今年（2016 年）过年期间去了日本，因为自己也算是一个车迷，所以在日本特意坐了一次新干线，上越、东北新干线，上野 - 东京，距离按说是最短的，但也算是体验吧。
新干线票价大概相当于国内 G 字头车票价的 2-4 倍（看距离），我坐这一段票价是 1020 日元（自由席），相当于 60 块钱人民币，国内相同长度大概不超过 15 块钱，如果是指定席，会更贵。东京到新大阪指定席票价大概 14000+ 日元，折合人民币近千元，距离 500 公里左右，这个距离类似郑州到武汉，国内 G 字头二等座票价 244 元，一等座 391 元。新干线票价范围变化很大（指 定席、自由席、不同速度的车价格也不同，有上下几千日元的差别），国内票价距离相等的情况下都是一样的，个人认为日本的这种计价方式更科学，但国内确实也 很难改变现在的这种计价模式（国内计价方式：高铁的票价怎么规定的？是按里程还是地域还是别的？ - 中国铁路高速（CRH））。
班次密度上跟国内基本相当。因为日本没有跨线车（几乎没有），高峰时刻比国内要多一些（新 干线高峰是 3 分钟一班，国内高峰是 5 分钟一班，京沪高铁徐蚌段据说能达到 4 分钟的行车间隔），有跨线车的好处就是你从哈尔滨坐到上海虹桥不需要换乘，而如果没跨线车，就至少要在中间站（比如天津南）换一下。在日本如果跨线坐车， 则必须换乘（如从仙台到新大阪，需要在东京换乘），有没有跨线需要考虑具体旅客的习惯以及国内线路的情况，至少现阶段来说，国内高铁跨线也是有合适的。国 内跨线车会破坏时刻表，导致线路通行能力下降。
车票分为指定席和自由席，自由席可以理解为无座票，但自由席比指定席要便宜（看距离），自由席就是自己找坐，但有可能在高峰期无座，国内高铁大部分都是有座票，只有少数线路（或者春运期间）会卖少量无座票，国内有座票和无座票价格相同（仅限二等座），新干线高峰期站票人会很多。工作日非高峰期的上座率也很低，我坐的那趟是周一下午 4 点多，就没几个人。
速度并不快，不仅仅是我坐的这一段慢，实际运营速度最高大概是 275 左右，国内是 300，旅速看情况，跟感觉上跟国内差不多，只是稍慢点（看具体车次了）。车开的不是特别稳，怀疑是弯道太多（新干线曲线半径比较小，国内高铁曲线半径 大，比较平稳）。东京 - 新大阪最快 2 个半小时，郑州 - 武汉最快 2 小时。站站停的新干线是 4 小时，国内 G 车最慢是 3 小时，D 车是 4 小时（但 D 车票价差不多是 G 车的 2/3）。
对比国内动车，只能说新干线比较干净，但绝对不是很新，至少我坐的那趟挺旧的，内饰（没拍照）跟国内动车很像， 基本上跟 CRH2 系列差不多，不管是座椅、行李架、卫生间，能明显看出使用过的痕迹（如掉漆、划痕等），车窗玻璃、座椅倒是非常干净。看到别的回答里拍的很好看的图，我觉 得那些要么是一等座，要么是新车，实际新干线上跑的车并不都是新车。
购票不需要证件，可以在机器上买，但机器感觉不如国内的自动售票机好用，至少英语界面不好用（我研究了很久）， 机器上没有图（国内自动售票机都会有线路图可以选择）。自动售票机也能看出来用了很多次的那种（很多油漆都掉了），至少外观上看不是很新的。英文界面打出 的票是带英文注释的，日文界面打出的票只有日文，这一点比国内的友好（国内车票坐席号那都是中文）。自动售票机对于中国人来说很难用，因为日文地名汉字与 发音并不同，所以不管日文还是英文都很难拼出来。
车票改签方便，没试过一共能改签几次，但据说能改签很多次（3 次？），国内铁路只能改签一次，没尝试退票。可以在购票机上选座，比如选过道还是窗口之类的，这一点国内是不支持的。
进站无安检，从 JR 站进去需要过两道检票口（机器检票），站内结构很复杂，车站内没有候车室的概念（没有国内那种大量的候车厅座椅），有人提到站内换乘很方便，但前提是能看明白标识，我觉得新干线和国内的站内换乘在设计上差别不太大（因为国内要查票，多一道手续），我第一次去坐也有点懵。因为没安检，所以高峰期的时候客流量极大（有大量的 JR 旅客）。
日本和国内大型火车站相似的问题是车站出口太多，头一次去根本找不到出口在哪（最复杂的倒不是新干线而是 JR，尤其是新宿站）。
车站内部有很多商业设施，比如商店之类的，位于检票口里面，不像国内的商铺都在检票口外面（国内：安检口 -> 候车厅、商铺 -> 检票口 -> 站台，日本：检票口 -> 商铺 -> 站台），站内商铺充当了类似候车厅的角色。
有人提到厕所、行李架的不同，我觉得这个要分车型，国内也有厕所很大的（残疾人卫生间）和大型行李架（但国内没有密码锁），以及各种电子门。因为国 内的动车组技术来源太复杂，所以不同车型区别也很大，CRH2 型车跟我坐的这个差别就不怎么大。座席大小（E7 / 二等座）没感觉有太明显的差别。日系车的硬件的最大优点是每排座位都有自己的车窗（小窗）。
车内椅背后面不提供垃圾袋。车站内几乎没有垃圾箱（很难找到），旅客要自己收拾垃圾并处理，这是日本人生活习惯的问题，日本公共场合的垃圾箱本来也不多，居民需要自己把垃圾分类。
车内比较安静（我上车的时候人本身就比较少），但高峰期怎么样不清楚，都说日本人在火车上不打电话，但我就遇到过（JR 山手线上，说日语，日文手机界面，要有人非说是留学生干的我也没办法），所以只能说相对而言更安静。
部分车站是和老站在一起的，但也有新建的比较偏僻的车站，但由于新干线历史很长，当年相对偏僻的车站现在也都不偏僻了。其实也可以推测出，未来国内高铁站附近也会发展出很多配套设施。
整体来看，硬件条件基本上差不多，国内服务和流程的某些方面有待提高，国内性价比更高。如果不是频繁的往来日本之间的几个城市，不建议坐新干线（太贵），买打折机票也是不错的选择。
当时的车票：
补充一下：其实国内铁路有些服务也是很到位的，只不过旅客不知道，比如：站内直接换乘，大部分枢纽站都有；坐错了免费送回，找乘务员开个证明就可 以；免费改签、没赶上车改签等等。车型方面某些差距是存在的（车内设施），但考虑到国内铁路长期运力不足，怎么把人运过去只最主要的任务，其余的都不是重 点。如果比设施的话，国内普铁也有一人软包，足够高端大气上档次。
国内外旅客素质差异确实很大，但如果去坐一等座（票价只有新干线的一半），熊孩子之类的会少很多。旅客的不文明行为也不是铁路希望看到的。至少对于卫生间的卫生来说，国内铁路打扫的也是很勤快的。
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再补充，不要把日本的JR、私铁、新干线、地铁弄混了，这是完全不同的概念。
JR 类似于国内的普速车（K/T/Z），同时也承担类似地铁的通勤任务，所以客流量很大，外观上看跟地铁也差不多，价格也相对亲民（起步价 120-140，单位日元，下同）；
私铁性质上跟 JR 一样，但 JR 算是国有的（政府控股 + 民营合资），私铁是私有的，可以理解为民营企业运营，有些票价比 JR 贵；
新干线类似于国内的高铁，有专用的线路跑（JR 是跑在老线路上，窄轨），标准轨宽度，坐新干线有时候要过两个检票口，一个是 JR 的，另一个才是新干线的检票口；
地铁则是另外一套轨道交通系统，比如东京地铁（Tokyo Metro），性质上属于国有（东京都交通局、东京地下铁公司），地铁的价格相对较贵（起步价 170），旅客数量没有 JR 的多。
同时，也有一部分快线车，比如去成田机场的 NEX，似乎是在既有线路上跑，但速度比其它的车要快。
地铁一日券不能乘坐 JR，从 JR 换到地铁或者从地铁换到 JR 都要重新计费（私铁没尝试），日本 JR 之间换乘很容易，地铁之间换乘也很容易，但 JR 和地铁之间换乘可能就要多走几步了，只不过因为没有安检，所以比国内的换乘速度快。JR 和地铁之间换乘，一般要多过一次闸机，甚至有些地铁线路之间换乘也要过闸机。
日本铁路客流量大是因为市区内的 JR 承担了地铁的通勤任务，日本 JR 的客流量也比地铁大，这是跟国内的情况不同的（我个人认为 JR 人多的另一个原因是便宜，同样的距离上 JR 要便宜 50 以上）。
上下班通勤：JR、地铁、私铁
市区 - 市郊：JR、私铁、部分快线车
城市间往返：新干线
在网上会流传一些东京轨道交通的图，这个图里实际上是混合了 JR、私铁、地铁、新干线的大图，实际运营中，这些图都是分开用的，JR 是 JR，地铁是地铁，新干线是新干线，单独看某一张图，并不复杂。
比如这是全图（看上去超复杂）：
这是 JR 的线路图（含周边、新干线等）：
这是地铁（只看粗线条部分）：
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