1966年夏季“文革”初发，中央直属机关头一个受到冲击的是共青团中央，每天都有成千上万的红卫兵冲进团中央机关大院，由身强力壮的“小将”把耀邦硬拽到批斗台上去接受“大批判”，让他“坐喷气式”；弯着腰，低着头，双手反叉到背后往上举，炽热的太阳在上空烤晒着。他面色发晦，汗水浸湿了衣衫，强忍着难言的痛苦，耐心地接受“小将”们的厉声责问：

　　“你和刘、邓是怎么往来的?”

　　“这说不得、说不得啊!”

　　“那么你有没有错误?”

　　“我有错误，欢迎小将们批判。”

　　“是什么错误?”

　　“我有错误，欢迎大家批判”……

　　再多，他就不说了。

　　这样的批斗一次又一次，有时一天连续十几次。

　　1966年11月，当红卫兵和一些机关的造反派日夜批斗胡耀邦最激烈的时候，“中央文革小组”的要员王力等人接见了北京各中学的红卫兵代表，王力在会上大声说：“你们应该狠狠地批斗胡耀邦。他是镇压北京各中学文化大革命的罪魁祸首。他应对挑动学生斗学生、镇压学生运动的‘中学工作组’所犯的罪行负责!”

　　当即有红卫兵问王力：“可不可以给胡耀邦黑帮们挂大牌、戴高帽游街示众?”王力很轻松地说：“群众运动嘛!即使有些过火的行动也是情有可原的，不算啥。至于胡耀邦，我可以负责地告诉大家，他绝不仅仅是什么‘没有高举毛泽东思想的旗帜，违背了毛主席的指示’的问题，也不是什么‘没有站稳无产阶级立场’的问题，而是正像许多小将所说，他是一个穷凶极恶的三反分子，是从根本上站在资产阶级反动立场上的问题。因此，不把他们斗倒斗臭，你们中学的无产阶级文化大革命，是很难搞好的!”

　　于是，对胡耀邦的批斗便更加猛烈。

　　同年12月上旬，北京大中学校红卫兵在北京体育场召开十万人大会，悼念据说由于团中央书记处的一位候补书记带领的工作组，进驻位于丰台区的北京市第十二中学时发生武斗而被打死的一位老教师。王力、关锋和吴德等人出席了这个大会，一口咬定这个悲惨事件是胡耀邦一手策划和教唆的。王力在会上还高呼口号：“打倒胡家店，解放红小鬼!”

　　大会还没结束，数百名红卫兵冲进团中央机关，像抓小鸡似的把胡耀邦等人反剪双臂，戴上“反革命修正主义分子”的黑牌，押上大卡车游街批斗。一路上，糨糊、碎纸、木棍、瓜子皮儿劈头盖脸地向他们飞来，直弄得他们浑身上下都是碎垃圾。一些红卫兵对胡耀邦说：

　　“你尝到群众运动的滋味了吗?”

　　“尝到了!”耀邦说。

　　“晚了!你已成了人民的敌人了!”

　　1969年10月，按照“林副统帅”的“一号命令”，团中央机关和各个直属单位两千多人，都被一锅端到河南省潢川县的黄湖农场，办起了“五七”干校。不久，耀邦也来了干校，被编在第一连第一排第一班。他先与几十人合住一座仓库，后又与好多人合住一间大草房。他本是行政五级每月四百多元工资的高干，现在每月实际只得三十多元的生活费，与大伙一道在大食堂排队打饭，抽一角六分钱一盒的“工”字牌香烟。不论和泥、脱坯、当小工、上屋顶、拉石头，还是挖河、打草、插秧、收割、烧茶炉、掏厕所、守场院，他都干得欢。抢场时，装有一百多斤粮食的大麻袋，他那么小的个头也一包一包地往仓库里扛。1971年夏天暴雨成灾，河水倒灌，黄湖大堤随时有被淹没的危险，他也和大家一道上堤抢险。一天暮色迷蒙，雨声淅沥，抢险的突击队都下堤吃晚饭了，耀邦戴着斗笠，扛着铁锹，独自一人在他们一连的防护堤上来回巡逻，堤外回响着激荡堤岸的涛声。

　　就在他领受着这种特殊的、远过于战争的血与火的艰苦磨砺时，中共中央西南局派来专案人员，向他了解西南“‘三家村’首犯”张黎群在团中央时的“反党劣迹”。

　　张黎群在陕北米脂县当了一年多的县委书记处书记，于1960年初被调回北京，分配到中共中央工业工作部担任办公厅副主任。庐山会议结束大反“右倾机会主义”的风暴平息后，毛泽东又决定恢复1954年“高饶事件”后撤销的各大区中央局，于是取消了中共中央工业工作部、交通工作部、财贸工作部，让工业部的人分为华北局和西南局两个班底，张黎群遂回自己的四川老家，担任西南局办公厅副主任兼办公室主任。1962年七千人大会后，全党全国大谈实事求是，邓拓、吴晗、廖沫沙在北京《前线》杂志频频发表议论，邓拓在《北京晚报》开辟了《燕山夜话》专栏；张黎群在《重庆晚报》和《成都晚报》，分别开辟了《巴山漫话》和《夜谈》两个专栏。“文革”伊始，北京的“三家村”被彻底“砸烂”；西南的两个“三家村”被点名的成员——西南局宣传部副部长马识途、四川省委宣传部长李亚群、四川文联主席沙汀、《成都晚报》总编辑陈柏林等人也立即被关进了监狱。首先被关进监狱的张黎群，自然成了西南“三家村”的“首犯”。西南局专案组的人来到河南潢川，就是很想从胡耀邦口中弄出一些能够加重张黎群“罪行”的材料。但是他们看错人了!

　　专案人员对胡耀邦说：“张黎群窃踞《中国青年报》总编辑位置达八年之久，在报社形成了一条修正主义办报路线，你应该向我们揭发他的这些反党罪行!”

　　耀邦不加思考地立即回答：“他还没资格犯修正主义路线的错误。因为他只是团中央眼皮底下一个直属部门的负责人。如果说《中国青年报》那时候有过这样的错误，那么这个责任应该由我来承担，因为我是团中央的第一书记。”

　　几句话，就把专案组的人打发回去了。

　　当然，他们是悻悻而返的。他们回到大西南，“提审”张黎群时就指着张黎群的鼻子说：“那个胡黑帮真是顽固透顶!他自己都泥菩萨过河了，还大包大揽地死保你哩!不过他不说，你自己得老实交代……”

　　1971年冬天，干校里查“五·一六”分子，一位年轻人也被怀疑审查，他去向耀邦诉委屈。耀邦安慰他说，年轻人也要学会坐冷板凳，切不要泄气，也不怕坐牢杀头。“古人说过，‘以天下为量者，不计细耻；以四海为任者，宁顾小节’。这是南朝齐文学家孔稚圭说的。我们干革命，就应该有这个大肚量。”

　　耀邦见这位年轻人似乎听不懂自己随口引出的《南齐书》上的这段话，立即铺开一小张纸，行笔流畅地给他写了下来，后面还加上“孔稚圭”三字。这位年轻人把它视为珍宝地收藏起来， 心境渐渐开朗，不久“五·一六”问题也雪化冰消。

　　1972年4月，驻团中央的军代表，把耀邦定为反党、反社会主义、反毛泽东思想的“三反分子”。耀邦看了这个“审查报告”很生气，逐条予以反驳，拒不签字，并对这位中央特派军代表说：你们不要用大帽子压人!然后他在自己写的《对审查报告的几点意见》中说：“对某些问题的看法，如果难以取得一致意见，我建议军代表的审查报告直送中央，而不必经我签。”其后直到“文革”结束，他也没签字。

　　就在这拒不签字的时候，他给黑龙江生产建设兵团的一位年轻人写了一封很长的复信，信的最后一段说——

　　我很幸运地能够活下来，并且同你们一道，看到了那些赫赫一时的专门为个人权势作恶的家伙一个接一个地倒下去，变成了一堆堆臭狗屎；而那些为祖国为人民利益一往直前地奋斗的同志，却在人民群众心灵深处生根开花，这是最值得记取的一件根本大事。它决定着我们一生应该忘却什么，追求什么……

　　1972年秋，他才离开了潢川干校，回北京检查身体和休息。不久，干校的其他人也陆陆续续地回到了北京。