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阎颜大作细比较

(2019-08-10 07:13:12) 下一个

阎颜大作细比较 - 如果你看厌了这个主题，请看：为数学投杨一票

细读两Yan的文章的人就会发现，两文的主要贡献都不是什么模型，而是用不同的手段进一步证实和发展了前人早就提出了的交替接入模型，并分别为其提供了“物证/physical evidence)和"结构证据/structural evidence”，其它的不管自己如何说都是在此基础上的假设（文里）或者hype （文外/网上）。作为旁观者，我们不要只看热闹，还要看门道。为此，我做了下表，将两文做了直接的对比，以便put them in a proper context.  

作者

阎润涛 （第一作者，做研究的）

颜宁 （资深和通讯作者，老板）

姓名

葡萄糖-6-磷酸转运体 （UhpT）

葡萄糖转运体（GLUT1）

职业

葡萄糖-6-磷酸搬运工

葡萄糖搬运工

住址

大肠杆菌

人

家庭

MFS第四家族

MFS第一家族

搬运方式

逆向转运(antiporter)，用细胞内的磷酸交换细胞外的葡萄糖-6-磷酸

单向转运(uniporter)，不用交换或伴娘

搬运机理和模型

前人早已提出的辅助转运之交替接入（alternate access model）

前人早已提出的辅助转运之交替接入（alternate access model）

研究手段

盲人摸象，探针加半胱氨酸突变扫描

明人照象，结晶X-光摄像

对模型的贡献

为模型提供了物证（摸到了象用来搬诱饵的鼻子）。诱饵-pCMBS

为模型提供了结构全貌（从一个角度拍到了大象和整个长鼻子夹着诱饵的样子，并由此推测大象是怎么搬食物的）。诱饵 - 正壬基-β-D-吡喃葡萄糖苷

发表杂志

Cell（细胞，生物学顶级杂志/读者-电大生物学专业人员）

Nature （自然，自然科学顶级杂志/读者-所有理工男女）

自己在文里指出的主要发现

“识别UhpT易位途径中的一个残基”

解析了“人们长期探讨的人类葡萄糖转运蛋白GLUT1的晶体结构”

自己在文中点出的不足

“虽然我们可以识别UhpT易位途径中的一个残基，但我们还不能评论该途径是如何工作的。”

“对单向运输和同步器的运输机制的详细机理进一步了解还需要进行更多的生物化学和生物物理学研究。”

意义

细菌，非真正葡萄糖转运体，理论意义大

人，真正葡萄糖转运体，理论和实际意义皆大

新颖性和影响力

第一次证明C265在转运途径中起关键作用，自93年发表至今被人引用了88次

第一次得到人葡萄糖转运体结构，自2014年发表至今已经被引用363次

得诺奖可能性

0

0-20%

辫子哥鉴定结果： 各有贡献，各有不足，互不交集！

辫子哥non-binding判决：今后两人都只能说自己的实际成果（见自己在文中指出的主要发现一栏），都不能号称模特儿的第一次给了他/她，如有违反，辫子哥会以大字报羞辱！

探针和突变扫描

阎颜的喇叭之争

(

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评论
昔我往矣今我来思 2019-08-11 22:15:59 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 : 看了他写曲啸的那篇文章，果然是吹牛不打草稿，很多歪曲事实的地方，例如Virginia tech换football coach 是因为NCAA recruiting violation而不是文中所说输了一场该赢的比赛。文中说当时有几百个留学生，那可是87年啊，Virginia tech有那么多中国留学生？另外汪荣祖的反应是不是那么夸张很存疑，至少网上有两个不同的来源提出疑问。还有很多，以后有时间详细说明。
Fanreninus 2019-08-11 09:11:25 回复 悄悄话 回复 '昔我往矣今我来思' 的评论 : 是的，吹牛不打草稿的那种。写起自己的事情更是如此。
昔我往矣今我来思 2019-08-11 08:27:35 回复 悄悄话 写错了，是confirmation bias.
昔我往矣今我来思 2019-08-11 08:25:11 回复 悄悄话 老阎的评论文章，包括政论，很多都是先有论点，再找论据，典型的 bias confirmation.
Fanreninus 2019-08-11 07:17:13 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 : 哈哈，在那么多assumptions中，关于他老板的一个最可笑！ ：）
Stegy223 2019-08-11 04:33:40 回复 悄悄话 回复'cowwoman'的评论: 写得真美。俺有一小帖正缺个合适的评论什么的。把你的这个就全数搬了过去。谢谢。
“老阎Nature说了啥”
http://blog.wenxuecity.com/myblog/75502/201908/10081.html

Fanreninus 2019-08-11 04:27:03 回复 悄悄话 回复 'cowwoman' 的评论 : 写自己的时候，还是谦虚一点好，就像他自己说的牛顿定律不是牛顿叫出来的，如果他那阎模型有影响，他也不用那么积极地去阎公卖模！：）
cowwoman 2019-08-11 00:17:12 回复 悄悄话 看了下面留言有感而发。

同意有人以前点出的，老阎靠想像力写作。他的不同类别文章有的写的很美，带有不同程度的夸张，却总被他认为是真实的。中国文化下出来的人是相信什么气功，中医，玄学，孙悟空七十二变，飞檐走壁，老阎就是有点这种小倾向，他自己还察觉不到，总自己为自己是西方式样的逻辑推理，通过推理这种形式来证明自己的中式假大空。
浪漫，唯美的写法固然吸引人，让人神往，向往，可是大家最后都趋于求真，求实。老阎这种写法满足了人的精神境界，但是缺乏真实。特别是颜宁这件事情，让我失去了看老阎博客的快乐。
Fanreninus 2019-08-10 18:09:17 回复 悄悄话 回复 '赌城看客' 的评论 : good point！但是要同类型的东西才能比。蛋白定量法和蛋白定量法比，DNA双螺旋结构的确定和其它的DNA模型比，不然就没有意义。
赌城看客 2019-08-10 17:56:00 回复 悄悄话 大家引出了一个有趣的话题：“论文被引用的次数”
5年前有一篇文章：《被引用最多次数的论文》。
文章附有一个电子表格。
文章说：“高温超导体的发现，DNA双螺旋结构的确定，宇宙膨胀正在加速的第一次观察 - 所有这些突破都获得了诺贝尔奖和国际赞誉”的论文都没有进入前一百名。
第一名被引用305,148次
Protein measurement with the folin phenol reagent（用folin-酚试剂测量蛋白质）
Lowry, O. H., Rosebrough, N. J., Farr, A. L. & Randall, R. J.
J. Biol. Chem. 193, 265–275 (1951).
第一百名被引用12119次
Atherosclerosis — an inflammatory disease（动脉粥样硬化 - 一种炎症性疾病）
Ross, R.
N. Engl. J. Med. 340, 115–126(1999).
“周末放轻松”，祝各位周末愉快。
Fanreninus 2019-08-10 17:34:45 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 : 没有看见，如果不在一个领域或大方向的就不可能比。我说过数字只能做参考。
Stegy223 2019-08-10 17:23:24 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 :
要有这个想法引用数之间就不可比了。有weighted citation 吗？

Fanreninus 2019-08-10 16:08:16 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 : 要看是那个领域的，偏门的引用会少。：）
SwiperTheFox 2019-08-10 16:00:09 回复 悄悄话 回复 '雨女' 的评论 :


颜宁当上院士远远不止这两篇自然杂志的文章。
Stegy223 2019-08-10 15:00:12 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 : 从来没去管。看到这里这段对话刚查了一下。 俺与老阎大体同期的一文被引用超过170。今后有没有资格参加这个讨论呢？
Fanreninus 2019-08-10 12:19:17 回复 悄悄话 回复 '雨女' 的评论 : 他停止，其他人会停止的，主动权完全掌握在他手上，但他似乎没有停的意思，那人家只好奉陪了。
Fanreninus 2019-08-10 12:17:54 回复 悄悄话 回复 '昔我往矣今我来思' 的评论 : 哈哈，看到他那Nature留言处的冷落就知道了，那么不professional的东西，人家一看就知道是什么人写的！ ：—）
Fanreninus 2019-08-10 12:16:33 回复 悄悄话 回复 '昔我往矣今我来思' 的评论 : 我觉得没有什么的，因为稍微有点专业知识和良心的人都心知肚明的，即使在文学城，他都不能让几个人信服，不管怎么说，黑的也说不成白的的！
Fanreninus 2019-08-10 12:14:06 回复 悄悄话 回复 '雨女' 的评论 : 他的目的很清楚，就是要把小颜搞臭，典型自己过不好，别人也别想好过这种扭曲的心理的表现，不过他不管如何搞也没有用，因为错不在人而在他。
雨女 2019-08-10 11:53:58 回复 悄悄话 我那天在老阎的跟贴里看到说，事情才刚刚开始。已经开始在国内每天传播什么的。。。感觉有点文革味道。有点不寒而栗。难道非要把颜宁搞臭才罢手吗？

颜宁就是一个邻家小姑娘。因为聪明好学，上了清华。父母给了一幅漂亮脸蛋。加上自己的努力拼搏。发了两篇nature paper。成了美国的院士。那天，我看到有人说她单身未嫁什么的。更感觉世态炎凉。这都成了一个女科学家的错误了。

然后我看了看几个热心的辩论者。好像都是男人。中国男人。中华好男儿。。。。

事情照这样发展下去，味道可能就变了。。。

还是希望大家停止讨论这件事。当然，我也控制不了。但是，我在旁边观看。

昔我往矣今我来思 2019-08-10 11:33:44 回复 悄悄话 由此联想到对颜宁的名誉损害，大多数人只看一个开头而已，或者一个标题，谁去关心细节？The damage has been done。把本该属于科学领域的讨论拿到文学城来，也算是奇葩了，无非是可以蒙骗搞不清状况的吃瓜群众。所以特别感谢凡人，狐狸，老泉等人的努力。
昔我往矣今我来思 2019-08-10 11:28:40 回复 悄悄话 那个系列不知道什么时候才能写完。老阎知道写了反响不会太大，毕竟能有多少人是追踪这个系列呢？当然了，写不写是作者的自由，坚持写完，是对作者负责。
Fanreninus 2019-08-10 11:14:56 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 : 同意，这样也可以冷静一段时间，让自己和其他人都清醒一下。：）
Nekono_88 2019-08-10 11:04:49 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 : 和其它的比，我就是希望大阎下次更新的贴，是连载故事。
Fanreninus 2019-08-10 10:52:46 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 : 如果误会你了，那很抱歉。不过你如果客观看看参加辩论的两边人，你会发现那一边更多啥也不懂，纯粹是胡搅蛮缠的。：）
Nekono_88 2019-08-10 10:51:31 回复 悄悄话 回复 '昔我往矣今我来思' 的评论 : 谢谢同好，那篇连载写者可能无心，故事非常引人入胜。在特定历史时期下，人性的善恶丑美表现的淋漓尽致，我非常看好这篇作品。
Nekono_88 2019-08-10 10:46:20 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 : 你又误会我了，红小兵只是比喻，你绝不在其中，是另有其人，我相信你一定看有些人啥也不懂，纯粹是胡搅蛮缠。观点不同，认真辩论是值得尊重的。再说一遍你不是红小兵。
昔我往矣今我来思 2019-08-10 10:40:16 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 : 老阎的小说还有点意思，我也是等那个佟云的结局，原本年初就该写完了。
Fanreninus 2019-08-10 10:38:46 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 : 每个人都有目的，我的目的就是通过这事让人们看清到底是谁对谁错，所以我会尽自己努力，发现misinformation，及时予以纠正。我从来明人不做暗事，你说我红小兵也好，红卫兵也好，都不会对我有任何影响，只要身正，就不怕影子歪。
Nekono_88 2019-08-10 10:32:04 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 : 謝谢你，从善如流，改寥寥无几为数字，使你的表格表达更准确。也祘帮你完善贴子。看到你不辞辛苦，基本上每天都有新贴奉献，娱人娱己。还是很敬佩你的无私奉献精神的。我可是有私心的，我前些天就和狐仙儿说过，不感兴趣什么蛋白，基因这些东东。希望大阎抽身出来把连载写完。我每天去查查看，连载有无更新，你也知道我看到是什么。我几次喊停大阎去写连载。他却和红小兵缠斗在一起，我因为想看连载，有时忍不住也不由自主发些谬论误导了一些吃瓜群众。却非我的本意，我的兴趣就是那篇连载，还幻想早点拍成连续剧，娱了大众。如果你对我的发言不爽，请将拉黑好了。抱歉，打搅了。
Fanreninus 2019-08-10 10:02:39 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 : 是的，我从不隐瞒我的目的，前面已经说过，我的目的就是驳斥misinformation！
Nekono_88 2019-08-10 10:01:19 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 : 明眼人一看就明白你用寥寥无几的目的何在。我就不蛇足了。
Fanreninus 2019-08-10 09:59:03 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 : 你我的引用次数都没有relevance，我不知道你说这个是什么意思，如果你想impress我的话已经做到了，我只是把数字列出来，引用次数是一个参数，大家看，有没有意义不是你我说了算。
Fanreninus 2019-08-10 09:56:47 回复 悄悄话 回复 '老泉' 的评论 : 哈哈，有人被风车刮得迷失了方向。
Nekono_88 2019-08-10 09:56:18 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 : 你比较两类文章，生化vs结构，如何加权是个数学问题。我有文章（非综述）引用超过千次，但我并不认为新颖性和影响力比大阎的高，因为类型不同。
Fanreninus 2019-08-10 09:53:52 回复 悄悄话 回复 '雨女' 的评论 : 这个东西不会有结果的，我的目的就是驳斥misinformation。俺有足够的队伍和弹药打游击战或者持久战！：）
Fanreninus 2019-08-10 09:51:09 回复 悄悄话 回复 'cowwoman' 的评论 : 没事，我已经给了具体数字了，具体来源是Google Scholar。
Fanreninus 2019-08-10 09:50:26 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 : 寥寥无几是相对的，我更改了，给了具体数字，你再满意了吧。
Fanreninus 2019-08-10 09:49:22 回复 悄悄话 回复 '昔我往矣今我来思' 的评论 : 模型是为了更好的讨论那个结构资料，和功能挂钩，虽然有不是每一构象都拍摄到了，但是搞结构学的人都会按照拍摄到的构象和残基间可能的互动，对其它构象进行推测，如果不知道这一点就不可能理解。
Fanreninus 2019-08-10 09:46:07 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 : 我有没有not relevant here.
雨女 2019-08-10 09:30:00 回复 悄悄话 辩论这么多天了，有结果没有啊？
Fanreninus 2019-08-10 09:28:59 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 : 我觉得20几年被人引用那么几次也不是很多，但是为了公平，我都用数字代替好了。
Nekono_88 2019-08-10 09:27:29 回复 悄悄话 回复 'cowwoman' 的评论 : Identification of a residue in the translocation pathway of a membrane carrier. - NCBI - NIH
by RT Yan · 1993 · Cited by 84 · Related articles

Residues in the pathway through a membrane transporter - PNAS
by RT Yan · 1995 · Cited by 89 · Related articles
以上是查出来的结果。和十万八千这样的大数据，别说寥寥无几了，几乎可以忽略不计。
cowwoman 2019-08-10 09:21:45 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 :
我猜测“引用“指的是葡萄糖转运蛋白领域GLUT1论文引用。如果这么算，对老阎的确不公平。

人的背景不同，看到不同的东西，听到不同的话，脑子第一反应就不同。
Nekono_88 2019-08-10 09:09:02 回复 悄悄话 还是不能相信自已的记忆，查了一下，大阎的1993，1995分别被引84，89。不知博主是如何定义寥寥无几的，看来你比杨的数学水平高很多呀。
昔我往矣今我来思 2019-08-10 08:54:50 回复 悄悄话 很好，颜文的主要贡献是解析了晶体，working model是在此基础之上的进一步讨论，属于自由发挥。
老泉 2019-08-10 08:54:31 回复 悄悄话 有个想法，下面加几行。甲马反应。算是积累资料，研究文学城网络现象。说不定哪天用上写个有关网络的小说，用些贾语村言，看看怎能无为有时有还无。题目可以是网络风车大战类，三个火枪手（不，N个键盘侠），有些章节就叫三打白骨精什么的。此书在二种情况下会畅销：相关人获诺奖，或者小的被大的打趴下。
Nekono_88 2019-08-10 08:51:22 回复 悄悄话 数学水平不是一般的高，七、八十次，可以是寥寥无几。阁下如果有文章被引十七、八次，就令人很惊讶了。
Fanreninus 2019-08-10 08:11:05 回复 悄悄话 回复 '老泉' 的评论 : 是呀，一目了然！：）
老泉 2019-08-10 07:52:57 回复 悄悄话 这种比较一目了然。大家都用探针，不是真正的底物，探到的东西离实际还有距离。
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