公元404年三月初五，桓玄被刘裕很少的兵力打败，逃出京师一带。刘裕进入建康。，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。桓玄任命的司徒王谧和其他大臣都共同推举刘裕领扬州牧。刘裕坚决推辞，于是仍然以王谧为侍中、领司徒、扬州刺史、负责尚书事务。王谧推举刘裕为使持节、负责扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州军事兼徐州刺史

刘裕刚到建康时，许多大事情都交给刘穆之处理。虽然很多事情都是仓猝之间当场决定，刘穆之却办得十分公允，让大家都满意。刘裕于是把他当作心腹，所有事情都要咨询他。刘穆之也尽心尽力，从无遗漏或隐瞒。当时晋室为政宽驰，纲纪不立，豪族放纵，小民穷窘，主要是因为司马元显的政令违背常理。桓玄虽然想有所改革整顿，但他制定的新律法条目繁琐，众人都无所适从。刘穆之根据时宜加以斟酌简化，随时矫正不合适的律法。刘裕以身作则，先以他的权威禁止那些不法行为。于是朝廷内外百官都肃然奉职，因此在不到十来天的时间里，风俗顿时改变。而且桓玄虽然以英雄豪杰被人推崇，然而他出身豪门，一朝占据皇位，晋氏四方的牧守以及在朝大臣，都尽心服事，臣主的名分很容易就被人接受而确定下来。但刘裕原来在朝廷没有什么地位，他的兵众也不足一旅。很少人能想到他居然能奋臂于草莽之中，倡举大义恢复了大晋的皇运。于是王谧等有民望的朝廷大臣，无不感到惭愧而害怕他。

当初，诸葛长民到了豫州，误过了举义的日期，结果没有成功。刁逵捉住诸葛长民，用槛车将他送到桓玄那里去。到了当利时听说桓玄已经败了，护送的人便共同打破槛车放出了诸葛长民，然后逃回到历阳。刁逵丢弃了城池逃走，但被部下捉获，送到石头城处斩。他的子侄不管长幼也都被杀，唯独赦免了他的小弟给事中刁骋。刁骋后来谋反伏诛，于是刁氏灭绝了。刁氏历来殷富，兄弟子侄都不看重名誉和品行，一心只想聚敛财富。刁家有田上万顷，有奴婢几千人。他们的奴仆门客纵横山泽，成为京口的一大蠹虫。刘裕把他们的家产全部散发，让百姓能拿多少就拿多少，居然好几天都拿不完。当时天下饥荒困弊，好多人家靠着从刁家拿来的财产维持生计。刁逵的故吏将他弟弟的儿子刁雍藏匿起来，后来送到洛阳去。后秦君主姚兴任命他为太子中庶子。

刘裕任命魏咏之为豫州刺史，出镇历阳，任命诸葛长民为宣城内史。

当初，刘裕名微位薄，而且轻率狡诈没有什么品行，上流阶层都不怎么跟他往来，只有王谧一个人很看重他。他跟刘裕说：“你会成为一代英雄。”刘裕曾和刁逵玩樗蒲赌博，不一会就把钱输光了，还欠了一大笔。刁逵把他绑在拴马的柱子上。王谧见了，责怪刁逵不该这么做，让他放了刘裕，并代他还欠款。因此刘裕很恨刁逵而对王谧感恩戴德。

尚书左仆射王愉和他儿子荆州刺史王绥阴谋袭击刘裕，结果事情败露，遭到夷族。王愉父子是江东的头等望族。王绥少年时就有重名，历来因为刘裕出身贫寒，总是欺凌他。王绥也是桓氏的外甥，刘裕所以杀了他们。王绥弟弟的儿子王慧龙被僧彬藏匿起来，得免一死。

三月初十，刘裕迁去镇守东府。

桓玄来到寻阳，郭昶之给他提供器用和兵力。殷仲文从后头赶来，远远望见桓玄的船，旌旗舆服全都和皇帝的威仪一样，叹息道：“从失败中重新振作起来，是可以这么做的。”三月十四，桓玄逼迫晋安帝西上。刘裕任命刘毅为冠军将军兼青州刺史，让他率领何无忌和刘道规等人的兵马去追赶桓玄。桓玄留下龙骧将军何澹之和前将军郭铨与郭昶之守卫湓口。桓玄在路上自己写作《起居注》（一般帝王的起居注只能由独立的史官记载，好事坏事都得记录），叙述讨伐刘裕的战事，自认为他的战略计策全部正确无误，只是各路大军违背节度，最终导致他的失败逃亡。他专门集中精力著述，没时间和属下商议眼前的大事。《起居注》写成后，他到处宣扬。

三月二十九，刘裕自称得到晋安帝的密诏，任命武陵王司马遵总理百官办事，加侍中、大将军，同时大赦，只有桓玄的家族不在宽宥的范围。

这期间，流亡南燕的刘敬宣和高雅之结交了青州大姓以及鲜卑豪帅，阴谋刺杀南燕主慕容备德，共同推举司马休之领头。慕容备德十分宠信他的司空刘轨，高雅之便想邀请刘轨同谋。刘敬宣说：“刘公年龄已经衰老，有安心定居齐地的打算。不能告诉他。”高雅之最终忍不住还是把他们的阴谋告诉了他。刘轨不肯，因而阴谋多少有点泄漏。刘敬宣等人只好急忙往南逃走。南燕人接着搜捕了刘轨，把他杀了，又追上高雅之，也把他杀了。刘敬宣和司马休之抵达淮泗之间时，听说桓玄已经失败，便放心地回归东晋。刘裕任命刘敬宣为晋陵太守。

夏四月初二，武陵王司马遵搬到东宫居住，朝廷内外都很敬重他。司马遵革除桓玄的百官称制书，改为百官称令书。他还任命司马休之负责荆、益、梁、宁、秦、雍六州军事、领荆州刺史。

四月初三，桓玄挟持晋安帝来到江陵，桓石康接纳了他们。桓玄重新署任安置百官，任命卞范之为尚书仆射。他自从失败逃亡之后，担心威令不行，便更加增添和严峻刑罚，结果搞得大家愈益离心离德。殷仲文谏道：“陛下少年时就有英雄的声誉，远近无不臣服，于是扫平荆雍，匡护京师，名声播于神州大地。在据有皇位之后，却遇到如此厄运，并非因为威严不足的缘故。百姓私底下喁喁细语，都盼望得到皇上的恩泽。所以陛下应当弘扬仁慈的风气，好得到人心。”桓玄怒道：“汉高祖和魏武帝也曾几次遇到惨败。如今因为各位将领的失策，加上天时不利，所以不得不迁都回到原来的楚地。而这帮小人还议论纷纷，妄自兴起异议！现在正应当用严峻的刑罚纠正这一风气，不能再施以宽仁。”桓玄左右随从都称呼桓玄为“桓诏”。桓胤劝谏道：“诏是用于辞令的词，不能当作称谓。汉魏时代的君主都没有这样的称呼，只听说过北方的胡虏称苻坚为“苻诏”而已。希望陛下遵循古代帝王的法则，让今后万世可以效法。”桓玄说：“这称呼已经习惯了，现在再宣诏取消它，只怕更不吉祥。如果一定得改，可以等到事情平定以后再说。”荆、江二州的郡县听说桓玄逃亡回来，有不少人上表慰问皇上的起居。桓玄全不接受，让他们改成向他庆贺转迁新都。

当初，王谧是桓玄的佐命元首大臣。桓玄受禅时，是王谧亲手解下晋安帝的御玺印绶。桓玄失败时，大家都认为王谧罪该万死，但刘裕特别保全了他。刘毅曾在朝会上，问王谧御玺和印绶现在哪里。王谧内心非常紧张。比及王愉父子被杀时，王谧的堂弟王谌跟王谧说：“王驹无罪，而刘裕他们把他杀了。这是剪除胜过自己的人，以杜绝民望。兄长不但是桓氏的党附，而且名位又这么高，难道还能躲得过吗？”王驹是王愉的小字。王谧非常恐惧，便逃到曲阿去。刘裕写信给武陵王司马遵，力保王谧。司马遵只好迎接他回来复位。

桓玄兄长的儿子桓歆带领氐人领袖杨秋入寇历阳。魏咏之率领诸葛长民、刘敬宣、刘钟一道将他们打败，并在练固杀了杨秋。魏咏之又在历阳打败桓歆，接着诸葛长民在芍陂又再败桓歆。桓歆单马渡过淮河逃走。

桓玄派武卫将军庾稚祖和江夏太守桓道恭率领几千人帮何澹之及前将军郭铨和江州刺史郭昶之等人共同守卫湓口。何无忌和刘道规的大军来到桑落洲。四月二十三，何澹之等人率领水师开战。何澹之平常所乘坐的战船羽仪旗帜十分丰盛。何无忌看到那船后说：“贼帅必定不在那里。他们不过想诈我而已。我们应当开始猛攻。”大家说：“何澹之不在那船上，即使得到它也没什么好处。”何无忌说：“现在我们众寡不敌，胜利没有把握。何澹之既然不在这船上，那么船上的士兵必定虚弱。我用精兵攻打它，一定能够得手。一旦得手，对方的势头就瘪了，而我们的士气则倍增。然后乘胜进军，一定可以击败贼兵。”刘道规说：“有道理！”便前往猛攻并夺得那只战船。义军然后趁机传呼说：“已捉得何澹之了！”何澹之的水师大为惊扰。何无忌的部众也以为真是这样，果然士气倍增，乘胜进攻何澹之等人，结果把他们打得落花流水。何无忌等人因此攻克了湓口，进据寻阳。何无忌接着派遣使者奉送宗庙的神像以及武康公主和琅邪王妃回到京师。朝廷于是加刘裕负责江州的军事。

在桑落战役中，桓玄的部将胡藩所乘的战船被义军烧毁，胡藩全身披铠摔入水中，在水下潜行了三十多步，然后才得以登岸。当时江陵道路已经断绝，胡藩只好回到豫章。刘裕历来听说胡藩为人忠义正直，便请他来参议军事。

桓玄回到荆郢一带后，召募水军制造楼船、器械，收集荆州的兵马。不到一个月，又有了部众二万人，楼船和器械也都十分丰盛。桓玄跟他的党羽们说：“爱卿们选择了正路，跟从朕躬。京都下头那些窃取高位的人正准备到我的军门来谢罪时，看到爱卿们进入了石头城，会觉得就像天兵下降一般。”四月二十七，桓玄又率领各路大军挟持着晋安帝东下。桓玄带着二百艘战船从江陵出发，任命苻宏为梁州刺史，派苻宏和羊僧寿为前锋。桓玄还任命鄱阳太守徐放为散骑常侍，想派他去游说刘裕的部队。他跟徐放说：“他们那些人不识天命，做了如此狂妄的事来，因此惧怕大祸而聚结一块，不能自拔。爱卿是三州所信赖的人，你可以去向他们表明朕的心意。如果对方愿意退兵解散，朕将会让他们重新开始，各自可以得到一定的职位和任命，不会让他们失望的。江水就在这里，朕不食言。”徐放答道：“刘裕为首倡的领袖，刘毅的兄长被陛下杀了，这两人是游说不了的。我将会申明圣旨给何无忌。”桓玄说：“爱卿的使命如果成功，朕将让你为吴兴太守。”徐放于是受命，来到何无忌的部队。

同时，刘裕任命诸葛长民负责淮北的军事，出镇山阳；任命刘敬宣为江州刺史。

刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌人孟怀玉率领部众从寻阳西上。五月十七，与桓玄在峥嵘洲相遇。刘毅等人的兵力不满万人，而桓玄的士兵有好几万，大家都很害怕，想退回到寻阳。刘道规说：“不能退回！彼众我寡，强弱异势。现在我们如果畏惧不进，必然会被对方趁势打败。这样即使退到寻阳，又岂能坚守得住！桓玄虽然外头有点英雄豪杰的虚名，其实内心十分胆怯。加上他先前已经失败逃亡，他的部众已经没有拼死的决心了。两军对阵，将领勇猛的才会战胜，不在人数的多少。”刘道规因此麾众首先前进，刘毅等人跟了上去。桓玄经常在他的大战船边侧荡漾着他的小船，随时准备败逃，所以他的部众也都没有斗志。刘毅等人趁风纵火，无不争先。桓玄的部众因此大为溃败，烧了辎重连夜逃遁。郭铨前往刘毅那里请降。桓玄故将刘统和冯稚等人聚集了四百人袭破寻阳城，但刘毅派建威将军刘怀肃把他打败。刘怀肃是刘怀敬的弟弟。

桓玄挟持着晋安帝乘着一艘孤船往西逃走，把永安何皇后和王皇后留在巴陵。殷仲文当时在桓玄的船上，借口请求到其它船上去收集散卒，因此趁机背叛桓玄，带着两位皇后逃到夏口，然后回到建康。

五月二十三，桓玄和晋安帝回到江陵。冯该劝他继续作战，但桓玄不肯。他想逃到汉中投奔桓希，但人情乖戾沮丧，号令不行。第二天夜里，桓玄准备好了打算出发，城内却已经乱了。桓玄只好和亲近心腹一百多人乘马从城西逃走。抵达城门时，左右随从中有人在暗中想砍死桓玄，但没有砍中。于是他的党徒们自相残杀，前后尸体交横。桓玄勉强得以上船，左右随从都分散了，只有卞范之在身边。

五月二十五，荆州别驾王康产带着晋安帝进入南郡府舍，太守王腾之带领文武官员作为晋安帝的侍卫。

桓玄快到汉中时，毛璩弟弟的儿子屯骑校尉毛修之派人引诱桓玄入蜀，桓玄答应了。宁州刺史毛璠是毛璩的弟弟，死在任上。毛璩派他兄长的孙子毛祐之和参军费恬带领几百人，送毛璠的棺柩回江陵。五月二十六，他们和桓玄一行在枚回洲相遇。毛祐之和费恬迎击桓玄，矢下如雨。桓玄的嬖人丁仙期和万盖等人用自己的身体蔽护桓玄，结果都被箭射死。桓玄身上也中了箭，他儿子桓昇当即把箭拔去。益州督护汉嘉人冯迁抽刀上前，桓玄拔下头上的玉导给他，想收买冯迁，但冯迁不肯接受。桓玄责问道：“你是何人？敢杀天子！”冯迁说：“我杀的只是天子之贼而已。”于是当场把桓玄杀了。桓玄死时三十六岁。他们同时还杀了桓石康和桓浚等五人并砍下他们的首级，庾颐之则战死。桓昇说：“我是豫章王，请诸君手下留情。”毛祐之他们于是将桓昇送到江陵，在那里的东市处斩。

这月，王腾之带着晋安帝的乘舆来到江陵，入居太府。桓谦同时聚众沮中，为桓玄举哀。朝廷任命毛修之为骁骑将军。五月二十八，朝廷大赦，对那些被威逼而跟从桓玄的人一无所问。七月二十三，朝廷护送先帝们的神像回太庙。刘毅等人传送桓玄的首级，挂在建康南城门朱雀门外的浮桥上示众。观看的百姓无不欢欣庆幸。

当初，桓玄在宫中，总觉得内心不安，好似被鬼神所困扰。他跟亲信说：“我担心自己会死，所以和时间竞赛。”元兴中年（403），衡阳地区有雌鸡化为雄鸡，八十天以后鸡冠萎缩。比及桓玄建国于楚，衡阳属于楚地。他从篡位直到败亡，历时共八十天。当时有童谣说：“长干巷，巷长干，今年杀郎君，后年斩诸桓。”他的凶兆符会就是这样。郎君指的是司马元显。

要想知道桓玄余党和刘裕以后的情况，请看下篇文章。