公元466年四月，叛军将领杜淑宝因为官军驻在历阳，不敢冒进。比及刘勔等人率军来到，叛军上下震动惊恐。刘顺等人刚出来时，只带了一个月的军粮。后来和刘勔他们长久相持，军粮耗尽。杜淑宝派出一千五百辆车，满载大米为刘顺送粮，并亲自率领五千精兵护送。吕安国得悉后，跟刘勔说：“刘顺有八千精锐部队，而我们不到他们一半。相持久了，强弱之势就会十分明显。如果继续拖延，我们肯定不行。我们依赖的只是他们军粮耗尽了，而我们还很充裕。但如果杜淑宝把大米送来，非但我们攻不下他们，自己都不能持久。现在唯一的办法就是出其不意地偷袭他们的运米车。如果能制服他们，估计他们就会不战而逃。”刘勔觉得有理，便让疲劳瘦弱的士兵守营，挑拣了精兵一千人配给吕安国和龙骧将军黄回，让他们从小路抄到刘顺背后，到横塘去拦截运米车。

吕安国只带了两天的熟食上路。熟食吃完了吕淑宝的车队还没来，将士都想回去。吕安国说：“你们早上都已经吃过了。今晚米车不会不来的。如果还不来，我们夜里回去也不晚。”当天杜淑宝果然来了，他用米车作为函箱阵式，杜淑宝自己带兵在外围充当游军，幢主杨促怀带领五百人在前头。吕安国和黄回等人袭击并杀了杨促怀及其所有士兵。杜淑宝赶到，黄回打算乘胜进击。吕安国说：“他们自己会退走，不用我们再出击。”于是退兵三十里，扎营过夜。当夜他派骑兵去打探消息，结果发现杜淑宝果然抛弃了米车退走。吕安国于是连夜去烧了米车，然后赶着二千多头牛凯旋而归。

五月初一夜里，刘顺部众因为缺粮全部溃散，刘顺自己逃到淮西投靠常珍奇。于是刘勔擂鼓前行，向寿阳进军。杜淑宝强迫居民进城，收集散兵游勇，闭城自守。刘勔和朝廷诸军分别驻扎在城外。

山阳王刘休祐写信给殷琰，为他陈述利害关系。宋明帝刘彧又派御史王道隆持诏原宥殷琰的罪过。刘勔也给殷琰写信，并将殷琰兄长殷瑗的儿子殷邈的信给他看。殷琰和杜淑宝等人都有投降的念头，但因为很多人反对，他们只好继续闭城固守。

弋阳西山的蛮族人田益之起兵响应建康，朝廷下诏任命田益之为辅国将军，负责弋阳西山的军事。五月初六（壬辰），明帝任命辅国将军沈攸之为雍州刺史。五月二十一（丁未），明帝任命尚书左仆射王景文为中军将军，并在三天后任命宁朔将军刘乘民为冀州刺史。

五月二十八（甲寅），朝廷将昭太后安葬在修宁陵。

同时，张永和萧道成等人和薛索儿大战，击溃了他。薛索儿退保石梁，在粮食耗尽后全军崩溃，逃往乐平，被申令孙的儿子申孝叔所杀。薛安都的儿子薛道智跑到合肥，到裴季之那里请降。傅灵越逃到淮西，武卫将军沛郡人王广之生擒了他，将他押送给刘勔。刘勔谴责他的叛逆，傅灵越说：“九州唱义，岂独在我！薛公不能专任智勇之士，却把重任托付给自己的子侄，这就是失败的原因。人生归于一死，我实在没有脸面活在世上。”刘勔把他送交建康。明帝想赦免他，但傅灵越坚持不肯改口认罪，明帝只好杀了他。

邓琬因为刘胡和沈攸之等人长久相持不下，便加授袁顗为负责征讨军事的都督。六月十八（甲戌），袁顗率领高楼战船一千艘，战士二万人，来到鹊尾。袁顗本来就没有军事才干，生性又胆小怕事没有见识，在军中从未穿过戎服，也从不谈战阵，整天只是赋诗谈义而已，也不再安抚接待各个将领。刘胡每次跟他谈事，他的应对都十分简慢。袁顗因此大失人心，刘胡经常对他恨得咬牙切齿。刘胡因为南方运来的大米还没到，将士饥饿，便到袁顗那里借用襄阳的粮食。但袁顗不给，说：“我在京都有两栋住宅还没盖成，正忙着这事。”他又相信往来客商的话，说“建康米贵，每斗贵达数百钱”，便以为朝廷将不攻自溃，自己只要坐着等待就行了。

田益之率领蛮族部众一万多人包围义阳。邓琬让司州刺史庞孟虬率领精兵五千去救，田益之的乌合之众不经一战就溃散了。

安成太守刘袭，始安内史王识之，建安内史赵道生，都在自己的郡里投降了朝廷。刘袭是宋武帝刘裕弟弟刘道怜的孙子。

萧道成的世子萧赜担任南康赣令，邓琬派人将他收捕。他的门客兰陵人桓康用扁担挑着萧赜的妻子裴氏及其儿子萧长懋和萧子良逃入山中，然后和萧赜的族人萧欣祖等人连结其他的门客，得到一百多人，去攻打南康郡，攻破监狱救出了萧赜。南康相沈肃之率领将吏追赶萧赜，萧赜和他们作战，生擒了沈肃之。萧赜于是自称宁朔将军，占据南康郡起兵，和刘袭等人相互呼应。邓琬任命中护军殷孚为豫章太守，负责上流五郡的军事以防备刘袭等人。

衡阳内史王应之起兵响应建康，去长沙袭击湘州行事何慧文。王应之和何慧文只身离开各自的军阵互相单打独斗。王应之砍了何慧文好几刀，何慧文身中八创，仍然奋勇反击，结果砍断王应之的脚，然后杀了他。

始兴人刘嗣祖等人占据始兴起兵响应建康，广州刺史袁昙远派部将李万周等人讨伐他。刘嗣祖骗李万周说“寻阳已败”。李万周于是回头去袭击番禺，生擒了袁昙远后把他杀了。明帝接着任命李万周代行广州事务。

当初，武都王杨元和占据白水，但势力过于微弱而不能自立，便放弃武都国投靠了北魏。杨元和的堂弟杨僧嗣再次自立，进驻葭芦。费欣寿来到巴东，巴东人任叔儿占据白帝，自称辅国将军，出击费欣寿并把他杀了。任叔儿于是沿江守卫三峡。支持寻阳的益州刺史萧惠开再次派治中程法度带兵三千出梁州，杨僧嗣率领氐族各部落断绝了他的通道，并派使者走小路让朝廷知道。七月十二（丁酉），明帝任命杨僧嗣为北秦州刺史、武都王。

朝廷诸军和袁顗在浓湖长久相持未决。龙骧将军张兴世建议说：“贼兵占据上游，不但兵力强盛，还占有地形优势。我们虽然没问题跟他们相持，但却无法制服他们。如果派出几千奇兵摸到他们的上游，占据险要的地形建立营壁，然后见机行动，让他们首尾无法相连，进退两难。一旦中游受阻，他们的粮运自然更加艰难。这是制服贼兵的妙计。钱溪的江面最窄，离大军不远，下游就是洄洑，船来了一定会在那里靠岸。那里又有河湾可以藏船，只要用一千人守住这险要，一万人过不来。没有比这地方更要害的了。”沈攸之和吴喜都赞成他的计策。恰好这时庞孟虬带兵来协助殷琰，刘勔派使者向朝廷紧急求援，建安王刘休仁想派张兴世去救他。沈攸之说：“庞孟虬一班乌合之众，不会有什么作为。只要派其他将领带上几千兵马就可以对付得了他。张兴世出兵上游的事，是决定安危的关键，不能因此取消。”因此刘休仁派段佛荣带兵去救刘勔，而选拔了精兵七千和轻舟二百配给张兴世。

张兴世率领他的部众逆流稍稍上了一点，然后很快又退回来，这样来回搞了好几天。刘胡听说后，笑道：“我还不敢越过他们南下直取扬州，张兴世是什么东西，居然打算轻易地占据我的上游！”因此不把他当回事。一天半夜四更，正值顺风，张兴世率军扬帆快速向上游进发，渡过于湖和白口，穿过鹊尾。刘胡这才发觉，即刻派部将胡灵秀带兵在东岸跟随张兴世的船队前进。七月十三（戊戌）傍晚，张兴世的队伍在景洪浦留宿，胡灵秀也跟着留宿。张兴世暗地里派部将黄道标率领七十只轻舟直接赶赴钱溪，在那里立下营寨。次日，张兴世带领其余部队进驻钱溪，胡灵秀束手无策。七月十五（庚子），刘胡亲自率领水步二十六军来攻打钱溪。将士们都想迎击，张兴世禁止他们，说：“贼兵离我们还远，而且他们气盛矢多。矢多容易矢尽，气盛也容易气衰，所以不如严阵以待。”他命令将士继续加固城池。很快刘胡的大军越来越近，船舰进入洄洑。张兴世命令寿寂之和任农夫率领壮士数百出击，其他部队相继同时跟进。结果刘胡败走，阵亡了好几百，收兵回下游去了。

当时张兴世的城寨尚未加固，建安王刘休仁担心袁觊会竭尽全力改攻钱溪，便想分散他的兵力。七月十六（辛丑），他命令沈攸之和吴喜等人用皮舰进攻浓湖，杀死和俘虏了敌军数千人。当天，刘胡率领步卒二万和铁马一千，打算继续进攻张兴世。到离钱溪只有几十里地时，袁觊因为浓湖告急，紧急下令追他回来，钱溪城因此得以保存。刘胡让人传言并高喊“钱溪已平”，大家都很害怕。沈攸之说：“不会是这样的。如果钱溪真的败了，近万人中总有一人会逃回来。必定是他们作战失利，只好虚张声势好迷惑大家而已。”于是命令军中不得妄动。钱溪的捷报很快就来了。沈攸之将钱溪送来刘胡士兵的耳朵鼻子出示给浓湖守军，袁觊不禁感到惊骇恐惧。沈攸之到傍晚时撤兵回来。

同时，龙骧将军刘道符进攻山阳，程天祚请降。

庞孟虬进军来到弋阳，刘勔派吕安国等人前往蓼潭迎击并击溃了他们。庞孟虬逃到义阳。王玄谟的儿子王昙善起兵占据义阳响应建康，庞孟虬只得再次逃亡，结果死在蛮人山中。

刘胡派辅国将军薛道标袭击合肥，杀了汝阴太守裴季。刘勔派辅国将军垣闳反击。垣闳是垣阆的弟弟，薛道标则是薛安都的儿子。

淮西人郑叔举起兵攻打常珍奇以响应郑黑。七月二十六（辛亥），明帝任命郑叔举为北豫州刺史。支持寻阳的冀州刺史崔道固被当地土人攻打，只得闭门自守。明帝派使者去宣旨抚慰，崔道固因此请降。七月二十九（甲寅），明帝任命崔道固为徐州刺史。

八月，皇甫道烈等人听说庞孟虬败了，只好开门出降。

张兴世占据钱溪后，浓湖的军队开始断粮。邓琬派去送资金和军粮的船队，因为害怕张兴世，不敢前进。刘胡率领四百轻舟，从鹊头走内水路打算进攻钱溪。接着他又跟长史王念叔说：“我从少就训练步战，对水战也没闲下过。如果步战，总在数万人上下，而水战却只在一船之上。船舰各自前进，互不相关，全靠船上的三十人。这并非万全之计，我不想这么做。”于是借口得了疟疾，住在鹊头不肯进军，只派龙骧将军陈庆带领三百只船舰向钱溪进发。他警戒陈庆道：“你不须出战。我很了解张兴世，他自己会逃走。”陈庆来到钱溪，驻军在梅根。

刘胡派别将王起率领一百艘船舰进攻张兴世，张兴世奋起反击，彻底打败了王起。刘胡带领剩余的船舰匆忙逃回，跟袁顗说：“张兴世的营寨已经建立，不能仓促进攻他们。昨天这场小战我们并没有损失多少。陈庆已经与南陵和大雷的部队一道在上游将他遏止了，而我们的大军在这里，鹊头的将领们又阻断了他的下游。他已经陷入包围，用不着担心他了。”袁觊很气刘胡不肯出战，便责问他道：“现在因为他，我们粮运成了问题。这该怎么办？”刘胡说：“他都可以逆流越过我们而上，我们的粮队却为什么不可以顺流越过他们而下？”便派安北府司马沈仲玉率领一千人从陆路到南陵迎取军粮。

沈仲玉到南陵后，载了三十万斛大米和金钱布匹在几十艘船上，在船边竖立起大木板作为船墙，打算突破钱溪的防卫。船到贵口时，沈仲玉不敢前进，派人走小路去报告刘胡，让他派大军增援接应。张兴世派寿寂之和任农夫等人带领三千人到贵口进攻船队，沈仲玉逃回到袁顗的大营，他的所有粮船都被张兴世缴获了。刘胡的部众这下更加惊骇恐惧，他的部将张喜投降了官军。

镇东中兵参军刘亮进兵威逼刘胡军营，刘胡抵挡不住。袁顗害怕地叹道：“贼兵已经进入人的肝脾里面，怎么还活得成！”刘胡阴谋逃跑。八月二十四（己卯），他骗袁觊说：“我打算率领步骑二万，到上游直取钱溪，然后到大雷再去运粮。”叫袁觊挑选最好的马匹配给他。当天，刘胡抛弃袁觊而去，径自前往梅根。他先派薛常宝办理船只，发动南陵的各路军队，一把火烧了大雷等各座城池后逃走。夜里袁觊才发觉他的阴谋，怒不可遏地骂道：“今年被这小子给误了！”于是招呼属下取来他经常乘坐的骏马“飞燕”，跟他的部众说：“我亲自去追他回来！”也趁机逃走了。

次日，建安王刘休仁率大军进入袁觊的大营，接纳了降兵十万，并派沈攸之等人去追赶袁顗。袁顗逃到鹊头，和卫戍部队头领薛伯珍以及他带领的几千人一块逃往寻阳。当夜他们留宿在山里，杀了战马犒劳将士。他望着薛伯珍跟他说：“我不是不能死节，只是想先回到寻阳，向主上谢罪后再自刎罢了。”接着故作慷慨地喝叱左右随从去把他的节杖找来，但没人理他。第二天一早，薛伯珍请求他屏退左右随从要跟他私下议事，趁机砍下袁顗的首级，然后前往钱溪马军主将襄阳人俞湛之那里请功。俞湛之趁机杀了薛伯珍，然后将袁顗的首级作为自己的功劳送给朝廷。

刘胡带领二万人逃向寻阳，派人去骗晋安王刘子勋说：“袁觊已经投降，军队也都逃散。现在只有我自己带领所部独自返回。陛下应当尽速想办法，筹措决一死战的资金。我准备停下占据湓城，誓死作战，没有二心。”他接着在江外连夜直奔沔口。

邓琬得悉刘胡逃走，惊慌失措，束手无策。他叫中书舍人褚灵嗣等人进来商议，大家都不知道该怎么办。前荆州行事张悦假装生病，请邓琬到府上议事。他命令左右随从手持兵器埋伏在帐后，告戒他们说：“如果听到我要取酒，你们就可以出来把事办了。”邓琬来了后，张悦说：“使君首先提议我们这么做。现在事情紧急，你有什么办法吗？”邓琬说：“只有杀了晋安王，封了府库，向朝廷谢罪而已。”张悦问道：“你难道宁可出卖殿下以求自己活命吗？”于是高喊拿酒来。他儿子张洵提刀出来当场杀了邓琬。中书舍人潘欣之听说邓琬死了，带兵前来。张悦让人跟他说：“邓琬谋反，现在已经被枭首伏诛了。”潘欣之于是回府，捉了邓琬的儿子一块杀了。张悦于是乘着一艘孤船，带着邓琬的首级东下，前往建安王刘休仁那里投降。

寻阳叛乱时，蔡那的儿子蔡道渊在寻阳被关了起来。这时，他脱开锁链进入府城，捉住刘子勋把他关了起来。沈攸之等各路大军抵达寻阳后，杀了晋安王刘子勋，将他的首级送到建康，刘子勋死时才十一岁。到这时，寻阳之乱基本平息。

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