上周我在文学城博客里发了一篇文章《也来谈谈阎润涛颜宁之争》（https://www.wenxuecity.com/blog/202211/43982/8814.html）。文章发表之后感觉对颜宁是否剽窃的问题讲得不够透彻，所以在这篇文章里作一些补充说明。
在前文里我科普了转运蛋白的喇叭口模型。在这里再简单描述一下：转运蛋白呈V形，在朝内开口和朝外开口的两个构型之间转换。在转换的过程中糖分子或其他底物从细胞膜的一侧转运到另一侧。
喇叭口模型1966年由Jardetzky提出。早在七十年代，生化和动力学的研究就已经为喇叭口式的底物转运过程模型提供了有力的证据。虽然如此，随着分子生物学的发展，人们还是希望通过分子生物学的新技术来佐证这个模型的存在。老阎的研究就是围绕这个课题展开的。他研究大肠杆菌的一个叫UphT的转运蛋白，发现UphT上的一个氨基酸C265的突变不仅会影响这个蛋白和细胞内的底物结合，而且会影响蛋白和细胞外的底物结合。所以他的实验结果为喇叭口模型提供了新的分子生物学证据。因为C265位于UphT上的TM7片段，老阎在他的论文里进一步推断TM7对转运底物起关键作用。他提出了一个模型：TM7位于蛋白的中央,喇叭口朝细胞外的时候这个片段暴露在细胞的外侧，使得底物进入喇叭口，当喇叭口转变方向，TM7暴露在细胞的内侧,将底物转运到细胞里。这个模型不仅为喇叭口模型提供了新的证据，而且为喇叭口模型的底物转运过程增添了一些细节。遗憾的是，老阎的模型并没有涉及到构型转换是如何发生的（构型转换机制）。从老阎论文的标题和abstract可以看出他和他的导师虽然证明了TM7在底物转运过程（translocation pathway）中的作用，可是没有看到这个片段对蛋白构型转换（conformational change）的重要性。老阎的论文里说得很清楚：“虽然我们有能力找到一个位点在UhpT的底物转运过程中的作用，可是我们仍无法对底物转运过程如何操作发表意见”（Although we can identify a residue within the translocation pathway of UhpT, we cannot yet comment on how this pathway might operate.）在这句话后面老阎提出了两个方案,可是都和颜宁的模型不同，而且C265这个位点在Glut1里根本就不存在。Glut1和UhpT虽然有相同的拓扑结构，可是氨基酸序列却非常不一样。
现在我们比较一下老阎和颜宁的模型。打个比方，A某观察到汽车行驶（底物的转运）是因为车轮会旋转（老阎的模型）。可是这个观察并不能告诉大家车轮的旋转是由什么驱动的。要想知道车轮的旋转原理，就必须把汽车的内部构造搞清楚。 于是B某从汽车的内部构造发现是发动机带动了齿轮，使得车轮可以旋转 （颜宁的模型）。即便B某在事先知道A某观察到轮子会旋转的情况下公布了旋转原理，剽窃的罪名也不能成立，因为虽然都提到轮子是关键部位，A某和B某说的是两码事。同理，虽然两篇论文的模型都指出TM7起关键作用，可是此关键非彼关键，两者不在同一个层次。老阎的模型局限于对底物转运过程的描述（汽车行驶是因为轮子会旋转），而颜宁的三维结构解析的是喇叭口构型是如何从朝里开口转换成朝外开口的机理（旋转是发动机驱动的）。颜宁的三维结构显示TM7的某几个氨基酸和旁边的TM1上的氨基酸形成氢键，从而加强了朝里开口的构型的稳定性。除了TM7和TM1，另外一个叫做ICH的片段对朝外开口的构型起关键作用。
请注意老阎的论文对TM7在构型转换中的作用没有任何讨论。我在前文里说“老阎发现TM7片段对喇叭口构型的转换有关键作用”，其实并不准确，应该改为“老阎发现TM7对转运底物的过程有关键作用”才更准确。总之，老阎的模型和颜宁的模型虽然都涉及TM7，可是有本质上的不同。所以颜宁剽窃的罪名不能成立。
以上是我读了阎颜的两篇论文以后的分析和结论。现在来说一说老阎在自然杂志网站上的投诉信。投诉信没有提到TM7，而是用了很大篇幅试图说明颜宁论文中图5的模型如果没有他老阎的实验是得不出来的。
让我们看看如果颜宁没有看到老阎的论文，她能否想出图5的模型。颜宁提出她的模型基于两点。（1）喇叭口模型，（2）对朝里和朝外两种构型的三维结构进行的比较。第一个基点是1966年的经典论文和70年代提供生化和动力学实证的论文，这篇论文颜宁引用了。颜宁还引用了一篇首次用晶体结构证明了喇叭口模型的论文，对颜的模型来说就足够了。（请注意喇叭口理论不是老阎发明和证实的）。第二个基点是颜宁2012和2014年论文里的数据。2012年的论文研究的是Glut1在大肠杆菌里的近亲（homologue）XyIE,其晶体结构的开口方向和Glut1的结晶体相反。颜宁通过对比这两个近亲蛋白的晶体结构，推断出一个构型转换的动态模型。这个方法被学术界肯定。颜宁论文的高引用率就是证明。
老阎没有读懂颜宁的论文。他认为颜宁剽窃是因为没有认识到颜宁的模型和自己的模型的本质区别，再加上他认为喇叭口模型所描述的底物转运过程是自己发现并证明的(幸亏只是在投诉信里而不是在论文里这样认为，否则有剽窃之嫌。我怀疑文章是他的导师写的，把老阎论文的意义讲得很清楚而且恰如其分，而老阎没有正确领会，才会在投诉信里那样讲)。
那么颜宁究竟有没有看到过老阎的论文？我一直倾向于颜宁没有看过，一个理由是老阎论文的标题和Abstract里没有TM7以及其他相关的关键词，所以很难在Pubmed上搜索到。可是我经过多次尝试还是搜索到了。所以我现在不再反对颜宁看过老阎的文章的推测。但颜宁没有看过的可能性也同样存在。我发现这个的议题已经超出了学术的范畴，再追究下去没有什么意义。这个议题其实并不重要，因为即便颜宁看过老阎的文章，这也不能作为剽窃的实证。阎颜的两个模型有本质的不同，这足以证明颜宁没有剽窃。
颜宁有错吗？我认为颜宁确实有错，但不是大错。老阎的模型虽然没有涉及到构型转换的机理，可是他发现TM7的一个位点对底物的转运起关键作用，还是挺重要的。所以不管怎样，颜宁未能引用老阎的文章是一个失误。有网友问我，既然老阎的文章引用率很低，为什么你还会认为没有引用老阎的文章是个失误呢？我的回答是引用率低只能说明文章没有受到重视，不能说明文章没有价值。不过引用文章上的失误和剽窃这两者不能混为一谈。
欢迎网友们批评指正。
'离子通道就是细管，靠把门的控制开和关。葡萄糖载体没这个机制，就是靠自己，实际上是消耗能量而变形的。其实喇叭口朝里朝外的速度还是比汽车发动机的活塞上下转换速度快得多得多。'
如果用发动机来比的话，农民工感觉老阎的工作研究了活塞，但发动机要工作好，还需要很多其它部件的协调，这就是小颜的整体结构。
老阎恶性碰瓷颜宁，真真确确地发生过，而且纠缠不休很久，却从来不曾，也永远不会对颜宁造成一丝一毫的伤害。 但有必要澄清的是， 老阎碰瓷行为发生在颜宁讥讽“碰瓷”之后， 而非之前。 老阎最初博文和讨论对引用和剽窃均无声称和坚持，相反，对颜宁表露赞赏。发文目的仅为炫耀当年勇。一些阎迷坚持应该引用的言论，成为悲剧的真正导火索，引起“碰瓷”回应， 最终导致老阎失去冷静和心胸，完全意气用事。
细胞杂志没有撤销颜宁的论文，普林斯顿大学继续聘任她，科学界同行没有展开对颜宁论文质疑的讨论。
这一切说明阎在科学界同行得不到支持，对于可疑的碰瓷者施一公不必发声，颜宁也不必纯枪齿剑地一一反击，说一句碰瓷就不理阎了。
阎把这等非常专业的争论拿到社会媒体文学城来，就是想利用粉丝来诋毁颜宁的声誉，达不到目的。文学城是一个小社区，而全世界的科学界是一个更广阔的天地，颜宁丝毫没受到损伤。阎自讨没趣很郁闷。
阎声称活得1985年中国国家科技进步二等奖，是中国最年轻的获奖者，被证实不实，很容易在中国农业科学院网站上查到。
阎的博客曲啸在美国演讲遭遇滑铁卢也不实。阎1985年和夫人结婚来美国和早已在美国读书的夫人团聚，而几个当事人证实曲啸是1984年来美国演讲。1986年初曲啸在国内给我们单位演讲，一点也没崩溃，照样激情满怀，他是以后到深圳大学演讲时遇到大学生起哄的。
回复 'freemanli01' 的评论 : 是的，颜宁提到喇叭口模型时引用了1966年的论文，还引用了一篇提供直接证据的论文，讲的是一个叫作lacY的转运蛋白的晶体结构。我听过老阎的导师Maloney的课，他讲喇叭口的时候举出的证据就是lacY的晶体结构。他没有提老阎的工作，我想是因为老阎的不是直接证据。"
博主您是第一位有相当可信度的重要旁证提供者。
本庭不需要你这最后一句。你怎么想不重要，你想什么都可以。作为旁证证人重要的是如实讲述亲身经历的事实。
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葡萄糖分子以及其它糖分子如何进入细胞膜？喇叭口朝外-朝里转换模型是1966年从钠离子泵的工作原理推理出来的（Jardetzk，1966 ，Nature 211, 969-970)。然而，葡萄糖载体的工作模型是否真的与钠离子泵的工作模型一致，需要科学证明。请...科普一下
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印象中，润涛阎似乎还有一个意思，就是颜宁的静态照片，不足以支持她推出其结论，虽然那结论是对的。还需要别的资源来支持她的实验结论
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她是否直接指出了喇叭口模型是从某某钠离子那里继承来的？不是自己发明的。
她是否跳过了从钠离子到蛋白质的喇叭口大门的转变，从而忽略了润涛阎的贡献。
我外行，记忆可能不准。呵呵
颜的论文是否在试图解释喇叭口大门的驱动力是什么，而没有提到怎么想到这个大门是个喇叭口大门，而不是旋转门，也不是扇叶门。
她是否直接指出了喇叭口模型是从某某钠离子那里继承来的？不是自己发明的。
她是否跳过了从钠离子到蛋白质的喇叭口大门的转变，从而忽略了润涛阎的贡献。
仅从逻辑上看，感觉叶的问题很好（只是逻辑上看，事实如何，我不懂），但是Jty的回答好像还是需要再补充一点。“她为什么决定研究轮子的旋转”，确实是个不小的问题。就像踩着巨人的肩膀，摘下桃子，当然她这次摘桃子是主要贡献。但是，看见肩膀可踩，也不是小事。她就应该声明，我踩了谁的肩膀。
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jty 发表评论于 2022-11-14 12:05:24
回复 '叶轻眉' 的评论 : 可是B某的发动机模型才是重点。他应该说明自己为什么决定研究轮子的旋转，可是他的发动机模型本身不能算剽窃。
叶轻眉 发表评论于 2022-11-14 11:33:34
怎么你越说我越觉得阎颜二人的研究是同一回事儿呢？如果不是阎得出汽车行驶是因为车轮会旋转，颜会不会忽视车轮而去研究方向盘？
比牛皮膏药的粘性大多了。
阎迷们真是天下无敌， 胡搅蛮缠的功夫跟老闫很像， 且执着粘性很强， 笑死了。
施一公因为自己有才，所以识才，而且爱才。当今世界太需要施一公这样的伯乐了。
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作者自己设靶自己打——老闫可从未说过她“剽窃”。
颜宁有时间在微博上直接回复碰瓷 说明闲得很。碰瓷还要回 自贬身价不是？
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GB2312加了闫字。现已习惯用闫代替阎。
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我觉得颜宁、施一公保持沉默，是因为他们觉得此事太可笑、不值得浪费时间。
jty: 再给您一个字典的链接，您接着打假
https://biologydictionary.net/transport-protein/
以后的回复我就不再回复了。谢谢。
您首先应该对老阎道个歉，把他的姓写错了，也表明您真心"欢迎网友们批评指正"，不是在拉偏架。您打假中学教材是个灰常不明智的做法。
祝您博安。
原文 Glucose molecules are too big to diffuse through the plasma membrane easily, so they are moved across the membrane through gated channels. In this way glucose diffuses very quickly across a cell membrane, which is important because many cells depend on glucose for energy.
但为阎辩护众多人士有个共同特征，无理搅三分，类似中共的抗日中流砥柱论。
结论，它们是大外宣！
老阎说：那个图五及说明的强制夹带机理在他1994年PNAS文章中，所以颜宁剽窃。
本文博主认为不是。
众多读者，一旦自己拿到这两篇文章，比较阎颜两个图及说明的机理是不是一样似乎没有登泰山那么难，大家都应该试一试，也可以鼓励自己的高中娃试一试。
Stegy223：您也是专家，麻烦您也呼吁两杂志公开两篇文章吧。”
您可千万别把俺捧杀。wxc是免费投稿免费阅读言论自由真理越辩越明的好地方。
连颜宁这样手握真宝剑的都被弄的这么被动，您把“专家”这大帽子给俺头上一戴，改天就说不定被人骂成臭狗屎。
葡萄糖分子以及其它糖分子如何进入细胞膜？喇叭口朝外-朝里转换模型是1966年从钠离子泵的工作原理推理出来的（Jardetzk，1966 ，Nature 211, 969-970)。然而，葡萄糖载体的工作模型是否真的与钠离子泵的工作模型一致，需要科学证明。就好比CFTR根据蛋白质二级结构判断不是离子通道，而是载体；而在1992年在《细胞》发表的论文用活体蛋白科学试验证明它就是个氯离子通道。葡萄糖载体到底是怎样把葡萄糖载入细胞，必须有试验证据证明才能确定。
专家们是否可以再科普一下这个。
唉，颜阎之争，一开始确实是专业之争，后来就变成了意气之争。试问，把你自己放在老阎的位置上，一开始还是客气的去信小颜，肯定小颜的成就，希望引用一下自己的文章。结果被斥之为碰瓷。如果是你，你会不愤怒吗？现在还扯什么专业，其实就是为小颜对前辈的无礼找理由吧了。人啊，还是要将心比心一下"
脑海里总也没法抹去的一个场景是小颜受邀隆重上台展示失传了50年后被小颜发掘出来又发扬光大了的一套剑术。
此时这套剑术小颜己经舞的是出神入化，实为中华第一剑。要称之为世界第一剑也不假。台下众人阵阵喝彩。
冷不丁跳上来一位老汉，手握一弯弯棍，说道妹子你这套剑术使得实在好，只是其中一着实源于我家这棍术。
没有任何思想准备，小颜心中一惊，这不是说好了是表演赛吗？ 来不及细想，脱口而出我老师父才过世三年就有人要来碰场子啊！
手中这宝剑自然不到万不得以是不能用来真砍人的。这平日里对付社会上数不清的各色人物最简单顺手的就是摇身一变，来一句网红美女的要碰瓷啊！
老汉冷笑一声，小妹子我可是按这道上规矩来的。即然你这么说那就怪不得俺老汉了。
接招！
那些图都是示意图，估计小学生都能看懂。
1. “喇叭口模型所描述的底物转运过程是阎润涛发现并证明的”；
2. “同一师门，不可能不知道，方法一定是偷窃”。
谢谢你的正义感与耐心细致。 但是， 请你有心理准备， 你基本不会改变大多数阎迷们的执着。 他们并不从事科研工作， 所以对科学， 道理和事实都缺乏尊重。 他们更多在意维护自己的心理感受而已， 这是他们争论的勇气和意愿来源。
顺便一个评论：
颜宁2014文中图1中有12个蛋白质段，用上下方向的曲线表示，左边是C，右边是N.老阎1994文中图一也是12段，是直的，左边是N，右边是C.感觉两图只是转了180度，本质上一样。
颜宁图5只给出10段，重点是TM7，由它抓葡萄糖，变形，释放，抓放由门闩控制。老阎图1也是葡萄糖在TM7被抓,图4的转盘示意图描述的也是抓，变形，释放。两个示意图TM7的作用最关键，没有TM7，啥也不是，从这点上似乎两图也一样。
说老阎没读懂颜宁文有点臆测，似乎不科学。既然博主愿意做科学法官，公正与事实应该是第一位的。
至于作者说的对与不对，是由像作者这样的专业人士来评判，作者的身份，大家认真读博文的话，其实是透明的。我认为作者对双方没有倾向性。
但同一师门，说完全不知道，就太扯了。
“掩耳盗铃”这个成语不就是这么来的么 ：）
这个没完没了的争执，根本不会有啥结论， 两边都有一些无知无畏的斗士们， 吵得热闹就好， 哈哈。
当年阎先生首先拉开战局， 呼吁国内专家介入调查， 本人当时也鼓励阎先生给普大写信， 看普大能不能组织个专家组来评审这个学术争执， 后来也是无声无息。网上的口水战， 大多都是民科人士各显其能，分头给自己的偶像摇旗呐喊而已，那儿能说出个是非来。
阿留教授历来出言谨慎， 分辨力还是很强的。好长时间没聊过了， 握手致意。
Hearsay. Strike out!
法官大人不由感叹了一句。看来你们中国人把我们美国言论自由的传家宝山寨去了做得比我们好啊！
尽管如此， 仍有不少学者不畏语言暴力， 挺身而出， 写出很多专业性很强的科普文章， 澄清事实， 以正视听。 所显现出来的正义感， 令人欣慰和赞赏。 说明我们这个族群也不缺乏正义感。
无知且愚蠢的阎迷们， 真令人感受到人类愚蠢的力量， power of stupidity。 老闫毫无根据的胡说八道， 造谣诽谤的恶性碰瓷行为， 本来就令人震惊厌恶， 阎迷们至死不悟的劲头真是令人惊叹！
无知无畏， 勇于斗争， 还自认为善于斗争的阎迷们， 真令人可怜。
提醒一下， 老闫和阎迷们穷其所能的长期斗争， 都从来没有，也永远不会给颜宁造成任何一丝一毫的伤害， totally harmless。 因为所有指控都是谎言， 而谎言是没有力量的， powerless。 这就是为何只有轻蔑的"碰瓷"两字回应。
在文学城炫耀自己的无知，愚蠢和粗鲁都是很可笑的， 徒增笑料而已。
我对剽窃没有做过深入的研究，但是我想剽窃可以有不同的层次。最低级的是全盘抄袭。最高级的是抄袭别人的基本思想。所以，判断剽窃，一定要对相关领域有一个较为全面和深入的理解猜想，普通人能看到的剽窃只是低级的剽窃，高级的剽窃是发现不了的。当然，我不少说颜剽窃了阎的研究成果，我只是想说，只有真正的行家才能对阎颜之真做出一个较为客观公正的判断。外行读几篇文章，在没有深入了解的情况下就做出判断，基本上是没有什么价值的
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和你是一样的感觉。施一公做为小颜的导师，和老阎的师兄弟，他应该是绝对的内行人吧？可是他却装聋作哑，视而不见。是他不想说？不愿说？还是没脸说？还是难以启齿？难道这不值得让人怀疑吗？
"至少十多位生物学者"到底是谁？他们当中有公开身份的吗？其实润涛阎在学界是一个弱势的人，他们完全可以公开自己的学者身份，指出润涛阎确实在碰瓷。我倒是非常希望能够看到一个真正的内行能够这样做。雅美之途算是一位生物学者，可是他自己也说自己并不是内行。不知“诚信”是不是内行呢？你真的相信润涛阎没有读懂自己的论文？
老闫碰瓷颜宁不成， 自己恼羞成怒，阎迷们更是对颜宁本人恨之入骨， 无疑显示出迷信和崇拜产生的人间邪恶有多大。
直接抒发感情的， 只为文章题目而来。
本文关键核心语句：
1. "老闫没有读懂颜宁的论文。"
2. 老闫没有读懂自己的论文，
“他认为喇叭口模型所描述的底物转运过程是自己发现并证明的，我怀疑文章是他的导师写的，把老闫论文的意义讲得很清楚而且恰如其分，而老闫没有正确领会。 ”
阎迷们都醒醒吧， 别再被忽悠了！
润涛阎先生极为成功地实践了他自己的终生信条：“生命在于忽悠。”
他的生命已经结束两年了， 但忽悠却远未结束， 依然强劲且执着。
1. Nature2014讨论部分没有引用自己生化进展2013的综述。关于她对Alternate Accessing构家转换到底是什么样的认识，没有比这篇综述更合适的了。
2. Nature2014讨论部分没有点清四构象循环模型在先，人葡萄糖转运机理细节在后。四构象循环模型是来源于，同时适用于人猫狗细菌MSF大家族。
3. 做了现炒热卖的大众科普后变成了公众人物，没有意识到别人有权来追星和碰瓷。
4. 当老颜来切嗟Alternate Accessing构家转换时(似乎)没有按常理送自己生化进展2013的综述，却说人家碰瓷。
陷入了罗生门的困境。
"解读阎颜之争这一半科学公案的一篇关键文献"
https://blog.wenxuecity.com/myblog/75502/202211/9844.html
一个是鉴定细胞膜蛋白质通道残基自身一个点位，用化学方法敲几千次敲到一个关键点位。
另一个只要写进入细胞膜蛋白质体位变化，用衍射方法录到。
实验方法不同，实验对象不同，实验结果不同。小的完全叙述了糖运载蛋白体位变化，老的只是说细菌蛋白质搬运中一个有一关键点位。至于这个点位功用，变化都没有完全描述清楚。
为何非有必要要引用老的论文？
古话说，己所不欲，勿施于人。
老闫说别人漏掉他之前，应该先查查自己是否漏掉其他人。
当年发生这个纷争时，有人就注意到了这个问题，认为老闫的遗漏导致老闫真诚地相信自己是原创，故而指责小颜。
人体细胞膜中的一种蛋白质，叫葡萄糖转运蛋白（glucose transporters，简称GLUTs）,将葡萄糖送到人体细胞中。
大肠杆菌细胞壁主要成分是肽聚糖（peptidoglycan），人体细胞膜由脂质（磷脂为主）构成。
闫颜二人研究的蛋白质差别巨大，毫无相关性。