美國司法部被指電郵門調查與希拉莉團隊串通後，週三再爆出新內幕，當局對於錯誤地處理機密文件的希拉莉作出不起訴的決定令聯邦調查局（FBI）及司法部參與調查的人員十分惱火。內部人員告訴霍士新聞稱，辦案人員一致認為，這位民主黨總統候選人應該被起訴。霍士新聞引述這位匿名的爆料者稱，FBI局長科米在今年7月5日戲劇性地宣佈就電郵事件他不建議司法部部長起訴希拉莉，科米的決定令調查小組的成員感到十分沮喪及氣憤。超過100名FBI探員及分析人員與司法部國家安全部門、反間諜部門一起晝夜不停地調查案件。消息稱，「審理律師及調查案件的探員都不同意科米作出不起訴的決定。」

FBI一名高級官員對霍士新聞說，「也許不是全體辦案人員都同意起訴希拉莉，但他們一致要求吊銷希拉莉用於接觸機密文件的安全許可證。」

這位高級官員稱，「比較恰當的說法是辦案的大多數人員認為希拉莉應該被起訴。當我們聽到科米作出不建議起訴的決定感覺十分吃驚。」霍士新聞頻道的高級法律分析師、曾經擔任法官的納波利納諾表示，很多參與希拉莉電郵門調查的執法人員都有類似的看法。他說，「眾所周知，FBI探員做了大量調查工作，就電郵案件獲得大量有力證據，可以用於起訴希拉莉，但是最後案件毫無進展，他們當然惱火。他們相信那個不起訴的決定來自白宮。」

納波利納諾的分析還為《紐約郵報》本週發表的一篇關於電郵門的文章提供了有力支持，文章聲稱FBI部份探員說因為科米的懦弱，給FBI辦案堅定不移的名譽造成永久性傷害，並指責科米為希拉莉使用未經授權的私人電郵伺服器處理機密文件洗脫了罪名。 FBI電腦調查部門首席主任修斯說，FBI被政治化，其名譽將長期受損，科米應對此負責。

另外，科米的決定特別令調查小組氣憤，他們將被刪除的電郵艱難地一份一份地重新恢復並與找證人面談，以證明敏感資訊未受到保護，但科米最後作出不起訴決定的理由竟是司法部不會有理智的檢察官願意接手此案。消息稱，科米這句話簡直就是綁架了司法部，FBI不決定起訴誰或什麼時間起訴，那是檢查官的職責。