新冠动物源性论

新冠流行一年多来，其起源还没有弄清楚，最近要求调查实验室泄漏的呼声再起，虽然有少数科学家也加入其中，但更多的科学家似乎并未随歌起舞，相反，一些科学家最近又开始在一些科学杂志上撰文列举支持新冠来自天然的证据，上周去年二月在《柳叶刀》杂志上发文呼吁人们不要相信实验室泄露理论的一些西方科学家又在该杂志上再次重复他们认为新冠是自然突变而来的观点，今天又传出了包括诺奖得主Peter Doherty和Wellcome Trust（威康信托）董事Jeremy Farrar等重量级人物在内的澳洲，美国，加拿大，英国，新西兰和中国的21位科学家联合写的一篇综述，这些科学家根据目前的科技文献和信息，从三个方面论证了其新冠起源最有可能是动物源性而非实验室泄漏的观点，文稿还在经过正式在科技杂志上发表前的同行评审。

https://zenodo.org/record/5075888#.YOYH32gzY2x 

一，支持动物源性的证据

1，新冠和萨斯相似都和蝙蝠的新冠病毒是近亲，都发生在有野生动物的市场。此外，新冠（SARS-CoV-2） 还和四种地方性传染病的人类冠状病毒HCoV-OC43、HCoV-HKU1、HCoV-229E 和 HCoV-NL63相似。这些病毒不仅都属人畜共患，起源也都尚不清楚。还有，和新冠一样，HCoV-HKU1于2004年的冬天在中国一个大城市（广东深圳）首次被发现，动物来源不明，刺突蛋白中也含有弗林蛋白酶酶切位点，最初也是在人类肺炎病例中发现的。

最新发生的新冠病例多数不是和华南野生动物市场有关就是发生在周边，流行病学上形成以该市场为中心的爆发簇（cluster），在地理上集中在武汉三镇中的长江和汉水以北的汉口镇，和包括武汉病毒所在内的长江以南的武昌镇和汉水以南的汉阳镇无关，根据爆发时案例集中的趋势是流行病学溯源的重要依据，如果是病毒所泄露的话，病毒应该首先出现在其所在的武昌镇。

虽然早期有些病例和华南市场无关，但由于有可能会有“无症状”者在人群中流传，有个例出现在其它地方也是可能的，萨斯发生时佛山也发生过类似情况。

此外，在华南市场特别是卖野生动物的那一片采集到的样本中检出了病毒，虽然那里的冷冻动物肉里没有查出病毒，但那些冷冻的肉类并没有代表性，其中没有当时市场里有售并可以感染和携带冠状病毒的貉和其他动物。 

新冠疫情发生后病毒很快就分成了两个亚型，A和B，后者起源于华南市场并流行到全世界，前者起源于另外一个市场和在武汉以及中国其它地方流行有关，这说明疫情发生当初，病人可能接触到来源于被送到不同市场但却来自同一货源的动物，这和萨斯当初发生和深圳东门市场以及广州新园市场都有关系相似。

2，相关的冠状病毒。与新冠密切相关的病毒已在包括中国、泰国、柬埔寨和日本的东亚和东南亚多个地区的蝙蝠和穿山甲中被观察到的记录， 此外，还有十多年来被冠状病毒感染的穿山甲病毒的血清学证据。.尽管如此，新冠与最近的动物病毒之间仍存在明显的进化差距 － 大约为 4% 的遗传距离（相当于1150 个突变），在进化上相当于数十年。

尽管新冠和鼻蝠病毒RaTG13在总序列上最为相近，从重组历史上看，其他三种蝙蝠病毒即RmYN02、RpYN06和PrC31在大部分病毒基因组（特别是 ORF1ab）序列上和新冠更接近，因此新冠更可能和这些病毒是近亲。病毒所并没有收集后面这些病毒。这些信息毫无疑问地证明无论是否经过实验室操作或实验诱变，RaTG13 都不是新冠的祖先。

尽管新冠的动物宿主还不清楚，但这也不意外。大多数知名的人类病毒譬如埃博拉病毒、丙型肝炎病毒、脊髓灰质炎病毒以及冠状病毒（HCoV-HKU1 和 HCoV-NL63）的来源或宿主都仍不清，弄清萨斯的宿主和序列也用了十年时间。

二，新冠会是实验室泄漏的吗？

萨斯确实发生过实验室泄漏，但泄漏也只引起了个例传染而不是流行。除了77年 A/H1N1 流感大流行可能源于大规模疫苗注射病毒助推试验外，历史上还没有人为引起的传染病大流行。实验室泄漏引起的个例也是在细胞培养得到大量的病毒后引起的，没有证据证明病毒所培养了新冠或近亲。病毒所用冠状病毒所做的都是测序之类的工作，测序用的病毒量不仅很少而且都是灭活的，不可能引起感染，实际上到目前为止没有人因为搞病毒测序而被感染了的。

已知的实验室感染的病例不是实验室的人员就是其家属，在新冠大流行期间武汉对早期病例进行严密的接触者追踪也未能发现任何与病毒所工作人员有关的病例，2010年3月在石正丽博士实验室做的血清抗体检查也没有发现工作人员呈阳。

经实验动物泄露也不可能，因为原发的新冠病毒对小鼠的感染力很差，在取得N501Y那样的突变后才能有效地感染小鼠，但这类突变是后来在变种中才有，在原始毒株里并不存在。

三，病毒的基因组构成和仍在进行中的突变

有人说新冠的刺突蛋白是人为优化后得到的能够和新冠受体ACE2形成最佳结合的刺突，可自疫情开始以来，新冠一直在不断地优化，使其对ACE2的亲和力和感染性逐步增强，说明在疫情开始时新冠的刺突蛋白并不是最优的，它不仅能和人的ACE2集合，还能和很多动物譬如貂、老虎、猫、大猩猩、狗、貉和雪貂等的ACE2结合，让这些动物感染。实际上，新冠曾在圈养的貂和人群交叉感染和流行。这些说明在感染人之前，新冠可能在某种动物中进行了适应性进化的，而那些新冠在流行开始时就已经被优化的说法是没有根据的。

刺突蛋白中弗林蛋白酶酶切割位点的来源一直是人们反复猜测的对象，原因就是萨斯没有这个点。可是其它多数冠状病毒包括中东肺炎病毒在内的很多其它冠状病毒都有这个位点，其中蝙蝠冠状病毒HKU9-1的那一段几乎和新冠的相同（也见我以前《新冠病毒非重组》一文）。不仅如此，新冠的那个弗林酶切割位点作为底物比HCoV-HKU1和HCoV-OC43,的相应位点还要差，如果是人为插入的话，应该用最好的才是，这个说法不仅不合乎，也没有证据显示病毒所做过类似的插入实验。

结论

一，和绝大多数人类病毒一样，新冠起源的最简单的解释就是一个人畜共患事件。在流行病学史上和萨斯很相似，始发时病人都在这些市场的周围。

二，到目前为止，没有任何证据支持实验室泄漏理论。武汉的新冠病例和病毒所的员工没有直接或者间接的关系，怀疑实验室泄漏完全是因为新冠始发地和病毒所碰巧在一个城市（译注： 虽在一个城市，发病和病毒所处于有一条大江之隔的两个不同巨镇，两者之间开车要半个小时）。武汉是一个九省通衢大城市，它不仅客来客往，还人口稠密，更有众多的食用野生动物市场，是引发新冠疫情爆发的理想温床。

三，作者认为，有大量科学证据支持新冠有人畜共患病起源。虽然不能完全排除实验室事故的可能性，但比起野生动物贸易中经常发生的反复频繁的人与动物接触，这种可能性极小。如果不能通过协作和仔细协调的研究来全面调查人畜共患病的起源，人类将来还有可能会重复那些让我们和新的病毒发生冲突的活动，并从而引起又一次大流行。

这篇文章由多国科学家一起发表的一篇科学综述，这些科学家用目前科技文献中的诸多证据来说明新冠最有可能是动物源性的观点，同时也指出没有任何科学证据支持实验室泄漏一说，得出的结论和WHO的调查报告一致，但因为是一篇科学综述，它不会像WHO的那篇报告那样受政治干扰，在目前实验室泄漏理论占舆论上风的形势下，它的发表将会引起科学界，媒体和社会的普遍关注，不仅对溯源有一定的理论指导意义，还会为之起到正本清源的作用。