但太平天国的兴起, 严重威胁了清朝的统治。太平军极盛的时候，控制了长江中下游的广大地区。洪天王的北伐军，一度打到离北京不远的天津城。而清朝所倚靠的正规力量，如绿营八旗等，早已腐朽不堪，除个别的精锐如僧格林森部外，对太平军是望风而逃。
正所谓福无双至祸不单行。正在清政府焦头烂额的时候外面又出事了。1856年，英法强迫清朝增开通商口岸不成，趁火打劫发动第二次鸦片战争。1860年英法联军攻陷北京，火烧圆明园，咸丰皇帝出逃热河，举国震动。1861年清朝被迫签订不平等的北京条约。割让外东北的领土与沙俄，开放更多的贸易权利给英法美等列强，局势才有所缓解。
在这种情况下，清政府已经自顾不暇，只能病急乱投医。尽快平定太平军成了当务之急,死板的祖制也无恪守的必要。1860年，清政府正式赋予曾国藩两江总督之职。主管四省军部，即江苏安徽江西浙江的军队统一受曾大帅的指挥。
曾国藩从此平步青云，成为清代有史以来地位最高的汉臣。当然，曾国藩不是一个人在战斗。他手下还有很多幕僚将令下属等等。所谓一人得道鸡犬升天，曾大帅推荐了大批幕僚去当官，其中很多都是管辖一方的总督巡抚。他们将在晚清的历史上占据一席重要的位置，如李鸿章左宗棠等等，这些将在以后提及。
1861年，咸丰皇帝病死。年仅5岁的同治皇帝即位后，他的母亲那拉氏，时称慈禧太后，临朝听政。
大清的掌门人换人了，但朝廷对曾国藩更加倚重，给予了曾大帅很大的财政，用兵，人事的自主权。
在清政府的支持下，曾国藩对太平天国发动了总攻。1864年，清军夺回南京,洪秀全死，太平天国覆灭。
太平天国运动波及大半个中国，给于清政府以沉重打击。它的覆灭让大清皇朝能暂时喘口气。虽然战后重建工作依然任重而道远，但至少东南的税收又能收上来了。清朝的大老爷们又可以继续玩鸟笼，溜俊马，优哉游哉，不亦乐乎。那么，他们是否可以从此高枕无忧呢？