在九十年代，一些FIFA的欧洲执行会成员不满阿维兰热和Sepp的管理方式，他们提名欧洲足联的主席Lennart Johansson作为FIFA主席的候选人。Lennart当时在欧洲很受欢迎，这对Sepp来说是个威胁。Sepp开始了他的拉票活动。FIFA的每一个成员国不管大小都有一票投票权，在中北美洲以及加勒比海各国就占了30票，而代表那些国家的足球会主席是Jack Warner。Jack上任后把曾经是独立不互动的加勒比海的足球会成员都联合在了一起组成了一个联盟，他让每个成员国有了归属感，并积极为他的联盟争取权益。Jack任命了一个美国人商人查克做秘书长，而他俩意识到他们手握二十五票的投票权这对他们来说是一种可以行驶的有力的权利也意味着潜在的财富。任何想当选为FIFA的主席一定得先得到有二十五票选举权得加勒比海足协，也就是要得到Jack的支持。Sepp当然明白Jack的重要性，而Jack也知道如果Sepp当选后他的资源将会更多，所以他俩自然而然地成为了互帮互惠的“兄弟”。欧洲足协成员意识到Jack和Sepp的联盟，他们只有寄希望所有的欧洲成员国会投Lennart的票。Sepp也意识到他在欧洲足协会不是很受欢迎，于是他找上了曾经是法国足球队明星的普拉蒂尼（Platini）当他的竞选伙伴来帮他拉欧洲的票源，并开价一百万美金作为酬报。当时欧洲足协预计了一下可能的得票情况，根据大多数非洲和亚洲的成员国都倾向于Lennard，他们觉得胜算还是很大的。然而局势并没有朝他们预计的方向发展。

Sepp分析情势后明白非洲的选票对他至关重要的，于是他请了伊曼纽尔当他的说客前往南非帮他拉选票并承诺如他当选的话一定会在南非举办一次世界杯。当时南非足协会主席Molefi拍下胸脯说如果Sepp能坚守承诺的话他不禁会把南非共和国的一票投给他而且还会说服全体南非成员国一共十一票。其实承诺在哪一国举办世界杯就是往主办国送钱，Sepp很清楚这一点。而另一个Sepp的关键盟友是卡塔尔的穆罕默德本哈曼 (Mohamed Bin Hammam) ，他是一个卡塔尔的商人并是Sepp的竞选经理，非常有野心。由于穆罕默德是有钱有势而且极具谈判技巧，所以Sepp对他非常器重并总是满足对他的承诺。穆罕默德自己在一个采访中提到他为Sepp争取到大量的亚洲和中东的选票，他能为Sepp完成其他人无法完成的任务。有传说在投票日前夕，在一家巴黎的酒店几个信封放在了一些投票代表的手中，大多数非洲成员国代表的投票意向发生了改变。虽然没有人能拿出证据有巨额的金钱交易但是一些曾经或还在FIFA担任高管的人士肯定这个传言是真实的。

1998年六月八号在巴黎举办了五十一届FIFA大会，还是当任的阿维兰热宣布了主席选举开始。当时两位候选人各有十二分钟的竞选宣言，Lennart誓言如他当选他要重建一个干净，团结，民主和透明的FIFA。而Sepp只是发了短短的几分钟言，他承诺他会延续阿维兰热的管理方式，并把世界杯带到非洲举行。换言之，他就是当众对将给他投票的非洲成员国代表们开了一张巨额的支票。结果第一轮Sepp以111票对Lennard的80票赢了第一轮。因为第一轮的候选人没有一位选票超过三分之二，所以还应该进行第二轮投票，但是那时的Lennart已经知道非洲的选票都去了Sepp那里甚至还有些欧洲的选票，所以他没有等到第二轮投票就表态放弃了。最终阿维兰热任命Sepp为新一任的FIFA主席。很多人事后说如果Lennard当选的话，可能很多丑闻都不会发生。

FIFA的权力和影响力日益增大，世界上任何一个国家都竞相争办世界杯，因为世界杯不但能重塑一个国家的形象，而且能带来巨大的商业价值。FIFA给人的影响如同足球界的联合国。Sepp想把FIFA塑造成一个在全世界行善的组织，开发了很多项在世界各地的目标项目，Sepp不遗余力地推广他设计的所谓的为各国量身定做的目标项目，包括建立各国的总部，新足球场，和培训教育。但是很多传言说那些被分配的四十万美金项目基金不到位或者就是不翼而飞了。记者前往一个位于肯尼亚的目标项目，但是眼前应该是足球活动中心的建筑物却成了无家可归小动物们的居所，母鸡们悠闲地在空无一物原本应该是会议厅的毛胚房里踱步。这个是FIFA赞助了三千五百万当地货币来发展的足球项目，现在已经是烂尾了。FIFA在某种程度上是其成员国的银行，难免有问题出现。Sepp在竞选FIFA主席时对第三世界的成员国们做出承诺一定会大力支持当地的足球运动，然而有指责说Sepp就是以承诺来换取选票。

2001年在苏黎世，发生了一桩具有里程碑意义的事件，那就是International Sport & Leisure的倒闭，这家由阿迪达斯的前任老板一手为了独家的FIFA市场营销权以及世界杯的转播权而创建的公司遭遇了严重的财政危机，FIFA的收入绝大部分都是从这家公司获取，它的倒闭标志着FIFA失去了他们的金主。资金流断了难免造成混乱，FIFA不仅在经济上遭受滑铁卢在政治上也受到了极大的负面影响。Sepp面临着前所未有的的危机以及压力，而且遭受到来自各方对他和International Sport & Leisure之间交易的质疑以及他的职业操守。Sepp一开始用回避和隐瞒来冷处理，但是事件一发酵就像雪球般势不可挡。自Sepp当选为FIFA主席后，他就任命米歇尔（Michel Zen-Ruffinen）为秘书长，但在2002年米歇尔开始提出一些疑问，并起草了一份文件，其中列举了Sepp在任期间的多项不当做法和管理问题。FIFA内部对Sepp有质疑的成员们开了一个公开的记者会当众表达了他们对FIFA内部可能有的腐败情况的担忧，并且要求Sepp要么进行内部审查清理，要么就下台。他们甚至还对Sepp提出刑事诉讼，但都被Sepp一一否认。FIFA内部日益政治化，但是许多FIFA的成员国代表对FIFA内部的财务情况一无所知，而且2002年Sepp在韩国召开的FIFA年会上再三重申资金绝对没有问题因为他手头有钱。但是，他所谓的资金是提前出售以后的世界杯赛事的转播权。

Sepp的人格魅力以及他所建立的人际关系竟然让他安然度过了这场风暴。然而他不断地面临新问题，反对者们想通过提名另一位主席候选人来击败Sepp，可是Sepp拥有大多数成员国代表的支持，在2002年的选举中，Sepp再次成功当选FIFA主席。当然第一件事他要做的就是铲除米歇尔这个反骨仔，他免除了米歇尔在FIFA里的任何职位。在别人眼中米歇尔不只是个奋力往上爬的高层，他其实是个务实想要在内部实施改革的人。在Sepp宣布米歇尔被免职的会议后，米歇尔表达了对FIFA内部问题严重性的担忧，但是他还是很大度地祝FIFA好运。

自Sepp安然躲过了International Sport & Leisure倒闭危机以及内部反对者们的挑战后，他在FIFA的至尊无上的地位越来越巩固。每个国家都有个足球协会，而足球协会会加入各属洲的联合会，每个联合会会选出一些成员在FIFA的管理机构任职，而这个机构就是共有二十四名成员的执行委员会。他们每年都会开几次会议为FIFA做高层决策，而其中最重要的事件是决定在哪国举行世界杯。这个执行委员会就如足球界权力金字塔的最顶尖，拥有无上的权力。这二十四位成员都不是善男信女，他们绝少谈论足球，他们关心的只是可以为自己为家族争取到多大利益。为了自己的权益有时会如小孩般争执耍无赖。

Jack Warner曾经为Sepp拉到所有加勒比海各国的选票，他在Sepp当选后也节节高升，而他的梦想是要为他的国家特立尼达争取到踢进世界杯的资格，特立尼达真的进入了2006年在德国举办的世界杯。特立尼达足球队队员在取得世界杯资格后和Jack开了一个会协商如何分配广告收入以及资格赛奖金，双方同意三七开来分配广告商业收益五五开平分资格赛奖金。然而自那次达成财务共识的会议后，双方的关系变得糟糕了。原因是Jack把承诺的各项商业收益和奖金扣除所有球员们在德国参加比赛期间的费用，到最后每个成员只拿到了八百美元。手拿着八百元的支票，球员们对Jack曾有的信任和尊重都瞬间化为乌有。而令他们更加感到愤慨的是所有参加和Jack协商会议的球员们都被列入了黑名单，也就是说任何俱乐部都不会和他们签约。在球员们不断的维权和坚持下，八年后政府终于同意和解付了球员一百三十万美金欠款。然而剩下的约一千多万美元的收入不知去向，而Jack从未解释钱去了哪里。

Sepp对很多支持过他的人做过承诺，其中一个是在非洲举办一次世界杯。而时机又是那么巧正好纳尔逊曼德拉获得了自由并成为南非的总统，Sepp当然想抓住这个机会，他认为如果能在南非举办世界杯的话，他的成就就能更上一层楼，他就会被看作和国际外交官一样重要的人物。从Sepp当选的那一天，他就全力以赴想把他在非洲举行一次世界杯的承诺实现。可是这个承诺是需要资金来兑现的，因为几乎所有的非洲国家都很贫穷，也就是说如果要在那里举办的话，那么FIFA不得不花大量资金来贴补。为了筹集资金，他在2002年聘请了Jerome Valcke作为FIFA的市场总监并给他三年的时间来重建FIFA的商业结构。

在决定2010年世界杯在哪里举行中，南非和摩洛哥竞争激烈。摩洛哥邀请了在FIFA最有影响力的几位行政人员和他们的家人们前往摩洛哥参观并给了他们皇室般的待遇，但是南非绝非是省油的灯，他们直接提出比摩洛哥还高的价钱来承办世界杯。当然曼德拉的人格魅力以及他的政治影响力为南非加了不少分。当时去考察摩洛哥，埃及，和南非的FIFA代表团的成员说当他们到达南非机场，看见曼德拉在等候他们，他脸上和蔼的笑容以及待人之礼仿佛在他的身上有一层耀眼的光芒仿佛磁场一般，让人不由得对他产生尊重和信任。他们一起前往了特立尼达，而Sepp和Jack也在那里的足球场和他们汇合。其实那时曼德拉健康情况不是很好，而且由于旅途也显得非常疲惫。Jack在二十四位执行委员会成员中拥有三票是投向南非的，他带领FIFA代表团以及曼德拉去了他的国家特立尼达，无非是一场公关秀，并显示他的权势。在晚宴上，Sepp宣布了2010年世界杯的主办国是南非。消息公布后整个非洲沸腾了，在非洲举行世界杯的象征意义是巨大的，它象征着种族隔离的结束。Jerome听说南非赢得了主办权后分别在2007和2008支付大笔钱款给加勒比海足球联盟。Jack为了得到这笔钱他不断向Sepp和Jerome施压，并美其名曰会将这笔资金用于资助加勒比海地区的非洲侨民。在Sepp和Jerome最后同意支付并汇入了Jack的私人账户一千万美元后，他将10%给他的联盟秘书长查克。几乎每个执行委员会的成员都知道他们的所作所为，但是没人阻止，他们都相信他们有权从世界杯中获取利益。南非支付的一千万美元应该是用来资助非洲侨民的，但是钱并没有用在该用的地方。南非花了一千万获得主办权的消息不断发酵，南非政府不得不出面否认他们通过行贿来获得主办权。问题应该是出在FIFA的决策人身上，而不是申办国。

自2010年南非世界杯后，FIFA的权势更加强大，Sepp的前任阿维兰热对他说你把FIFA发展成了一个巨型怪物。2008年FIFA在澳大利亚举行了每年的FIFA大会，在那年会上，Sepp提议将启动2018和2022世界杯主办国的投标活动。当你能把两届世界杯的转播权一起出售的话，当然收入就会更可观，那么可受贿的金额也会水涨船高。

在2010年举行的主办国投票会议中，本应有二十四人的执行委员会却只有二十二人投票，其中的两位分别来自尼日利亚和塔希提的代表被停职，因为他们试图向申办国出售他们手中握有的选票。这样的丑闻不断从FIFA中传出。FIFA声明他们内部有个道德委员会来监督审查所有的申办工作。Sepp不得不公开承认同时启动两届的主办国投标是不合适的，但是事已至此，也只能继续进行。其实内部已经决定2018年将在欧洲的一个国家举行，所以当时的申办国英国不禁出动了足球大使大卫贝克汉姆，还劳动了威廉王子做游说活动。当时俄罗斯也极力争取，还承诺大力改善道路和交通。2022年的主办国执行委员会没有决定在哪一洲举行，主要还是看申办国的投标情况。当时不但美国前总统克林顿前往FIFA为美国争取主办权，而且时任总统奥巴马也不断在媒体中为美国宣传。在一些内部人士看来2018年的申办国中英国应该是最具竞争力的，而2022年的申办国中美国是最强劲的，所有其他的申办国在各方条件下无法与美国抗衡。Hassan Al Thawadi作为卡塔尔申办2022年世界杯的秘书长深知美国是领跑者。但是当Sepp在FIFA大会上宣布了投票结果公布2018将在俄罗斯举行，而2022年将在卡塔尔举办，会场上除了这两个申办成功的代表团热烈欢呼外，其他与会者都大跌眼镜，一脸意外，甚至一些FIFA高层人员都震惊地面面相视。在座的所有英国和美国申办代表团包括克林顿和威廉王子都表现的非常失望和惊讶。当时的美国足球协会高层Kevin Payne第一反应就是主办权是他们买来的。CNN当时就公开说如果FIFA受贿了，那么他们就应该被曝光。连Sepp的前任顾问都认为当时FIFA正因为被受贿而备受关注，现在卡塔尔被选为主办国，那么问题就更严重了。

当卡塔尔被宣布当选为2022年世界杯主办国的那一刹那，Sepp心里很明白他会遭受铺天盖地的质疑和批评。果然不出所料！