光宅元年即公元684年十一月中旬，起兵反对武则天的徐敬业在下阿溪战败，并于十一月十八（乙丑）被部将杀害，于是扬、润、楚三州叛乱被平定了。十二月二十六（癸卯），太后武则天派人到单于道就地处斩了名将程务挺。

垂拱元年即公元685年春正月初一（丁未），朝廷大赦天下，改元为垂拱。

武则天觉得徐敬业的叔父徐思文忠诚，特别免他连坐，拜他为司仆少卿。她还说：“徐敬业让爱卿改姓武，朕今天也就不取消它了。”

正月初四（庚戌），武则天任命骞味道为守内史。

正月十二（戊辰），文昌左相兼同凤阁鸾台三品乐城文献公刘仁轨去世。刘仁轨是汴州尉氏人。他少年时就恭谨好学，但遇到隋末的动乱，没机会专心学习。但他每到一个地方，总是找个空地书写学习，因此博涉文史。唐高祖武德初年，河南道大使管国公任瑰准备上表论事，刘仁轨见到他的草稿，顺便改动了几字。任瑰非常惊异，便用赤牒（临时授任的文书）填补他为息州参军，不久后他就正式出任陈仓尉（相当于县公安局长）。刘仁轨负责的辖区有个叫鲁宁的折冲都尉（相当于军分区司令），仗恃门第高贵，豪纵无礼，历任陈仓尉都管不了他。刘仁轨特意劝谕并警告他不能继续犯错，但鲁宁居然更加横行霸道，刘仁轨最终将他杖杀了。州司上报朝廷，唐太宗愤怒地问道：“是哪个县尉，胆敢轻易滥杀朕的折冲！”于是召他进宫。和他说话后，唐太宗对他的刚正感到惊奇，便提拔他为栎阳丞。贞观十四年（640），唐太宗将要巡幸同州，举行围猎。当时农田收获尚未完毕，刘仁轨上表谏道：“臣听说屋漏在上，知道的人在下。愚人的想法，只有圣人才会听从。所以周王向砍柴的樵夫讨教，武丁向筑墙的奴隶问计，他们因此才得享国运长久，传位无疆，能够到清庙祭告功勋，把喜庆流传后代。人们都知道陛下天性仁爱，亲身实践节约勤俭，时刻把百姓放在心上；稍微有点过失，犹如自己遭受水火一般。臣近来听说御驾想要巡幸同州举行演习，臣也知道四季的狩猎，也是前代帝王的常规。然而事情即使都是常规，也未必要因循守旧。今年甘霖来得及时，秋天的庄稼长势良好，原野一片金黄，秋收才进行了十分之一二。即使百姓尽力收割，个把月也未必能收割得完。穷人家没钱雇工，收割后马上就得开始考虑种麦。平时官府的事情，就妨碍了不少农事。今天如果再让他们侍奉陛下的围猎，加上修路架桥，即使按照最粗略的估计，至少要动用一两万的人工。这将给百姓田里的收割造成极大的负担。臣希望陛下留下一丝万乘之恩，垂听臣的一介之言，把围猎的事往后推迟个把月，等秋收完了，人人有了空暇，家家得以康宁，那时再让御驾的车轮滚动，官府和民间全都安泰。”唐太宗特意下达玺印诏书慰劳他说：“你的职任虽然卑微，但你竭诚为国，所陈奏的事情，朕十分嘉许。”不久就拜他为新安令。他经过累迁后升任给事中。

唐高宗显庆四年（659），他出任青州刺史。翌年，唐高宗征辽，命令刘仁轨监统水军，但因为天气引起的误期而被免职，朝廷特令他以白衣随军赎罪。当时苏定方平定了百济，留下郎将刘仁愿在百济府城镇守，又让左卫中郎将王文度为熊津都督，安抚百济的残余部众。王文度在过海时病故。百济僧人道琛和旧将福信率众重新反叛，立故王的儿子扶余丰为王，带兵将刘仁愿包围在府城。唐高宗下诏任命刘仁轨检校（代理）带方州刺史，取代王文度统领部众，顺路征发新罗的兵马，合势去救刘仁愿。刘仁轨辗转前进，军容整肃，一路上攻无不克。道琛等人只好放弃了对刘仁愿的包围，退保任存城。不久福信杀了道琛，兼并他的兵马，招诱逃亡的叛兵，势力更加强大。刘仁轨于是和刘仁愿合兵一处，休整了一段时间。

当时苏定方奉诏讨伐高丽，进围平壤，但长期无法攻克，只好撤军回去。唐高宗下敕书给刘仁轨说：“包围平壤的军队已经撤回，一座孤城无法单独固守。你应当撤离前往新罗，和他们一道驻守。如果金法敏（新罗王）想让你们留下帮助镇守，那就留在他们那里。如果他们不需要，你应当过海回来。”将士们也都希望西归，但刘仁轨说：“根据《春秋》大义，大夫出到疆场时，只要能安定社稷和便利国家，就可以专权行事，何况现在我们在沧海之外，紧靠着这帮豺狼虎豹！而且人臣必须考虑尽忠，有死而已，只要对国家有利，没什么事不能做。主上打算并吞和消灭高丽，先要征服百济，留兵镇守，正是为了控制他们的腹心。虽然现在到处都是妖孽，但我们防备森严。应当砺戈秣马，找机会出其不意地攻打他们。对方既然没有防备，我们为何不能攻下他们？一旦打了胜仗，士卒自然就放心了。然后我们可以分兵占据险要，发展大好形势，飞表向朝廷奏报，再请求增加士兵和战船。朝廷一旦知道我们成功了，必定会派出大军和名将。援军一来，凶逆将很快就被歼灭。这样我们不但没有放弃垂成的功勋，其实也能永远肃清海外。今天平壤的围军已经撤回，官军也撤离了熊津，那么百济的残渣余孽，很快又会死灰复燃，而高丽的逃犯们，何时才能消灭？况且今天靠着这一城之地，位居贼人的中心。如果我们一不小心，马上就会沦落为流寇。撤离后进入新罗，又是人家的坐客，稍不如意，将后悔莫及。何况福信为人凶恶残忍，非常暴虐；扶余丰则为人猜忌，外合内离。我们和他们共处，势必暗中相害。所以唯一的办法就是坚守观变，找机会对付他们，不能轻举妄动。”大家都听从了他。

当时扶余丰和福信等人觉得真岘城面临大江，地势高险，又是军事要冲，便增派士兵把守。刘仁轨率领新罗兵马，趁夜攻城，从四面八方攀草而上，到天明时就神不知鬼不觉地占据了该城，因此打通了新罗的运粮道路。不久扶余丰袭杀了福信，又派使者前往高丽和倭国请求援兵抗拒官军。朝廷下诏派右威卫将军孙仁师带兵过海援助刘仁轨。孙仁师和刘仁轨等人会合后，兵力大振。于是将领们开会商议，有人说：“加林城是水陆的要冲，请求先去攻击它。”刘仁轨说：“加林城池十分险固，猛攻将造成战士的很大伤亡，包围则将旷日持久。我看不如先去攻打周留城。周留城是贼兵的巢穴，群凶聚集的地方。所谓‘除恶务本’，我们必须拔掉他们的根源。一旦攻克周留，其他各城自动就下来了。”于是孙仁师和刘仁愿以及新罗王金法敏率领陆军前进，刘仁轨则率领杜爽和扶余隆，带领水军以及粮船，从熊津江前往白江，然后和陆军一道直驱周留城。刘仁轨在白江口和倭兵遭遇，四战四捷，烧了他们的四百艘战船，烟焰弥天，海水都染红了。倭寇全面溃败。扶余丰脱身逃走，刘仁轨缴获了他的宝剑。王子扶余忠胜和扶余忠志等，率领百济的士女以及倭人部众和耽罗国使者，一道前来投降。于是百济诸城，全都再次归顺朝廷。只有贼帅迟受信占据任存城不肯投降。

先前，百济首领沙吒相如和黑齿常之自从苏定方撤军回去后，重新纠集了逃亡流散的士卒，各自据险响应福信。这时他们率领部众归降。刘仁轨用恩信加以抚慰晓谕，让他们各自带领子弟去攻取任存城，又打算分兵协助。孙仁师说：“沙吒相如他们是人面兽心，很难信任。如果授给他们盔甲兵仗，那等于是资助贼兵。”刘仁轨说：“我看沙吒相如和黑齿常之都是既忠勇又有谋略的将才。这些感恩的人士，跟从我则成，背叛我必灭。让他们利用时机立功见效，就在今天。你们不用怀疑。”于是给他们军粮和兵仗，分兵跟随他们，因此攻拔了任存城。迟受信抛弃了妻儿投奔高丽，于是百济的残余全被平定。孙仁师与刘仁愿于是凯旋而归，朝廷下诏留刘仁轨带兵镇守。当初，百济经过福信之乱，全境凋零残破，到处都是僵硬的尸体。刘仁轨开始下令收埋它们，并举行吊祭。他接着开始登记户口，署任官长，开通道路，整理村落，建立桥梁，填补堤堰，修复陂塘，鼓励耕种，赈贷贫乏，存问孤老。他还颁布李氏宗庙的忌讳，建立唐朝皇家的社稷。因此百济剩下的民众，各自安居乐业。他接着又逐渐营造屯田，积累粮食，安抚将士，准备对付高丽。刘仁愿回到京师后，唐高宗跟他说：“爱卿在海东时，前后的奏请，都非常合情合理，还很有文理。爱卿本是武将，怎能把事情办得如此有条有理？”刘仁愿答：“奏疏都是刘仁轨起草的，并非臣所能及。”唐高宗深深感叹，非常赞赏，因此越次给刘仁轨加了六阶，正式任命他为带方州刺史，并赐给他一座京城住宅，还赠送了很多东西给他的妻儿，然后派使者送他一道盖有御玺的诏书慰劳勉励他。刘仁轨又上表说：

“臣承蒙陛下的垂爱，不顾臣的瑕疵破格录用，授予刺史重任，又加将帅头衔。臣材能轻浅，位职重大，对职责的担忧更深，总是思量着如何才能报效朝廷，希望能酬报陛下万分之一的恩典。臣智力短浅，迟滞无成，但毕竟久在海外，长期征战，所以对军旅的事情，多少还知道一些。现在具体向陛下封奏，还希望详察。臣看见目前招募来的士兵，手脚笨重的居多，勇健奋发的却很少，也有不少老弱，衣服单薄寒冷，整天只想着早日西归，根本没有心思报效国家。臣问他们：‘往日在海西时，见到百姓人人应募，争着都要出征出行，甚至有人不要官府物品，自己办理服装和口粮，报名义征。为何今天招募士兵，却这么困难？’他们都回答说：‘今天的官府，与往日不同，人心也不一样。贞观和永徽年间，东西两边同时征兵。为国家死难的人，都亲蒙朝廷敕使的吊祭，还追赠官职，也有过将死者官爵转给他们子弟的事情。自从显庆五年（660）以后，出征身死的，再也没有得到过问。以前只要渡过辽水或过海的将士，马上都得一转勋官，但自从显庆五年以后，频繁过海，都不再被记录了。州县征兵时，年轻力壮的，只要家里有钱，能打通官府关节的，都可以东躲西藏，最后免予征兵。而那些没钱的，即使年老体弱，拉着推着也得来。显庆五年，我们打败百济，以及后来到平壤的苦战期间，当时军队的将领们号令，都说打赢了会给高官重赏。结果前来应募的各种人都有。但回到西岸（即山东）后，只听说用枷锁关押，以及褫夺赏赐，否定功勋的事情。州县又加以迫害，家都回不了。结果官府和民间一样困弊，真是一言难尽。所以在海西出发那天，就已经有人残害自己而逃避远征，不单单只是到海外才开始逃跑。又有，人们出去征战，都以授勋晋级为荣。但频繁的征战，结果让这些授勋的将官，照样辛苦地当纤夫拉引战船，和白丁没有任何区别。百姓不愿远征，就是因为这些原因。’

“陛下再次兴起军旅，平定百济，留兵镇守，对付高丽。但百姓有这样的议论：‘还继续这么做，将如何成就功业？’臣听说‘琴瑟不调，改而更张；布政施化，随时取适。’除非加重赏赐，明确惩罚，的确难以成功。臣又问士兵们：‘以前招募来的士兵，留在边镇五年，也都对付得过去。你们才经历了一年，服装为何就如此单薄？’他们告诉臣说：‘出来时，只准备了一年的行装。现在自从离家，已经两年了。在朝阳瓮津（北朝鲜西南半岛）时，又被派去来回运粮，经过海上的颠簸和风暴，也漂失了不少。’臣对现有的士卒进行了多方了解，发现他们衣裳单薄，很多人无法过冬。把大军回去时留下的军服给他们，也只能对付一个冬季。来年秋后，更拿不准了。陛下如果真要消灭高丽，就不能放弃百济的领土。扶余丰还在北面，扶余勇也还在南面。百济和高丽，以前就互相支援。倭人虽然远点，也会有所影响。如果朝廷没有足够的兵马，他们就会另成一国。所以既必须镇压他们，又必须进行屯田，而这些事都必须依靠将士的同心同德。兵士既有这样的议论，朝廷就不能胶柱鼓瑟，因循守旧；还需要归还过海将士的官位勋衔，以及平定百济和进军平壤的功勋。除此之外，还必须另加褒赏，下达明敕慰劳他们，用以鼓励他们奋斗的决心。如果继续按照以前的做法，臣担心将士们都将心力疲劳，不能有所成就。臣又见到晋武帝平定东吴的事，史籍记载得十分周详。朝内有武帝和张华，朝外有羊祜和杜预。他们筹谋画策，互相谘询。王濬他们则在万里之外克敌制胜，楼船战舰都已到了石头。而贾充和王浑那帮人，居然还要晋武帝杀了张华，向天下人谢罪。晋武帝回答说：‘平吴的计划，出自朕的本意，张华只是同意朕的看法罢了，并不是他的本意。’贾充他们是非不分，居然荒谬到如此程度。平吴之后，他们还想将王濬绳之以法。幸赖晋武帝的保护，他才得以保全。要不是晋武帝的圣明，王濬也许早就丢了脑袋。臣每次读到这段往事，总不免抚心长叹。还希望陛下既然征服了百济，打算攻取高丽，那就必须内外同心，上下齐奋，全面考虑问题，这样才能成功。百姓既有这样的议论，朝廷就必须改弦更张。臣担心如此逆耳的奏事，朝廷没人会为陛下尽言。想到自己日益衰老多病，残生也没剩多少，如果忽然长逝，只能衔恨九泉。所以臣今天披肝露胆，冒死奏闻。”

唐高宗非常同意他的看法，因此派刘仁愿率领新兵过海，和原先镇守的老兵交接，并任命扶余隆为熊津都督，让他招抚百济的残余部众。扶余勇是扶余隆的弟弟，当时流亡在倭国，作为扶余丰的呼应，所以刘仁轨的表疏这么说。扶余是百济的王室。于是刘仁轨得以过海西还。当初，刘仁轨将要从带方州出发时，曾跟人说：“老天要让这老翁得到富贵罢了！”于是到州司要来一卷日历，以及皇家七庙的名讳。人们奇怪他到底要干什么，刘仁轨答道：“我打算削平辽海，向他们颁布国家的正统，使夷人遵奉我们的日历和传统。”到这时他的预言都兑现了。

麟德二年（665），唐高宗封禅泰山，刘仁轨率领新罗以及百济、耽罗、倭国四国酋长前往赴会。唐高宗非常高兴，提拔他为大司宪。翌年即乾封元年，他升任右相，兼检校（代理）太子左中护，并因前后的战功，被封为乐城县男。乾封三年（668），他出任熊津道安抚大使，兼浿江道总管，作为司空李世勣的副手征服了高丽。总章二年（669），大军归来，他因病辞职，朝廷加授他金紫光禄大夫，允许他退休致仕。翌年即咸亨元年，朝廷重新任命他为陇州刺史。咸亨三年，唐高宗征他回朝，拜太子左庶子兼同中书门下三品，监修国史。咸亨五年，刘仁轨出任鸡林道大总管，东征新罗。他率军直接渡过瓠卢河，攻破新罗的北方大镇七重城，并因功进爵为乐城公，连同子侄三人，同时被授予上柱国。州里的乡亲都以此为荣，把他居住的地方称作乐城乡三柱里。上元二年（675），他官拜尚书左仆射、同中书门下三品，兼太子宾客，依旧监修国史。仪凤二年（677），因为吐蕃入寇，朝廷任命刘仁轨为洮河道行军镇守大使。刘仁轨每次有事奏请时，多数都被中书令李敬玄抑下，因此和李敬玄发生矛盾。刘仁轨知道李敬玄不是边将的材料，想要伤害他，所以故意上言说西蕃的镇守，非李敬玄不可。唐高宗当即任命李敬玄取代他。李敬玄到了洮河后，很快就被吐蕃打败。永隆二年（681），刘仁轨兼任太子太傅，没多久就因为年老请求离职。朝廷允许他解除尚书左仆射，以太子太傅的身份依旧参知政事。永淳元年（682），唐高宗临幸东都，皇太子在京师监国。朝廷让刘仁轨与侍中裴炎和中书令薛元超留在长安辅佐太子。翌年，太子赶赴东都，唐高宗又让皇太孙李重照在京师留守，仍然让刘仁轨作为副手。太后武则天临朝听政时，加授他为特进，重新任命他为尚书左仆射、同中书门下三品，全权负责留守事务。刘仁轨再次上疏以年老为理由，请求取消留守的重任，并趁机进言陈述吕后祸败的往事，向武则天进行规谏。武则天让侄儿武承嗣带上玺书到长安抚慰晓喻他说：“今天因为皇帝居丧谅暗，不便言语，眇身（太后的谦称）暂且代他亲政。有劳刘公老远上疏劝诫，还上表因为年老多病要辞职。刘公多有责怪，让眇身惶恐不安。刘公又提到‘吕后遭到后代人的嗤笑，吕禄和吕产也给汉朝带来灾祸。’引用的典故含意很深，眇身感到愧疚和欣慰交集。刘公忠贞的节操，终始不渝；劲直的风格，古今罕比。刚听到这些话时，能不感到迷惑罔然，若有所失？然而静下来思考一番，刘公的话确实犹如一面明镜。况且刘公身负宰辅重任，位居百官之首，又是先朝德高望重的老臣，远近无不瞻仰。还希望刘公以匡救社稷为怀，不要以暮年为理由请求离职致仕。”很快又进封他为郡公。这年，他从新令改为文昌左相、同凤阁鸾台三品，不久就病逝了，终年八十四岁。武则天为此取消了三天朝会，命令在京百官依次到他府上吊唁，追赠他为开府仪同三司、并州大都督，陪葬乾陵，赐给他家食邑三百户。刘仁轨虽然位居首辅，却毫不自矜倨傲。每次见到贫贱时的故人，总是像自己还是平民时那样对待他们。最初任陈仓尉时，善于相面的人袁天纲曾跟他说：“先生最终的官位将接近台辅，年龄将接近九十。”后来果然如此。刘仁轨身经隋末的大动乱，并把自己的见闻记在《行年记》里，流行于当代。

刘仁轨的儿子刘濬（可见他对晋初大将王濬的推崇）官至太子中舍人。垂拱二年，他被酷吏陷害被杀，妻儿也被籍没官府。唐中宗即位后，因为刘仁轨曾是他当太子时春宫的旧僚，追赠他为太尉。刘濬儿子刘冕在开元中年任秘书省少监，上表请求为刘仁轨立碑，谥名文献。这都是后话。

史臣韦述对刘仁轨的评价有失公允。他说：世人都说刘乐城（即刘仁轨）和戴至德同是唐高宗时的首辅大臣，刘总是用好言好语接待他人，用以沽名钓誉；而戴则严肃对待下民，将好事都归功于人。所以乐城的行善至今还广为流传，而戴氏的事迹却没人听闻。呜呼！高名美称，有的是靠邀功取宠而致远；深仁至行，有的因为韬光养晦而失传。这岂是只有刘、戴而已，其实自古以来就是如此。所以孔子说：“众好之，必察焉；众恶之，必察焉。”（意思是，大家都说好的，得仔细分析调查；大家都说坏的，也得如此。）不是圣明智慧的人，很少不被迷惑。况且刘公为了报私怨，不惜让人跌入他无法胜任的陷阱，给人带来极大耻辱。忠恕之道，难道就是这样的吗？（作者注：其实刘仁轨未必故意邀功取宠。从他整个历史看，他本就是个心地善良，与人为善的好人。他对待贫贱旧友那么好，有什么好邀宠的？对陷害自己的人，稍加报复，也是可以理解的。）