抗战期间，《申报》数度历经种种波折，数度停刊又复刊。首先是1937年11月，上海沦陷后，日方企图控制该报，《申报》拒绝其新闻检查，于1937年12月14日宣布停刊。1938年1月、3月，申报汉口版和香港版先后复刊，但汉口版于当年7月停刊，香港版于次年7月停刊。

1938年10月10日，《申报》借美商之名在上海租界内复刊。1941年12月8日，日军开进了上海公共租界，申报再次停刊。一周后，在日军威胁下，《申报》复刊，完全为日军报道部所控制。1942年日军军部突然派人查封《申报》。12月6日，日本海军派汉奸陈彬龢以“军管会”的名义接管《申报》，并任命陈为社长。日本投降当天，陈彬龢潜逃。1945年9月17日《申报》停刊。

抗战结束后，由于战时《申报》为日军强占，于是政府以《申报》“附逆”为名，成立以CC系要员潘公展为主任的申报报务管理委员会，对其实施接管，将设备封存。1945年11月22日《申报》复刊，潘公展任指导员，立法委员陈训悆为总经理兼总编辑。从此，《申报》完全被国民党CC系控制。

1949年5月27日，中国人民解放军进入上海后，因意识形态不同且《申报》为中国国民党党产，中国共产党宣布立即停刊。

申报前后总计经营77年，共出版25600期，为近代中国发行时间仅次于《中央日报》、具有广泛社会影响的报纸。