文德元年即公元888年三月初六（癸卯），唐僖宗李儇在灵符殿驾崩。唐僖宗死后留下遗制，让寿王李杰为皇太弟，并更名为李敏，让宰相韦昭度摄理冢宰。

三月初八（乙巳），李敏在唐僖宗的灵柩前即位，成为史上的唐昭宗，当时他二十二岁。三月二十八（乙丑，《旧唐书》误作己丑），他召见群臣，开始听政。唐昭宗体貌明晰精粹，颇有英气，喜好文学和读书，尤其注重儒术，神气雄俊，有会昌（唐武宗）的遗风。他觉得唐僖宗政令不振，朝廷日益失去权威，便有恢复先前帝王尊严的大志。他礼敬大臣，渴望并延请贤能，一心都在恢复和弘扬旧业和号令天下之上。所以他刚即位时，朝廷内外都异常欣喜，觉得很有希望。

再说，宣武节度使朱全忠在宋州让将士带上干粮，准备进攻蔡州的秦宗权。刚好遇到被赶出魏州的原节度使乐彦祯的儿子乐从训前来告急，他便移军进驻滑州，派都押牙李唐宾等人带领步骑三万进攻蔡州，然后派都指挥使朱珍等分兵去救乐从训。朱珍自白马渡过黄河，攻下黎阳、临河、李固三镇，接着进到内黄，打败魏博军万余人，还俘获他们的将领周儒等十人。

同时，阆州防御使王建攻打彭州，西川节度使陈敬瑄派兵去救援，王建只好离去，但在离去之前大肆劫掠西川，十二州都深受其害。

夏四月初三（庚午），唐昭宗追尊他母亲惠安太后王氏为恭宪皇后；并任命韦昭度为中书令，孔纬为司空。

当初，河阳（即孟州）节度使李罕之与河南尹张全义割破手臂结成联盟，两人相得甚欢。李罕之勇而无谋，生性又贪婪残暴，有点看不起张全义。听说他勤俭节约，还让士兵努力耕田，李罕之便讥笑道：“原来不过田舍一个农夫罢了！”张全义得知后也无所谓。李罕之屡次向张全义要谷粟布帛，张全义也都给了。然而李罕之贪得无厌，不断征要，河南尹终于给不了了。河南官员稍不满足他的欲望，李罕之就用枷锁拷上他们，带到河阳去杖责，因此河南将佐无不非常愤怒。张全义说：“李太傅要的东西怎能不给？”于是竭力满足他，装作很怕他的样子。李罕之于是更加骄横。李罕之所部没有屯田，专门靠劫掠百姓维持，甚至吃人。

这期间，李罕之派兵攻打绛州，绛州刺史王友遇投降了他。他接着进攻晋州，护国节度使王重盈暗中结交张全义准备对付他。张全义秘密调用屯田兵马，在夜里趁虚袭击河阳。次日即四月初八（乙亥，通鉴没具体日期，虽然把这事放在二月；此处以《新旧唐书》为准）黎明时分，河南兵马进入河阳三城。李罕之跳过墙垣徒步逃走，张全义俘虏了他的全部家人，于是兼领河阳节度使。李罕之逃往泽州，接着亲自到河东向李克用求救。

河东节度使李克用于是任命他的部将康君立为南面招讨使，督领李存孝、薛阿檀、史俨、安全俊、安休休五员大将和七千骑兵，帮助李罕之攻打河阳。张全义闭城自守。城中粮食用尽，他只好向朱全忠求救，并将妻儿送到汴州当人质。

四月十五（壬午，《新唐书》作四月初一戊辰；以通鉴和《旧唐书》为准），蔡州大将孙儒袭击并攻克了扬州，淮南留后杨行密逃走。孙儒于是自称淮南节度使。杨行密准备逃往海陵，但他的谋士袁袭劝他回归庐州，再想法进取。杨行密听从了。

朱全忠派部将丁会、葛从周、牛存节带兵数万去救河阳。李存孝让李罕之带着步兵攻城，自己率领骑兵到温县作战，结果河东军战败。安休休怕李克用降罪，只好逃往蔡州。汴州分兵想要截断河东军的太行山归路，康君立等人怕了，只好带兵回河东。朱全忠上表奏请部将丁会为河阳留后，又任命张全义为河南尹。丁会是寿春人；牛存节是博昌人。张全义感激朱全忠保存了自己，因此尽心依附于他，所以朱全忠每次出战，张全义总是尽力为他提供粮草兵仗。

朱全忠既然得到洛、孟一带，再无西顾之忧，便征发大军出讨蔡帅秦宗权。四月二十五（辛卯，通鉴没写具体时间，但把这事放在五月；此处以《新唐书》为准），朱全忠在蔡州南面打败秦宗权，还攻克北关门。秦宗权退守中州，朱全忠分派渚将修筑了二十八座营寨环绕着中州。

李罕之自称泽州刺史，兼领河阳节度使。他留下他儿子李颀事奉李克用，自己回到泽州，专门靠劫掠为能事。怀、孟、晋、绛四州的数百里间，州无刺史，县无令长，田无麦禾，邑无烟火。这种状况持续了近十年。河中和绛州之间有座摩云山，非常高峻，当年民众聚保在山上，寇盗无法靠近。李罕之这时攻拔了民寨，所以当时人们称他为“李摩云”。

再说，魏博的衙兵到龙兴寺杀了在那里避难的前主帅乐彦祯，然后出击他儿子乐从训，乐从训将残余部队转移到洹水，魏博留后罗弘信派部将程公信带兵继续攻打并杀了乐从训，将他和乐彦祯一道在军门枭首。四月二十六（癸巳），他派使者用丰厚的礼物去犒赏朱全忠的大军，请求和他们修好，朱全忠于是召军队回汴州。朝廷下诏任命罗弘信代理魏博留后。

也在四月，归州刺史郭禹出击荆南，驱逐了守将王建肇，王建肇逃往黔州。唐昭宗下诏任命郭禹为荆南留后。荆南在兵荒马乱之后，城里只剩下十七家人。郭禹励精为治，安抚和召集流民，改善凋残局面，通商务农，荆南后来恢复到近万户。当时藩镇都一心在互相兼并残杀之上，不把养育百姓当回事。只有华州刺史韩建招抚流散，鼓励农桑，数年之间，民间富有，军饷也有来源。所以当时人们将他俩称为北韩南郭。

秦宗权的部将常厚占据夔州，郭禹和他的部将汝阳人许存进攻并夺取了夔州。许久之后，朝廷正式任命郭禹为荆南节度使，王建肇为武泰节度使。郭禹奏请朝廷恢复自己原来的姓名成汭。

同时，唐昭宗加李克用为兼侍中，并于五月初三（己亥），也加朱全忠为兼侍中。

秦宗权任命的山南东道节度使赵德諲在丢失了荆南之后，估计秦宗权必败无疑，便于五月初六（壬寅）以整个山南东道（即襄州）归降朝廷，并全力投靠朱全忠，将荆襄兵马全都隶属于他。朱全忠于是上表奏请赵德諲为自己的副手，唐昭宗也就下制，为山南东道赐名为忠义军，任命赵德諲为节度使，出任蔡州四面行营副都统。

同时，唐昭宗加凤翔节度使李茂贞为检校侍中。

这期间，西川节度使陈敬瑄正和王建相互攻打，不再向朝廷进贡租赋。王建觉得成都兵力依然很强，周围也没有地方可以抢掠，便打算撤兵。部将周庠和綦毋谏都觉得不行。周庠说：“邛州城墙和壕堑十分完固，粮食也能支撑多年。我们可以占据那里作为根本。”王建说：“我在军中已久，注意到用兵的人如果不倚靠天子的权威，那么军心就容易离散。不如上疏历数陈敬瑄的罪状，上表给朝廷请求任命大臣为帅，我们可以辅佐他。那样大功也许能够告成。”于是让周庠起草表章，请求出兵讨伐陈敬瑄，为自己赎罪，并趁机请求得到邛州。东川节度使顾彦朗也上表请求赦免王建的罪，将陈敬瑄转移到其他藩镇，好安定两川。

黄巢之乱时，唐昭宗作为寿王跟从唐僖宗到西蜀避难。当时事出仓促，诸王大多都是徒步行走。到了山谷中，寿王非常疲乏，再走不动了，便躺在一块大石头上。禁军头领大宦官田令孜从后头过来，催促他快走，寿王说：“我脚痛，希望军容使能给匹马骑。”田令孜说：“这里是深山，到哪里找马！”便用马鞭抽打寿王，逼他上路。寿王看着他，虽然没说什么，但怀恨在心。当他即位后，派人到西川监军，但田令孜不肯奉诏。唐昭宗对藩镇的跋扈非常气愤，想用威权制服他们，刚好这时又得到顾彦朗和王建的表疏。他觉得田令孜所仗恃的不过陈敬瑄而已，便于六月初一（丁卯，《旧唐书》则说是因川贼王建大乱，剑南陈敬瑄告难，朝廷才下制）任命开府仪同三司、守司空、门下侍郎、同平章事、太清宫使、弘文馆大学士、延资库使、上柱国、扶阳郡开国公，食邑二千户韦昭度为检校司徒、门下侍郎、平章事，兼成都尹，出任剑南西川节度副大使、知节度事，兼西川招抚制置等使，然后内征陈敬瑄入朝担任龙武统军。

王建驻军在新都。当时绵竹的土豪何义阳和安仁人费师等人都在各自所在地拥兵自保，部众多的上万人，少的也有一千人。王建派养子王宗瑶去游说他们，这些人都率众依附于王建。王建发给他们军资粮草，因此他的军队又重新振作。

这期间，蔡州行营上奏，说他命在龙陂击溃秦宗权的军队，接着进军逼迫蔡州城。

同时，朝廷在河南府设置佑国军，任命张全义为节度使。

七月初一（丙申），泽州刺史李罕之带着太原的兵马入寇河阳，但被汴州将领河阳留后丁会打败，只好退还高平。

同时，朝廷将凤州升格为节度府，割出兴、利二州隶属凤州，任命凤州防御使满存为节度使和同平章事。朝廷还正式任命魏博留后罗弘信为节度使。

八月初三（戊辰），朱全忠攻拔蔡州南城。

杨行密畏惧孙儒的逼迫，想率领轻兵袭取洪州。袁袭劝道：“钟传平定江西已经很久。他兵强粮足，不容易对付。赵锽新近才得到宣州。他利用战乱肆行残暴，因此人心不附。明公应当用谦卑的言辞和丰厚的礼物去劝说和州的孙端和上元的张雄，让他们从采石矶渡过长江，入侵他的境内。那时他必定前去抵御。明公便可以由铜官渡江会合他们，那时必定能够打败赵锽。”杨行密听从了，便让部将蔡俦守卫庐州，自己率领诸将从糁潭渡过长江。

然而孙端和张雄被赵锽打败。赵锽部将苏塘和漆朗带兵二万进驻曷山。袁袭劝杨行密说：“明公应当带兵急趋曷山，坚壁自守。对方求战不得，会以为我们畏惧胆怯，因而怠惰。那时就能打败他们。”杨行密听从了。结果苏塘等人果然大败，杨行密进而包围了宣州。赵锽的兄长赵乾之从池州率众救援宣州，杨行密派部将陶雅到九华截击赵乾之，打败了他。赵乾之逃往江西。杨行密于是任命陶雅为池州制置使。

同时，汴州大将胡元琮急攻蔡州，但朱全忠因为粮运跟不上，并且觉得秦宗权已经残破不堪，用不着担忧，便让他带兵回汴州。九月初二（丙申），他派朱珍带兵五千护送楚州刺史刘瓒上任。

同时，杭州刺史钱镠派他堂弟钱銶带兵到苏州攻打徐约。

冬十月，徐州军队在路上截击朱珍，不让刘瓒前往楚州赴任。朱珍等人反击，攻取了沛、滕二县，杀死和俘获徐州士兵数以万计。

同时，昭义节度使孟方立派部将奚忠信带兵三万袭击辽州，李克修派兵邀击，击溃了他，还生擒了奚忠信，将他送到晋阳。

十月二十七（辛卯，《旧唐书》作十二月；此处以通鉴和《新唐书》为准），朝廷将惠圣恭定孝皇帝安葬在靖陵，庙号为僖宗。

也在十月，陈敬瑄和田令孜得知韦昭度快来了，赶紧整治军队和修缮城防，准备抗拒他，等于公开反叛。

十一月初，徐州主帅时溥亲自率领步骑七万进驻吴康镇。朱珍和他开战，击溃了徐州军。朱全忠又派其他部将攻打宿州，刺史张友投降了朱全忠（《旧唐书》说：九月初一乙未，朱珍在埇桥打败徐州节度使时溥的军队，接着攻陷宿州。此后时溥只是闭城自守，不敢复出。估计这是一回事，只是《旧唐书》把时间和人物搞错了；《旧唐书》经常把该月的事说成该月朔）。

十一月初三（丙申），秦宗权的部将攻陷许州，生擒了忠武留后王蕴。于是蔡州军队在光启三年（887）五月失去许汝诸州后重新夺取了许州。

十二月初一（甲子，《新唐书》作十一月二十八辛酉；此处以通鉴和《旧唐书》为准），蔡州（即奉国军）牙将申丛拿下秦宗权，还打断他的腿脚，然后投降了朱全忠。朱全忠上表奏请申丛为蔡州留后。

当初，感义节度使杨晟在失去兴、凤二州后，跑去占据文、龙、成、茂四州。王建攻打西川时，田令孜因为杨晟是自己的故将，所以任命他为威戎军节度使，让他守卫彭州。王建率军进攻彭州，陈敬瑄任命的眉州刺史山行章带兵五万在新繁修筑壁垒，想救援杨晟。

十二月二十四（丁亥），唐昭宗任命韦昭度为行营招讨使，山南西道节度使杨守亮为副使，东川节度使顾彦朗为行军司马。朝廷还从西川割出邛、蜀、黎、雅四州设置永平军，任命王建为节度使，治所设在邛州，并让他出任行营诸军都指挥使。次日，唐昭宗宣布削去陈敬瑄的所有官爵。

同时，山南西道节度使杨守亮攻陷夔州。

龙纪元年即公元889年春正月初一（癸巳），唐昭宗登御武德殿接受朝贺，宣布大赦天下，改元为龙纪。朝廷内外文武臣僚都得到不同程度的进秩和颁爵。他还任命剑南西川节度兼两川招抚制置使韦昭度为检校司空和东都留守；任命翰林学士承旨、兵部侍郎、知制诰刘崇望以本官同平章事；任命刑部侍郎孙揆为京兆尹。

同时，汴州大将庞师古攻拔宿迁，进驻吕梁（位于安徽，并非山西）。时溥出兵抵御，结果战败，只好退保彭城。

正月十六（戊申），王建在新繁击溃山行章，杀死和俘获近万人，山行章仅逃得性命而已。杨晟怕了，只好退驻三交。山行章进驻濛阳，与王建相持。

正月二十（壬子），朝廷中使前来宣谕任命申丛代理蔡州留后的诏书时，蔡州将领郭璠杀了申丛，然后将秦宗权送往汴州。他告诉朱全忠说：“申丛阴谋复立秦宗权。”朱全忠便任命郭璠为淮西留后。蔡、申、光等州至此平定。唐昭宗下诏赐给蔡州行营兵士二十五万贯钱，让度支部门就近支给。

秦宗权抵达汴梁时，朱全忠还出城迎接慰劳，以礼接待。他跟秦宗权说：“下官屡次用天子的诏命劝谕秦公，如果前年年中秦公能翻然改图，与下官同力勤王，那么哪会有今日这事？”秦宗权说：“我如不死，朱公何以得兴？上天牺牲我来成就朱公的霸业。”脸上毫无惧色。二月初六（戊辰），朱全忠派人将秦宗权献给朝廷。

二月二十七（己丑），汴州行军司马李璠用槛车监送秦宗权和他妻子赵氏来到长安，唐昭宗登御延喜门受俘，百官称贺。朝廷接着将秦宗权在集市示众，然后祭告宗庙社稷，将他在独柳树下斩首，将赵氏鞭笞而死（《旧唐书-秦宗权传》说他和赵氏一道在独柳树下斩首）。

秦宗权是许州人，本是郡里牙将。广明元年（880）十月，黄巢率军渡过淮河北上。十一月，忠武（许州）军发生动乱，驱逐了主帅薛能。也在那月，朝廷授任忠武将校周岌为许州主帅。起初军城还没发生事变时，秦宗权被调到蔡州去。听说军府动乱，他便检阅和招集蔡州兵马，打算赴难。不久听说主帅已死，周岌又没到，而黄巢的叛军到处都是，天天入寇郡城，秦宗权于是鼓励部众，登上蔡州城墙拒守。当周岌到后，他立即让他掌管郡事。唐僖宗到西蜀避难时，一心都在翦除黄巢之上。上蔡有劲兵万人，秦宗权立即和监军杨复光一同提议前去勤王，出师破贼。朝廷于是任命秦宗权为蔡州刺史，将蔡州升格为节度区。

中和三年（883），黄巢败走，逃到关东。秦宗权出战失利，便干脆和黄巢合势，沦为盗匪。黄巢死后，秦宗权势力更加膨胀，居然僣称帝号，补署官吏。他还派部将秦彦捣乱江淮，秦贤捣乱江南，秦诰攻陷襄阳，孙儒攻陷孟、洛、陕、虢，直接威胁长安。他还派张眰攻陷汝、郑，卢塘攻打汴州。这些将领全都剽悍精锐和残忍歹毒，每到一处无不屠杀军民，烧毁郡邑。西抵金、商、陕、虢，直至关内；南出荆襄，直至江淮；东达淮南，直至青齐；北至徐、兖、汴、郑，直至卫滑；幅员多达几十个州郡。蔡军占领的地方，全都鱼烂鸟散，人烟断绝，荆棘蔽野。叛军因缺乏粮食，靠吃人充饥；军队四面出击时，都载着盐浸的尸体当做军粮。关东的郡邑大多都被攻陷。唯有赵犨兄弟坚守陈州和朱全忠保卫汴州。然而城门之外全都成了叛军的地盘。汴州主帅朱全忠和兖、郓二州合势，屡次打败蔡军，秦宗权的势力才开始削弱。

他失败后被押解到长安，京兆尹孙揆奉命派精锐禁军护送他在京师两市示众。秦宗权在槛中伸着脖子跟孙揆说：“尚书明鉴，我哪是什么造反的人！只是献忠无效罢了。”围观的人们都大笑起来。孙揆是唐玄宗时中书舍人孙逖的族孙。

在秦宗权之乱的五六年间，遭他军队蹂躏的地区民不聊生，千室的城邑，剩不到一两家。又遇上荒年，百姓都吃人充饥，丧乱造成的悲惨状况，前所未闻。秦宗权被平定后，朱全忠又连兵十万，吞噬河南，兖、郓、青、徐一带，战争不断，直到唐朝灭亡为止。