公元398十一月，东晋在荆州起兵的危机暂告结束后，任命晋安帝弟弟琅邪王司马德文为卫将军、开府仪同三司，任命征虏将军司马元显为中领军，任命领军将军王雅为尚书左仆射。

当初，琅邪人孙泰跟从钱唐人杜子恭学习妖术。杜子恭有秘术，曾向人借过一把瓜刀。刀主向他讨回，杜子恭说：“马上就还。”不久后刀主行船到嘉兴，有一条鱼跃入船中。刀主破开鱼肚，瓜刀就在里头。他的神奇往往如此。杜子恭死后，孙泰自称得到了他的真传。孙泰虚浮狡诈，有点小才。他欺骗引诱百姓，很多愚昧的人把他当作神来崇拜。他们都倾尽财产或奉送子女给孙泰，以祈求福庆。信奉他的百姓日益增多。当时担任左仆射的王珣非常担心，劝相国司马道子把孙泰流放到广州去。广州刺史王怀之居然任命孙泰为郁林太守，南越的地方也都归他管。太子少傅王雅最早跟孙泰关系密切，便向孝武帝进言说孙泰知道养性的秘方，孝武帝因此把他从南方召回。司马道子接着任命孙泰为徐州主簿，于是他继续用道术迷惑士大夫和平民。孙泰后来升迁为辅国将军兼新安太守。王恭威逼京师时，孙泰私下纠合义兵，得到几千人，帮助朝廷讨伐王恭。黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等人都很尽心地侍奉他，会稽世子司马元显也多次去见孙泰，想得到他的秘术。孙泰看到战乱又在兴起，便以为晋的国运即将终结，便煽动百姓，私下聚集门徒部众，还集资了不计其数的钱财。三吴地区的士大夫和平民很多都跟从他。当时朝廷大臣们都担心孙泰为乱，但因为他和司马元显关系密切，所以大家都不敢说什么。会稽内史谢輶发现了孙泰的阴谋。这年十二月二十二，会稽王司马道子让司马元显把孙泰引诱进京，然后把他杀了，连同他的六个儿子。

孙泰兄长的儿子孙恩字灵秀，在孙泰被杀后入海逃亡。很多愚昧的平民还以为孙泰蝉蜕脱逃，并没有死去，便到海上资助孙恩。孙恩因而聚合亡命之徒，得到一百多人，想要复仇。

公元399正月初五，东晋大赦。

三月二十三，晋安帝追尊生母陈夫人为德皇太后。同时，会稽王司马道子生了病，而且天天醉酒。世子司马元显知道他在朝廷的声望已经完全失去，便暗示朝廷解除司马道子司徒兼扬州刺史的官职。四月初十，朝廷任命司马元显为扬州刺史。司马道子酒醒后知道了，非常生气但又无可奈何。司马元显用庐江太守会稽人张法顺为谋主，多方树立自己的亲信党羽，大臣们都因为害怕而侍奉他。

司马元显知道自己年少，不想一下子身居重任。六月初四，朝廷根据他的意旨任命琅邪王司马德文为司徒。

司马元显禀性苛刻，生杀任意。他还将东部各郡县被解除奴隶身份改为佃户的一大批号称“乐属”的人，移到京师来，以补充兵役。那些失去佃户耕作农田的百姓抱怨连天。

十月，孙恩趁着民心骚动，从海岛带领他的党羽杀了上虞县令，然后进攻会稽。会稽内史王凝之是王羲之的儿子。他信奉天师道，既不出兵，也不设防，每天都在道室里跪拜念咒。他的部属请求出兵讨伐孙恩，王凝之说：“我已请求天师大道，借了鬼兵守卫各个要津，每个地方都有几万。贼兵不足担忧。”等到孙恩逐渐逼近，他才允许士兵出战，结果孙恩已经来到郡下。十一月初二，孙恩攻陷会稽，王凝之逃走，但被孙恩抓获杀了，连同他的几个儿子。王凝之的妻子谢道蕴是谢奕的女儿，听说贼寇来到，毫不慌张，举止自若。她命令婢女用轿子抬着自己，抽刀出门，亲手杀了几人后才被抓住。吴国内史桓谦、临海太守新秦人王崇、义兴太守魏隐都弃郡逃走。于是会稽人谢鍼，吴郡人陆瑰、吴兴人丘尫、义兴人许允之、临海人周胄、永嘉人张永等以及东阳和新安一共八郡民众，纷纷起兵，杀了地方官吏响应孙恩。于是孙恩的势力在短短大十几天里，达到几十万人。吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲、张琨、中书郎孔道等人都被孙恩的党羽所杀。谢邈和谢冲都是谢安弟弟的儿子。当时三吴地区太平日子已经过了很久，民众都不习惯征战，所以郡县的士兵无不望风逃溃。孙恩占据会稽之后，自称征东将军，逼迫知名人士作为他的部属，称呼他的党羽为“长生人”。民众不肯和他同流合污的，都被他们杀害，连婴孩也不放过，那一带的百姓死者多达什之七、八。孙恩的党徒还将各个县令剁为碎肉去喂食他们的妻子。不肯食用的，他们就当即把她们肢解了。这些强盗在他们经过的地方掠夺财物，烧毁房屋，焚坏仓粮，砍倒树木，填平水井。然后他们到会稽相聚。有很多带着婴儿不能逃走的妇女将孩子投进水中，说：“祝贺你先登上仙堂，我很快就来找你。”孙恩上表指控会稽王司马道子和世子司马元显的罪状，请朝廷诛杀他们。

自从晋安帝即位以来，朝廷内外一片混乱，情势有点奇特。石头城以南都被荆、江二州控制，以西被豫州控制，京口以及江北则被刘牢之和广陵相高雅之控制。朝廷所能控制的，只有三吴地区而已。待到孙恩作乱时，三吴八郡又都被孙恩占有，京畿以内的各个县城，盗贼到处都是。孙恩的党羽也有潜伏在建康的，因此京师人心惶惶。考虑到随时都会发生变故，朝廷于是宣布内外戒严。朝廷还加司马道子黄钺，任命司马元显为领中军将军，任命徐州刺史谢琰并兼负责吴兴和义兴的军事，前去讨伐孙恩。刘牢之也发兵讨伐孙恩，拜表后当即上路。

十二月，谢琰出兵杀了义兴的叛匪许允之，迎接义兴太守魏隐回到郡守。然后他又进击并打败吴兴的丘尫，与刘牢之转战南北，所向披靡。谢琰留驻在乌程，派司马高素去协助刘牢之，进临浙江。朝廷下诏任命刘牢之负责吴都的军事。

当初，彭城人刘裕字德舆，小名寄奴，是彭城县绥舆里人。他的祖先是汉高祖弟弟楚元王刘交的后代。刘裕曾祖父刘混刚过江时，居住在晋陵郡丹徒县的京口里，曾担任武原县令。他祖父刘靖曾担任过东安太守，他父亲刘翘担任过郡功曹。刘裕生于晋哀帝兴宁元年（363）三月十六夜。他一出生母亲就死了。父亲刘翘侨居在京口，因为家里非常贫穷，打算将婴儿抛弃了。同郡人刘怀敬的母亲，是刘裕的堂伯母。她刚生下刘怀敬不久，便赶到京口去，断了刘怀敬的奶而去哺乳刘裕。刘裕成年后，身高七尺六寸（相当于现在的1米78），风骨奇特。刘裕家贫，少年时就勇敢健壮，胸有大志，不讲究小节。他事奉继母以孝顺著称。他仅认识一些简单的文字，以卖鞋为业，喜好樗蒲（当时一种时髦的赌博）和棋戏，因此被乡里人看不起。刘牢之出兵攻击孙恩时，请刘裕来参谋军事，让他带上几十人去侦察贼情。刘裕遇上几千贼兵，当即迎击他们。刘裕的士兵都战死了，只剩下刘裕一人。他从悬崖上跳入水中，贼兵在岸边也想下水追杀他。刘裕奋起长刀左右厮杀，杀死好几个人，然后登上岸来，仍然大呼杀敌。上千贼兵居然不敌他一人，纷纷退下。被刘裕杀死杀伤的很多。刘牢之的儿子刘敬宣奇怪刘裕这么久了还不回来，带兵去寻找他，结果亲眼看见刘裕一个人和一千多人对敌，大家无不惊叹。刘敬宣因而趁机进击贼兵，把他们彻底打垮，杀死和俘虏了一千多人。

当初，孙恩听说三吴八郡都起来响应，便跟部属们说：“天下没有大事了。我将和诸位穿着朝服上建康。”后来听说刘牢之来到长江边，孙恩说：“我即使割让浙江以东，也不失成为当年的句践！”十二月二十七，刘牢之带兵渡过长江。孙恩知道后说：“寡人对逃走不感到害羞。”于是驱遣了男女二十多万口人往东逃跑，一路上抛下宝物和女子在道上。官府的士兵见了，争相抢夺，孙恩因而得以逃脱，再次逃入海岛。高素在山阴打败孙恩的余党，杀了孙恩任命的吴郡太守陆瑰、吴兴太守丘尫、馀姚令吴兴人沈穆夫。

东部地区遭到战乱，百姓企盼官军的到来。后来刘牢之等人放纵士兵暴掠，东部地区的士大夫和平民大失所望，各个郡县的城里再次没了人迹，一个多月后才稍稍有人回来。朝廷担忧孙恩又会回来，便任命谢琰为会稽太守，负责五郡的军事，率领徐州的文武官员卫戍海浦。

朝廷接着任命司马元显负责尚书事务。当时人们称司马道子为东录，称司马元显为西录。西府门前车水马龙，而东府门前门可罗雀。司马元显没有良师益友，所亲信的都是些佞谀小人，要么自以为是一时英杰，要么自以为是风流名士。于是司马元显日益骄奢淫逸，暗示礼官建立礼仪规定，以为自己德隆望重，现在既然统领百官，大臣们则应当尽到对他的礼数。于是公卿以下的官员，见到司马元显无不下拜。当时多次进行军事征战，国库空虚，从司徒开始，下面的百官每天只有七升粮食，而司马元显却聚敛不已，富裕超过皇室。

再回到荆州这边。殷仲堪担心桓玄过分跋扈，便和杨佺期结党互为援助。杨佺期屡次要进攻桓玄，殷仲堪总是抑止他。桓玄担心最终会被殷、杨所灭，便上告朝廷执政，请求增加扩大他所统治的范围。司马元显也想和他勾结，使他背离殷仲堪，便加桓玄负责荆州四郡的军事，又任命桓玄的兄长桓伟取代杨佺期的兄长杨广为南蛮校尉。杨佺期因此更加愤恨恐惧。杨广想要抵制桓伟，但殷仲堪不答应，改任杨广为宜都和建平二郡太守。杨孜敬先前担任江夏相，桓玄派兵奇袭他后将他劫持，强迫他担任自己的咨议参军。

杨佺期在建牙动员军队，扬言说是要去支援洛阳，其实打算和殷仲堪一道去偷袭桓玄。殷仲堪虽然外结杨佺期而内心却怀疑他的用心，便苦心劝阻他。杨佺期像一只控制不住的猛虎，殷仲堪于是派他堂弟殷遹进驻北边境界，想要遏止杨佺期。杨佺期因为不能独自举事，又猜不透殷仲堪的本意，只好罢兵。

殷仲堪生性多疑，却缺少决断。咨议参军罗企生跟他弟弟罗遵生说：“殷侯仁慈而没有决断，必然迟早会遭难。我蒙受他的知遇大恩，于情于义都不能抛下他自己离去。我将必死无疑。”

这年，荆州发大水，平地的水都高达三丈。殷仲堪将仓库中的粮食全部拿出来赈济饥民。桓玄想乘虚进攻他，便发兵西上，也扬言说是为了救洛阳。他写信给殷仲堪说：“杨佺期深受国恩而背弃朝廷，我们应当共同向他问罪。如今我准备进入沔水一带讨伐杨佺期，现在已经驻兵江口。足下的见解如果和我一样，那么可以收捕杨广，把他杀了。如果不肯这么做，我将当即率兵进入长江。”当时巴陵有积累的军粮，桓玄便先派兵袭击并夺取了它。适逢梁州刺史郭铨前往他的镇所，路经夏口。桓玄诈称朝廷派遣郭铨作为自己的前锋，便把江夏的部队交给他，让他监督各路大军同时并进，并密报他的兄长桓伟，让他作为内应。桓伟惶恐紧张得不知道该怎么办，最后竟拿着桓玄的信给殷仲堪看。殷仲堪便逮捕了桓伟作为人质，叫他写信给桓玄，用辞十分悲苦恳切。桓玄不当作一回事地说：“殷仲堪为人没有决断，经常抱着成败的两手准备，总是为儿子们考虑。我的兄长实在没什么好担忧的。”

殷仲堪派殷遹率领水军七千人抵达西江口。桓玄派郭铨和苻宏出击，结果殷遹等人败走。桓玄驻扎在巴陵，食用那里的军粮。殷仲堪派杨广以及自己弟弟的儿子殷道护等人前去抗拒，结果都被桓玄打败。整个江陵因此震骇。城中缺乏粮食，只能用胡麻果实来供给将士。桓玄乘胜来到零口，离江陵只有二十里。殷仲堪急召杨佺期前来相救。杨佺期说：“江陵没有粮食，用什么来抵抗敌人！殷君可以来投奔我，共同守卫襄阳。”殷仲堪一心打算靠全部军队保卫州境，不想放弃荆州逃走，便派人骗他说：“前不久收集了很多粮食，现已有足够的储备。”杨佺期信以为然，便率领步骑八千，大事声张地来到江陵。但殷仲堪只能用米饭来犒饷他的军队。杨佺期大怒道：“现在肯定要败了！”于是不去拜见殷仲堪，而直接和他兄长杨广共同去攻击桓玄。桓玄害怕他的勇锐，便退军到马头。第二天，杨佺期带兵猛攻郭铨，几乎俘虏了他。适逢桓玄大军来到，杨佺期结果大败，只带着少数随骑逃往襄阳。殷仲堪则逃到酂城。桓玄派将军冯该追赶杨佺期和杨广，把他们都俘虏后杀了，然后将他们的首级送到建康。杨佺期的弟弟杨思平、堂弟杨尚保和杨孜敬都逃入南蛮山中。殷仲堪听说杨佺期死了，便带着上百人想逃奔长安。抵达冠军城时，被冯该追上捕获。回到柞溪时，冯该显然依据桓玄的旨意逼迫他自杀，并杀了殷道护。殷仲堪信奉天师道，经常祈祷敬请鬼神，在这方面挺舍得花钱，但在周济困急方面却做得不够。他喜欢用小恩小惠取悦他人，有时还亲自为病人诊脉分药。他在小计策上倒是十分详密周到，但在大策略上却有欠考虑，所以最终导致失败。

殷仲堪逃走时，文武随从中没有几个相送的人，只有罗企生跟着他。路经家门时，他弟弟罗遵生跟他说：“我们兄弟如今生离死别，何不牵一牵手！”罗企生停下马伸手给他，罗遵生很有力气，趁机把他拉下马来，说；“家有老母，你怎么能就这样走了？”罗企生流着眼泪说道：“今日的事，我必死无疑。你们等人奉养老母，不失作儿子的孝道。一门之中，有忠与孝，还有什么遗恨！”罗遵生将他抱住紧紧不放。殷仲堪在路上等待，见罗企生一时脱不了身，便策马离去。比及桓玄来到江陵，荆州的知名人士无不往拜谒桓玄，只有罗企生不去，而是忙于营理殷仲堪的家事。有人说：“先生这么做，必定会大祸来临！”罗企生答道：“殷侯以国士待我。我被弟弟拉住，不能和他共同殄灭逆臣，还有什么面目去投靠桓玄而求生！”桓玄听说后，非常生气。然而他对待罗企生历来仁厚，便先派人跟他说：“如果来向我请罪致歉，我将会原谅你。”罗企生说：“我身为殷荆州的部吏，荆州失败，我不能相救，还怎能向你请罪！”桓玄于是逮捕了他，然后又让人问罗企生还有什么话说。罗企生说；“晋文帝杀了嵇康，而嵇绍却成为晋的忠臣。我想请求明公留下一个弟弟瞻养老母！”桓玄答应了他。他又把罗企生带到面前，问他说：“我与先生相遇，关系一直很好。为什么要背弃我？现在一定要死吗？”罗企生答道：“使君发动了晋阳的军队，驻军在寻阳。后来共同奉领王命，各自回到镇所，还升坛盟誓。然而誓血未干，使君却心生奸计。我只是悲伤自己的拙劣，不能翦灭逆臣，恨死得太晚而已。”桓玄于是赦免了他弟弟而杀了罗企生。他死时三十七岁，大家都悼念他。先前，桓玄曾赠送罗企生的母亲胡氏一件羊羔的毛裘。当罗企生遇害时，他母亲当天就把这件毛裘给烧了。

要想知道桓玄以后的情况，请看下篇文章。