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网红如何搞科研

(2019-07-31 08:40:55) 下一个

网红如何搞科研

我在《颜自然论文全译》一文里贴出了在这篇文章里全文译文。目地是在大阎再次无端地指责小颜剽窃后,让大家看看原文,以正视听。

如果看文,你就会知道小颜和她的团队首度得到了人类葡萄糖转运体GLUT1的晶体结构。在小颜之前,人们已经对GLUT1和其所属的大家庭的结构进行了很多研究,知道了这类蛋白的基本结构, 比喻说都有一个12个跨膜区段的基本结构和采取"交替接入”(alternate access)转运配体或底物的机理或者模型。交替接入的意思就是转运体可以变换姿势,让运输隧道既能朝外开口,又能朝内开口,当朝外开口时,其中的载物点就向外,以便装货(配体或底物), 当朝内开口时,载物点就向内,以便卸货。

既然知道了为什么还要去研究呢?虽然在这个家族的转运体都大同小异,但如果不弄清楚单个转运体的结构就没有办法知道到底哪里同,哪里异,只有知道这个,才能完全了解每个转运体的结构,特性和作用,进而了解和这个运载体有关的一些生命现象。从这个角度看,负责细胞内糖供应的GLUT1就非常重要,了解它的结构和作用原理,不仅可以了解葡萄糖是怎么转运的,还可以根据其结构去了解一些疾病的成因,并进而开发针对性的治疗办法。所以说,她的工作非常重要,这就是为何能受到如此关注的原因。

当然,光重要还不行,还要做得好,只要两者都有了,才能被《自然》这样的顶级科学杂志接受和发表。小颜这篇文章为什么做得好呢?首先,她们用的是观察蛋白结构的最先进的晶体技术。但是,光有这个技术还不行,同样的工具,到不同的人手中,发挥的作用也不一样,拿键盘打个比方,城里的人都有一个键盘,可是写出来的文章水平却大相径庭。做科研也是这样,有高新技术不等于能够出顶级成果。

小颜她们做到了,为什么呢?首先,她们选择了人的萄糖转运体,不像某些人那样,不仅没有选人的,还没有选准真正的葡萄糖转运体(玩笑)。其次,即使人们知道如何选,也不是每个人都能把这个蛋白结晶出来的,如果那么简单,那我每天都可以在《自然》上发表文章了。用我写文的速度,一天至少可以写一篇。

问题不是那么简单,做一个晶体结构,比用野路子搞突变要难得多。而且,做晶体的人都必须会用野路子搞突变。实际上,小颜能得到这个晶体正是因为她用野路子在GLUT1里搞了突变,而且不止一个,这两个突变让她能够把这个好动的蛋白固定在一个位置上了,因而得到晶体,这个不是每个人都可以想出来的,是成功的关键。

当然光有本事,没有运气也不行,就是说即使你能够提出模型,还要人家买账。哈哈,开玩笑的了。这里说的运气就是她们除了顺利的得到了晶体,还意外地发现用来分离晶体的一个试剂中的一个物质,本身含有一种糖苷,没想到,这个糖苷正好作为底物和晶体结合了,这个意外在科学上虽然屡屡发生,但我总来没有遇上过,你说她是不是很lucky。

我想当时她肯定很兴奋的,兴奋到什么程度呢?兴奋到“一边喘气一边抹汗,然后把两胳膊合在一起,再把两手分开成喇叭口状。然后把两手的手指尖合在一起,手臂张开。反复重复这动作给人家看。”, 哈哈,你懂的! 真像俺老妈爱说的运气来了门板都挡不住。

还有,她的工作既全面又细致。她们没有像人家那样,得到结构就草草地写篇文章,随便放在《细胞》或者《PNAS》上,而是耐心地搞更多的资料,用她们自己以前发表的细菌同源物的结构作模型,把蛋白的各个部分都进行了分析,进一步地研究了配体的定位,那些致病突变残基的分布和对结构及功能的影响,ICH门闩,外门等等,直到最后能够提出比较完整的模型。

当然,美女的文笔也不错。一个科研做得再好,如果写不成一个好的故事没有人愿意看,别说上《自然》杂志了。我虽然把这篇文章给翻译了,但是我的翻译水平一般,没有能够do the paper justice.。如果你细读这篇文章的英文原著,你就会发现,它是一环扣一环,从头到尾一气哈成,读起来像一个引人入胜的好故事,让人不得不时不时点头称许,如果我是审阅者的话,也肯定会让这种文章在《自然》上发表的。

推陈出新。这篇文章是建立在前人工作基础上的,她在文中做到了“give credit where credit is due”, 如果你读这个文,你就会发现她从头到尾都是围绕着这个蛋白的结构在写,和大多数人一样,在前言部分,对这个蛋白的研究历史和现状进行了综述,在此基础上提出了为何要做这项研究,在此过程中,该引用的文章她都引用了。不该引用的,一概没用,包括她自己的。

在讨论时也是紧密围绕GLUT1的结构和模型在谈,主要部分是提出了转运体的模型,和以前的平面模型不同,她的模型是根据GLUT1和其细菌同源物XylE的晶体结构和发表的生化资料提出的。一共有四个构象,这也是第一次有人完整地提出了GLUT1的三维空间模型,是空前的,但不一定是绝后的,因为和任何模型一样,都有修改的空间,这就是她为什么在后面特意提到“对单向转运体和同步转运体的运输机制的详细机理进一步了解还需要进行更多的生物化学和生物物理学研究。特别有待阐明的有去质子化,底物释放到高浓度环境中的耦合机制和同向转向器从朝内到朝外的构象的转换。”如果没有被惹恼的时候,人家还是很谦虚的! :)

总之,不管从哪个角度看,这篇文都是一篇非常成功的牛文,其新颖性和影响力是不可争辩的,这就是该文为什么会在《自然》杂志以全文发表的原因。这也是不管人家怎么抹黑都不能得逞的原因。不信,自己去看看吧,看看这位网红是如何搞科研和写文章的!

(注:人做事都要凭点良心, 这也是我为什么不断地为小颜辩护的原因,希望大阎能够好好地想想,发现自己的良心,别无缘无故地去抹黑一个晚辈!)

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评论
Stegy223 回复 悄悄话 Chance favors the prepared mind.
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 : 谢谢来访!从文里描述的这段来看,应该是个美丽的意外,不过,即使没有这个以外,我想他们也可能会去给糖一起做结晶的。
在原子模型的优化过程中,我们观察到在朝内开的空腔中出现一带有间断性尾巴的盘形电子密度(附加数据图2a)。由于我们在纯化和结晶GLUT1时用了0.4%(w / v)正壬基-β-D-吡喃葡萄糖苷(b-NG),那些观察到的电子密度可能来自于和GLUT1结合的b-NG分子,该分子所含的糖碰巧是GLUT1的底物。实际上,ab-NG分子和那些观察到的电子密度完全吻合,其中D-吡喃葡萄糖苷与大概位于膜中间的GLUT1的C结构域结合,而脂肪尾沿着上面提到的腔指向细胞内侧(扩展数据图2b,c)。
Stegy223 回复 悄悄话 ”这里说的运气就是她们除了顺利的得到了晶体,还意外地发现用来分离晶体的一个试剂中的一个物质,本身含有一种糖苷,没想到,这个糖苷正好作为底物和晶体结合了“

以为小颜团队是特意加了糖作为底物来试图稳定结构。纯属好运气? 没在原文中读到(可能自己漏掉了)。
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