元和元年即公元806年三月初，高崇文率领神策军收复梓州。夏四月初四（丁酉），唐宪宗李纯任命他为剑南东川节度副使，负责节度事务。

五月初四（丁卯），京兆尹郑云逵去世。郑云逵是荥阳人，唐代宗大历初年举进士，生性果断敢言。他曾客游河南河北，为朱泚出过谋划。朱泚十分欣赏，便奏请他为节度掌书记和检校祠部员外郎，并将他弟弟朱滔的女儿嫁给他。朱泚将要入朝觐见时，先让郑云逵到长安入奏。当朱泚进京时，因某事对郑云逵十分生气，上奏贬他为莫州参军。朱滔取代朱泚主掌幽州后，聘请他为判官。朱滔协助田悦为逆时，郑云逵不肯盲从，便抛弃妻儿回归长安。唐德宗十分嘉许，留他在客省，超秩拜他为谏议大夫。唐德宗到奉天避难时，郑云逵也奔赴他的行在，李晟任命他为行军司马，军事方面经常向他咨询。后来他历任秘书少监和给事中，很快又官拜大理卿，升迁刑部和兵部二侍郎、转任御史中丞，还成为唐顺宗山陵桥道置顿使。

郑云逵最初任朱泚的判官时，经常和同幕蔡庭玉有矛盾。蔡庭玉于是在朱泚面前诋毁他，朱泚因而将他贬黜为莫州录事参军。朱滔又奏请他为判官，他便趁机在朱滔面前讲蔡庭玉的坏话。朱滔为朱泚掌管幽州留后事务，有事请求于朱泚，蔡庭玉又趁机挑拨他和朱滔的关系。有个叫朱体微的判官，也是朱泚的亲信。他和蔡庭玉常私下跟朱泚说：“朱滔并非长者，不能将兵权交给他。”朱滔暗中知道了这事。后来朱滔因南讨有功，郑云逵便多次故意用这些事激他。朱滔于是上表指控蔡庭玉等人离间他和朱泚的骨肉关系。当朱滔反叛时，唐德宗召见朱泚，将朱滔的奏折给他看示，想要归罪于蔡庭玉等人，以此取悦朱滔，但朱滔最终还是反叛了。建中三年（782），郑云逵上奏说：“臣弟前太仆丞郑方逵天性凶恶悖谬，不知君上和亲人，集聚众恶于一身，根本无法训教。他曾集聚凶恶党徒在江中劫掠民众，臣亡父先臣郑昈打了他一百棍杖，但终究没有打死他。张延赏执掌扬州时，他也曾触犯张延赏的法律，被处以杖决，但却死而复苏。至于平常的言行，他总是直呼臣亡父先臣的名字，亲戚都知道他不可救药。臣前不久听说他在邠、宁、庆等州为了不可告人的目的谒见节度使及州县长吏，乞求不已。近来又在武功县南见到他。西戎就在附近，臣担心他有什么阴谋。如不冒死奏闻，臣担心他必将倾覆臣的家族。”唐德宗下诏让京兆府将郑方逵禁锢之后，递解押送到黔州，交付李模，让他到僻远地区令人驱使，别让他随意走动。郑云逵于元和元年（806）拜右金吾卫大将军，年中改任京兆尹，很快就去世了（《旧唐书-本传》说他在元和五年五月去世，显然为误。因为韦武很快就接任京兆尹）。

五月初八（辛未），唐宪宗任命兵部侍郎韦武为京兆尹兼御史大夫。

五月十三（丙子），唐宪宗任命横海留后程执恭为节度使。五月十七（庚辰），他改任尚书左丞兼同平章事郑馀庆为太子宾客，罢免参知政事（《新唐书》说他十一月二十一庚戌罢相，疑有误）。

这期间，陈、许、蔡等州干旱严重。　　

五月二十八（辛卯），唐宪宗尊母亲王氏太上皇后为皇太后。六月初一（癸己），唐宪宗因为册封太后的礼仪完毕，宣布赦免天下在押囚犯，死罪降为流放，流放以下递减一等。他还给朝廷内外官员加母亲邑号，太后的亲戚酌量给予优待。此外他还赐家有八十岁以上父母或祖父母的百姓二斛谷粟和二段布帛，九十以上的三斛谷粟和三段布帛。六月初四（丙申），唐宪宗又册封唐德宗的充容武氏为崇陵德妃。那天，长安刮大风，吹折了大树。

这期间，在西川叛乱的刘辟在鹿头关修筑城池，并连成八座栅寨，驻兵万余人抗拒高崇文。六月初五（丁酉），高崇文打败了他。刘辟又在关东的万胜堆修建栅寨。六月初六（戊戌），高崇文派骁将范阳人高霞寓夺取了万胜堆寨，并占领高地，从上头能俯瞰鹿头关城。神策军先后八战八捷。

同时，唐宪宗加卢龙节度使（即幽州）刘济兼任侍中。六月初七（己亥），他又加平卢节度使（即淄青）李师古兼任侍中。

六月初八（庚子），高崇文在德阳打败刘辟。六月十一（癸卯），他又在汉州打败刘辟，并收复汉州。山南西道节度使严砺派部将严秦也在绵州的石碑谷打败刘辟部众万余人。

当初，李师古的异母弟李师道经常被他疏远，排斥在外，不免有些贫寒。李师古私下跟亲朋好友说：“我并非对师道缺乏兄弟友爱。只是我十五岁时就拥有节度使的旌旄，为自己不知道农耕的艰难感到遗憾。何况师道又小我几岁，所以我想让他了解衣食是怎么来的，并将州县事务托付给他。想必诸公一定没看出我的用意。”当李师古病危时，李师道还在密州主事。他喜好画画和吹觱篥（一种管乐器，形似喇叭，以芦苇作嘴，以竹做管）。李师古跟判官高沐和李公度说：“趁我神智未乱之时，想请教两位先生。我死之后，你们打算拥戴谁为主帅！”他二人相望着但没有回答。李师古问道：“难道不是师道吗？人之常情，谁肯薄弃骨肉而厚待他人？如果不能妥善拥立主帅，那不但将会败坏军政，还会倾覆我的家族。师道作为公侯子孙，不注重训练士兵，治理民众，专门沉溺于小人做的卑贱之事，却以为自己能干。他果真胜任为帅吗？幸亏有你们诸公，好好考虑考虑吧！”闰六月初一（壬戌，《旧唐书》误作壬子），李师古病故。

李师古是已故淄青节度使李纳的儿子，后来成为青州刺史。贞元八年（792），李纳病故，军中拥戴李师古取代其位，并上表请求，朝廷也因此授任。唐德宗接着起复他为右金吾大将军同正、平卢及青淄齐节度营田观察、海运陆运押新罗渤海两蕃使。成德军节度王武俊率军进驻德、棣二州，准备夺取蛤垜和三汊城。棣州的盐池和蛤垜每年出产食盐数十万斛，而棣州隶属淄青。后来棣州刺史李长卿带着该城投靠朱滔，而蛤垜仍然为李纳所据；李纳还在那里修筑城池，派兵卫戍，好垄断盐利。其后朝廷因为王武俊打败朱滔的功劳，将德、棣二州归他管辖，但蛤垜依然被李纳的军队控制。李纳最初在德州南跨黄河筑城守卫，将新城称作三汊，并结交田绪，打开通往魏博的道路，进而侵掠德州，成为王武俊的心头大患。当李纳死后，李师古继任。王武俊趁他年幼初立，很多旧将也都死了，觉得李师古容易对付，便率领大军，以夺取蛤垜和三汊为名，其实想窥视李纳的全境。李师古命令棣州降将赵镐带兵抗拒。王武俊派他儿子王士清带兵先渡过于滴河，但刚好遇上王士清营中着火，军队因此大为惊慌。王士清觉得很不对头，因此不敢进军。唐德宗派使者向他宣旨劝喻，王武俊只好让王士清罢兵回去。李师古也奉诏摧毁三汊口城。李师古虽外表奉守朝命，但内心仍然怀着侵略邻邦的阴谋。于是他招集亡命之徒，厚待他们；凡是得罪朝廷而逃往投靠李师古的人，都得到他的任用。他还将派到外地的部属妻儿都扣留下来当人质，如果他们密谋归附朝廷，一旦事泄，李师古就将他们一家都杀了。所以部属们都怕死而不敢有背叛他的想法。贞元十年五月，李师古服丧完毕，唐德宗加授他为检校礼部尚书。贞元十二年正月，他升任检校尚书右仆射。十一月，李师古因母亲去世丁忧离职，起复后又成为左金吾上将军同正。贞元十五年正月，朝廷封李师古、杜佑、李栾的妾媵并为国夫人。贞元十六年六月，他和淮南节度使杜佑同时被加授中书门下平章事。当唐德宗遗诏下达，朝廷告丧的使者还没到时，义成军节度使李元素觉得他和李师古是邻道，便抄录了一份遗诏派人交给李师古，表示跟他亲密无间。李师古趁机召集将士，将李元素的使者出示给他们，说：“近来得到我们驻京邸吏的报告，说圣上万福，安然无恙。李元素居然胆敢造反，伪造遗诏送给我。我三代深受国恩，位兼将相，见到贼人岂能不出兵讨伐？”于是将李元素的使者执行杖刑，当即出兵，以讨伐李元素为名，打算趁着国丧侵犯邻近州县。很快就听说唐顺宗即位，李师古这才罢兵。他后来经累迁官至检校司徒、兼侍中。李师古死后唐宪宗追赠他为太傅。他死时才三十岁左右。

李师古死后，高沐和李公度秘不发丧，暗中将李师道从密州接回，拥戴他为节度副使。

闰六月初七（戊辰），唐宪宗任命秘书监董叔经为京兆尹（史书没交代为何取代两个月前刚任命的京兆尹韦武）。闰六月二十一（壬午），朝廷将谏议大夫去掉左右二字，只设置四员，并任命前司封员外郎韦况为谏议大夫。两天后，吐蕃使者论勃藏来长安朝贡。

七月初三（甲午），唐宪宗下诏说：“凡是派去增援西川的兵马，都得服从高崇文的指挥。”

秋七月十一（壬寅），朝廷将至德大圣大安孝皇帝李诵安葬在丰陵，庙号顺宗。

七月十八（己酉），退休致仕的太子少保韩全义去世。韩全义行伍出身，少年时就加入禁军，事奉宦官窦文场。窦文场成为禁军头目护军中尉时，起用韩全义为帐中偏将，掌管长武城的禁兵。贞元十三年（897），他成为神策行营节度和长武城使，取代韩潭成为夏绥银宥节度使；唐德宗下诏让他率领长武兵马赶赴夏州出镇。韩全义既贪婪又没有勇气，也不懂得安抚驾驭部队。制令尚未下达军中就得知了。将士们议论说：“夏州是沙漠地带，不能耕种和养蚕，无以为业。现在是盛夏，让我们迁移，我们决不能去。”当夜，卫戍士卒击鼓呐喊，起来作乱。韩全义爬下城墙逃跑获免。乱兵杀了他的亲将王栖岩和赵虔曜等人。幸赖都虞候高崇文杀了哗变的首犯而控制了局面，韩全义这才得以率军赴镇。

翌年，吴少诚抗拒朝命，唐德宗下诏征召十七镇官军前往讨伐。当时诸军没有统帅，而且不管诸军人数多少，朝廷都派宦官监军，部队的进退由不得主将。贞元十五年冬，王师在小溵河被吴少诚的军队打败。唐德宗因为窦文场历来厚待韩全义，便起用他为蔡州四面行营招讨使，并任命陈许节度使上官涚当他的副手；诸镇的军队全都接受韩全义的节度。韩全义毫无军事谋略，只懂得靠巧佞和贿赂巴结宦官贵人，所以才被推荐重用。当官军兵临吴少诚的境内时，他的兵权又在监军手里，每次商议出兵，主帅篷帐里有十来名监军，纷然争论，无法决定。吴少诚得知后，屡次要求决战。贞元十六年五月，官军和叛军在溵水南岸的广利城遭遇。旗鼓未交，各路官军就不战自溃。吴少诚的军队乘胜进击，韩全义只好退保五楼，和叛军对垒相望。溃兵尚未聚集，韩全义只好与监军贾英秀和贾国良等人退保溵水县。叛军在离溵水五六里的地方驻军，韩全义又害怕他们前来猛攻，便退保陈州。他部下的汴宋和河北的军队都各自溃散回归本镇，只有陈许的将领孟元阳和神策将领苏光荣等数千人守卫溵水。韩全义将潞州大将夏侯仲宣、滑州将领时昂、河阳将领权文度、河中将领郭湘等人诱骗过来，把他们都杀了，因此稍稍稳定了军心。吴少诚知道王师无能为力，便写信告诉监军，请求朝廷昭洗他的罪责，表示愿意归降。唐德宗召大臣商议，宰相贾耽说：“前不久韩全义在五楼退军，贼兵不追击的原因，就是希望国家赐恩宽贷。臣恐怕陛下必须给他们开条生路。”唐德宗答应了。接着他又得到监军们的奏请，于是当即下制，洗涤吴少诚的罪过，还加授他官爵品秩。

贞元十七年，韩全义自陈州班师回朝，宦官们为他掩盖败迹，所以唐德宗待他如初。韩全义是个武臣，不懂得朝廷礼仪。他因为脚病，没有上朝谒见。韩全义的司马崔放入宫应对，唐德宗慰劳了他。崔放引咎自责，说他们招抚无功。唐德宗说：“韩全义作为招讨使，招降吴少诚归国，这功劳够大的了。何必一定要杀很多人才算立功！”于是马上命令他归还镇所，并命令中使到他府第去赐宴，给了他丰厚的赏赐。自从班师回来到离开京师，他始终都没有进宫谒见。舆论说武臣如此败坏法制，自古以来，从未像贞元年间这么严重过。唐宪宗还是亲王时就听说这事，因此对他非常厌恶。他即位后，韩全义非常害怕，请求入朝觐见。后来唐宪宗下诏让他以太子太保身份退休致仕，不久韩全义也就死了。

七月二十二（癸丑），高崇文在玄武打败刘辟的一万部众。

八月初二（壬戌），唐宪宗封妃子郭氏为贵妃。次日，他任命左卫大将军李愿为检校礼部尚书、夏州刺史，出任夏、绥、银节度使。

八月初四（甲子），郇王母亲王昭仪、宋王母亲赵昭仪、郯王母亲张昭训、衡王母亲阎昭训等，都被封为太妃。她们都是唐顺宗的嫔妃。同时，唐宪宗还封许氏为美人，尹氏和段氏为才人；也封皇妹浔阳公主母亲崔昭训为太妃。同时，韩全义的儿子进献女乐八人，唐宪宗下诏将她们归还给他。

八月初七（丁卯），他封皇子平原郡王李宁为邓王，同安郡王李宽为澧王，建安郡王李宥为遂王，彭城郡王李察为深王，高密郡王李寰为洋王，文安郡王李寮为绛王，第十子李审为建王。

再说，李师道接管了平卢军务很久后，朝廷的正式任命还没来。李师道和将佐们商量，有人请求他出兵劫掠四境，但被高沐一再劝止。他请求李师道向朝廷输送两税，申报官吏的任用，并实行食盐律法，还派使者相继奉表前往京师。杜黄裳请求利用平卢尚未稳定，将它分割，但唐宪宗觉得刘辟尚未平定，便于八月初九（己巳）任命建王李审为郓州大都督兼平卢淄青节度使，任命节度副使李师道暂时负责郓州事务，出任平卢留后。

八月十五（乙亥），唐宪宗册封妃子郭氏为贵妃。同时，灵武长史李栾上奏，说他在黄河岸边塌陷的地方得到古钱三千三百枚，形状很小，有方孔和三足。

八月二十二（壬午），唐宪宗宣布：左降官韦执谊，韩泰、陈谏、柳宗元、刘禹锡、韩晔、凌准、程异等八人，即使遇到大赦，也不在酌量迁移到近处的赦免范围。次日，京兆尹董叔经去世。八月二十四（甲申），御史台上奏，要求在长安以及因节假在外没来上朝的常参官，估计水陆行程外，满百日后还没来上朝的，一律停职或解职，唐宪宗准奏。八月二十六（丙戌），他任命尚书右丞李鄘为京兆尹，取代刚病故的董叔经。

长久在中书省任职的堂后主书滑涣和掌管枢密的刘光琦勾结。议事时和刘光琦持不同意见的宰相们，刘光琦经常让滑涣从中调解，往往能如愿以偿。杜佑和郑絪等人也都敷衍了事，对滑涣也很好。郑馀庆和各位宰相议事时，滑涣曾从旁指手画脚，评论是非，结果遭到郑馀庆的怒叱。然而没多久郑馀庆就被罢相。全国各地几乎天天派人给滑涣送贿赂。中书舍人李吉甫跟唐宪宗谈到他的专恣，请求罢免他。唐宪宗命令宰相将中书省的四道大门同时关闭，进行突然搜索，结果找到了很多他弄虚作假的证据。九月十一（辛丑），唐宪宗将滑涣贬为雷州司户，很快又赐他自尽。籍没他的家产时，发现他藏匿了数千万钱财。

九月十三（癸卯），唐宪宗下诏要求今后两省官每坐朝日必须派一人来应对。

九月十二（壬寅），高崇文又在鹿头关打败刘辟的部众。河东将领阿跌光颜本当带兵到高崇文的行营和他会合，结果他误期一日。阿跌光颜害怕被军法处置，便想深入敌境为自己赎罪。他驻军在鹿头关的西面，断绝了刘辟的粮道。鹿头关城中将士非常忧惧。于是刘辟派往守卫绵江栅寨的守将李文悦和鹿头守将仇良辅都在自己的寨城投降了高崇文。官军还俘虏了刘辟女婿苏强，投降的士卒数以万计。高崇文于是长驱直指成都，所向披靡，大军都不用怎么停留。

九月十六（丙午），唐宪宗任命太子宾客郑馀庆为国子祭酒。同一天，严砺的部将严秦也在神泉打败刘辟的部众。

九月二十一（辛亥，《旧唐书》说这天高崇文上奏收复成都，擒刘辟以献。但估计捷报没这么快抵达长安，所以更像是这天收复成都），高崇文率军攻克成都。刘辟和亲信卢文若带领数十随骑往西投奔吐蕃。高崇文派部将高霞寓等人追赶，在羊灌田赶上他们。刘辟跳进江里自杀，但没死，被活捉了。卢文若先杀了妻儿，然后绑在石头上自沉而死。高崇文进入成都，驻扎在大街上，让士卒休息，对街市面铺毫无影响；那里的珍货堆积如山，但他的部队秋豪无犯。高崇文接着用槛车将刘辟送往京师，只杀了刘辟大将邢泚和馆驿巡官沈衍，其余一无所问。成都军府的事无巨细，他命令全部遵照韦南康（即刘辟前任南康公韦皋）在世时的做法处理。他从容指挥，西川全境得以平定。