“文化大革命”(简称“文革”)的十年动乱中，上海交通大学的高等教育事业遭受严重破坏和损失。1966年6月1日，《人民日报》发表《横扫一切牛鬼蛇神》的社论，红卫兵运动接着兴起，造反组织风起云涌。在“怀疑一切，打倒一切”的口号中，红卫兵上街破“四旧”，揪斗“牛鬼蛇神”，冲击基层领导、党政机关、报社，学校党组织停止活动，“停课闹革命”。1967年1月在江青反革命集团(简称“四人帮”)头目张春桥、姚文元的操纵下，“造反派”夺了权。同时他们在权力分配中又互相争斗，使学校一片混乱。军、工宣队的进驻，对稳定局势起了一定作用，但也执行了“左”的路线。

　　在所谓“清理阶级队伍”中，由于张春桥等人的直接插手，使用卑劣手段，诬陷干部、教师，造成更为深重的灾难，全校教职工中被揪斗的就有1065人，占当时总人数的二分之一，有19位干部、教师等被迫害致死。学生中也有一批被揪斗，其中非正常死亡的3人。校系两级的领导、优秀干部及正副教授，教研室的办学骨干，几乎全部被诬陷为“走资本主义道路当权派”、“叛徒”、“特务”、“资产阶级反动学术权威”、“地主富农分子”、“资产阶级分子”以及“现行反革命”等，受迫害的干部、教师和职工在精神上、肉体上受到极大的摧残。

　　“文革”中高等教育事业受到极大损失，停课长达7年之久，教学质量严重下降。党组织遭受严重破坏。面对“四人帮”的倒行逆施，交大广大干部、教师，不畏权势，采取各种方法与“四人帮”及其余党进行斗争，有些教授、学者身处逆境，仍然坚持科学研究，著书立说，搞实验室建设，协助工矿企业攻克了生产中的技术难关，为国家经济建设作出了宝贵的贡献。

　　1976年10月，“四人帮”被粉碎，上海交大师生率先行动表示坚决拥护，在全市引起了很大影响，体现了交大人爱憎分明、与党同心同德的高尚风格，并立即进行了揭批“四人帮”与清查运动，清查与江青反革命集团篡党夺权阴谋活动有牵连的人和事，在发动群众大揭大议的基础上，经过内查外调，到1978年12月基本查清了“文化大革命”期间交大15件大事和57人的问题，分别不同情况作了处理。

　　粉碎“四人帮”后，交大人率先对1971年7月“四人帮”制定的《全国教育工作会议纪要》的所谓“两个估计”提出质疑和进行批判，在实际工作中恢复和发扬了优良的办学传统，恢复了正常的教学秩序。

　　上海交大师生在真理标准问题的讨论中也走在前面，始终与党中央保持一致，并走向社会宣传，对全市的讨论起了积极作用。