神龙二年即公元706年秋八月，权臣武三思让周利贞摄理右台侍御史，奉命出使岭南，到那里把当年迫使武则天退位，并恢复唐朝的封王五大臣（张柬之和崔玄暐都已死了）都害死了。桓彦范和敬晖以及袁恕己都死得很惨。

周利贞回来后被提拔为御史中丞。薛季昶经过累次贬斥后出任儋州司马，后来也喝毒药死了。

武三思杀了五王后，权倾朝野，甚至人主。他常说：“我不知道这世上谁算是好人，谁算是坏人。但就我而言，对我好的就是好人，对我坏的就是坏人。”

当时兵部尚书宗楚客、将作大匠宗晋卿、太府卿纪处讷、鸿胪卿甘元柬都是武三思的羽翼。御史中丞周利贞、侍御史冉祖雍、太仆丞李俊、光禄丞宋之逊、监察御史姚绍之则是武三思的耳目。当时人们把他们称作五狗。

八月初五（丙子），朝廷将被御史弹劾的前礼部尚书祝钦明贬为申州刺史，接着又在九月将他贬为青州刺史。

九月初二（壬寅），唐中宗李显临幸白马寺，并设置户部侍郎一员。

九月十八（戊午），左散骑常侍兼同中书门下三品李怀远去世。李怀远是邢州柏仁人。他早年孤苦贫穷，但十分好学，擅长写文章。有个族人想让他冒称出身高贵，靠门荫出仕，被李怀远拒绝了。退下后他叹道：“利用别人的权势，是清高士人不做的事。靠门荫谋求官位，哪里是我本来的志向？”没多久，他应四道科举及第，经过累迁出任司礼少卿。后来朝廷任命他为邢州刺史，但因为是他家乡，李怀远一再推辞不肯就任，于是朝廷改任他为冀州刺史。不久他又被授任扬、益等州大都督府长史，但尚未赴任时，又被转授同州刺史。在任上他以清简著称。后来他被征入朝担任太子左庶子，兼太子宾客，经过累迁出任右散骑常侍和春官侍郎。大足年间（701），他升任鸾台侍郎，不久又兼同凤阁鸾台平章事，并在一年多后，加银青光禄大夫，拜秋官尚书，兼检校太子左庶子，赐爵平乡县男。长安四年（704），他因年老辞职，武则天让他解除秋官尚书，但正式任命他为太子左庶子，不久授予太子宾客。神龙初年（705），他出任左散骑常侍、兵部尚书、同中书门下三品，加金紫光禄大夫，进封赵郡公，唐中宗特赐他实封三百户。不久他因病请求退休致仕，朝廷也答应了。唐中宗准备临幸京师长安时，又命令他以本官负责东都留守。李怀远虽然久居高位，然而却更加崇尚简单朴素。他的园林宅室，几乎没怎么改建。他经常乘坐一匹行走缓慢的劣马，左仆射豆卢钦望见了问他：“李公身份如此尊贵，为何不买匹骏马乘坐？”李怀远答道：“这马不会无故惊蹶，我也没有其它要求。”听到这话的人无不感叹赞美。他去世时，唐中宗特赐锦被给他下敛，并取消朝会一日，还亲自写悼文祭祀，追赠他为侍中，谥号成。

当初，李峤任吏部侍郎时，想利用职务方便培植自己的党羽，然后谋求入相。所以他上奏要求大量设置员外官，任用了很多权贵和亲友。他成为宰相后，发现官员的选拔失去标准和顺序，府库也因为官吏太多而耗竭，便反过来上表，批评滥任官吏的弊病，并自己请求逊位。唐中宗安慰劝谕了他，没有答应。

冬十月初九（己卯），唐中宗的御驾离开东都。他任命前检校并州长史张仁愿检校左屯卫大将军兼洛州长史。十月十五（癸巳），他任命苏瑰为侍中。十月二十八（戊戌），御驾抵达西京。

十一月初六（乙巳），朝廷大赦天下。唐中宗还让跟随他到长安的文武官员赐勋一转（因功而不是通过明经考核的叫勋官；最高阶为“上柱国”正二品，需要经“十二转”才能达到）。他还将河南改名为合宫，洛阳为永昌，嵩阳为登封，阳城为告成。

十一月十七（丙辰），唐中宗任命蒲州刺史窦从一为雍州刺史。窦从一是窦德玄的儿子，最初名叫怀贞，后来为避皇后父亲的名讳，改名从一。他善于谄媚和依附权贵。太平公主与佛寺争夺一座水车碾坊，雍州司户李元纮将碾坊判给佛寺。窦从一大为恐惧，急忙命令李元纮改判。李元纮在判决书后面用大字写道：“南山可移，此判无动！”窦从一也无法更改。李元纮是李道广的儿子。

当初，秘书监郑普思将自己的女儿送进后宫，监察御史灵昌人崔日用上奏弹劾他，但唐中宗没理他。郑普思在雍、岐二州聚集党羽，阴谋作乱。事情败露后，西京留守苏瑰将他逮捕入狱，彻底追查。郑普思妻子第五氏靠巫术鬼道得到韦皇后的宠信，因此唐中宗下敕令让苏瑰不要追查。当唐中宗回到西京时，苏瑰在朝堂上力争，但唐中宗还是压抑了苏瑰，照样庇护郑普思。侍御史范献忠进言说：“请陛下将苏瑰处斩！”唐中宗问道：“为什么？”范献忠说：“苏瑰作为留守大臣，没有先杀了郑普思，然后奏闻朝廷，反而让郑普惠迷惑陛下的圣听。苏瑰的罪可大了。而且郑普思谋反的证据明明白白，陛下还反而为他申理。臣听说王者不死，难道指的就是他吗！臣宁愿陛下先赐臣死，臣不能北面事奉郑普思。”魏元忠也说：“苏瑰是位长者，用刑毫无冤枉可言。郑普思依法当死。”唐中宗不得已，只好在十一月十九（戊午）将郑普思流放到儋州，他的其余党徒全都被处死。

十二月初十（己卯），突厥的阿史那默啜入冠鸣沙，灵武军大总管沙吒忠义和他们作战，结果战败，阵亡了六千多人（《旧唐书》作三万）。十二月十二（辛巳，史书作丁巳，疑有误），突厥进寇原、会等州，劫掠陇西的一万多匹牧马后离去。朝廷罢免了沙吒忠义的官职。

十二月十五（甲申），朝廷招募能够杀了阿史那默啜的勇士，封授他们为大卫大将军。十二月十七（丙戌），唐中宗因为突厥犯边，京师干旱，下令减少御膳，撤去廷乐。同时，河北发大水，造成严重饥荒；唐中宗命令侍中苏瑰前往安抚赈济。十二月二十七（丙申），朝廷任命特进、尚书左仆射、兼安国相王府长史、芮国公豆卢钦望为开府仪同三司，依旧平章军国重事；任命尚书右仆射兼中书令、知兵部事、齐国公魏元忠为尚书左仆射兼中书令，仍兼知兵部事。

安西大都护郭元振前往突骑施酋长乌质勒的牙帐商议军事。那时正下着大风雪，郭元振站立在帐前和乌质勒谈话。谈了很久后，雪埋住了郭元振的腿，使他无法移动。乌质勒因为年老，忍受不了奇寒，会谈完居然就死了。他儿子娑葛一怒之下，带兵将要攻杀郭元振。副使御史中丞解琬得知此事，急忙劝郭元振连夜逃走。郭元振说：“我用诚心待人，有什么好疑惧的！况且我们深入胡寇的庭院，又能往哪里逃！”因此安卧不动。第二天一早，他就到牙帐哭悼乌质勒，表情非常哀伤。娑葛被感动了，待郭元振跟以前一样。十二月二十九（戊戌），朝廷任命娑葛世袭鹿州都督和怀德王。

安乐公主仗恃恩宠，骄横专恣，卖官鬻爵，还利用刑狱赚钱，势力倾动朝野。有时她甚至自己写了制敕，用手掩住内容，让唐中宗签署。唐中宗也总是笑着签署了，连看也不看。她还请求成为皇太女，唐中宗虽然没有答应，但也不责怪她。

这年冬天，发生严重牛疫。

神龙三年即公元707年春正月初一（庚子），唐中宗因为服丧尚未到期，不接受朝会。

正月十一（庚戌），唐中宗下制，因为突厥的阿史那默啜入寇边塞，开始招募武艺超绝的勇士，还让他们自荐；并命令朝廷内外官员进献平定突厥的策略。右补阙卢俌上疏认为：“郤谷喜欢礼乐，潜心诗书，却成为晋国元帅。杜预射箭不能穿札，却建立平吴的功勋。所以臣知道控制军权和制定谋略更为重要，而未必要靠一夫之勇。譬如沙吒忠义，只是位骁将，不足以担当大任。又有，鸣沙的战役，主将自己先逃跑了。陛下应当依法严办。赏罚一旦严明，敌兵随时可以制服。还有，边州的刺史，应当认真挑选适当的人才，让他们集中兵马，积累资粮。胡虏来了则出兵抵御，胡虏去了则继续备战。去年全国发生旱灾，不能轻易兴师。朝廷应当治理内政，由里及外，绥靖内地，以近治远。待到粮仓的谷廪充实，士卒的训练精锐，然后就可以大举出讨突厥。”唐中宗很赞成他的看法。

正月十七（丙辰），唐中宗因为干旱，亲自过审和笔录囚徒。

二月初一（己巳，根据《旧唐书》。通鉴作十七丙戌，疑有误），唐中宗派武攸暨和武三思到乾陵向则天皇后祈雨。后来果然下了雨，唐中宗非常高兴，于是在二月初二（辛未，《新唐书》作十七丙戌，靠近通鉴的日期），下制恢复武氏的崇恩庙，依旧享祭，还为崇恩庙设置五品令和七品丞，就像唐太宗的昭陵一样。朝廷也为武氏的昊陵和顺陵像崇恩庙一样设置令丞。二月十三（壬午，《新唐书》作十二天后甲午），唐中宗将韦后父亲的酆王庙命名为褒德庙，他的陵园为荣先陵，也在那里设置六品令和八品丞。他又下诏，崇恩庙的斋郎将由五品官员的儿子担任。太常博士杨孚上奏说：“太庙都是选取七品以下官员的儿子担任斋郎。如今崇恩庙取用五品的儿子，不知太庙将怎么办？”唐中宗下令让太庙也按照崇恩庙的办法办。杨孚说：“让臣下按照君主的标准，本来就是僭逆的行为，何况让君主按照臣下的标准！”唐中宗这才作罢。

补阙张景源建言说：“儿子继承母亲大业，不能说中兴。”二月二十一（庚寅），唐中宗下敕令，将各州的中兴寺和中兴观都改名为龙兴，自今以后，奏事不能说中兴。右补阙权若讷上疏认为：“天、地、日、月等新字都是则天皇帝创造的，贼臣敬晖等人藐视并混乱了先前的规矩。如今将这些新字削除将无益于淳化，保存下来将光耀陛下的孝道。又有，神龙元年的制书，要求所有的事情都必须依照贞观年间的先例。朝廷岂能舍弃近代的母仪，去遵循远代的祖德！”疏章奏上后，唐中宗下达手制褒扬赞美了他。

二月二十二（辛卯），唐中宗临幸安乐公主的宅第。

三月初二（庚子），吐蕃派大臣悉薰热入朝进贡。

这年春季，自京师直到山东都发生瘟疫，百姓死了很多。河北和河南地区又出现大旱。

夏四月十四（辛巳），唐中宗让自己收养的雍王李守礼女儿金城公主嫁给吐蕃的赞普。

四月二十三（庚寅），唐中宗临幸荐福寺，并特赦雍州。

五月初一（戊戌），朝廷任命左屯卫大将军兼检校洛州长史张仁愿为朔方道大总管，防备突厥。

五月初九（丙午），唐中宗派假鸿胪卿臧思言出使突厥，结果他被突厥的阿史那默啜杀了。同时，唐中宗因为干旱避免在正殿上朝，还减少御膳。

唐中宗因为干旱造成粮价昂贵，召武三思的亲党太府卿纪处讷商量解决办法。次日，武三思指使知太史事迦叶志忠上奏说：“昨夜，摄提（即岁星）进入太微宫，到了帝座。这一天象对应大臣在为主上侍宴时献忠言给天子。”唐中宗觉得很有道理。便下敕令称赞纪处讷的忠诚，并对应玄象，还赐给他一袭官服和六十段布帛。

六月初一（丁卯），日食。六月初四（庚午），陕州下雨。

六月二十二（戊子），吐蕃以及姚州蛮人入寇边塞，姚巂道讨击使兼监察御史晋昌人唐九征出击并打败了反叛的蛮人，斩首和俘获三千多人。他接着在那里竖立石碑纪念战功。

这年夏季，山东和河北二十多州干旱，因饥馑与疾病和瘟疫而死的人数以千计。唐中宗派使者到那一带赈恤。

韦皇后因为太子李重俊不是她亲生的，因此很忌恶他。特进德静王武三思特别忌恨太子。上官婕妤因为武三思的缘故，每次下制敕时，总是推尊武氏。安乐公主和驸马左卫将军武崇训经常欺凌太子，甚至喊他为奴。武崇训又指使安乐公主跟唐中宗进言，要他废黜太子，改立自己为皇太女。太子心中积怨，意不能平。

秋七月初五（辛丑），太子忍无可忍，与左羽林大将军李多祚、将军李思冲、李承况、独孤祎之、沙吒忠义等人，伪造制令，发动羽林军千骑三百多人，到他们的府邸杀了武三思和武崇训，以及他们的十来名同党。

武三思是武则天异母兄武元庆的儿子。当初，武后擅政，幽逐太子李显（即中宗），大封武氏宗室，武三思也被封为梁王，他儿子武崇训为高阳王、武崇烈为新安王。唐中宗复位后，侍中敬晖要求降封诸武，但唐中宗昏庸无断，又历来害怕太后，所以只将武三思改封为德静郡王，武崇训为酆国公。直臣宋务光和苏安恒上书说：“武氏诸王继续封王，人心不服。”但唐中宗并不醒悟。

武三思在武则天专制时，经过累迁历任夏官和春官尚书，监修国史。契丹攻陷营州，他作为榆关道安抚大使进驻边塞。回来后即出任同凤阁鸾台三品，但个把月后就离职了。不久他又检校（代理）内史，但很快被罢免，去担任太子少保，升迁宾客，仍监修国史。武三思生性倾巧谀媚，善于迎合主上的旨意，拍马钻营，文过饰非，所以得到武则天的信任。武则天多次临幸他的府第，赏赐了他很多东西。当时僧怀义和二张（张易之和张昌宗）正和武则天私通，恩宠极重。武三思忍痛屈节，居然为僧怀义御马，还倡言张昌宗是成仙的西周王子晋转世。他还带领公卿歌咏淫污，公然献媚而恬不知耻。武则天年岁高了，讨厌老呆在宫中。武三思便利用职权，为她在嵩山修建三阳宫、在万寿山修建兴泰宫，请武则天每年临幸那里，还和二张时刻跟在身边，狐假虎威。为这两项工程朝廷投进了无数工役和上亿费用，害得百姓愁苦不堪。

武崇训娶安乐公主时，武三思正担任辅政大臣。李显那时还是太子，住在东宫。他为了向僚佐炫耀，把迎亲的场面搞得很大。宰相李峤和苏味道等人，以及沈佺期和宋之问等名士，写了文辞，轻浮傲慢，自我矜法，没把礼法当回事。唐中宗复位后，提升武崇训为驸马都尉、太常卿，兼左卫将军。武三思也进位司空、同中书门下三品，加实封五百户食邑。武三思一再谢辞，唐中宗于是给他进位为开府仪同三司。后来因为五大臣的进谏他又被降封，裁减了食邑。不久朝廷根据太后武则天的遗诏归还了削减的封邑，并封武崇训为镐国公。

当初，桓彦范等人杀了二张，薛季昶和刘幽求劝他们把武三思他们也杀了，但五大臣没有听从。次日，武三思利用韦后的关系潜入宫中，反而掌握了朝政。几天后桓彦范等人就失去大权，被他们贬斥的人也都回来了。唐中宗接着下诏让群臣重新遵循太后的律法。武三思建言说：“高宗大帝封禅泰山，则天皇后兴建明堂并封禅嵩山。二圣之美不可废。”唐中宗赞同，因此将嵩山附近五县改名为乾封、合宫、永昌、登封、告成县。翌年春，因为大旱，唐中宗派武三思和武攸暨到乾陵祈雨成功。武三思因此请求恢复武氏的崇恩庙，和昊、顺二陵。他们的党羽郑愔献上《圣感颂》，唐中宗还把该颂刻在石碑上。那时，唐中宗还让人在苑中修建球场，并下诏文武三品官员分作两棚参赛，自己和皇后临场观看。武崇训与驸马都尉杨慎交让人用油膏浇筑场地，让地面更为光泽，用了不少功夫，害苦了民工。

武三思不但和韦后私通，又和上官婉儿乱来，还和她们一道阴谋废黜太子。太子怕了，终于先下手为强，发动羽林兵包围了武三思的府第，把他和儿子武崇训都杀了。