明朝设有宗人府，专门管理皇族本家宗室事宜。又有专门记载皇族宗室繁衍传递和生死娶葬的谱牒，叫做玉牒。玉牒每十年一修，由翰林院的官员专司其职，定期公布。
明朝宗室分为亲王、郡王、镇国将军、辅国将军、奉国将军、镇国中尉、辅国中尉、奉国中尉8等。皇子封亲王，亲王封号用一个字的古国名或地名，如“秦”、“晋”、“荆”等。授金册金宝，每年的俸禄为一万石。王府设置以长史为首的官属，冠冕服饰，车旗仪仗，官邸府第仅比皇帝低一等。公侯大臣拜谒亲王要伏地拜谒，不能平起平坐。一般配属一支编制三千人的护卫队，作为亲王的警卫，多的配备三支这样的护卫队，称为赐三护卫，人数达到九千以至一万人（明史记载为多者至万九千人，到底理解为一万九千人，还是九千至一万人，未见前人明确说明，在下根据三护卫的说法，即使加上增配的军官和后勤人员也不应该超过一万人）。这些军人的军籍直接隶属于兵部，不归王府所在地的都督府管，这些部队是警卫王府的武警部队，不是正规军，而且这种部队的配备和战斗力远比正规部队差，实际上是保安队伍。不过最早朱元璋是分封熟悉军事的皇子在北方的军事要地，都可以干预军务，习惯上叫做“塞王”。封在太原的晋王和封在北京燕王，皆受命指挥边防大军，筑城屯田，大将军冯胜及傅友德，都曾受其节制，军中大事，二王可以直接奏闻。诸子中最有才能的宁王成人之后封在燕晋之间，更向北突出喜峰口附近的大宁，他的三护卫和配备的军官都是精锐之师，还可以指挥人数达八万之多的部队，和燕晋二王共同防御北边元朝残余势力。晋王死在朱元璋之前，宁王被朱棣剥夺了军事指挥权，移封到南昌，此后再也没有可以带兵的王爷了。
亲王嫡长子年至10岁立为王世子，授金册金印，如果世子先于亲王去世，则嫡长孙为世孙，世子，世孙冠服等制度同一品官，他们是亲王位号的合法继承人。亲王的其他诸子年十岁，则授涂金的银册银宝，封为郡王。郡王封号用州县地名或古地名，一般为2个字，如“新平”、“广昌”、“乐安”等。嫡长子为郡王世子，嫡长孙则授长孙，冠服等制度同二品官。他们都是郡王位号的合法继承人。郡王的其他诸子封为镇国将军，郡王之孙封为辅国将军，郡王之曾孙封为奉国将军，郡王四世孙封为镇国中尉，郡王五世孙封为辅国中尉，郡王六世孙以下皆封为奉国中尉，世袭封号。这些宗亲子弟出生时须向专门掌管皇室宗族事务的宗人府请名，年长再请婚，食俸终生，死后复由朝廷祭葬。制度规定，宗室禄给标准，亲王禄米10000石，郡王2000石，镇国将军1000石，辅国将军800石，奉国将军600石，镇国中尉400石，辅国中尉300石，奉国中尉200石。公主及驸马2000石，郡主以下逐级递减。列爵封藩制度作为巩固朱家王朝统治一系列重大措施之一，在明代相沿无改，致使明宗藩世代蕃衍，朱氏子孙遍及全国。
为了维护皇室内部的秩序，朱元璋以祖训的形式严格规定了嫡庶长幼的继承顺序。所以朱棣攻下南京以后，朱允炆放火烧了皇宫不知所终，朱棣一口咬定朱允炆自焚而死，经过一番假惺惺痛哭流涕的表演后才登上皇位。毕竟还放心不下，郑和七次下西洋还有一个秘密任务就是到海外搜寻朱允炆的下落。朱棣的嫡长子朱高炽比较懦弱，人很胖，又有足疾，行动不便，朱棣一直不喜欢他，南下靖难和几次北征都是带着他的亲弟弟朱高煦。朱高煦也确实有几分军事才能，所以朱棣曾私底下答应传位给朱高煦。但是，最终还是朱高炽继承了皇位，除了朱高炽也有才干，靖难之役开始的时候带一万军队抵御李景隆的五十万大军的围城，硬是守住了北京；为人宽厚仁和，善于凝聚人心；朱棣特别喜欢他的儿子朱瞻基（就是后来的明宣宗）这些原因之外，朱棣怕违背祖训也是一个重要原因。首辅杨廷和选择朱厚熜继承皇位也是因为朱厚熜的父亲是明孝宗朱佑樘的大弟弟。后来引发的‘大礼议’，朱厚熜认为自己是继承祖父明宪宗朱见深的皇统（故称之为继统派），和朱佑樘无关，而以杨廷和为首的大臣们之所以敢和皇帝争论，也是因为根据祖训朱厚熜是作为朱佑樘的嗣子继承皇位的（故称之为继嗣派）。明神宗朱翊钧宠爱郑贵妃，很想把皇位传给她的儿子朱常洵，但是朱常洵有个哥哥朱常洛，尽管两人都是庶出，还是有长幼之分。朱翊钧一直不肯立太子，大臣们化了十几年工夫，首辅从申时行到沈一贯换了好几任才把朱常洛的太子名分确定下来。郑贵妃还不死心，让朱常洵呆在北京不走，首辅叶向高软硬兼施，花了九牛二虎之力坚持把朱常洵弄到洛阳就藩。朱由检吊死景山以后，群臣都知道朱常洵的儿子朱由崧不成器，但是按长幼的顺序只能拥立他为皇帝。南京陷落，唐王朱聿键，鲁王朱翊还都只敢称监国，不敢称帝是因为他们都是远支的宗室，只有桂王朱由榔是当时朱翊钧唯一活着的孙子，才有资格称帝。末代靖江王朱亨嘉不是朱元璋的子孙，也自称监国，就被瞿式耜抓起来，投入大狱幽死。皇帝的继承如此，亲王以下各级爵位的继承也是如此，后面将给出一个例子。
朱元璋在大封王子的同时，也采取措施提防藩王割据而威胁中央集权，所以虽然诸王分封各地，拥有王爵的称号，但是在藩府之外，没有封地和臣民，不得干预地方事务，即所谓“惟列爵而不临民，分藩而不锡土”。为了防止亲王和朝臣勾结，还规定亲王每三年才能到北京朝见一次。平时只能在藩府附近活动，外出要记录备案，不得离开藩府远游。配备给藩王官属中的长史之类主要官员，还负有监督藩王的任务，要定期汇报王爷们的表现。所以藩王们实际上只能关起门来称大王，出了府门就不能随心所欲地作威作福了。
由于朱元璋规定宗室不得参加科举考试做官，也不得经商赚取钱财，他们生活来源就是上面所述的按不同爵位享受的多寡不一的年俸。亲王郡王们的日子当然好过，皇帝还赏赐给他们庄田。庄田制度是明朝的一项弊政，下面另行介绍这件事情。但是远支疏族的宗室因为失去谋生手段，就难以维持和皇族相应的体面生活。万历二十三年（1595年）不得参加科举考试的禁令被解除了，天启二年开始为宗室专门举行会试，叫做宗科。