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再揭阎欲盖弥彰

(2019-08-05 10:29:44) 下一个

再揭阎欲盖弥彰

在一个又一个焦点(谎言)之后,阎润涛又转移了焦点,这次不说人家没有引用那些生化数据的文献了,因为该谎言已经被多次揭穿了,这次是说小颜和帮她洗地的人不能证明有朝外的一个构象,这个虽然不是一个谎言,却也是欲盖弥彰! 

为什么,因为就像我以前说过的,一个模型实际上是根据实验结果提出的一个假设,目的是将很抽象的东西具体化让人们可以更好地理解该结果。之所以叫模型就是因为它不是真货,既然不是真货就不是什么都很清楚的。只要一五一十的说明就是了。小颜在提出这个模型里就是这么做的。她说:

图5 | GLUT1的工作模型。这里显示的是根据交替接入模型的完整运输周期所需的 - 朝外开 (outward open),结合了配体闭塞(ligand- bound occluded),朝内开 (inward open),没有结合配体闭塞 (ligand-free occluded) - 的预测构象。本研究报道了GLUT1朝内开的构象。结合配体的,封闭的构象和没有结合配体的封闭构象分别从两个XylE结构中朝外,部分闭塞和与配体结合状态(28)以及朝内,闭塞状态(29)预测。朝外开的结构仍有待拍摄。 ICH结构域被显示为闩锁,它加固朝外构象中的细胞内门。细胞外门包含来自TM1,TM4和TM7的一些残基,其由“朝内开”卡通中的红砖示出。

可见,她并没有回避没有得到那一个构象的事实,而是在图五的说明中清清楚楚地说了那个构象仍待捕捉或拍摄,这是很合行规的,经过审稿人和编辑通过了的,本来不成问题的东西,到阎润涛眼里为何成为问题了呢? 

大家如果看看阎润涛自己的那篇文章,就会看出其中所谓的“喇叭口模型”是在一个构象都没有的情况下提出来的,用俗话说就是连猜带蒙,和前人提出的交替接入模型相比根本就没有什么新意,更谈不上超越了。

请看大阎的模型吧,说人家差了一个构象不能做模型,那他这中间有构象吗?半个都没有!

这个是他老板写的图解:"在该载体易位途径横截面视示意图中区分了三个区域膜。当底物从左到右时(从外到内),就完成了半周期。对于交换载体UhpT来说,完成一个完整的周期还需要从右到左移动相同或不同的底物(从里到外)。在易位途径中,仅暴露于单个表面(进或出)的域以点画方式显示。以黑色显示的核心域必须包含至少一个残基在基质运输过程中同时暴露于内部和外部隔室。 C265就是这种残基的一个例子。见文进一步讨论。

我想问问阎润涛,你这个模型里有几个构象呀,一个都没有吧,既然一个都没有都可以提模型,人家有三个了提出模型你还在找什么岔子呢?你这不是用双重标准故意刁难小颜吗?

其实,阎润涛根本就没有提出什么模型,他的导师在他那文发表之前就有一个所谓的乒乓模型,用其将“交替接入”的经典模型形象化。在他们的那篇《细胞》文里,那个所谓的喇叭口根本不是模型,而是一个示意图,是用来显示那个他们认为比较重要的半胱氨酸C265的作用的。这个在本人后面一文里有详述(阎润涛没有模型

再说在没有得到所有构象的情况下,推理或者预测(predict)其存在也不是小颜一人,在该领域的Jeff A也是这么做的,也是一个在交替接入基础上提出的外转内的模型,是在大阎之后和小颜之前提出的(见下),阎润涛为何不去找他的麻烦呢?只敢窝里斗吗?

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SwiperTheFox 回复 悄悄话 不知道老阎自己有没有读懂自己的文章。

1。 介绍的部分:... Two different varieties: the ion channel and the membrane carrier. THE WORK REPORTED HERE CONCERNS THE LATTER CASE. 就是说当时阎(老板)认为UhpT是Carrier--这是背景。 证明是Carrier不是阎的贡献。 

2。讨论的部分
(1) 讨论了“符合前人模型的”两种可能
   a. “电梯模型”--Membrane Mover。 蛋白质变形, 把C265和其他残基运送到另一面。 (Widdass)
   b. “轮流盖盖”--"membrane barrier" . (Mitchell 1990)
 
第一点,两者都不是阎的模型. 他们分别属于Widdas 和 Mitchell

第二点,两者都不是阎博客里自己说的“两根筷子”。  “两根筷子的”的要求是,底物结合位点是不变的。

颜宁的模型(两根筷子)更符合Rocker Switch. 归功于王大能实验室2003的Science的一篇Paper.


第三点:老泉引阎的讨论:
...we cannot yet comment on how this pathway might operate. Even so, it seems appropriate to frame the possibilities as a guide to future work. 然后就讨论了上述两种都跟颜宁基本模型不一样的可能的模型。  “我们不能对机理比前人有更进一步的阐述。”
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 '老泉' 的评论 : 其实是挂羊头卖豆腐! :)
老泉 回复 悄悄话 因此他的喇叭口是挂羊头卖狗肉的东东,然后又用它砸了一下小颜的真喇叭。
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 '老泉' 的评论 : 这就是我说为什么他提出的模型一点新意都没有,其实他这个也不能叫做模型,像他老板说的,只是一个示意图,用来表示他们研究的半胱氨酸的重要性。
老泉 回复 悄悄话 他九三文还写道:although we can identify a residual within the translocation pathway of UhPT, we can not yet comment on how this pathway may operate”. 然后提出两种可能:mobile carrier or mobile barrier theory. 喇叭口构象在博客第一次提出。与小颜撞到一起。
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