隨著臺灣“三合一”選舉落幕，泛藍力量大勝，民進党的蘇貞昌、謝長廷和遊錫昆都出來道歉，而和他們一樣在選前撕聲竭力的陳水扁卻不見蹤影，陳水扁只是讓身邊的人發表了祝賀所有人當選的簡短的話，到現在為止沒有任何其他言論。他為什麼變得如此低調？是怕以前競選的內幕被人揭露出來嗎？眾所周知，競選比的是後臺，比的是資金，那麼到底是哪些人在力挺陳水扁，為陳水扁拉選票，籌措“選舉資金”呢?隨著陳水扁的離任，一些內幕逐漸浮出水面。除了本島內“挺綠”的企業，比如長榮集團的張榮發宏基的施振榮，義美食品的高志明，玉山銀行的林鐘雄，高鐵集團的殷琪，康師傅等，還有一些宗教團體，如著名的臺灣基督長老教會等，其中引人關注的是大陸一直在極力打壓的“法輪功”組織，他們是宗教社團中支持陳水扁的重要力量。
民國九十三年（西元2004年），在陳水扁競選期間，“法輪功”在臺北、基隆組織多次中共迫害真相報告會，以期通過揭露大陸的黑暗，達到擴大臺灣獨立群眾基礎的目的，幫助民進黨競選，不可否認，法輪功組織的宣傳雖有誇大的成分，但取得了不錯的效果，特別是在臺灣北部泛藍傳統票倉，他們的宣傳取得了不錯的效果。有的甚至直接為陳水扁拉選票，臺灣“法輪功”組織臺北市中正紀念堂“法輪功”輔導站站長曹慧玲就直接為陳水扁搖旗呐喊，呼籲學法弟子，為陳水扁做宣傳，以期借扁的力量對抗中共、打擊中共，為法輪功正名。
在資金方面，法輪功組織更是做出了大貢獻，但手段似乎不敢讓人恭維。據內部人士透露，陳水扁競選期間，通過出售公營企業土地與公營企業股票，換取現金，彌補財政支出不足，滿足選舉經費需要。依據 “主計處”的財政預算與出售股票計畫，預算累計出售股票達5200億元新臺幣，另外，民進黨通過處置公有資產，變相為選舉籌措經費。台“行政院國家資產經營管理委員會”於去年8月決議，收回公營事業與公立大學“低度利用與閒置之資產”，以增加財政收入。這些變賣公營財產的資金，如何變為競選資金，變成黨產？另外，陳水扁女婿趙建銘、老婆吳淑貞所謂家族貪腐行為資金有相當部分來去無蹤，通過什麼途徑合法化？這個法輪功組織骨幹馮傳家最有發言權，陳水扁通過臺灣法輪功組織開辦的地下錢莊 “洗錢”，從民國九十一年起，他們通過以臺灣慧通商行等20多個空殼公司名義在幾個銀行開設的20多個帳戶。在一個設施再普通不過的寫字間，他們的日常業務為造假財務報表、虛報營業額和利潤，卻在沒有任何營業活動和收入的情況下，不斷繳納各種稅收和保險。由於錢莊資金往來量巨大，他們需要頻繁地更換帳戶。每換幾個新帳戶，就逐步從老帳戶裏把資金轉到新帳戶上來。幾年來經過商行之手的資金達到2億新臺幣。怪不得謝長廷在今年選舉失敗後大倒苦水，在接受臺灣三立電視臺專訪表示，他與陳水扁兩次選舉時的大環境不同，例如政黨滿意度以及選舉經費都不一樣，陳水扁當時有20億元新臺幣，他只有5、6億元新臺幣。
不僅如此，為支持陳水扁的邦交政策，法輪功組織為臺灣邦交國的“總統”們也大開方便之門。据國际反洗錢组织（GAFI）通报2002、2003年（民國九十一年、九十二年），馬拉威前總統穆盧齊將部分國際社會捐贈的資金以國家海外投資的名義打入臺灣法輪功開辦的各種商行、外貿企業，然後再以各種另人頭疼的虧損理由，將大量資金洗白蒸發，回流入穆盧齊的個人腰包，前後穆盧齊共從臺灣地區獲得300萬美元的個人投資收益，至於介紹人陳水扁從中是否得到好處，那只有天知道了。