1997年11月，杨尚昆就自己的日记，向中央政治局请示："我身体极度虚弱，有可能去见马克思，如何处理有关我的日记资料档案？"李鹏代表中央政治局常委会告知杨尚昆："现在工作繁多，也很复杂，还是你保管好。"

1998 年3月2日，在中共第十五届第三次全会后，杨尚昆又提出有关资料问题。中共中央主席江泽民代表中央政治局常委会，对杨尚昆说："常委和部分政治局委员都看过，还是由你保存比较合适，考虑到多个方面：党内团结、党的形象、邓小平同志功过评价、等方面。"直至杨尚昆逝世后，他的日记一直由中央政治局属下的机要局保管。

2009年3月，中共对杨尚昆日记作了启封，有限范围作党史研讨，不作政治结论。

1989年4月8日上午9时，耀邦在出席中共中央政治局第17次会议时，突感胸闷难受，经过一时抢救后住院，直至4月15日突然逝世。在这七天中，中央医疗小组先后在4月12日、4月14日和4月15日发出三次病危通知。

1989年4月13日，邓小平在家召开中央政治局会议。会上，李鹏和乔石提出："小平同志能否安排到医院探望一下耀邦？"邓小平迟疑一下说："我可不是大夫。他的情况我了解，不是大病，住几天医院就好了。"

1989年4月14日，在医院第二次发出胡耀邦病危通知后，江泽民，李鹏，乔石，杨尚昆等联署上书邓小平："盼小平能到医院看望自己五十年的战友。"邓小平委托邓林传话："我从不勉强别人，也不希望别人来勉强自己。"

1989年4月15日，胡耀邦逝世。19日，中央政治局请示邓小平的意见："是否出席耀邦同志的追悼会，是否由邓小平致悼词？"邓小平口述指示："不要唯心，也不要勉强"，"紫阳致悼词便可，我身体不好，就不便去了"。但4月22日邓小平在卓琳的劝说下，还是参加了胡耀邦的追悼会。

1988年7月13日—8月24日，杨尚昆去胡耀邦家六次，每次长谈约五个小时。

以下是杨尚昆日记中，有关胡耀邦与杨尚昆谈话的部分摘录：

1988年7月14日："耀邦告诉我，没想到小平同志这么霸道，听不得任何的不同意见。竟然搞垂帘听政。很后悔采用卑鄙手段搞倒华国锋，扶持邓小平。耀邦说，西单民主墙就是在邓小平的怂恿下搞起来的，目的就是搞臭华国锋，让邓小平上台。但没想到，邓小平上台后便把民主墙封掉了，把魏京生也抓进了大牢。"

1988年7月19日：“耀邦告诉我，1976年四五事件也是邓小平怂恿他搞起来了的。他已经与作家师东兵在88年3月和4月两次谈过四五事件的来龙去脉。是秘密地在家里与师东兵见的面，连家人和秘书都瞒住了。耀邦告诉我，76年1月15日，邓小平在周总理追悼会上致完悼词后。找到我，说，今天我给总理致悼词，或许我们死后就没有人给我们致悼词了。我们不能坐以待毙，要搞点行动。3月中旬，邓又找到我，说他的孩子听人说，4月5日清明期间，有人决定去天安门给总理送花圈。这是个好机会，要想办法把事情搞大，给主席一个刺激，证明并不是人人都听他的。耀邦又说，小平让我找几个干部子女，让他们去工人中间鼓动一下，把矛头对准江青和张春桥。但有个别人把矛头对准主席，这也是我们没有料到的。另外，那些人又大搞打砸抢，打伤了许多的解放军，小平后来也很生气。认为这是让他下台的直接导火线。这也是后来我们没有给四五高调平反的原因。因为如果那几个人如果不把矛头对准主席，不搞打砸抢，主席根本就不会让小平下台。而他就会在政治局会议上反击江青和张春桥了。

76年4月5日邓小平专门坐车去了天安门一趟，观察广场的动静。回来后，透过家人对我说，广场人很多，干得好！但他谎称是去北京饭店理发的。其实邓小平一直都是让北京饭店的师傅去他家理发。”

1988年8月5日："又和耀邦见了一面，耀邦说，小平是过河拆桥式的人，你要当心。同时，耀邦又向我透露了一件大事，说这是他最见不得人的事件，不说出来对不起自己的良心。80年4月，我们当时以清理‘三种人’为理由，将北京市公安部门24名科级到处级的干部骗到云南大理秘密枪决，当时还派了王震去现场观看。我问，为啥子秘密枪决他们，他们犯了啥子罪？耀邦说，他们当时掌握了我和小平是76年四五事件幕后指挥的证据。另外，有些人也掌握了邓榕和其他的高干联动成员是1966年8月5日打死北京师范大学附属女子中学副校长卞仲耘凶手的证据。当然，还有人也掌握了联动成员于66年8月在北京大兴县杀死大批所谓的“黑五类”人员的证据。我说，我知道这件事，杀人的主谋高福兴和胡德福不是当时就被判刑了么？耀邦说，是呀，可高福兴和胡德福在75年9月突然翻供了，说是联动成员干的。他们是冤枉的。但75年9月小平同志已是政治局常委，把这件事压下来了。83年小平指示我给高福兴和胡德福平反，我便照着做了。但北京市公安部门的几个干部秘密向这些“黑五类”人员的家属通风报信，结果这些家属便起来闹事，反对给高福兴和胡德福平反。小平很震怒，指示我将北京市公安部门的这几个干部也作为三种人秘密杀掉。我听了后很震惊，说我们现在讲法治，怎么可以这样随便杀人，四人帮也没有这么干过呀？耀邦说，所以我内心有愧呀。但我已经指示将这24名干部作为因公死亡处理了，也给了他们的家属抚恤金。其中五个干部也授予了烈士称号。"

1988年8月6日：“耀邦说还有一事很后悔，凡是群众给他写信攻击邓小平的，他一律转给公安机关，要求严厉查处，并将查处结果告诉他。结果有300多人被判刑，其中60多人自杀。”

1989年6月23日：“人民军队怎能向人民开枪？我常在总结自己走过的道路。我坚信马克思主义道路，坚信共产主义是人类奋斗理想的目标。改革开放有十年了，可是物价飞涨，官倒横行，人民群众对党和政府强烈不满。64事件中学生是有错，可也不能开枪呀。"

1989年7月15日：“今天，乔石来看我。我直言不讳地告诉他，64事件完全可以避免，小平同志如果有紫阳同志的胸怀，主动让纪检部门调查自己子女的违法乱纪情况，如果属实，甘愿接受党纪国法的惩处，64事件怎能发展到后来的一发不可收拾？”

1992 年11月15日：“我真想不通，白斌只是召开一次权力赋予的军委扩大会议，就是要篡党夺权？你小平连个政治局委员都不是，就可以在家召开政治局常委会议，这又算什么？”

1997年9月26日：“赵紫阳12日给十五大主席团并转交全体代表同志们一封信，要求给64平反。我很佩服紫阳的勇气。认准的事，决不回头。但我不行了。”

1997年12月11日：“今天听绍明说，他听紫阳的二儿子赵二军说，他爸爸已经被完全软禁。连他妈妈出去买菜回来时菜篮子必须经过警卫的检查后才能进院子。紫阳非常愤怒，说这不但侮辱了他的人格，也是对社会主义法治的粗暴践踏。赵二军希望我向中央反映一下，解除紫阳的软禁。但在赵紫阳这件事上，我的话江泽民是听不进去了的。看来只能希望李鹏能过问一下了。”

1998年1月20日：“邓林今天来我住处，一进门便放声大哭，说江泽民要法办邓质方。原来邓质方利用四方公司在北京王府井工程上行贿二千万美元，被人揭发。江泽民不得不下令将邓质方拘留。卓琳去了江泽民处大吵大闹，扬言要自杀。邓林要我找江泽民说说情。我只好给江泽民打了个电话，说手下留情。”

1998年3月25日：“今天北京301医医生蒋彦永来我住处，向我汇报他访问台湾的情况。他汇报完毕后，向我提出了一个问题：我能否把自己真实的想法和经历告诉您？我说当然可以，他便讲述了64期间他抢救被子弹打伤的民众情况，其中还包括一名解放军少校。也谈了他对64的看法。他问我解放军怎么能够向老百姓开枪？我听了以后，无语。他还告诉我，他和其他一些党员起草了一封给人大和政协的信，要求平反64，并从口袋中拿出这封信让我过目，我看了后，过了很久，说，64是我党历史上犯下的最严重的一次错误，我年纪大了，已经无力纠正，但只要共产党是一个坚持实事求是的政党，就一定会纠正这个错误，在适当的时期为64平反。”

1983年11月23日：“今天，看了胡耀邦访问日本的电视报道，没想到他一下飞机便向日本国旗鞠躬，我看他完全没有这个必要。”

1987年9月12日，“听王震说胡耀邦在新疆和西藏乱讲话，激化了汉族和当地民族的矛盾。我也很不满，怪不得有人称他胡乱邦。”