,无法得知动态模型,就只能postulated.对动态模型来说还是在假设阶段。

看他的图9的说明:Possible structural changes between inward- and outward-facing conformations.

“可能的从喇叭口朝内朝外的转换”这就是假设的模型,还需要用活体蛋白证实他的动态模型。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 再举一例证明阎的错误: “只有两家阎/颜用试验证明了载体动态模型。”

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2802108/pdf/nihms156903.pdf
SwiperTheFox 回复 悄悄话 阎润涛:你先把你自相矛盾的地方解决了:

你的模型到底符不符合Alternating Access Model?
你在颜宁的回复一文里说不是,在下面回答里又说你证明了糖转运蛋白用了与离子泵相同的机理。

对于吃瓜的:离子泵是消耗ATP的转运蛋白。  葡萄糖及其他转运蛋白都是用这个模型一个一个转的。 
1966年的经典就是这个模型。 区别就是是否消耗ATP。 强调一句: 1966年的模型不是通道。
歪伯 回复 悄悄话 虽然隔行如隔山,但很多功能原理都可以一通百通。老阎掰开了揉碎了反复说明,有些人是真看不懂,还是揣着明白装糊涂?人的善良只能对无辜者,无助者施舍。对于作恶的人不能有任何恻隐之心,反而会让这种人侥幸心爆棚,恶性膨胀!套用一句时髦的语言就是:“毛病不改,积恶成习”
时不时来看看 回复 悄悄话 > 回复 '润涛阎' 的评论 : 我们称为乒乓模型,就是一次转换,带入一个分子。就是一个一个地过。而通道则是打开一次进入1000到1百万个。

嗯,我被带偏了.https://en.wikipedia.org/wiki/Na%2B/K%2B-ATPase描述离子泵先制造Na+浓度梯度,然后才能转送glucose进细胞.

梯度出来了,葡萄糖分子是一窝蜂过隧道一样地过细胞膜,还是一个一个被领着过,之前不知道.博主证实是一个一个被带着过的. 彦宁也推出是一个一个带着过的,与博主结果一样.至于是Gluts带的,还是别的蛋白带的,过程都一样.
嘎德 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :
对你最有利的结果大概是Nature让你发一个Comment,Nature本身不做裁判。
嘎德 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 : 我十分好奇Nature有没有给你回复?要是我猜的的话,Nature估计会捣糨糊拖时间打圆场置身事外,科研界也是人组成的,有人就有江湖!
嘎德 回复 悄悄话 科研文章引用谁不引用谁是个很大的坑,看似公正,其实作者的小九九算的很深的。有的只是随大流,有的却是抱有私心,不一而足。如果有心人把大阎小颜之争写成剧本,拍个好莱坞大片,再加上一点R限制级的剧情和刺激镜头,肯定卖座!
润涛阎 回复 悄悄话 如果这个世界上还有另外一家发表过葡萄糖载体的机理模型,那颜宁就与我无关,那就是审稿的人的责任了。可就只有我们两家发表了葡萄糖载体模型。根据颜宁认可的规则:所有的载体,不论是否是葡萄糖载体,只要有一个证明了出来,就全都证明出来了,因为都遵守同一模型。当然,事实上也可能不是这样的,而是还有例外。如果她证明了的跟我们的不一样,那她论文的价值就大了,等于否定了前人们的假设。
润涛阎 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

我们称为乒乓模型,就是一次转换,带入一个分子。就是一个一个地过。而通道则是打开一次进入1000到1百万个。

看上去是载体的CFTR,竟然是离子通道。所有,必须用试验证明到底是什么样的机理模型。颜宁的图5跟我们的图是一样的。她还在图5的解释上说是根据她们自己的结果和参照前人的生化结果推理出来的。前人的生化结果是谁的?她不给出。就是这样剽窃的。

给她洗地的,都是恨润涛阎的,或根据丛林法则哪个地位高后台硬就跟着哪个。这可以理解。然而,历史是无情的。我们这个世界上,只有两家发表了葡萄糖载体的动态模型,就是阎/颜。而且用的还是同一家族的载体。结论一模一样。她现在怎么解释都是徒劳的。
时不时来看看 回复 悄悄话 单单用离子泵的机理是不能完全解释蛋白质如何运送葡萄糖进细胞膜的,这个您是真不懂还是故意吓我?

颜宁给出图5就是要说明不同于离子泵的那部分啊,这个图5就是博主的图4嘛. 文章能发表是因为有与前人不同的的新发现嘛,您用66模型完全替代yan模型是啥意思啥?
润涛阎 回复 悄悄话 难道我就不能借用网友的观点???

你还是搞不明白载体是否遵守离子泵的模型啊。跟你说,1966年的是离子泵,也就是说,分子载体也可能遵循离子泵的模型,也许不是,必须有试验证明。离子泵模型,我们的论文成为乒乓模型,说的都是一回事。假说离子泵模型也适应于葡萄糖载体和CFTR。但事实证明:CFTR就不是离子泵模型,而是通道。葡萄糖载体是否遵守1966年提出的离子泵模型,需要科学证明。目前只有两家证明了这一点:阎/颜。

颜承认她引用的27参考文献,就是所有的载体都是同一模型,只要证明了一个载体是什么模型,所有的载体都是此模型。也就是说,我们证明了的葡萄糖载体模型就是所有的载体模型,不论是不是葡萄糖载体。明白不?
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :
你先跟阎润涛统一了意见再来发言。

他自己在底下的回答里承认葡萄糖转运用的是离子泵类似的机制。  当然这也跟他自己当初回应颜宁引1966年时的回应是矛盾的。 

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“直到我们发明了新的方法在活体蛋白中证明了葡萄糖载体也遵循着离子泵的机理”
时不时来看看 回复 悄悄话 您别说还不知道glycolysis这个过程哈,其他从喇叭口顺梯度输送的离子需要类似的化学过程吗?
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :

从以下这句话看, 原来“诚信”说的是真的, 那个“比哭笑好”真的是你.....

4. 你反复给我看的链接,是国内媒体的报道,有三位美国教授对颜宁2014年论文的评价。而你找不到这三位教授的英文评论来源。等于是三位教授私下里跟颜宁谈的?根据西方的文化,私下里的言论不能作为公开的评价。大家都搜索不到这三位美国教授的英文评论。你一直用这三位教授的评价挺颜贬阎,可你连这三位教授讲的出处都找不到。



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诚信 2019-07-10 05:14:56 回复 悄悄话
这里需要澄清一下, 这位 “比哭笑好” 就是 老阎 本人。

很明显, 很多人不知情, 又被他成功骗了。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

核心问题不是1966的模型是否是Alternating Access Model 吗?  这篇文章是引用时说1966年的模型是Alternating.... 就足够了。

转运蛋白有耗ATP的有不耗的,有伴随氢离子的, 有不伴的。 葡萄糖转运蛋白是其中一种。

颜2012年的是H-symporter, 2014 是uniporter用的都是同一模型。 

时不时来看看 回复 悄悄话 您确信读懂了那篇文章?Abstract第一句您再读读,看看是说glucose大分子逆梯度anti-gradient输送的吗?

Secondary active transporters move molecules across cell membranes by coupling this process to the energetically favourable downhill movement of ions or protons along an electrochemical gradient.
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

你看过几篇文章, 就敢说1966不是Alternating? 随便给你找一篇文章看看,请你认真学习:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3004247/

“Many transporters are thought to work by an alternating access mechanism. The principle of this mechanism, which was first proposed in 1966 (Jardetzky, 1966 ?),”



https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3004247/
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '润涛阎' 的评论 :
对不起,我什么时候拉黑你了? 我都不知道技术上该怎么操作。 
时不时来看看 回复 悄悄话 您关注了这么久,发了辣莫多高技术含量的文章,长贴,到现在还没搞清楚:

喇叭口,不是重点,重点是Alternating,这是老阎琢磨出来并证实的。

颜宁用Gluts静态的结晶结构去解释Gluts载体 alternating运送glucose是个大胆的尝试,但解释的结果和老阎的一模一样却不引用就变成了剽窃。这如同她看到张着嘴的死鱼去推测鱼没死的时候呼吸频率,而推测的结果和唯一的别人发现的一模一样是一样的道理。她的目的就是故意张冠李戴,把1966的钠离子喇叭口替代alternating access model。

以上是老阎博客中提到的,您明白问题所在了吗?

润涛阎 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 :

你拉黑了我,却来我这里评论。

你如何spin也改变不了以下事实:

1. 在这个地球上,只有两家阎/颜用试验证明了载体动态模型。

2. 颜承认了在她引用的27参考文献里的假设:所有的载体都是同一个机理。也就是说,不论用拿个载体,证明了其动态机理,就是通用的载体动态机理。这就堵死了你以前说的阎与颜研究的载体不是同一蛋白。而事实上,二者是同一家族的载体。

3. 颜在2012年的论文里就没推理出工作模型(动态模型、机理模型,叫法不同),而在2014年同样的方法同一载体的同系物就推理出了工作模型。刚好我老板死于2013年。

4. 你反复给我看的链接,是国内媒体的报道,有三位美国教授对颜宁2014年论文的评价。而你找不到这三位教授的英文评论来源。等于是三位教授私下里跟颜宁谈的?根据西方的文化,私下里的言论不能作为公开的评价。大家都搜索不到这三位美国教授的英文评论。你一直用这三位教授的评价挺颜贬阎,可你连这三位教授讲的出处都找不到。

5. 你总拿1966年钠离子泵说事。我跟你讲过多次了,分子载体是否遵循钠离子泵的机理,一直是假说。有两个系统一直被认为都是遵循离子通道机理:一个是葡萄糖载体系列,一个是CFTR。发现CFTR不是离子泵机理的是在1992年《细胞》发表的论文,震惊了整个膜蛋白领域。直到我们发明了新的方法在活体蛋白中证明了葡萄糖载体也遵循着离子泵的机理。你说什么其他人一直在研究葡萄糖载体的机理,你找到了哪家发表过葡萄糖载体机理模型的论文?完整的一套科学试验证明葡萄糖载体的机理模型是我们首先发表在《细胞》、《美国科学院院报》上的。

6.颜宁的图5跟我们的图6是一回事,而她没给出参考文献。她在图5的解释是:根据我们的资料和已发表过的生化资料,我们提出该葡萄糖载体的工作模型”,她没给出她参考了谁的生化资料?谁发表过葡萄糖载体的机理模型?

你的意思是她没说她首先搞出了葡萄糖工作模型,可她的图5就是啊。她又没给出她参考了谁的生化资料,那不就等于图5就是她自己的结论了?她越是只提1966年离子泵的模型,她越是暗示从1966年到她这里,葡萄糖载体的研究等于空白,只不过有点“生化资料”而已。而事实上,detailed topological model早就搞出来了。这评价是权威葡萄糖载体专家的综述所说。你从不提这样的综述,反复讲的就是那三位美国教授的评价,可你找不到那三位教授的评价英文来源。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

我看了好几篇论文与综述, 并复习了网上的课本。 100%确信1966就是Alternating Access Model (当时叫Allosteric Model). 南侠也在他的文章里详述了。 

而且阎也不是第一个用这个模型解释糖转运蛋白机理的,随手就找到了1973年这篇文章,里面图1就是阎描述的喇叭口。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1165857/pdf/biochemj00597-0167.pdf

我不知道怎么能再说清楚,颜没有发现这个机理,阎也没有。 还能有什么不理解的!!!?
时不时来看看 回复 悄悄话 > alterating access model

是alternating access model,即一次一个,轮着来。您确信这个alternating access model是1966年发现的?并且用来解释葡萄糖如何被各种载体送入细胞膜的?

您这是间接回答颜宁并没有发现葡萄糖是如何被转运进细胞膜的吗?这个是与不是的问题真那么难直接回答吗?
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :
我不知道话说得这么清楚, 还没看懂是谁的逻辑有问题?

1. 颜没有发明Alternate Access Model 喇叭口 (她也没说是自己发明, 有人说她是50年来结晶人体葡萄糖蛋白的第一人)

在2014图5的说明里明确指出: "....required for a complete transport cycle according to the alterating access model". 这就是指引文27。

2. 关键的是阎也没有,至少不是第一个发明这个喇叭口模型。 他晚了近三十年。
时不时来看看 回复 悄悄话 您逻辑真成问题,那一步一步来:

颜宁发现了葡萄糖转运进细胞膜的机理吗?

是还是不是?
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

再把“一样”的一说也说清楚。 我问了好几遍, 阎对机理的 独 特 贡献在哪里? 哪些是与颜一样的? 这个问题阎一直回避。 

颜对机理最重大的贡献是对门闩 ICH 的功能的阐述。 阎的蛋白根本就没有ICH。 怎么能说发现是一样的? 
冥王天蝎 回复 悄悄话 在自己要出版的文章中运用恰当的、符合客观事实的词汇去引用任何密切相关的前人已有的假设、模型、结论,甚至猜测,是一个做科学家应有的道德底线。做不到这一点,建议改行。这一点对尚年轻的科研工作者尤为注意。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :
我不是在第一点已经说明了吗? 完全没有回避这个问题.

1. 阎不是基础模型的首创,首创是1966年经典. Alternative/Allosteric Model 即阎说的喇叭口.

加两句的话.
2. 阎画的模型符合1966年经典.(这里特别强调一下这不是阎发现的模型)
3. 颜画的模型也符合1966年经典

2 + 3 不难解释为什么阎颜的模型是相近的, 那颜是应该引用1966年经典还是阎文?

时不时来看看 回复 悄悄话 >3. 颜2012年着重讲晶体结构,没有过多讨论机理,所以没有引用1966. 2014年有了2012年的基础,加上其他实验室跟进的结果, 阐释了机理所以引用了1966, 并且阎特别注意的图5人家明确说这是Alternate Access Model.

事到如今,您又如此专业,且一直知道事情的本质所在,您有责任回答一个关键问题:

您在上面第3条的总结中,仅仅提到颜宁在2014中阐释了”机理“,这个机理是还是不是老阎已经发现的机理?

您回避这个关键问题,到了现在而今眼目下,是非常让我等吃瓜群众费解的。

老阎明确说了颜宁那个机理就是他们发现的就是一样。再重复一遍:葡萄糖转运进细胞膜的机理颜宁发现了吗?老阎发现了吗?这两者是一样的吗?除了二Yan,还有第三者发现了同样或相似的机理吗?
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 :

这个问题已经解释了很多遍了: 这个第一原理/原则/模型/机理, 不是老先生首创,是比老先生早近30年的模型。 颜基于并引用了该模型。 一点也没错。 首创这个大前提不成立, 没有什么好争论的。

老先生放之四海皆准的第一原理/原则/模型/机理/随你怎么称呼吧 是不可能"活灵活现"地推导出萄萄糖载体那个把萄萄糖转进细胞的“机理”。
Stegy223 回复 悄悄话 毫无疑问也毫无争议小颜的主要贡献是获得了人葡萄糖载体蛋白的一个3维结构。这人萄萄糖载体蛋白3维结构算不上皇冠上的明珠(否则要正儿八经谈诺贝尔大奖了)但也确是金枝玉叶。这结果上Nature是没啥可多说的。小颜在Nature2014'讨论部分谈了一个“working model”也是中规中矩。本身没太多可指责的。引文上作者有一定程度的自由度。比较不同寻常的是这里颜文引文超少。从后来的博客回应也可看出,小颜强调一切源于老先生66年一篇放之四海皆准的第一原理。在颜的视频中又加上个玄乎乎的“ rational design”. 总之前人对糖转运机理的认识几乎不存在。在大众中能不得出50年来第一次发现了/建立了/阐明了/...人葡萄糖载体转运机理的印象吗?

虽不认同老阎的一些说法观点。但值得指出老阎 “通过X光衍射结晶蛋白能否推理出(葡萄糖转运进细胞的)动态工作模型?”是个站得住脚的问题。 就小颜的二个静态的晶体结构(Nature2012和Nature2014)加上老先生放之四海皆准的第一原理/原则/模型/机理/随你怎么称呼吧 是不可能"活灵活现"地推导出萄萄糖载体那个把萄萄糖转进细胞的“机理”。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Dalidali' 的评论 :
这是我写的总结,里面有对各个讨论的链接. 请特别注意南侠的文章的连接.

http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201905/37482.html

趁这个机会总结一下这两天的讨论
1. 阎不是基础模型的首创,首创是1966年经典. Alternative/Allosteric Model 即阎说的喇叭口.

2. 阎不是第一个用该模型解释并用实验验证糖转运机理的, 见下面这篇1973年的论文. 里面的图一就是喇叭口. 而从1966到阎文得2多年, 到2012的近50年间, 可以推想,有众多科学家发表了几十,上百,甚至上千篇有关论文. 这一篇应该只是沧海一粟. 这里要特别给学数学或物理的特别解释一下. 生物模型的验证通常是这种一个文章一毫米地往前蹭, 几十年不断补充机理的步骤与细节.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1165857/pdf/biochemj00597-0167.pdf

3. 颜2012年着重讲晶体结构,没有过多讨论机理,所以没有引用1966. 2014年有了2012年的基础,加上其他实验室跟进的结果, 阐释了机理所以引用了1966, 并且阎特别注意的图5人家明确说这是Alternate Access Model.

4. 颜的视频. 我昨天特别复习了颜的以下视频. 颜在介绍背景时说"We know that...." 我们知道葡萄糖转运是Alternate Accessing Model. 就跟我们知道转运蛋白有12个跨膜区一样,是背景知识. 并说我们的研究 "reviewed the model", 在后来总结自己的研究的贡献时说, "Update the model". 颜这里的英文用的不是很地道,我不在这里追究,但意思很清楚--基础模型是Alternate Accessing Model. 这是背景. 没有把模型的发现权据为己有.


https://www.youtube.com/watch?v=6PMg-0bwiTI&t=760s
远在他乡1997 回复 悄悄话 回复 '樱叶' 的评论 :
完全赞同你的评论(为什么在自己的博客里都不能说自己的事呢)!
再加上 “时不时来看看” 网友的建议:建议颜宁自己发帖或文驳斥老阎的“机理一样”
老闫的做法没毛病。
枕寒流 回复 悄悄话 这个去世时间的细节是旁人所不知的。此文一把撕下追名逐利的学术骗子那道貌岸然的面具。小颜院士堪忧啊。该来的还是来了。那位有操守的学生如果现身,定会为阎颜之争议敲上棺材板的钉子。。
Dalidali 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : "纠正一下你印象里的错误,基本模型1966年就有了".
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给个连接吧. 我有时间拜读一下. 谢谢!
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Dalidali' 的评论 :
纠正一下你印象里的错误,基本模型1966年就有了
时不时来看看 回复 悄悄话 rz:

如果没有任何背景,就一旁观者,您缺了点自己的判断:博主让真相大白,究竟是害颜宁还是帮颜宁?
时不时来看看 回复 悄悄话 真希望颜宁的父母能尽快明白自己闺女的青春毁在施一公身上。

颜宁渴望爱,她追帅哥哥表漏无遗。她不是同性恋,从她和李一诺女士的对话看得出。她是一枚正常的美女。

施一公推了她15年,唯独不推她嫁人,没有私欲也该避嫌。50几岁了,还给她不切实际的幻想,比张艺谋对巩俐还狠。

以上纯属本人的八卦想法,如有雷同,实属巧合。
rz 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :
我清清楚楚得告诉你我就是一旁观者,没有任何背景。 我到要提醒你气大伤身。 
时不时来看看 回复 悄悄话 rz:

您的目的大家都清清楚楚: 博主停止发关于这件事的博客,我们停止讨论。让颜宁永远据别人的发现为己有。这个您做不到。

有两件事您可以做:1.建议颜宁自己发帖或文驳斥老阎的”机理一样“;2.建议她彻底远离施一公。已经外院了,应该有自己幸/性福的后半生。
樱叶 回复 悄悄话 为什么在自己的博客里都不能说自己的事呢?不想看的人可以离开呀
rz 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :
隔行如隔山。 不是科普能解决问题的。 你想想到这个博客来的都是什么人。在美国这个社会里有什么分量。 觉得不公平就走正规渠道,打官司到杂志社要说法随便。 争取这里的人的支持就是竹篮打水。
时不时来看看 回复 悄悄话 博主是一位令人尊敬的科学家,几年前即使和韩春雨八竿子打不着,也为大家从科普的角度解释了为什么韩春雨是骗子 https://blog.wenxuecity.com/myblog/1666/201701/27877.html

现在是自己的亲身经历,更有责任让真相大白于天下。现在博主明确指出:颜宁的2012, 2014两篇Nature文章中关于葡萄糖如何运转进细胞膜的机理就是他们20年前发现的,一模一样。在这用科普的形式让所有感兴趣的人知道这件事,为什么是一样的,功莫大焉。

一些人自称教授,医药工作者要求博主不再发关于这个问题的博客,不再讨论,存心让颜宁据他人的发现为己有。这种做法名义上息事宁人,实际上助纣为虐。

让博主继续他的科普吧,颜宁如果没做亏心事,即使鬼敲门也不会怕。
timlz70 回复 悄悄话 博主因这事关了一段时间,重开之后我以为这事儿已经过去了,没想到又开始热论起来,应了老阎较真的个性。同一件事儿,也可以看到双方的态度。两方面都不会认错,道歉,和好等等。老阎在这方面做了一些成绩,可惜当时没注重卖点,太低调。正像陈列平发现PD-L1一样,虽然是同一个蛋白,他的机理假设是反的,所以诺奖不会考虑的。颜与公狮近年来的所作所为,已经没有科学家的影子啦。完全用自己的工作来追求名利的,这类人会不择手段达到自己的目的的,什么事儿都可以干出来的。搞生物的人都清楚他们的工作,没什么创造性,属于蓝领。他们自己不吹不忽悠,怎么可能啊!像老阎和踏实做学问的人,完全可以嗤之以鼻。小丑出来混,蹦达蹦达,风光一时,但终究要还的。
rz 回复 悄悄话 都说医生是最差的病人, 此言不假。
润涛指点江山,纵横古今,分析中美形势, 是何等的了得。 我是非常的佩服,也常来博客看看, 今天一来, 看还在纠缠此事,觉得非常不明智。
 现今科研,所有成就都是站在前人的肩膀上,跑马古荒是不可能的。你和你导师做的东西,也是在当时的条件下的成绩,不可能没有前人的东西。现在小颜做的东西,是你和你导师做不到的, 要承认别人的努力。况且你导师已经不在了,以你一己之力能争取到什么。
 你关博了一段时间, 正规渠道你肯定走了,没有好结果,就认命算了。个人名利之事, 要看开。你好像已经退休,争论这些事有啥意义。
 我也在医学实验室干了十多年,也遇到过自己做的东西被别人发表,自己写的文章被别人要求共同第一作者。 当时也生气,但我想老板肯定有他的道理。 现在回想起来,那些事就是个零。
 就像红歌星, 王菲啥的,人家就红了,你也是歌星,你觉得比她唱得好,那没用。
 想开算了。科研做为一个谋生的手段,应该是一个过去时了。
 声明个人绝没有个人利益在里边,觉得有理就想一想,没理就拉倒。
时不时来看看 回复 悄悄话 > 这个不是这里的人可以评论的

who cares?
davidinchina 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 : 确实啊 who cares? 我也不care。 这个问题关键是博主的文章是不是对彦宁的研究是essential 的基础,这个不是这里的人可以评论的。说实话,who cares.
时不时来看看 回复 悄悄话 您支持谁不支持谁,who cares?
davidinchina 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 : 你自己去看看我的评论,有没有前后矛盾的对方?我从来都是中立,没有偏向博主,也没有偏向彦宁。我只是希望这事能由学术圈去解决。这场争论我知道,但是不曾跟踪博主的更新。如果这事一开始能在学术圈里争论,早就应该有公论了吧。我们吃瓜群众支持谁,反对谁,也不顶用啊。
davidinchina 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 : 对啊。这是好久以前的事情了,我还以为早就解决了。今天看到还在闹,当然惊讶了。
时不时来看看 回复 悄悄话 davidinchina 2019-05-17 15:09:56 回复 悄悄话 我也是大学教授、做科研的,虽然不懂争论的课题,但是如果彦宁没有引用一篇重要的相关文献的话,确实是学术不严谨。虽然撤稿是谈不上,但是到底是谁先发现了什么,确实应该有个公论。我相信如果公正的去谈论的话,不管结果如何,博主和彦宁都只能可以接受结果。

您厚道点,说过的话都有记录的。
福森人 回复 悄悄话 支持老阎!
davidinchina 回复 悄悄话 回复 'originall' 的评论 : 再加一句;我看到了Fanrenin文章的标题,也仅仅是因为这篇文章在文学城的首页。我没有首先去看博主的文章,仅仅是因为他的文章不在首页。说实话,这种文案官司,除了事件中的几个人以外,who cares? 该留给学术圈的问题的就给学术圈吧。
davidinchina 回复 悄悄话 回复 'originall' 的评论 : 再加一句;我看到了Fanrenin文章的标题,也仅仅是因为这篇文章在文学城的首页。我没有首先去看博主的文章,仅仅是因为他的文章不在首页。说实话,这种文案官司,除了事件中的几个人以外,who cares? 该留给学术圈的问题的就给学术圈吧。
davidinchina 回复 悄悄话 回复 'originall' 的评论 : 其实 Fanrenin的文章我也没看,因为我压根不关心博主和彦宁的争论。虽然我也知道博主是文学城的名博,但是很少看博主的文章。今天我是看了 Fanrenin的标题《阎欠颜一个道歉》,一时不知道出了什么事,才来博主的主页来看看的。当然我也没有仔细看博主的文章。你也无法说服我。我就是坚持:这种学术的争论,真正能解开真实情况的,还是只能靠学术界,而且是学术界的小同行才行。博主当然可以科普了,但是并不具备公信力和权威。我建议博主还是在本专业的同行里,引起关注和争论,才能最终得到公正的结果,如此而已。
榕城狮城 回复 悄悄话 老阎的文章真是试金石
紧跟着学 回复 悄悄话 老阎这篇文章里的母狮,一公狮和水牛的故事最精彩,情节合乎逻辑。
originall 回复 悄悄话 回复 'davidinchina' 的评论 :

没空看,你怎么有空看反驳老阎的文章?“就有个反驳楼主的。太专业了”还说太专业了,
你没看老阎说的,就可以说反驳的专业吗?那不就是一面之词了。联系nature,不耽误博客科普呀。要说吃瓜群众,就是nature的评审一个领域的不了解另外的领域都可以是个吃瓜人。吃瓜群众要是用心也总能理解的更多一点儿。世间总有相对更真理的东西存在
歪伯 回复 悄悄话 老阎把你在Fanreninus那边的留言转贴过来吧。感觉你在与牛弹琴,有些人是认知问题,有些人就是“屁股”问题。那个写综述的龌龊华人,在生活中比比皆是,各个行业都有,
davidinchina 回复 悄悄话 回复 'originall' 的评论 : 说实话,没空看。就是瞟一眼,也没有足够的兴趣去仔细研究双方的观点。但是可以肯定的是:这事目前有很大的争议,应该留给学术界去争论就行了,楼主有疑问完全可以直接联系对方的学校,也可以联系nature, science,在这里讨论没有意义啊,我们这些吃瓜群众说谁对谁错,也没有权威性啊。对不?
Dalidali 回复 悄悄话 实在太忙, 没时间仔细读原文.
粗略的印象是:
一个是通过艰苦的实验数据得(或推)出了模型.
另一个是看了模型, 设计了漂亮的实验.

既然上帝设计了两个YAN. 估计会有更精彩的片段, 慢慢看.
时不时来看看 回复 悄悄话 > 我在文学城上看了看,就有个反驳楼主的。

反驳大阎的可不止一个,骂人贴的,轱辘贴的,比较原文贴的,不一而足。颜宁自己也发帖了,除了骂吃瓜群众神经病外,还贴了张钠离子喇叭口,而没有吼吼:

本老姑娘的结构模型运转机理和你老阎说的不是同一个!根本就是相对论和牛2定律的区别!

她是最有权威说这句话的,留着干啥?自己最能说清楚的事,留给一帮支持她自己的吃瓜群众来说干啥?她不是口口声声要科普吗?这个都涉及到自己剽窃了,还不科普一下?

老阎在这里是科普,给Nature的就不是简单的科普了。
紧跟着学 回复 悄悄话 回复 'davidinchina' 的评论 : 老阎被你说的话伤到所以关博,不可能!使足劲吹捧老阎他会自鸣得意,也不可能!
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大阎关博,我还以为是我护颜说话太直伤着他了,向他喊话道歉,真是“不知人不知面更不知心”。
originall 回复 悄悄话 回复 'davidinchina' 的评论 :

你还是看看老阎在这片文章下面的回复再质疑吧!老阎已经都解释了!
davidinchina 回复 悄悄话 回复 'originall' 的评论 :

我在文学城上看了看,就有个反驳楼主的。太专业了,大多数这里的人并不具备专业知识判断谁说的对。

http://www.wenxuecity.com/blog/201907/73963/7931.html

阎欠颜一个道歉

前段时间,大阎因为在谁先发现细菌糖转运体机理问题上对小颜先赞扬后攻击引起了一场大辩论,我觉得他那样是对小颜不公平的,因为小颜研究的东西和他的完全是两个不同的东西,还有,没有引用他那文章的人不只小颜一个人,在她前后都鲜有人引用他的那篇文章,我这么说不是说他的那篇文章不重要,恰恰相反我在好几篇文章里,专门提到了他那发现能被《细胞》杂志发表,肯定很了不起,应该值得我们学习和尊重,但是,了不起并不代表小颜要引用他的,原因就是没有相关性。

大阎当时为了证明小颜理亏,说要给《自然》杂志写信,我当时就说如果他写信,要么不会被理会,要么就是被礼貌地告知他的研究和小颜的不相干,完全不会影响小颜发现的新颖性和影响力。现在快两个月了,如果当时信誓旦旦说要给《自然》写信的大阎真的那么做了的话,应该得到回信了。不管得到没有,作为城里受很多博友尊重的大阎都应该给大家一个说明。

可是大阎不但没有这么做,反而再次写文重复自己以前说过的不能令人信服的观点,再次对小颜进行抹黑(第一次用这个词,忍了很久了!),不能不说这种做法很令人失望。如果我在他出这文之前对他还有一点尊敬的话,那现在一点都没有了,因为我觉得这样的做法,实在是太不专业了。而专业是一个科学家最起码的品质或者道德操守,可是大阎没有,你说不让人失望吗?

我觉得大阎这样做,不仅是对小颜不公平,而且是在毁谤她,错的不是她,而是大阎。所以,大阎,你欠小颜一个道歉!

为了方便大家破解大阎最新的一篇长文,我这里简单狡狡他的阎五点:

一,颜宁团队与Yan/Maloney研究的葡萄糖载体蛋白是同一家族。对的,但是一个是大房的,一个是四房的。即使是同一个蛋白,不同的课题组都可以研究,别说是两个不同的蛋白了。而且,不仅蛋白不同,两个组使用的手段也不同。

二,葡萄糖载体工作模型与机理。这个在大阎他们之前和之后都有人提出个不同或者类似的模型和机理,但不管怎么样,都只停留在模型的基础上,需要进一步的证实。再说,小颜研究的是另外一个东西。而且有专家在大阎发表他的文章后,依然说如果人们要了解葡萄糖载体的运糖机理,就必须获得处于不同构象状态的葡萄糖转运蛋白的高分辨率晶体结构。小颜做的正是这个。

三,葡萄糖载体分子详细的动态模型。大阎不停地说“活体”和“动态”这两个词,其实他所用的方法也不是什么活体,只不过是做了些突变,再连猜带测做出的假设模型。到底是不是那样,还要得到结构上的证实。而且他做的不是小颜做的那个蛋白。小颜用晶体不仅直接观察到了她所研究蛋白的结构,而且是和单糖结合的,这个比突变方法间接得出的模型更真实。就像黑洞理论和黑洞照片一样,前者是推测的,后者是直接看见的。

四,Yan/Maloney 模型是最早的葡萄糖载体蛋白工作模型。不是一个蛋白,而且是一个有待证实的模型。

五,到底颜宁团队通过X光衍射结晶蛋白能否推理出动态工作模型。答案是肯定的,而且被同行认同。这是因为,小颜团队用晶体法对该蛋白和不同糖结合的不同构象进行了拍摄,就像是拍一个人在动时的系列成像一样,一张看不出如何动,但多张放在一起就成了一个能看见如何动的小短片了,所以不仅可以得出动态,而且比突变得出的更为真实,更为直观。

如果还觉得自己有理,请把《自然》的回信拿来给大家看看,不然就别再胡搅蛮缠地来这么对一个清白的晚辈!

注:见我以前写的相关博文,其中虽然主要是为小颜辩护的,但也有歌颂大阎的,特别请看最后一篇,写该文时,大阎关博,我还以为是我护颜说话太直伤着他了,向他喊话道歉,真是“不知人不知面更不知心”。
originall 回复 悄悄话 以前老阎博客有个 澳洲的 书剑泯恩仇 网友,好像好久没上来文学城了,希望有时间能上来文学城看到老阎博客
originall 回复 悄悄话 回复 'davidinchina' 的评论 :

美国政府部门办事效率也低,学术圈也很腐败,nature未必真心重视,总有同行业的网友可以看看。颜宁自己也可以说她的观点,不用微博光迷明星,正事儿就只会说“碰瓷”,吓唬谁呢
originall 回复 悄悄话 早就说过,本科就几年给同学当跟班,科研也难独立思考有创造力。被公狮子拿来当枪使,公狮子没什么实质成绩,也不敢自己吃,因为这个内幕吃相很难看的。这点儿道理,但凡脑子有点儿逻辑的都没脸说出“碰瓷”这个词,公狮子听了都要觉得找了个扶不上墙的猪队友
davidinchina 回复 悄悄话 这事太专业,我想应该留给专业内人士来做具体评价。在这里我们只能听到楼主自己的想法,很多评论也过于情绪化,不利于厘清事实。我支持楼主写信给nature,公道自在人心。
Arnold2 回复 悄悄话 回复 '我生活着' 的评论 : +1. 老阎在博客这个江湖也行走经年了, 任何时候都不要被激怒, 要坚持做自己认为对的事。
我生活着 回复 悄悄话 有些人根本就不是出于正义感而是为了蹭话题的热度,不用理会这种小人。有分辨能力的人会从字里行间中读懂,明白。祝好!
lostman 回复 悄悄话 一公狮,哈哈哈哈,施一公,不过支持闫润涛打假,什么爱国不爱国,少来这一套,真理必须辨明白






hkhawaii 回复 悄悄话 坚持支持老阎!
Dalidali 回复 悄悄话 X光衍射测结晶蛋白结构, 是分析领域, 是"死"蛋白.
"动态工作模型", 是生物领域, 是"活"蛋白.

从X光衍射测结晶蛋白结构, 推到"动态工作模型"? 中间隔了十万八千里!
天地行者 回复 悄悄话 玩完了,这会羊院士只能在国内和狮子一块混了
天地行者 回复 悄悄话 玩完了,这会洋院士只能在国内和狮子一块混了
游海儿 回复 悄悄话 支持老阎求真!
leisure 回复 悄悄话 支持博主的求真精神。另:狮子的故事很有趣,而且还是一公的狮子。
lin13590 回复 悄悄话 一如既往支持老阎博士,但学生退出的猜测只是一种可能,未必是事实。
Arnold2 回复 悄悄话 支持老阎
tanjiang10 回复 悄悄话 老阎不为名利,只为真相,时间会证明一切的。加油。
blue6albion 回复 悄悄话 时间点再清皙不过了:2012年没推出机制,2013年大老虎马老爷子仙逝,2014年用雷同的方法却推出了机制.个中猫腻肯定大着呢.更让人气愤的是他们忌讳外族老虎,却妄图无视本族大侠的存在.这事得整出眉目,给他们颜色瞧瞧.
时不时来看看 回复 悄悄话 一个正常的人,当别人说你误拿了我的东西,第一反应是立即去确定那件东西是不是自己的。如果确定是搞错了,肯定是原物奉还,外加万分的歉意,以求谅解。

一个合格的科学家,最担心的是自己的结果经不起检验而误导同行,误导社会。

利欲熏心,靠剽窃别人的科学想法哪怕还没有公开发表,也为人所不齿。颜宁和骗子一样,被指认骗人剽窃后,做的却是混淆视听,指鹿为马,倒打一耙。客观上,这样的行为对社会的危害程度并不比一个重罪犯轻。

施一公一手把颜宁从本科推到外院,却迟迟不推她的婚事,让她整天yy各路小哥哥。施一公乃是颜宁人生中的最大恶人。
紧跟着学 回复 悄悄话 看明白了,支持老阎!下面写写你当年和Maloney教授做科研的精彩片段吧,你以前文章提到但轻轻带过,精彩在细节处 :))))
歪伯 回复 悄悄话 谢谢科普,职业素养,科学规范。国内的科技公司太热衷“自主知识产权”,孰不知这个“自主”有多大水分是copy来的。在虎山待过的“公狮”也该出面讲讲“内情”了。
远在他乡1997 回复 悄悄话 绵里藏针,够两人喝一壶的了。
远在他乡1997 回复 悄悄话 还是太专业,看不很懂。但是相信老闫站在真理一边。
Nekono_88 回复 悄悄话 大白。
Nekono_88 回复 悄悄话 真理越辩越明,相信真象终会大败天下,宜将剩勇追穷寇!
old-dream 回复 悄悄话 板凳!
吴友明 回复 悄悄话 沙发!
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