相传古代黄帝之子意昌生颛顼，颛顼有个孙女叫女修，因食燕子蛋而怀孕生子大业。大业之子伯益(颛顼六世孙)因辅佐大禹治水有功，帝舜赐他姓嬴。伯益三十世孙中衍为商帝大戊御，中衍十八世孙造父是周穆王的驾车大夫，因平定徐偃王之乱有功，被封在赵城（今山西洪洞县北赵城），后建立赵国，造父由此为赵姓。战国时赵王有子叫赵奢，以善于用兵着称。赵奢出生在河北邯郸，于公元前 270年率军在秦、赵瘀氏之战中大败秦军，赵惠文王因此把马服一地分封给赵奢，并赐其号为“马服君”，与廉颇、蔺相如职位相等，马姓鼻祖（创世祖）为赵奢。赵奢的长子就是后人皆知只会夸夸其谈“纸上谈兵”的赵括，他在长平之战中被秦军射杀，并且所率45万大军投降后被秦军活活坑埋。此事让赵奢家族蒙受了奇耻大辱，也遭到社会舆论的强烈谴责，于是，赵奢之妻只好领着次子赵捷三子赵拨（湖田谱写成“牧”）和赵括儿子赵兴离开都城邯郸，逃往陕西的扶风隐居，并为纪念丈夫赵奢，将其生前的官名马服作为姓氏，秦灭赵后去服以马为姓。赵拨改姓马后，不再当官，甚至秦灭六国后多次请其出仕也不接受，而是在当地以教书、种地为生，深受百姓的爱戴，称之为扶风君，所以，以后马姓就以“扶风”为堂号。从那个时候起，马英九的祖上开始改姓马，直至现在。综合湖南《湖田马氏族谱》和福建、江西各地客家马氏族谱推算，马英九即是“扶风”马氏第69世孙，也是江西省永新县马氏始祖马子仪的第22世孙。

始祖马服君，原名赵奢，生于周赧王三十一年，公元前二八四年，西丁丑六月廿九日，殁汉高祖六年，公元前二〇一年庚子九月十九日，赧王四十五年辛卯，秦伐韩围阏与赵王命奢将兵救之，大败秦兵，解围而还，迂韦蛮贡一马红斑豹，性躁不服骑，独服奢，纵送如意，而封马服君，子孙以官为氏，而姓马，妣勅封大夫人程氏为室，生四子，括、捷、拔、接。根据族谱记载，马英九是马拨这一支系派衍。其世系表如下：

一世：马拔，别名赵牧，字扶风，生周赧王五十年，公元前二六五年丙申，殁公元前一九〇年初为长平令，后隐居凤翔府，扶风郡，妣勅封大夫人姚氏，邹氏生三子，田、隐、式。

二世：马隐，别名马兴，字萃园，生周赧王五十年，公元前二六五年丙申，殁公元前一八〇年，妣韩氏，续妣唐氏，生三子，轩(马珪)、丛(马琛)、卿(马嵩)。

三世：马丛，别名马嵩，字素庵，生公元前二二四年丁丑，殁公元前一五七年甲申，妣曾氏生三子钜、丹(马述)。

四世：马丹，别名马述，字浩然，生汉高祖元年，公元前二〇六年乙末。殁公元前一六八年癸酉，任冀州令，妣柳氏，续妣澹氏，生二子浚、尤(猷)。

五世：马浚，字存诚，生汉文帝三年，公元前一七七年甲子，殁公元前一二二年，妣欧氏，续妣文氏，生二子赤、谷(马权)。

六世：马谷，别名马权，字荆谷(荆碓)，汉宁东将军，生汉景帝前元七年，公元前一五〇年辛卯，殁公元前89年，妣储氏，生三子，端(马何罗)、政(马通)、宏(马伦)。马何罗，汉侍中仆射，系重合侯马通长兄，通尝拒击太子，绩功封侯，马何罗亦得 入为侍中仆射。至江充族诛，太子冤白，何罗兄弟，恐致祸及，遂起逆谋。金日磾当然窥破，赶前一步，抱住何罗，连呼反贼。何罗不能脱身，把持许久，竟被日磾掷翻，遂得破获。武帝又令奉车都尉霍光，与骑都尉上官桀，往拿马通、马安成。此上官桀与前文上官桀不同。两马正在宫外候着，接应何罗，不意两都尉引众突出，欲奔无路，束手就擒，并交廷尉讯办。依谋反律，一并斩首，全家骈诛。马伦（《前汉书》称其为马安成）：马何罗、马通幼弟，因为他参与兄长马何罗谋反（马何罗亲自刺杀汉武帝刘彻）被杀。

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七世：马通，别名马政，字达，号迪奕，生汉武帝元朔四年丙辰，公元前一二五年，殁公元前七一年，妣葛氏，生二子，宁、军(钧)。马通，马援的曾祖父，原藉河北邯郸人，为赵奢（马服君）的后代，汉武帝时因功被封为重合侯，但因为他的兄长马何罗谋反，马通受到牵累，被杀，所以马援的祖父、父亲这两代家境式微，地位不显。公元前91年以重合侯（山东乐陵县）二千石和董仲舒、司马相如、司马迁等六万户大富豪、儒士一样所执行皇帝的“推恩令”而迁入（右）扶风茂陵县成欢里。古茂陵县位于今陕西省兴平县东北原上，南位乡的东南部，西距兴平县12公里，东距咸阳市15公里。其北面远依九骏山，南面遥屏终南山。东西为横亘百里的“五陵原”。此地原属汉时槐里县之茂乡，故称“茂陵”。马通子马宾，马仲生马昌，马昌生马仲，马仲有四子，况、余、员、援。

八世：马宁，别名马宾，字致和，汉议郎，绣衣使者，生汉武帝太初四年庚辰，公元前一〇一年，殁公元前三十年，辛卯，妣米氏，颜氏，生三子，力(马庆)、果(马昌)、典(马襄)。马昌有一子马仲；

九世：马果，别名马昌，字懋中，生于汉宣帝元康一年，公元前六十五年丙辰，殁公元前七年甲寅，妣刘氏一子，宫(马仲)。

十世：马宫，别名马仲，字吴卢(昊卢)，生汉元帝永光五年，公元前三十九年壬午，殁公元十九年，巳卯，妣沙氏，生四子，况、余、员、援。马仲，汉玄武司马，马况、马余、马员都很有才能，王莽时，又都做到了二千石的高官。马况，字长平，汉河南太守，封穷虏侯。马余，字圣卿，汉中垒校尉、扬州牧，封致符子，有二子马严、马敦，马严生七子：固、伉、歆、鱄(汉郎官，即墨令)、融、留、续(字季则，汉度辽将军)。马员，字季主，汉增山连率（上郡太守），封中水侯。

十一世：马援，字文渊，生西汉成帝永始三年，公元28年投身于东汉，并在上林苑（长安、咸阳、周至、户县、蓝田）屯田四年，公元32年至公元37年平定陇西，公元37年至公元44年秋平定交趾，公元49年任汉中太守，征服交趾(今越南)，在征武陵五溪“蛮”中病故。终年六十三，封新息侯、伏波将军。东汉建武二十年，越乱已平，马援遂立两根铜柱以为大汉南部边界，表功而还。据清《横州志》记载，其上有铭文曰：“铜柱折，交趾灭。南方马姓源自以“铜柱”为堂号而景仰。马援的兴起，系承马通的“扶风堂”的衣钵，得到了纵深发展。由此，凸显以马援为杰出代表，扶风马氏在古都长安郊区茂陵县迅速崛起，成为响当当的一个世家大族。马援妣耿氏、宋氏、蔺氏，生四子三女，长子马廖、次子马防、三子马光、四子马客卿(幼亡)；长女（佚其名）、次女（佚其名）、三女东汉明德马皇后，马皇后一生勤俭、朴素，谦逊，知书识礼，明理达义，她的所做所为，对明帝、章帝两朝的政治都有着积极的影响，因此赢得后世人们的赞誉。后马防平叛有功，章帝封马廖、马防、马光三兄弟为列侯。马防，字江平，汉光禄卿，车骑将军，封颍阳侯，有二子马钜(汉章帝时任黄门侍郎，袭颖阳侯，后迁为长水校尉，有二子马宝、马寔<马寔，字仲盈，汉顺帝时官拜使匈奴中郎将，后晋升为度辽将军，有一子马翼<马翼汉使匈奴中郎将，后出任张掖太守，有一子马釜>>)、马珉。马光，汉太仆，封许侯，有二子马康(汉侍中)、马郎(封合乡侯)。