基督教有三位一体“Trinity”教义，说圣灵，天父和耶稣是一个实体的不同显现。这个教义是经过上千年演化而来。这个教义的关键，在于耶稣的神圣性由何而来。今天基督教以三位一体作为核心教义之一，认为耶稣就是上帝，就是圣灵。而在康士坦丁把基督教定义为罗马国教以前，基督教各个教派并不是统一的，甚至可以说有百花齐放百家争鸣的局面。

犹太基督教认为耶稣的神圣性和《旧约》中所有先知一样，他们有智慧，有宗教情怀，但他们不是上帝。上帝肉身现世不是犹太教传统，而是罗马传统。罗马文化传承了古埃及和古希腊文化。古埃及法老就是神，就是肉身神。罗马皇帝都以神的儿子自居，赋予罗马皇帝以神圣性。耶稣是以色列王，赋予耶稣上帝的神性就是罗马文化传统。

阿略教派基督教（Arianism）认为耶稣就是上帝的儿子，耶稣是耶稣，上帝是上帝，两者是可区分的实体。阿略教派兴起于公元三世纪，起源于埃及的亚历山大港，教徒甚重，影响甚广。公元325年第一届普世教会理事会以250票对68票通过了尼西亚纲领，把阿略教派定为异端。有史学家认为康斯坦丁大帝信奉的就是阿略教派。 公元337年康斯坦丁去世，君士坦提乌斯二世继位。君士坦提乌斯二世推翻尼西亚纲领，为阿略教派平反，并大力推行阿略教义，公元357年把阿略教派定位罗马官方基督教。公元380年11月狄奥多西一世驱逐了阿略教派主教，重新确认尼西亚纲领，再次视阿略教派为异端，但哥特人还继续奉行阿略教派。今天欧洲著名的教堂很多是哥特式教堂。直到公元八世纪哥特人才完全摒弃阿略教皈依尼西亚纲领。1517年新教改革，阿略教重新浮出水面。宗教改革迸发出的各种新教中，凡是不认可三位一体教义的教派都被贴上阿略教的标签。英国辉格党是加拿大自由党的前身。1683年辉格党领袖沙夫茨伯里伯爵临终前坦白自己是阿略教徒。十八世纪英国基督教主流是阿略教义的各教派。今天依然有教会信奉阿略教义，不信三位一体，如上帝一位教会（Unitarianism）和耶和华见证教会等。

基督教根植于希腊文化，而非犹太人文化。基督教徒主流构成不是犹太人，而基督教诞生之时在罗马统治之下，罗马统治的中东主流文化是希腊文化。希腊文化以形式逻辑著称。阿略教派就是形式逻辑的典范之一。形式逻辑著名的定律是同一律，A就是A, 不能A是A还是B。即一个人不能自己是自己的儿子，自己是自己的父亲。

三位一体最初的胚芽来自于公元二世纪到三世纪的罗格斯教派。罗格斯（Logos）就是逻辑推理、诉诸逻辑、诉诸理性的意思。罗格斯成为了斯多葛学派的崇拜，成为斯多葛学派的宇宙观。在斯多葛学派哲学中，罗格斯是宇宙，是理性，是规律，也是上帝。即上帝与宇宙是同一的。希腊语中，罗格斯也是文字（Word）。《约翰福音》第一句说：宇宙之初就有罗格斯（Word），罗格斯与上帝同在，罗格斯就是上帝。如公元二世纪上半叶的查士丁教士（Justin Martyr，公元 100-165），为基督教一神教辩护，要说服希腊文化中的人信一神教，他就引用了斯多葛学派的宇宙观。他把基督教的上帝和斯多葛哲学的上帝等同起来了。这样，希腊文化的罗马人就能够接受基督教了。当然，斯多葛哲学的上帝不会发怒，不会用洪水惩罚人类，斯多葛哲学的上帝就是自然规律，和中国的“道”的概念比较接近。把罗格斯等同亚伯拉罕的上帝，是文化冲突的妥协，也是一中文化融合，犹太人文化与希腊文化的融合。

《约翰福音》第一章第14句说，罗格斯（Word）有了肉体，生活在我们中间。基督教罗格斯教派认为，耶稣就是上帝，就是宇宙，就是罗格斯。这和罗马传承的古埃及文化一样，埃及法老就是神，耶稣就是神。德尔图良（Tertullian，公元155-220）发展了罗格斯教义，提出格位说，不同历史是不同的各位：耶稣前是天父时代，耶稣世代就是圣子时代，耶稣后就是圣灵时代。这就是三位一体的雏形。这时候，三个格位不违背形式逻辑的同一律。因为天父，圣子和圣灵出现在不同时代，没有同时既是天父也是圣子的矛盾。

公元2-3世纪基督教派中，罗格斯教义为主流教义，几乎有一半的基督徒都是罗格斯派。其次是等级从属教义（Subordinationism），势力也很强。从属教义认为天父是本质的，原本的，圣子是从属的，派生的。还有一些教派是模态教义，认为上帝就是一个，只不过它有时以变成圣子，有时变成圣灵，是一体三态。以今天教义而言，这些都是异端。但官方基督教或者正统基督教正是从这些异端演化而来。

公元四世纪，主要有两大教义，一派就是阿略教派，认为上帝才是永恒的，圣子并非永恒。另一派就是尼西亚纲领派，认为天父和圣子是同一的。 两派通过争论，都采用了圣灵的概念来维系天父与圣子的关系。福音书中著名的故事是施洗约翰为耶稣洗礼时，圣灵从天而降进入了耶稣体内。以该故事论，就是天父用圣灵加持了耶稣，耶稣在30岁之前并没有神性，耶稣受洗后才有了神性。

公元381年，普世教会理事会通过了君士但丁堡信条，确认圣灵从上帝那里来，崇拜天父和圣子时也同时崇拜了圣灵。三位一体的表述就是一个本质（Essense）三个人格（persons）。圣灵源于上帝经由圣子而对人间产生作用。

公元十一世纪，有一派把君士但丁堡信条中，“圣灵源于天父”这句话中加了“和圣子”一个词，改为“圣灵源于天父和圣子”，史称Filioque条文。Filioque是拉丁文“和儿子”的意思。由于这个争议，基督教分裂为罗马天主教和东正教。罗马天主教信条中没有Flioque一词，东正教信条有Filioque一词。

今天大多数基督教教会都采用三位一体教义，但对天父，圣子和圣灵之间的关系，还是各派各说，莫衷一是。