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　　同治年间，阿古柏趁清政府无暇外顾之机，侵占新疆。沙俄趁火打劫，于1871年(同治十年)侵占伊犁，并向准噶尔盆地渗透。但是当时东南沿海防务也十分紧张，清政府不像现在的美帝，拥有同时打赢两场局部战争的能力，必须在“海防”与“塞防”之间做出优先抉择。

　　投降派李鸿章认为：“新疆乃化外之地，茫茫沙漠，赤地千里，土地瘠薄，人烟稀少。乾隆年间平定新疆，倾全国之力，徒然收数千里旷地，增加千百万开支，实在得不偿失。新疆不复，与肢体之元气无伤，收回伊犁，更是不如不收回为好。”

　　左宗棠说“天山南北两路粮产丰富，瓜果累累，牛羊遍野，牧马成群。煤、铁、金、银、玉石藏量极为丰富。所谓千里荒漠，实为聚宝之盆。”从战略意义上考虑：“我朝定鼎燕都，蒙部环卫北方，百数十年无烽燧之警……是故重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师。……若新疆不固，则蒙部不安，匪特陕、甘、山西各边时虞侵轶，防不胜防……。而况今之与昔，事势攸关。俄人拓境日广，由西向东万余里，与我北境相连。徙薪宜远，曲突宜先，尤不可不豫为绸缪者也。”面对举棋不定的清廷，左宗棠慷慨陈词，坚决主张打击沙俄气焰：“若此时即拟停兵节饷，自撤藩篱，则我退寸，而寇进尺。”

　　1875年，朝廷正式任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。左宗棠采用“缓进速决”的战略战策。所谓“缓进”就是要用一年半的时间筹措军饷，积草屯粮，调集军队，操练将士，作好充分的准备。而且面对艰苦的条件，必须对部队进行整编，不愿去的可以发路费回家，以确保出塞之师的斗志和士气。为了对付阿古柏匪徒的洋枪洋炮，左宗棠从广州、浙江调来专家和熟练工人，在兰州造出大量先进武器，还仿造了德国的螺丝炮和后膛七响枪，改造了中国的劈山炮和广东无壳抬枪。经过一段时间扩充军备，已有了一批威力较强的轻重武器。可以说这时左宗棠的部队已经是接近近代军队了，火器占的比重相当大。

　　左宗棠认识到这场战争将是“拼经济”“拼后勤”的战争，他要求精简部队，速战速决，而且对军粮运输非常关注。左宗棠事先命西征军前锋部队驻军哈密并兴修水利、屯田积谷。仅1876年一年就收获粮食五千一百六十余石，基本上可以解决该部半年军粮所需。

　　左宗棠令刘锦棠率所部湘军分批出嘉峪关，经哈密前往巴里坤，会合金顺所部先取北路；命张曜部固守哈密，防敌由吐鲁番东犯。阿古柏得悉清军西进，即由阿克苏赶至托克逊部署防御：以白彦虎等率部分兵力防守乌鲁木齐等北疆要地，阻击清军；以一部兵力防守胜金台、辟展一线；主力2万余人分守达坂、吐鲁番、托克逊，成犄角之势。1876年8月上旬，刘锦棠、金顺二部清军从阜康出发，采取声东击西的战法，避开供水困难的大道，走虽然敌人严密防守但水源充足的小道，出敌意外地迫近乌鲁木齐北面重地古牧地。扫清敌外围据点后，用大炮轰塌城墙，17日从缺口冲入城内，一举歼敌5000余人，并乘胜于18日收复乌鲁木齐。尔后，左宗棠命刘锦部驻守乌鲁木齐，防止阿古柏军北犯，并继续清剿山中残敌；命金顺挥军西进。9月初，金顺部开始攻玛纳斯南城，月余不克。后刘锦棠、伊犁将军荣全先后增援会攻，于11月6日占领该城。至此，天山北路为阿古柏军占领之地全部收复。时临冬季，大雪封山，刘锦棠等就地筹粮整军，以待来年进军南疆。

　　左宗棠的并没有就此停止，他的心思转到如何保证新疆的长治久安上面。左宗棠设立善后局，重建地方秩序，医治战争创伤，发展生产，恢复经济。一方面招抚当地流散人员，给予土地耕种，另一方面招募内地人民，收留清军中老弱士卒，鼓励地方军队中有妻室者解甲归田。务农人员的增加和内地先进农业技术的传播，给新疆各地恢复和发展生产带来了活力。左宗棠始终把“兴修水利以除民患”，列入“最为切要之务”。荒地开垦为良田，戈壁变成了绿洲，新疆各族人民过上了安居乐业的太平生活。这些举措为稳定局势、恢复经济发挥了作用。