很多人都以为，二战之后英国军情六处很快就将矛头重新对准了苏联。事实上，军情六处遇到的第一个问题是如何让自己存活下来。英国历史学家吉斯·杰弗瑞在新书《英国军情六处秘史 1909-1949》中，讲述了军情六处在冷战初期的那段秘闻。
　　与军情五处起萧墙之争
　　1945年夏天，英国保守党在大选中落败，政权回到工党手中。新任首相艾德礼对军情六处没有多少感情，认为在二战结束之后这样一个部门只会是“鸡肋”。当时英国朝野不断有动议提出让军情六处和军情五处合并。
　　后来，英国议会安全委员会主席史蒂沃特在有关职责分工的草案中写道：“事关海外谍报的工作还是应当归属军情六处。”最终，艾德礼认同了这一看法。不过，此后一年，各方一直在权责问题上讨价还价，最后达成协议：军情六处负责西欧、伊比利亚半岛、北欧、南非以及中东欧、苏联还有巴尔干半岛等区域的情报收集。
　　然而，这一权责划分惹恼了军情五处。刚刚被艾德礼委任为军情五处主管的珀西·希尔斯通写信给首相称，治下的中东安全处不能因为军情六处的权责范围而被取消，因为国内很多安全事务都与中东有藕断丝连的关系。
　　为了平息这场争执，军情五处被安排“仍对巴勒斯坦地区的情报负责”，其余部分留给军情六处。但军情六处主管门则思认为这是希尔斯通的个人野心在作怪，于是去信史蒂沃特表达不满。两大情报机构的矛盾之后一直在延续，互相拆台的风波也闹得沸沸扬扬，直到门则思和希尔斯通在1948年冰释前嫌，达成情报共享的协议。
　　遭遇情报史上最大笑柄
　　在冷战初期的军情六处历史中，值得一提的是一起名叫“科比事件”的间谍战。之所以取名“科比”立案，是因为当时参与调查的军情六处人员都爱喝一种产自加拿大的威士忌“科比”。那是1945年9月9日，军情六处发现在苏联驻渥太华大使馆工作的英格·考尔岑克其实是一名密码破译人员。情报人员随后发现，考尔岑克背后是苏联驻加拿大军事情报处主管扎博庭。
　　扎博庭手中握有一张愿为苏联效力的欧洲精英名单。名单上有在加拿大工作的英国核专家阿伦·囊梅，而这位专家早前已经将重要的铀-235样本交了出去。军情六处随后挖出的情报更令他们吃惊，因为他们发现在军情六处效力多年的金·菲尔比早就为苏联传递情报了。
　　剑桥大学毕业的菲尔比是英国至今都家喻户晓的人物，当年他利用“斯坦利”的化名，长年与苏联驻伦敦的情报主管鲍里斯·库伦特查尔德秘密接头。据库伦特查尔德后来说，加拿大情报网被破获的消息就是从菲尔比口中得知的。
　　菲尔比的“苏联间谍 ”身份让军情六处大为紧张，因为菲尔比不仅长期在军情六处卧底，还是英国派驻美国中情局的高级联络官，负责协调英美的反苏联间谍行动。军情六处将这一情况向艾德礼做了汇报，后者利用当年11月访美的机会，建议美国总统杜鲁门展开联合调查。
　　但令英国人意外的是，杜鲁门拒绝讨论这项合作计划。所以，这起事件虽然在1946年就被曝光，但菲尔比却在10多年后成功叛逃苏联。他在1968年出版的回忆录《我的无声战争》很快登上世界各国的畅销书榜。菲尔比事件也成为英国情报机构有史以来最大的笑柄。
　　在欧亚大陆追踪共产主义
　　如前所述，摆脱萧墙之乱的军情六处很快就在冷战时代找到了自己的位置。20世纪40年代末，丘吉尔的“铁幕演说”掀起东西方的再次对立。在1947年，时任英国外交大臣贝文直言不讳地表示，与苏联热络的外交关系已经不再，英国安全部门必须看清楚，眼前要面对的是一个反西方并且在逐步扩张的共产主义阵营。
　　在1947年，根据当时军情六处的报告，情报人员已经对德国共产党地区一级开始的所有领导人的决议信息了若指掌。一位代号“厨师”的女性卧底被军情六处雇用，长年潜伏在汉堡提供情报。军情六处给这位卧底的“报酬”现在看起来少得可怜，只是保证给她每天提供1500卡路里的罐装牛肉以及500克抹有黄油的面包。
　　除了德国，军情六处陆续在法国、西班牙以及巴尔干半岛和北欧地区增派情报人员。甚至于在中东的耶路撒冷也不忘追踪当地的共产主义组织。在当时的英国政府看来，阻止犹太移民进入巴勒斯坦是成功遏制共产主义进入中东的关键。军情六处的文件显示，英方认为，苏联希望让当地人感到，是苏联的力量让犹太人在巴勒斯坦建国，而不是得助于西方。
　　为了让苏联感到英国已“洞察先机”，军情六处在1948年煞费苦心地制造了一份假文件，上面写着“英国情报机构已经在保加利亚、罗马尼亚以及中东地区破获了犹太人非法移民通道，并获悉背后有着苏联力量在操控”。为了让这份文件看起来更像真的，军情六处的特工还特意把它携带到维也纳著名的“花花公子”夜总会，让在那里时常出没的苏联特工发现。只不过这场费尽周折的情报恐吓战最后被证实几乎没有起到什么作用。